1939年，日军在东北增兵达70万，其中40万用来“讨伐”东北抗日联军，战事达到空前频繁与残酷阶段。根据形势需要，东北抗日联军改变斗争方式，化整为零，进行潜伏活动，分区作战，相机打击敌人。秋冬季反“讨伐”期间，东北抗日联军共进行战斗318次，毙伤俘日伪军3186人，挫败了日伪军的“讨伐”计划。仅9月份，第1路军第3方面军在寒葱岭就伏击日军军车12辆，击毙日军少将司令松岛以下270多人，缴获重机枪2挺、轻机枪4挺、迫击炮1门、步枪150多支、子弹70多箱及大量军服、粮食等。
东北抗日联军在中国共产党领导与东北人民的支援下，高举抗日救国的旗帜，长期坚持东北抗战，同敌人进行了殊死的斗争，表现了中华民族抵御外侮、坚强无侵的革命精神。在全国抗战爆发后，抗联钳制与消灭了日本关东军大量兵力，对全国抗战起到了战略上的配合作用，支援了苏联人民的反法西斯斗争，为争取抗日战争的胜利作出了重要贡献。
然而，在长期残酷的抗日斗争中，抗联受到很大损失。客观上是敌强我弱，特别是1938年以后敌我力量更为悬殊，而东北铁路、公路交通发达，便于敌军机动，并且自然环境比较艰苦，抗联活动地区大部人烟稀少，冬季严寒长达半年；加之敌人实行“归村并屯”，建立“集团部落”，切断抗联与人民的联系，迫使抗联退居深山，风餐露宿。主观上，长期得不到中共中央的领导，独立奋战的局面；特别是驻共产国际中共代表王明、康生决定撤销中共满洲省委，使东北抗日斗争失去统一领导，形成各自为战，缺乏战略上的有机配合，给敌人各个击破以可乘之机。
抗联的斗争实践表明，要坚持长期的敌后游击战争，就要采取机动灵活的战略战术，打破敌人的“讨伐”；在军事上反“讨伐”的同时，还必须在政治上和经济上同敌人进行顽强的斗争；要坚持长期的敌后游击战争，还必须建立根据地；坚持长期敌后游击战争的部队，还要加强党的领导和思想政治工作，才能战胜，应付尖锐复杂的斗争局面。