这真是一个令人沮丧的事实，长达十年，在帝国历史上璀璨夺目的万历初政，竟然是在这种波诡云谲的重重黑暗中拉开的序幕。这实在算不上是个好的开头，其诡异乖戾之处，令人无法想象后面的结局会是皆大欢喜。
对于张居正来说，不幸的是：这位“慨然以天下为己任”、“中外想望其丰采”的杰出政治家，只能以这种阴暗的开端，涂抹着自己的脸谱。仿佛挥舞了一支过于粗暴的墨笔，黑墨淋漓之际，使他后来那些对帝国真正伟大的贡献，也变成令人不忍卒睹的花脸。
这还不算，最大的不幸则是——
从张居正一生行状判断，他或许真的不在乎自己的生前身后名。然而，诚如帝国政治所一再展现的那样，此种作为，在多数情况下，伤害的常常不仅仅是一个人的名声，甚至主要不是名声。与二十五年前投身帝国官场的“储相”庶吉士相比，今年四十八岁、年届知命的张居正，已然是帝国首辅。当年那些无限的可能性，如今，已经明确而具体地铺展在他面前。然而，他却很有可能完全没有意识到——他置身其中的棋局，如今，实际上已经变成了一盘死棋。
就像没有人能够沿着错误的道路走到正确的目标一样，也没有人能够盘活这一局已经死透了的棋。从此以后，张居正真心实意、雄心勃勃地为帝国所做的一切，客观上，可能只是让这盘大棋死得更快而已。
从后来所发生的一切看，的确很难得出其他的结论。
除了与冯保之间的知音默契，小皇帝朱翊钧及其母亲慈圣李太后的“倾心委倚”，则是张居正能够大展拳脚的另一个必要条件。
按照《明史》所载，李太后出身于漷县的一个农民家庭。漷县治所在今天北京通州东南的漷县镇。此地在元代为漷州，下辖今日河北省的武清、香河两县。明初太祖时漷州为县，到清代并入通州。太后家境贫寒，其父李伟为避兵祸，逃难来到北京。初进裕王府时，李太后只是一个低级侍女，后来受宠，生下皇长子朱翊钧也就是万历皇帝。隆庆元年晋封为贵妃。而正宫陈皇后体弱多病，且没有生育，一度被“移居别宫”。种种迹象表明，她与李贵妃和做皇帝之前的皇太子相处融洽。
按照皇家制度，新天子即位，应尊先帝时的正宫皇后为皇太后，有亲生母亲须称为太后者，要另外再加徽号作为区别，就是地位略低于正宫皇太后的意思。这种情形，显然无法令万历皇帝和他的亲生母亲满意。另外无法满意的，则是冯保与张居正。于是，冯保以两宫太后并尊暗示张居正。最后，张居正想出了一个聪明的主意：尊陈皇后曰仁圣皇太后，尊李贵妃曰慈圣皇太后，从此，两宫太后并驾齐驱，没有了区别，遂成帝国定制。有一次，小皇帝玩得高兴，对自己的首辅大臣说：“昨天，大内百花盛开，我奉陪母后赏花盛宴，开心极了。”他说的母后，指的当然是自己的生母李太后。张居正奏曰：“仁圣陈太后那儿长期寂寞，恭请皇上能够放在心里。”小皇帝颇以为然，回宫报告自己的母亲后，亲自驾往陈太后所居宫殿，将其接到鲜花盛开处，再设盛宴赏花，尽欢而散。
张居正心思细密，应该令两宫太后深感欣慰。
官修正史《明史》在谈到李太后时说：太后性严明。万历初政，委任张居正综核名实，治理国家，臻于富强，太后“之力居多”。表明这位皇太后确实曾经给予了张居正相当大的支持。
许多年以后，在给帝国晚期政治带来重大影响的所谓“国本之争”中，万历皇帝对册立自己不喜欢的皇长子为太子一事迁延乖张，太后问他是什么理由，万历皇帝回答说：“因为他是都人之子。”太后大怒，曰：“你也是都人之子！”已年届中年的万历皇帝惶恐万状，跪俯在老太太面前不敢起来。“都人”是当时宫廷内对低级宫女的称呼。后来，几乎受到皇帝终身宠爱的郑贵妃，想以为太后祝寿的名义，让自己亲生并备受皇帝喜爱的福王留在北京，太后很不客气地反问：“我的儿子潞王是不是也要到北京来为我祝寿？”帝国制度，凡成年的皇家亲王，必须到各自的封地去，非皇帝宣召，不许在北京逗留。这位不好惹的老太太，可能是那位倒霉的皇长子，最终能够成为皇太子并登上皇位的重要原因。
慈圣李太后对儿子的管教之严，在历代帝后中是有名的。长时间罚跪是她惩处万历皇帝错误的常用手段。经常是小皇帝哭泣着保证改过，才被允许站起来。每次小皇帝读书下课回宫，太后都会让他模仿讲官，在自己面前复述讲习内容，以考查并巩固其学习成果。每临早朝，太后则必会在五更时分，大约是早晨四点多钟，亲自去叫醒小皇帝，命宦官们将睡意正浓的皇帝强制扶起来，洗漱装束，看着他登轿而去。对于十几岁十分贪睡的孩子来说，其痛苦可以想见。
丈夫死后，这位来自平民家庭、如今富贵已极的皇太后，一个最大的心愿，可能就是儿子能够成为名垂青史的圣贤之君。驱逐高拱之后，她对张居正寄托了无限希望与信任，“大柄悉以委之”，就是将军国大政全部委托给张居正处理，称得上全心全意。据说，她训斥万历皇帝时特别喜欢用的一句话是：“要是让张先生知道了，看你怎么办？”这种情形，很像那些拿“狼来了”制止小孩子啼哭的民间妇女。可以看出，其间并无恶意，充满敬意。
后来，甚至到小皇帝已经长到十八岁，娶妻生子，按照帝国惯例早已到了亲政——主持国家大政的年龄，张居正“乞休”、“归政”，就是请求退休，将大政归还皇帝时，皇太后仍然命皇帝传达了自己的断然回答：“请张先生辅导皇帝到三十岁，那时再商量由人接班也不迟。”这位皇太后一口气活到了万历四十二年，仅仅比自己的儿子万历皇帝早死六年。假如张居正能够像严嵩或徐阶那样，寿命足够长的话，后来的情势发展可能会变得特别有意思。
