杨乃武小白菜一案真相大白后，剩下的就是结案量刑的问题。对于犯人、证人还好说，对于之前历次承审官员的处理就是个难题了。尤其是杨昌浚、胡瑞澜这样的一品大员，身后还有湘军做靠山，要下决心查办，实在不是件容易的事。如果说之前的党争还只是潮流暗涌的话，随着案情的明朗，朝中大臣很快就分成了两派，派系争斗公开化了。
一派以大学士翁同龢，翰林院编修夏同善、张家骧为首，主张对浙江承审官员严惩不贷。这一派多是浙江、江苏人，称为江浙派。又因为大多是文臣谏官，因而被称为朝议派。
另一派则认为刑部审验不足为凭，应该维持杨昌浚、胡瑞澜原判。这一派以湖南、湖北籍大臣居多，称两湖派。因掌握地方实权，又称为实力派。不过他们的首脑人物，并非两湖人士，而是贵州平远人丁宝桢。
丁宝桢的出现十分富有戏剧性。他当时任四川总督，刚好回京城办事，听说刑部在海会寺当众开棺验尸后，立即气势汹汹地赶去刑部，斥责刑部尚书桑春荣老耄糊涂，说葛品连已经埋到地下三年，毒气早已消失，不能凭尸骨呈现黄色就认定不是中毒死亡，而是应该维持杨昌浚原判。还大发雷霆地说：“这个铁案如果要翻，将来没有人敢做地方官了，也没有人肯为皇上出力办事了。”当时桑春荣已经写好了参革各承审大员的奏疏，丁宝桢声色俱厉的态度当即就把他吓坏了，竟然当场答应先压下奏疏，慎重研究后再说。
丁宝桢声名鹊起、令天下人刮目相看是在同治八年（1869）。那一年的七月，慈禧太后派亲信太监安德海出京，被当时还是山东巡抚的丁宝桢抓住后就地正法。因为这一件事，京官都十分畏惧丁宝桢。更有一种传说广为流传，说在背后支持丁宝桢的就是恭亲王奕䜣和慈安太后。正因为如此，丁宝桢大闹刑部的直接介入令杨乃武小白菜结案的局面更加复杂化，此时已经不仅仅是中央朝廷与湘军军事集团之间的争斗那么简单，传说恭亲王奕䜣和慈安太后均有意趁此机会打压慈禧太后，所以丁宝桢才气焰极盛。
正因为涉及种种势力，慈禧太后一时之间也不知道该如何处理，无论偏袒哪派，另一派都不会答应。就在这位帝国的最高执政者犹豫不决的时候，都察院御史王昕上了一道奏折，这就是著名的《奏杨乃武葛毕氏冤案折》。奏折全文如下：伏读本月（光绪二年十二月）十六日上谕：刑部奏承审要案复验明确一折，浙江余杭县民人葛品连身死一案，该县原验葛品连尸身系属限毒殒命，现经该部复验，委系无毒因病身死，所有相验不实之知县刘锡彤，着即行革职，即着刑部提集案证，讯明有无故勘情弊，及葛品连何病致死，葛毕氏等因何诬认各节，按律定拟具奏。钦此。仰见我皇上钦恤用刑，慎重民命之至意。臣愚以为期罔为人臣之极罪，纪纲乃驱下之大权。我皇上明罚敕法，所以反复求详者，正欲伸大法于天下，垂炯戒于将来，不止为葛毕氏一案雪冤理枉己为。
伏查此案奉旨饬交抚臣详核于前，钦派学臣复审于后，宜如何悉心研鞫，以副委任。万不料徇情枉法，罔上行私，颠倒是非，至于此极。现经刑部勘验，葛品连委系因病身亡，则其原定供招证据尽属捏造，不问可知。夫借一因病身亡之人，罗织无辜，锻炼成狱，逼以凌迟重典。在刘锡彤固罪无可逭，独不解杨昌浚、胡瑞澜身为大臣，迭奉严旨，何忍朋比而为此也。胡瑞澜承审此案，熬审逼供，唯恐翻异，已属乖谬。而其前后复审各折片，复敢狂易负气，刚愎怙终，谓现审与初供虽有歧异，无关罪名出入，并请饬下各省著为律令。是明此案尽属子虚，饰词狡辩，淆惑圣聪，其心尤不可问。而杨昌浚于刑部奉旨行提人证，竟公然斥言应取正犯确供为凭，纷纷提解，徒滋拖累。是直谓刑部不应请提，我皇上不应允准，此其心目中尚复知有朝廷乎？臣揆胡瑞澜、杨昌浚所以敢于为此者，盖以两宫皇太后垂帘听政，皇上冲龄践祚，大政未及亲裁，所以藐法欺君，肆无忌惮。此其罪名，岂止如寻常案情专欲故人误入、已决未决比例轻重也？
臣惟近年各省京控，从未见一案平反，该督抚明知其冤，犹以怀疑误控奏结。又见钦差查办事件，往往化大为小，比小为无，积习瞻徇，牢不可破。惟有四川东乡县一案，该署督臣文格，始而回护，继而检举。设非此案在前，未必不始终欺饰。可见朝廷举动自有风声，转移之机正在今日。臣亦知此案于奏结时刑部自有定拟，朝廷必不稍事姑容。惟念案情如此支离，大员如此欺罔，若非将原审大吏究出捏造真情，恐不足以昭明允而示惩儆。且恐此端一开，以后更无顾忌，大臣尚有明比之势，朝廷不无孤立之忧。臣惟伏愿我皇上赫然震怒，明降谕旨，将胡瑞澜、杨昌浚瞻徇欺罔之罪，予以重惩。并饬部臣秉公严讯，按律定拟，不得稍有轻纵，以伸大法于天下，以垂炯戒于将来。庶几大小臣工知所恐惧，而朝廷之纪纲为之一振矣。