从人的心理发育规律看，假如真的用狼吓唬孩子的话，大概可以在这孩子的心中有效地培养出对狼的终生恐惧；而若不是狼而是人的话，那么，这种恫吓一遍遍重复的结果，则可能会在小皇帝心中，既培养起对张居正的敬畏之心，却也完全有可能为皇帝未来的逆反心理，埋下意味深长的伏笔。
不幸的是，情形很有可能就是这样。
以国人细致入微的敏锐观察力，没有证据能够证明，正值盛年守寡的李太后信任与支持张居正，有着其他方面的微妙考虑，譬如男女之情一类。
公元1572年，即隆庆六年六月十九日，驱逐高拱的第四天，小皇帝单独召见了张居正。这次平台召见很有名，是张居正位居帝国首辅之后，与皇帝之间的第一次奏对，大体确定了十年万历初政的基调——
小皇帝对张居正慰劳备至，说：“先帝活着时多次告诉我，先生您是忠臣。今后，所有的事情都要先生尽心尽力地辅佐。”
张居正泪流满面，跪俯在地上，顿首泣谢，曰：“臣承蒙先帝厚恩，不敢不竭忠尽力，以图报效。方今国家大事，惟在遵守祖宗旧制，不必纷纷更改。讲学亲贤，节用爱民，是为君之道所最首要的，恳请皇帝圣明留意。”
小皇帝回答道：“善。”第二天，张居正于心潮难平之中，向小皇帝呈献了十年辅政生涯中的第一份奏疏。其中谈道：
“为臣之道，必须出以公心，不谋私利，才能称得上一个忠字。臣子我从小受父亲和老师的教诲，对这个字烂熟于心。走上官场之后，兢兢业业，没有做过什么堕落、从而玷污这个字的事情。”
“如今，承蒙皇上天语谆谆，恩若父子，人非草木，我怎能不激励自己奋发有为！”
“我要谨守祖宗旧制，不敢以臆见纷更；为国家爱养人才，不敢以私心好恶取舍。”
“我要以区区之身，鞠躬尽瘁，死而后已。”
张居正希望皇帝“念念不忘祖宗缔造国家的艰难，念念不忘先帝托付的重任，讲学勤政，亲贤远奸，使宫府一体，上下一心，以成悠悠之治”。从中，不难看出张居正心潮激荡，必欲有大作为的雄心壮志。以至于四百多年后读来，仍令人不免感慨万千。
从纷纭驳杂、汗牛充栋的各种记载中，很难得出张居正与王安石一样，进行过大规模变法的结论。尽管后来——直到今天的人们时常把这两个人的作为，并称为“王安石变法”与“张居正变法”，认为此二人是我国古代历史上的伟大改革家。甚至在张居正如日中天、大权在握时，就曾经有人将张居正类比为王安石，而对其进行猛烈抨击。
这种说法十分可疑。
姑且不论成败，王安石具有丰富的行政管理经验，其财政、金融等经济思想与观念，系统、高明而且超前，并确实曾经在大宋帝国的政治、经济、文化、军事等诸多领域里进行了相当深入的制度变革。
张居正则在帝国官场长期熏陶下，缺少深入系统的思想理念，他更多凭借的是申不害韩非子古老术家与法家那一套权谋智术。因此，在制度层面上，我们找不到或很少能够找到张居正进行或试图进行变法的证据；在理论层面上，也很难看出他有什么富有创意的贡献。他所做的一切，大体是在现有制度、体制框架内进行的。诚如张居正自己所说，他要做的，“惟在遵守祖制”，“为祖宗谨守成宪”。
用今天的语言表述，张居正所追求的目标，可能就是用谋略、强力手段，恢复祖宗——朱元璋时代的帝国制度活力，从而，在现有的体制条件下达到民富国强。举凡张居正十年施政举措，譬如：
尊主权——可以理解成尊重君主权力；
课吏职——对官吏职责高标准严要求；
信赏罚——赏罚严明奖勤罚懒；
一号令——统一思想统一号令统一行动；
以及裁汰冗员、整顿驿站管理、节俭开支、整饬边防与军队、实行一条鞭法，乃至清丈土地等等，无一不可以作如是观。
张居正著名的《陈六事疏》，被认为是“系统地提出了改革政治的主张”。实际上，仔细推究起来，这所谓“六大改革纲领”——省议论、振纲纪、重诏令、核名实、固邦本、饬武备，实在没有一件称得上是真正意义上的改革，倒真实地反映出了张居正试图恢复祖宗旧制的努力。
即便如此，仔细检视当日之情形，应该说，张居正的这种努力，进行得相当艰苦卓绝，其程度还真的不亚于一场真正的改革。
原因是此时大明帝国已经走过了二百年漫长岁月，就像我们在以前的描述中所不断看到的那样，当年太祖创立的制度，如今大多演变得面目全非。而困扰中华帝国近两千年的制度弊端，也在此时一一出现，其交织缠绵的结果，令种种弊害，更加积重难返。譬如，豪强富户，“多依势恃强，视佃民为弱肉”，表明新一轮的弱肉强食早已展开。而土地兼并也已经具有了浓厚的大明帝国特色——“有地无立锥而籍田逾顷亩者，有田连阡陌而版籍无担石者。”意思是，有的百姓穷得无立锥之地，却在官府的赋税名册上记载着百亩以上的纳税额度；而土地极多的大地主，反而在官府没有记载，也就是说不需要纳税。于是，许多农民“抛荒田产，避移四方”。
在我国历史上，一般说来，这种情况一旦出现，便大体上意味着社会动荡不安，官吏渎职自肥，而国家财政状况则窘迫日深。
这种病态的情形，在张居正执政之初的各种文字中反映极多——“生民之骨血已罄，国用之广出无径，臣等日夜忧惶，计无所出。”张居正的忧虑十分真实，民脂民膏已经被榨干了，若没有更好的办法，则“元末之事可为殷鉴”，元朝覆灭的前车之鉴就在眼前。
那么，怎么办？张居正认为：“非得磊落奇伟之士，大破常格，扫除廓清，不足以弭天下之患。”显然，张居正是以这种“磊落奇伟之士”来自我期许的。
平心而论，在获取权力的过程中，张居正的作为远非无可挑剔。但若在一个更大的时间段中考察，譬如观察其十年释放权力的过程，又让人很难怀疑张居正忧国忧民、竭心尽力治理好这个国家的政治善意与真诚。在他的目的与手段之间，于其同时代人来说，无法容忍的地方恐怕不在少数。而对于今日之读者，则充满了难以捉摸的吊诡之处。未来，张居正令人扼腕的命运，可能就是这样导出的。
为了“大破常格，扫除廓清”，张居正采取的手段很绝，相当独特而出人意料。他没有像太祖朱元璋那样大刀阔斧地清算贪官污吏、豪门富户，而是在执政不久，力道很强地推出了一个“考成法”。如果说十年万历初政有什么富有创意的新鲜做法的话，大概这个“考成法”可以算在其中。
公元1573年，即万历元年，张居正上《请稽查章奏随事考成以修实政疏》。他认为：“天下大事，困难之处不在于立法，而在于有法必行；不在于说些什么，而在于说出来就一定要有效果。”遂制定考成法。
考成法规定：帝国中央六部与都察院将所有应办之事，按照道路远近、事情缓急，规定出完成期限，然后分别在三套账簿上记录在案。一套留在部、院存底，一套送六科监察部门以备注销，一套报呈内阁查考。中央六部与都察院对于所有承办官员，每月检查一次，完成一件则注销一件，未能按期完成者，须如实申报，否则以违制罪论处。六科监察部门稽查六部执行情况，每半年上报一次，并对违限者提出处分意见。内阁则稽查六科，并对违限与欺瞒者予以惩处。
粗粗看去，这套官吏考核制度很像今天广为人知的“绩效考核制度”。
万历元年十一月，当张居正集皇帝、内阁与司礼监各种大权于一身，雷厉风行地予以颁行时，所达到的深度与广度均十分罕见。在其当日，可能是全世界最严密、影响最大的一套官吏绩效考核体系。
半年后，万历二年六月，按照这套制度考核并完成任务的一批兵部官员，已然受到赏银、提级与加薪奖励。再过半年，万历三年正月，五十四个官员则受到停发工资三个月的处分，涉及未能按期完成的工作事项二百七十三件，其中，包括一批省级行政官员与监察官员。
此后，在一批批官员受到奖励的同时，也不断有人受到扣工资、降级、强迫退休、开除公职等处分。譬如，万历五年十一月，有四十八个各级官吏，被一次性勒令致仕闲住，即强迫退休。于是，纪纲不肃、法度不行、上下姑息、百事推诿的状况大为改观，帝国萎靡不振的官场“中外凛凛，毋敢以虚文支塞”——朝野内外兢兢业业，没有人敢于用虚话、套话应付差事。
对此，张居正的同年和主要批评者、大名士王世贞评论说：“张居正执政时，一道政令发布出去，万里之外，早晨收到，晚上已经奉行开去，如疾雷迅风，无所不披靡。”可见其推行力度与成效之大。
这套无所不在的法网编制起来之后，张居正将其功效发挥到了极致。大凡财政、赋税、军事、教育、裁汰冗官冗员、清理驿站制度等等涉及全帝国的重大事宜，基本都让他装进这个大篮子里面去了，而且其坚持不懈的劲头，相当令人为之动容。大史学家谈迁说道：“江陵——张居正志在富强。立考成法，行之十年，太仓之积，足备数载。”其评价颇为积极。
不过，这套考成法还有另外的奥妙之处，它将本来有权监察百官包括监察内阁的科道部门，也一揽子变成了内阁的附庸。在文武百官眼中，这与祖宗之制则是背道而驰的。
科道，是对帝国监察部门——都察院与六科给事中的习惯称呼。按照帝国制度，都察院下设十三道监察御史，其职责为监察纠劾文武百官，也有当然的权力监察、弹劾内阁成员包括首辅。六科制度则创立于明太祖朱元璋的洪武六年，指的是相对吏、户、礼、兵、刑、工六部设立的六科，其官职名称为给事中，职责是辅助皇帝处理章奏，并有权力稽查、批驳、纠劾六部的错误。六部首长尚书的品级为正二品，六科首长都给事中的品级则只有正七品，给事中的品级还要再低。以小官制约大官，以低级别的六科监察高级别的六部，这是大明帝国的一项创造，也是坚不可摧的帝国传统。因此，给事中品级虽低，权责却特重，其锋芒所向，有时甚至可以将位极人臣的大学士乃至首辅拉下马来，打翻在地。
如今，考成法一出，监察御史与给事中们一下子找不着北了。他们本来是皇帝的耳目喉舌，在理论上代表了帝国官场的良心与良知，现在，突然一股脑地变成了内阁首辅张居正鞍前马后的马仔与爪牙，“一不小心，便会受到叱责，长官随即受命对其进行考成”，其郁闷可想而知。对此，王世贞幸灾乐祸地评论道：“御史、给事中们虽然畏惧张居正，然心中大多忿忿不平。”
在理论上讲，科道官员一般是由那些饱读圣贤之书、品行端庄、性情耿介之士充任的。张居正的做法，理所当然会被他们视为对祖宗旧制的破坏和对帝国监察事业的凌辱。终于，对张居正的抨击开始了，炮火并渐趋猛烈。
万历二年五月，翰林院飞来一只白色的燕子，内阁也有碧莲花早开。百忙之中的张居正将此作为祥瑞献报皇帝。结果，受到冯保的当面批评：“万岁爷年纪小，不要用那些奇异之物开启他的玩乐之心。”一位南京户科给事中上书斥责张居正，曰：“地方大旱，大家都忧心忡忡，张居正却献什么祥瑞，实在不是大臣应该做的。”弄得张居正好生无趣。
转过年去，万历三年二月，第一次年度考成结束不久，这位给事中再次上书，除批评张居正外，矛头直指考成法，并暗指张居正、冯保为谀佞之臣。结果，张居正大怒，十三岁的小皇帝也大怒，安了一个显然胡扯的罪名，将这个楞家伙“革职为民，永不叙用”。当年十二月和第二年正月，又相继有两位御史上书，猛烈抨击张居正。第一位，直截了当地引用王安石“天变不足畏，祖宗不足法，人言不足恤”的三不足故事，抨击张居正和皇帝误国且自误。皇帝下旨，令锦衣卫将其抓进镇抚司监狱，“好生打着问”。结果，此人虽被打成重伤，却坚决不肯改口认错，最后，定罪发配浙江定海充军。一个耐人寻味的细节是，在此期间，有数位御史和给事中相继来到监狱，为他送药并慰问之。