这道奏折语气尖锐，除了弹劾胡瑞澜等承审官员“罗织无辜，锻炼成狱”外，更是巧妙地把胡瑞澜的胆大妄为归结为欺负“两宫皇太后垂帘听政，皇上冲龄践祚，大政未及亲裁”。慈禧太后读到奏折后，勃然变色，终于下定了决心。
光绪三年（1877）二月十六日，最后的结果终于显现，刑部向两宫皇太后和光绪皇帝上奏本案审理结果，拟处：余杭知县刘锡彤革职，从重发往黑龙江效力赎罪，因清律规定年逾七十的罪犯可以以银赎罪，当时刘锡彤年过七十，判决还特别规定他不准收赎；生员陈湖（陈竹山）已在监狱病死，免予追究；仵作沈祥杖八十，徒二年；门丁沈彩泉杖一百，流放两千里；杭州知府陈鲁，宁波知府边葆城，嘉兴知县罗子森，候补知县顾德恒、龚世潼、郑锡滜均革职；按察使蒯贺荪已病故，不论；训导章濬（即章纶香）革职；喻氏（葛品连母）杖一百，徒四年，须交银才能赎罪；王心培杖八十；“钱宝生”已经病死，免予追究；姜位隆、刘殿臣各笞四十。
对于浙江巡抚杨昌浚、学政胡瑞澜，二人均是从一品官员，刑部不敢拟处，而是“恭候钦定”。奏折递上去的同一天，谕旨下达，将杨昌浚、胡瑞澜二人即行革职。
对于本案的两个主要人物，杨乃武与小白菜虽无通奸，但同食教经，不知避嫌，并在申冤诉状中诬陷何春芳等人以脱己罪，杖一百，被革举人身份不予恢复；小白菜因与杨乃武同桌共食、诵经读诗，不守妇道，致招物议，杖八十。
至此，历时三年半、轰动全国的杨乃武与小白菜案结束。
一件没有杀人犯的葛品连病死案，却导致自巡抚、学政至司道府县被革职者十六人，镌级撤任被议者十余人，号称百年来巨案。有人为此叹道：“此案所以成为轩然大波者，良非无故。盖其中有科名门第之争，官民之争，省籍成见之争，内外官之争，尤大者为疆吏枉法欺罔朝廷之问题。……各方勾心斗角之态可掬。”（黄濬：《花随人圣庵摭忆》）可谓一针见血的精辟点评了。
光绪三年（1877）二月底，京师寒风凛冽，备受身心折磨的杨乃武与小白菜终于走出了刑部大牢，重获自由。杨乃武的家人和亲朋好友都早已经等候在门口，当他看到为自己历经艰辛的姐姐杨菊贞和妻子詹彩凤时，忍不住泪如雨下。对于那些危难之中帮助他的朋友，他只能用伏地叩拜来表示感谢。
而一边的小白菜就相当形只影单了，没有一个亲人来迎接她。她本来也不在意他们，此时她唯一想做的事情，就是走过去对杨乃武说上几句话，表达她的愧疚之情。然而，当她看到杨乃武形容枯槁、双腿已经残废时，再也没有勇气。她默然转身离开，泪水无声地流过了她的脸颊。
杨乃武后来去拜会叩谢在京的浙江籍官员，有见的，更多的却是不见的。对此，杨乃武也无话可说。这已经不是人情冷暖的简单问题，那些人帮助他，有出于同情的，也有要趁机搞政治斗争的，但无论如何，人家终究是帮了他的。
之后杨乃武回到余杭老家。他家人为了救他，已经变卖了所有家产。靠着胡雪岩的资助，他重新开始了生活，以养蚕种桑为生。在他的悉心培育下，其所育“风采牡丹，杨乃武记”蚕种竟然成为名种，远近都来购买。对于亲身遭受的冤狱，杨乃武并没有忘记，曾将此案的邸报抄录下来，还将案情经过补写了日记。可惜后来这些珍贵的当事人的第一手材料均散失。不过其妻詹彩凤生有一子一女，儿子名杨卿伯，女儿名杨濬。杨濬后来根据自己记忆中的父亲所写的日记，写下了《记我父杨乃武与小白菜的冤狱》。本章中不少细节均根据这篇文章而来。民国三年（1914），杨乃武病故，终年七十四岁，葬于余杭西北舟枕乡安山村附近。
小白菜回到余杭后，公婆和生母都不再接纳她，孤苦无依的她只好到余杭南门外石门塘准提庵出家为尼，法名慧定。因庵里香火不盛，只好以养鸡种菜为生。从此，小白菜就在晨钟暮鼓、青灯蒲团中了却残生。
终究还是悲多欢少的结局吧。她有时候还是会情不自禁地想到杨乃武，回首前尘往事，不由得恍然如梦，其实她也不知道自己是否得到过哪怕一点点他的心。“花径尘香鸟自啼，屧廊人去苔空绿”。这，大概就是命运的安排吧。
民国十九年（1930），小白菜圆寂，终年七十五岁，葬于余杭东门外的文昌阁。据说临死前她托人写了一张字纸，大意是说：“杨二爷蒙天大不白之冤，人身受尽残酷摧残，遭终生之残，此时此事，终生难忘。均我所故，均我所害。二爷之恩，今生今世无法报答，只有来生再报。我与二爷之间绝无半点私情，纯属清白。后人如有怀疑，可凭此字条作证。”可见她至死也没有忘记杨乃武。
死者已逝，杨乃武和小白菜一案却被编成戏曲，从此流传民间。
——全书完——