而第二位御史的作为，则对张居正形成了更大的杀伤力。
此人是张居正的门生。不仅于此，张居正还曾经相当看重他，选拔、举荐他担任了正七品的巡按御史。我国古代没有“我爱我师，我更爱真理”一说，座师与门生的关系，在官场视同师生，讲究的是一日为师，则终身为父。并成为帝国官场最重要的人力资源网络之一，其关照、提携、援引的功效有如同乡与同年，为官场中人所不敢轻忽。谁也没有想到的是，前一位御史被充军浙江的一个月，即万历四年正月二十三日，这位御史便洋洋洒洒上书五千言，痛斥张居正植党营私、作威作福、贪赃枉法、擅改祖制等等。从而，成为我国历史上罕见、大明帝国开国二百年以来第一位弹劾座师的门生。
随后两日，张居正连续两次提交辞呈。史书记载说，张居正向万历皇帝辞职时，痛哭流涕，激动得哭倒在地。十四岁的小皇帝走下御座，搀扶起已经年过五十的内阁首辅，并对他说：“先生起来，我要逮捕这个家伙，让他死在监狱里，以慰先生。”
据说，在监狱中，此人受尽严刑拷打，却慷慨自若，言辞更加激烈。最后，对这位御史的处分是“削籍为民”——被开除公职，遣送回乡。不久，他又被几个官员指控为贪赃枉法，不明不白地死在狱中。当时和后来均有人认为，这些官员是在张居正的授意下做的这件事情，或者至少是为了讨好张居正。遂成为一个谜团。
公元1577年，即万历五年，张居正遭遇了一场真正的风暴。
事情起因于九月十三日，张居正的父亲去世。九月二十五日，消息传到北京。第二天，张居正在内阁的几位同僚上书皇帝，希望援引前朝重臣曾经有过的案例，挽留张居正“夺情”，继续工作。
“丁忧”制度是我国一项相当古老的制度。按照这套制度，凡父母去世，其为官且承担主要家庭责任的儿子必须离职，返回家乡为父母守孝二十七个月，当时的术语称之为“丁忧”，也叫“丁艰”。期满后再出来继续做官，叫做“起复”；倘若身为国家重臣，离职后可能造成重大影响的，作为特例，需由皇帝下令，可以免去离职丁忧，穿孝服直接起复视事，术语叫做“夺情”。曾经有过一位唐代官员，因为害怕失去官位与俸禄，不报忧守制。结果，为人揭发，被同僚们视为衣冠禽兽，在法司判其流放充军之后，又由皇帝下令赐其自尽。帝国以孝治天下，忠臣出自孝子，不孝者必然不忠，已经成为人们普遍的信念。生活在今天的人们，很难理解另一个世界的情形。然而，在当时，这是一件绝对重大的事情。其重大的程度，我们可以在嘉靖初年的“大礼议”中，略见一斑。
张居正立即陷入尴尬之中。
一方面，守制丁忧尽孝乃人情之常。不论是为人子、为人父、为人师、为人友、为人臣，所有人伦亲情，社会利害，都要求他如此行事。否则，必将为自己所不忍，更为人所不齿，潜藏着无法预料的风险。
另一方面，张居正素以豪杰自许，认为必有非常之人，方可为非常之事，才能成非常之功。因此，处在一个非常时期，则不必拘泥于常情常理，不必顾及常人之非议，受常人小节的约束。当时，张居正可能正在准备实施意义重大的清丈田亩和整顿赋税，他显然不愿意在政局如此波诡云谲之际，离开朝廷二十七个月。那意味着前面一切努力都可能付诸东流，且同样潜藏着不可测之祸。
这时，发生了一件小事，对张居正的刺激可能不小。按照帝国惯例，内阁首辅离位三天，次辅的座位就可以由次要的位置挪到主位，人们也就可以身穿红袍向次辅道贺，视为他已经自然升为首辅。此次，张居正的去留尚未定，已经有一批人着红袍前去向次辅道贺了。颇为厚道的次辅虽然没有挪动自己的座位，却也实实在在地接受了人们的祝贺。人情恶俗浇薄的官场，着实给张居正上了一课。
从当时的情形判断，皇帝、皇太后、冯保，张居正身边的支持者，甚至包括他同朝为官的儿子，应该都是发自内心地希望他不要离开。张居正遂接受了皇帝三番五次的慰留，夺情视事，在官守制。
谁知，恰在此时，一颗巨大的彗星飞临到帝国的上空，其大如灯，颜色惨白，拖着长达数丈的不祥的大尾巴，由西南直射东北，出尾箕，越牵牛，逼向织女星座。未几，紫禁城中竟然又发火灾。天象示警，灾异横生，一时间人心大浮动，蜚短流长，谣言漫天，以至于西长安门上居然贴出了张居正谋反的传单。（以上事见《国榷》卷70，万历五年十月诸章；《明世宗实录》卷68，万历五年十月诸章）
在此期间，还发生了相当于人事部部长的吏部尚书去职事件。
这位吏部尚书在前一年张居正的门生弹劾张居正时，曾被指为是张居正植党营私的私党之一，人们也普遍认为他是张居正的亲近分子。如今，他竟然在几十位翰林院官员的要求下，带领他们一起来到张居正官邸，请求张居正作为帝王之师、帝国首辅应该以世道人心为重，给天下苍生作个好榜样，回家丁忧去。张居正义正词严地予以批驳，并在激动之中，叱责他们不执行皇帝的指示，逼迫自己，居心叵测。
随后，有两位科道官员立即上书弹劾，导致皇帝下旨，这位吏部尚书被勒令致仕——强迫退休，罪名是藐视皇帝，无人臣之礼。
这种情形，立即使人们躁动的心情激动而且愤怒起来。不少人觉得，这个张居正贪恋权位，又忸怩作态，无非是想堵住天下万世悠悠之口，实在不是个东西。于是，十月十五日吏部尚书罢官，十六日星变未弭而宫中火起，十七日出现了传单，十八、十九、二十日便有四位官员相继上书，反对夺情，弹劾张居正。他们比张居正更加义正词严地质问道：“陛下以江山社稷的缘故慰留张居正。对于江山社稷来说，最重要的是三纲五常。皇帝的老师，国家的元辅大臣，乃纲常之代表，却置纲常于不顾，难道江山社稷还能够安宁吗？”
就此，推车撞壁，再也没有回旋余地。
愤怒的张居正和与他同样愤怒的皇帝，不约而同地将此种情形看成了对自己权威的蔑视，也几乎是不约而同地决心以非常手段——廷杖，对付之。
这时的礼部尚书是一位才干素著的人物。他曾经多次反对过张居正，张居正表现出了一个大政治家应有的胸襟，并不介意，多次推重，直至使他出任高官要职。此刻，他意识到如此激烈的强硬手段势必带来深刻的后果。于是，出面找张居正斡旋。素来冷峭孤傲的张居正竟然一反常态，跪在来人面前叫道：“您饶了我，饶了我吧。”礼部尚书叹息而去。
翰林院掌院学士也汇集数十位翰林院官员，前往张居正官邸。张居正拒之门外。这位掌院学士闯入府邸，劝解张居正。张居正泪流满面，又一次跪下，举手索刀，做出自刎状，并嘶声喊道：“皇上一定要留我，先生们又坚决要驱逐我，这不是要我死吗？”他叫道：“你杀了我，杀了我吧！”事情已然无可挽回。
廷杖的结果，留下了长久的伤痛。数万官员与京师民众聚集在长安街上，目睹了血肉横飞的一幕。其中，一位胖大的受刑者被打脱的肉有手掌般大小。他的妻子遵循身体发肤，受之父母，不敢轻弃的古训，将丈夫的肉风干腊制后珍藏起来。他们受到了人们广泛的尊敬与倾慕。一位张居正的同事、当朝内阁大学士将一只玉杯、一只犀牛角杯赠送给了其中两人，上面分别镌刻着充满敬意与感叹的诗词。
张居正则大约很难感受到胜利后的快感。原因是，四位受刑者中，有两位是他的门生，有一位是他的老乡。在极为注重师生之情与同乡之谊的帝国官场，张居正颜面扫地。他黯然叹道：“严嵩尚且没有受到过同乡的攻击，我连严嵩都比不上。”其心境之灰恶可以想见。
此时，一个谁都没有想到的事情发生了：
廷杖刚刚结束，一位刚中进士不久的见习官员便上书皇帝，以更加全面、彻底、激烈、尖刻的语言痛斥张居正。并第一次以假借的口吻，将自诩为非常之人的张居正比喻为猪狗不如的禽兽。
结果，这位青年官吏也受廷杖八十，被充军到了贵州都匀地区的万山丛中，并留下终身残疾。四十多年后，党派林立的帝国江河日下、行将分崩离析之际，这位已经成为国家重臣、名重天下的东林党领袖，早已不再激烈。他痛定思痛，思绪万千，发出了重新评价张居正的呼声，并为张居正平反昭雪而奔走。
可是，来不及了。
此时，一切都来不及了。大明帝国日薄西山，就要沉入黑暗，走向国将不国。
风暴止息了，创伤却永不会平复如初。棍棒打飞的远远不止是血肉。是非善恶，君子小人，一股非理性的阴郁乖戾之气凝结进了人心，为帝国后来的发展埋下了不祥的伏笔，并给张居正带来了重大影响。
《明史》记载道，从夺情风波之后，张居正变得日益偏颇恣肆，提拔或惩处干部时，常出自自己的爱憎；围在左右的亲近之人“多通贿赂”；奔走于他和冯保之间的那位徐爵被提拔为锦衣卫指挥同知，相当于帝国宪兵副司令；张居正的三个儿子先后中进士高第；他府上的一个家奴管家花钱买了一个官职；帝国的勋贵国戚文武大员都与他巴结交往，甚至谈婚论嫁。《明史》评论说：“世以此益恶之。”——人们为此更加憎恶他。
事实上，也就是在夺情风波之后，张居正发起、推动了几项相当令人尊敬的工作，展示了这位大政治家真正的胆识与魄力。其中，迄今最为人称道的是清丈田亩和一条鞭赋税制度的推广。
史书记载显示，明太祖朱元璋的洪武年间，全国官府登记在册的土地面积最多时为八亿五千万亩；到万历六年时，官方征收赋税的在册土地却只剩下了五亿一千万亩。两百年间，为国家纳税的土地蒸发了三亿多亩。此中情形只能说明一个基本事实，那就是全国将近百分之四十的土地，已经落入皇亲贵戚、豪门富户和贪赃自肥的官吏手中。这种境况恰好和大户不纳税或少纳税，小户反而要多纳税的奇异景象互为表里。张居正推行的清丈田亩，曾经受到过顽强抵抗，表明上述人等决不会为此感谢他。实际上，此时的张居正已经站到了全国上层社会——皇亲贵戚、官僚士绅的对立面。他最后清丈出来的土地，比官府记录在册的，多出一亿八千多万亩。在一定程度上，或许可以说，此类土地的数量和张居正所受到的憎恨，大概呈正相关的关系。而张居正旨在将土地与人口挂钩推广的一条鞭赋税制度，显然有助于缓解人民的痛苦、加深贵族士绅的仇恨。
从史料中，我们可以知道，万历元年以前，帝国财政状况恶化，多年入不敷出，国库相当空虚。万历十年，张居正死后，帝国国库里的存粮可以满足九年的需要，太仓中的存银有六百万两，太仆寺存银四百万两，帝国留都南京的国库里存银二百五十万两，全国各省的省库存银均在十五万两到八十万两之间。
就这样，用今天的眼光看去，具有杰出才华的政治家张居正，活得七扭八歪。却也差不多以他一己之力，历十年努力十年坚持，在没有改变帝国政治制度与经济结构的情况下，几乎实现了帝国的中兴。从他所受到的反弹中，似乎可以想见帝国政府组织与各级官吏肯定也承受了空前的压力。方才使“帝国官僚政治的效率达到了顶点”，“标志着那个时代在中国社会政治传统束缚下人力所能做到的极限”（黄仁宇先生语）。由此，形成了与整个大明帝国特别是十六世纪其他年间似乎是不可能的对比。
与王安石比较起来，张居正缺少王安石那样灿烂的文化成就，也没有王安石光风霁月般令人感佩的道德品格和洁身自好的风格。假如没有上面这样的业绩，张居正在历史上的形象，可能要不堪得多。
当上述种种交织在一起之后，我们便大体可以了解，张居正身后的遭遇何以会如此之悲惨了。当然，到目前为止，促成这种遭遇的诸多因素中，还缺少最重要的一项。这项因素与张居正一生中最大的失败有关。那就是张居正所倾心辅佐的学生——万历皇帝。
万历皇帝在位四十八年，是明朝在位时间最长的一位皇帝。也是中国历史上叫人最无法理解的一位皇帝。在谈到明朝的灭亡时，乾隆皇帝曾经评论说：“明朝的灭亡，不是亡于流寇李自成，而是亡在明神宗即万历皇帝朱翊钧手上。”这个评论可能没有冤枉万历皇帝。他的孙子崇祯皇帝朱由俭吞咽的那杯陈年苦酒，就是由他亲手酿制的。而这一切的发生，可能和张居正的关系甚重。
少年时代的万历皇帝聪明伶俐，很是讨人欢喜。
有一次，隆庆皇帝练习骑马，这个小东西走过来扣马劝阻说：“父皇乃天下之主，独骑疾骋，万一马惊，却如何是好？”不管是不是别人教导的，从六七岁孩子的嘴里说出这么一番话，做父亲的肯定会惊喜交加。
十岁登基，小皇帝表现出了不凡的天资，他勤奋好学，对经史人物常有自己的独到见解。当时，已经成为他老师的张居正亲自主持编写了一套教材，叫作《帝鉴图说》，将历史上值得借鉴的人物事件编成连环画，图文并茂。小皇帝爱不释手，从此置于座右。令人惊异的是，他不喜欢千古名臣魏征。他的理由是：这个魏征先是跟着李密跑，后来为太子李建成效力，最后奔走于李世民身边，算不上贤臣。这固然是不人云亦云的独立见解，但其中透露出的偏颇信息却显然令人不安。
有一天，万历皇帝兴致勃勃地将内阁九卿等重臣召进文华殿，观看自己的书法表演。只见他笔走龙蛇，咄嗟之间，已经写出二十张八十个盈尺大字。据说，观看的人们惊叹不已。除了拍马屁的成分之外，当时在场的书法高手不少，有的至今还有作品传世。一个普遍的看法是，小皇帝的功力已经很不错。就连在书法艺术上自我感觉甚佳的张居正，回家后仔细端详，也承认小皇帝的字“奇秀天成”。这与后世对万历皇帝书法的评价是一致的。当时，小皇帝是十二岁。
从万历皇帝一生行事上看，他的性格中具有相当浓厚的艺术气质，敏感而易受伤害，偏颇而容易伤感，感情用事而意志薄弱。显而易见，这种性格类型的人做起皇帝来，尤其是做大明帝国后期的皇帝，恐怕会相当痛苦。
事实上，万历皇帝的一生，除其父隆庆皇帝在世时的短暂时日外，他可能的确过得相当郁闷。艺术家的品格与皇帝需要的品格，即便不是背道而驰，也实在相去甚远。皇帝所要面对的人与事太具体，太缺少美感，太需要理性、谋略、钢铁般的意志和手腕。可惜，如此种种，在这位皇帝身上均告阙如。
毫无疑问，这个时期，张居正在万历皇帝心目中的地位应该是相当崇高的。但并不意味着他的所有压力都是令人愉快的。
当十二岁的万历皇帝兴致勃勃地将自己的书法作品赏赐给大臣们时，张居正和其他人一样，不算特别夸大地颂扬了皇帝书法艺术的成就。但是，紧接下来的劝告则是：够了，到此为止。宋徽宗书法艺术的伟大成就，并没有使他和他治理下的国家避免一塌糊涂的命运，很有可能还加剧了这种命运。因此，皇帝应该把时间和精力用到研习治理国家的圣贤之道上去。这番说教肯定没有错，却也肯定是兜头泼来的一盆冷水。
应该说，万历皇帝相当懂事。
万历元年春节，是他当皇帝后的第一个春节。民间张灯结彩摆酒设宴，皇宫里的御膳桌上，除了平时的饭菜外，只是加了几道水果。史书记载说，这是根据张先生的建议做的。这个春节，他们母子节省下的酒饭钱有七百多两白银，大约可以折合成十几万元人民币。此后连续几年都是如此。
皇宫惯例，每年春节到正月十五，都要在鳌山上观灯。张先生建议他免去此例，以节省开支。十岁的小皇帝相当通情达理地说：“鳌山上的灯我已经看过了，看一遍和看千遍是一样的。我不看了。”
这十年中，史书上记载了不少小皇帝认真学习履行皇帝职责的故事。诸如，刮起沙尘暴，当时叫大风霾，他会关心边防第一线的情形；碰上风霜雨雪，他会操心是否影响农事等等。在朝廷的各项礼仪制度上，他也相当一丝不苟。
很难找到特别强有力的证据，说明皇帝为什么发生后来那翻天覆地的变化。
万历皇帝十五岁时所发生的张居正“夺情”事件，并没有对他们俩的关系造成什么重要的影响。这件事情对张居正的声望与人品形成了巨大杀伤力，但他毕竟是在皇帝与太后的坚持下才这样做的。从后来皇帝与张居正之间几次泪流满面的对话和张居正病重时皇帝的表现来看，君臣二人的感情十分真挚与深切，相当动人。
或许，张居正与万历皇帝悲剧的根源，就是来自这种真挚与深切的感情。
下面发生的这次著名事件可能是引发悲剧的导火索。
万历八年十一月，已经十八岁的万历皇帝，在小太监孙海、客用的引导下，来到西苑饮酒作乐。酒酣之际，皇帝命太监为自己唱曲，太监们不会唱新曲，致使皇帝不能尽兴。于是，已经喝醉酒的皇帝拔出宝剑就要杀人，场面极为混乱。在众人的劝解下，最后，割去了两个人的头发权充首级。
这件事，被冯保报告给了慈圣李太后，使太后愤怒之余十分伤心。她命张居正上疏切谏，并代皇帝起草罪己书，一份放在内阁，一份交太监保管。并将皇帝召到慈宁宫罚跪。据说，这次罚跪时间长达三个时辰，也就是六个小时。在暴风雨般的痛斥中，悲恸而愤怒的太后宣称，准备废掉这个失德的皇帝，由他的弟弟接位。最后，万历皇帝痛哭流涕，表示悔改，事情方才告一段落。
对于十八岁的青年皇帝，这是一个奇耻大辱，也使他对冯保切齿痛恨。
一年半之后，万历十年六月，五十八岁的张居正重病去世。患病期间，皇帝曾经为之难过得泪流满面，甚至不愿吃饭。在此期间，张居正被晋封太师，这是正一品、真正位极人臣的文官最高头衔，成为有明一代罕见的活着时被封为太师的大臣。有分析家认为，如果不是神志昏迷，张居正很有可能不敢接受这个职衔与荣誉。
当年十二月初，一封弹劾冯保十二大该杀的奏疏摆到了万历皇帝面前。皇帝情不自禁地说：“我等这篇奏疏，已经等了很久了。”他可能没有想到，这篇奏疏揭开的却是清算张居正的序幕。
在后来陆陆续续的揭发材料中，万历皇帝了解到，早在自己即位之初，为了排挤高拱、夺取首辅的地位，张居正就与冯保配合呼应，制造冤案。按照帝国法律，朝廷大臣结交太监是一款大罪，而此二人的结交至少已经十年以上。皇帝恍然大悟：难怪这两个人的立场经常如此一致。
皇帝吃惊地获悉，以圣贤之道谆谆教诲、严格要求自己，并且屡屡抑制皇宫消费的张先生，原来生活得颇为豪华奢侈，连他回家奔丧时坐的轿子里，都可以起居饮食，可以容下两个仆人伺候，需要三十多人才能抬走。
皇帝发现，几年前，张居正声称，为了供奉皇帝的书法作品，需要改建家中的住房。皇帝为此特别赏赐给他一千两白银。现在才知道，当时的花费是一万两，按照购买大米的购买力折算，这笔钱大约相当于一百五十万元人民币左右。而且同时，在他的老家江陵，也就是今天的湖北省沙市地区，也修建了一座同样的府第。
皇帝愤恨地知道，几乎在张居正节制自己对宫中妃嫔宫女们赏赐的同时，他本人纳娶了两位年轻美貌的姬妾。这两位美女，可能是戚继光用军费买来送给张居正的。而且，张先生还在研习房中术。他在五十八岁上死去，大约于此亦有关联。
张居正结党营私，收受过一些人的贵重礼品，这有他亲笔书写的书信为证。怪不得这帮家伙能够得到如此重用。
他三个高中进士的儿子，可能都有作弊的嫌疑。
仅就这些已经足够摧毁张居正的形象了。何况真真假假的揭发还有许多。只有看过这种阵势的人，才会真正懂得“人走茶凉”、“人心叵测”的真实含义。
这时候，已经没有人愿意并且能够公正地对待张居正的功过是非了。人们沉浸在报复和发泄的快感、莫名其妙的嫉恨与期盼之中。他们没有意识到，这种宣泄，可能使大明帝国悄悄失去了延长自己寿命的唯一机会。
就心理学一般规律与生活中通常发生的情况判断，性格单纯而感性的青年人，特别容易由于感情上的挫折与欺骗，变得愤世嫉俗，走向极端。
从万历皇帝的一生行事看，他显然不属于那种深有城府和谋略的人。二十岁上下，正处在没有什么生活阅历，却又自以为无所不知无所不能的年龄。上述一切，可能使他不由自主地回想起许多往事，越想越认定这是一个口是心非、言行不一的伪君子，认定他欺骗与玩弄了自己的感情、信任和尊敬。从而，从以往那种真挚与深切的敬爱，转变成极度的愤恨与失望。而且，当初的感情有多深，如今反方向的作用力就有多大。
平心而论，万历一朝很少诛戮荼毒大臣。张居正死后的遭遇可能是整个万历年间最为悲惨的——
当初，张居正在世时，对张家百般奉承的湖北地方官，如今听说皇帝准备抄已故太师张居正的家时，立即抢先行动起来，将张居正全家人圈禁在一个房子中，并在门上加贴了封条。过了若干天，皇帝的钦差来到，打开门后，全家人中，已经有十几口人包括孩子被活活饿死。
当时，唯一能够制止万历皇帝胡来的，只有他的母亲慈圣李太后。这位出身农家的老太太曾经以“家人礼”亲切地对待张居正的母亲。此刻，她正在为自己另一个儿子的婚事操心。万历皇帝告诉她，有人揭发张居正和冯保都是家财百万，抄了他们的家，就不用发愁婚事的花销了。这位曾经高度尊敬张居正的老太太居然同意了。结果，张居正所有财产查抄变卖后加起来，大约是二十几万两白银，不到严嵩的二十分之一，大约也远远不够她操办儿子婚事所需的花费。至此，张居正全家家破人亡。
这位不知道世事艰难的青年皇帝，还面临着治国方略的选择。他徘徊在两个极端之间。
一方面，这么多的人反对张居正，可见张居正做的确实很坏；
另一方面，张居正经营的业绩摆在眼前，是无法否认的事实。
万历皇帝及其臣僚们的选择，完全符合中国的传统：将张居正打翻在地之后，将他曾经做过的一切，全部归结为卑鄙的动机。
于是，我们有机会在大明万历年间的历史上，看到一条过于鲜明的转折分界线。
前十年，在官方的各种文件中，官员的业绩与能力是一个热烈的话题。处于严格监督下的官吏们，需要用自己的工作业绩，证明自己的能力，证明自己应该得到更好的机会。因此，整个国家显得生气勃勃。
后三十八年，张居正死后所引发的关于官员道德与人品的争论则充斥了朝野，国家失去了现实的目标，帝国的官吏队伍分化成不同的派系。他们越来越频繁从事的工作，就是想方设法给对手贴上不道德、没有操守的“小人”标签，并尽力证明自己属于品行高洁卓越的“君子”。几乎所有的派别和人们都在忙着在这件事情上抓住对方的短处。才能与素质是否称职，再也得不到任何人关心。国家与社会生活中所需要的管理、运转与经营，变成了“君子”与“小人”的战场。朝野上下，到处弥漫着阴谋的气息。从此，大明帝国再也没有能够摆脱这种状况，且愈演愈烈，直到耗尽元气，土崩瓦解。
当时，万历皇帝很有可能相信，没有张居正，事情将会做得更好。因此，他雄心勃勃励精图治，很有干一番事业的气象。他几乎全盘否定了张居正所做的一切。他将张居正罢黜的大批庸滥官员全部官复原职，将张居正时期事实证明相当能干的一些文官武将放逐投闲。一代名将戚继光镇守蓟辽，十余年间，蒙古族骑兵在他面前从不敢轻举妄动，此时，被放逐到无事可做的广东，几年后，郁郁寡欢地死去。旷世难得的治河专家潘季驯则因为替张居正说了一些公道话，而被勒令回家，直到黄河泛滥得不可收拾时，才把这位心灰意冷的老先生又重新请出来。
而帝国的财政状况也在此期间重新陷入入不敷出的窘境。
几年之后，身心交瘁的万历皇帝才知道，旁观一代能臣治国是一回事，取代他、自己动手是另一回事。他不会承认自己眼高手低，却也相当惆怅地询问臣下：为什么我一点儿都不敢懈怠地工作，可是国家还是没有中兴的气象呢？
显然，没有人能回答得了他的问题。
这种挫折感对皇帝造成了明显的影响，万历十四年以后，他频繁地以生病为理由，不愿临朝听政。大臣们的奏疏报告越来越多地被扣留在宫中。皇帝只把那些他喜欢的奏疏批准下去。他所不喜欢的，或者尽量拖延，或者留中不发，从此没有了下文。
宫中记载显示，此时的皇帝，身体大致不错，只是相当放纵地沉溺在酒色之中。据说，这期间，皇帝每餐必酒，每酒必醉，每醉必怒，每怒必定要责罚打骂周围侍奉的人。而且不要命了似的，夜夜交欢。清算完张居正不久，皇帝就开始为自己修建陵墓。仿佛赌气似的，他在这座坟墓上一口气花掉了相当于两到三年全国财政收入的七百多万两白银。张居正时代的积蓄所剩无几矣。
若此时张居正重返人间，他可能完全认不出自己昔日的学生了。
万历十七年，一位名叫雒于仁的七品小官，上了一道著名的奏疏，直指万历皇帝酗酒、好色、贪财、尚气。此时，万历皇帝很有可能已经认定，自己的大臣和张居正是一路货色，满口仁义道德之下，隐藏着争权夺利、男盗女娼。既然大家都是如此，为什么皇帝不行？因此，他并没有把这个小官怎么样，只是将他贬为庶民。自己则酒、色、财、气一切如故，很有点儿我行我素爱谁谁的味道。
一般历史学家倾向于认为，所谓“国本之争”，最终导致了万历皇帝彻底疏远朝臣，荒怠国政。
万历皇帝挚爱郑贵妃，这种感情持续了一生。为此，他表现出明显的愿望：越过长子朱常洛，立郑贵妃所生的次子朱常洵为太子。结果，遭到群臣的激烈反对。君臣间的对抗长达十五年。这就是所谓“国本之争”。围绕这个争论，发生了著名的“妖书案”与“梃击案”，使派系活动和君臣间的离心离德变得无法收拾。在这个过程中，万历皇帝的表现就像一个陷入早恋怕被抓住的中学生：敏感、患得患失、欲盖弥彰、首鼠两端、毫无机断权谋。这些表现应该是郑贵妃将他称为“老妈妈”的主要原因。最后，万般无奈的皇帝作出了让步，这肯定使他感到沮丧并备受伤害。
为了表达自己对群臣的蔑视与愤慨，这位皇帝采取了中国历史上空前的报复措施，那就是长期消极怠工和不管不顾地聚敛财富。
在长达三十年时间里，他躲进深宫，不见群臣。一位官升内阁大学士的大臣宣称，在十五年时间里，只见过三次皇帝。他大量积压或留中臣子们的奏疏，哪怕是关于战争或灾难的紧急报告。一位大学士感慨：“一事之请，难于拔山。”——请求批准一件事情，比撼动大山还难。
万历皇帝做的最绝的事情，则是对空缺官位与官员调动、升迁不闻不问。资料显示，万历中后期，相当长时间里，皇帝就已经开始无视各级职位的空缺。最严重时，整个帝国官员的职位空缺达百分之五十以上。用今天的概念表达，就是所有政府机关工作人员缺额一半以上，而且有些中央各部门的官员空缺高达百分之七八十。其直接后果，显然是大官无法办事，小官升迁无望。于是，人们纷纷求去。
最开始，大家写了辞职报告，等他批准后才敢离开，后来见他根本不予理睬，便放下官服官印自行离去，没有人追究过问。
据说，如此一走了之的省部级干部就有至少十人以上。
而首席大学士李廷机的辞职故事最为令人啼笑皆非。万历三十八年，从被任命为首相时起，李廷机就自称有病，不肯料理公务，并且开始了漫长的辞职生涯。直到三年零九个月以后，在他呈递了第一百二十三封辞职报告，并搬出北京城以示决绝，皇帝才在形式上批准他辞职。据说，皇帝这样做除了表示对臣僚的蔑视与报复之外，部分原因是缺额官员的俸禄可以收归皇室使用。
从万历二十四年开始，皇帝派出大批太监充任矿监税使，奔赴全国各地，为他开矿收税。这些人通常而典型的做法，就是圈占商人富户的产业与土地，宣称此处有矿可开，迫使他们花钱消灾。
史书记载显示，有些城市里高达百分之五十以上的商人富户为之破产。
一个最恶名昭著的例子可以显示其为害之烈：
派往福建的高寀是个从小阉割的太监，他听说幼童的脑髓可以恢复性能力，于是多方搜求幼儿杀之，吸食其脑髓，被当地人认为是飞天夜叉的转世化身。在其税署池塘中，沉积了数百具儿童尸骨。
矿监税使制度持续了二十四年，荼毒全国，激起了近百次民变与兵变。直到公元1620年，即万历四十八年，五十八岁的皇帝临死时才下诏罢停。此时，全国已是一片肃杀，风雨满楼。距离烽火遍地天下大乱，只有几年时间了。
据说，该诏书发布时，朝野内外许多人痛哭失声。
而在万历皇帝数十年荒怠国事期间，在中国大东北的白山黑水之间，努尔哈赤号称以十三副兵甲起家，创建了后金国。并在万历皇帝死前一年，于今天辽宁抚顺一带，展开了历史上极其著名的“萨尔浒大战”，重创明朝大军。
从此，双方的战略态势发生根本逆转，大明王朝再也没有力量对付自己的掘墓人了。