光绪二年二月中旬，由王昕传旨，即令杨昌睿将全案人犯派员押解赴京。杨昌睿奉到上谕，见刑部要来提解人犯，大为不满，但不敢公然违旨。只好派候补知县袁来保做押解委员。将杨案中的人犯及干证人等解送北京审理。杨乃武案的审理也真正进入了最后的司法程序。
这批人犯中少了爱仁堂的掌柜钱宝生，但却多了两个人。一个是爱仁堂药铺学徒杨小桥，一个是该案的始作俑者之一、当初唆使葛喻氏告状的陈竹山。
余杭县知县刘锡彤也被带往京城。因为怕他畏罪逃了，圣旨中只说是派刘锡彤赴京督验尸骨。但刘锡彤去王昕的行辕递手本时，却说王昕这几日只住在船上。刘锡彤只好去船上拜见王昕。船下的差人听说是刘锡彤来了，道：“王大人说了，不必通禀，你来了直接引进去即可，跟我来吧。”差人一直把他引到大船后面一间舱中。刘锡彤一看，王昕并不在这间舱里，里面却准备下了一张床铺，舱内灶具齐备，差人笑道：“王大人说了，请你不必回去，就在船上住下了，然后一同进京。”刘锡彤这才知道中了计，吓了一跳，再想逃已经不可能了，只得在此住下。
王昕把刘锡彤押在官船上，又命候补知县袁来保从监中调出杨乃武、小白菜二人，吩咐将二人用秤称过，对袁来保道：“这二人如今便交给老弟你了。你把我的话传给押解的差人，两个人的重量都在此称过，到得京中，倘轻了一斤，重责五十，轻了十斤，重责五百；若是重了一斤，赏银五十。十斤赏银五百，若有一人发生变故，便拿你老弟和押解的差人抵命。路上好生伺候着。”
袁来保连忙应诺，立时当着王昕的面将此话传下去。这便是王昕怕差人得了贿赂，在路上害了二人性命。又监督着将已经埋入地下三年零八个月的葛品连的棺材起出，贴了封条，派人送到船上。一切事情就绪，方开回京去。
刘锡彤的妻子林氏知道丈夫被软禁了，知道不妙，急忙找来何春芳商量。何春芳见大事不好，恐怕此案要翻了也带累自己，告诉林氏说自己的堂叔在刑部作官，可以想法通融，向林氏骗了一万两银子就逃之夭夭了。
林氏又打发独生子刘子和去河北盐山老家避风头，因要讨个好口彩，所以选了福星号轮船。哪知屋漏偏逢连阴雨，回去坐的这个福星轮，不但不是福星，反而在途中沉没了。中国海域中发生的第一件重大海难事件，就是“福星轮沉没”事件，刘子和最终葬身鱼腹之中。
刘子和的帮凶陈竹山也在解押到京的路上得了重病，上吐下泻，快到京城的时候，一命呜呼。
杨乃父及小白菜倒是受到优待，不仅一路上没受苦楚，过去受刑的创伤，也在沿途给予诊治。葛品连的尸棺有专船运送。每到一个州县，棺材上都要加贴一张封条，轮流派两个差人睡在棺材旁吃在棺材旁，日夜看守不敢松懈。以防尸骨被人在途中掉换。到北京后，共经过五十六个州县，贴了五十六张封条。
官船在路上走得甚慢。因为天津教案刚发生不久，这个案子影响极大，路上极不太平，时有耽搁，行程甚缓。到了八月份才来到北京。
（天津教案：1870年6月，法国天主教仁慈堂收容的中国儿童，因发生瘟疫大批死亡，教堂将之葬于河东盐坨之地，每二三人一棺，尸骸暴露，惨不忍睹，引起群众愤恨。适天津不断发生迷拐儿童事件，被捕案犯供称系受教堂指使，一时民情激愤，舆论大哗。6月21日天津知县刘杰同拐犯到望海楼教堂对质，教堂门前聚集的民众与教徒发生冲突，法国驻津领事丰大业到场向刘杰开枪，打伤其随从，激起了天津民众极大愤慨，致使天津全城鼎沸，引发了“火烧望海楼”教案这场大规模的中国民众自发地反抗帝国主义压迫的斗争。教案发生后，法、英、美、俄、普、比、西7国联衔向清政府提出“抗议”，并调集军舰至大沽口进行威胁。清政府对外妥协，对内镇压，杀16人，流放25人，将天津知府张光藻、知县刘杰革职充军，派崇厚去法国“谢罪”，向各国赔银50余万两。教案过后，民心不服，津冀鲁苏之地，常有袭扰之事。）
九月初十，由刑部会同京师五城都察院一同对该案进行了会审。醇亲王奕譞、刑部侍郎夏同善，都到了刑部大堂，在堂后听审。堂上专为私访此案的给事中王昕设下一座，负责监督审问。刑部满尚书皂保、刑部汉尚书桑春荣在正中坐定，户部、礼部两位尚书，在旁陪审。一应人犯，俱已提在下面。三部衙役，站立两边。书吏、幕僚各归其座，好不严整威肃。皂保先把刘锡彤传上堂来，并不问话，命刘锡彤立在一旁，桌上却把杨乃武一案的文书口供放在上面，又把杨乃武提上堂来。
皂保喝问道：“杨乃武，毒死葛品连的凶犯究竟是不是你呢？”
杨乃武知道这一回到了京中，就是最后一次申冤的机会了，向上道：“青天大人，小人实是冤枉的呀，哪里有什么毒死葛品连的事情，都是被余杭县知县屈打成招的。因此小人在供状上，也写下了屈打成招的花押哪。”遂把蝌蚪文写成“屈打成招”四字，冒作自己名字的花押讲了。
皂保找懂蝌蚪文的幕僚看了，确认的确是那四个字，微微一笑道：“这倒亏得你想的出。”
刘锡彤听了，不禁吃了一惊，又听皂保接着问道：“那么胡大人浙江钦审的时候，你为什么却又在供状上摁了手印了呢？”
“供词未经过目，指印亦系强盖。不然小的既非目不识丁，前两审都以签字为押，何以这一回却以手印为押？”
皂保点点头道：“那么你把自从余杭县开审，直到如今的事情，细说一遍。”
杨乃武遂从自己中了同治癸酉科举人一百零四名说起，后来先在杭州拜客会友，后被刘锡彤假作请宴，席间将自己拿下审问。又如何用天平秤等酷刑，逼打成招；到了陈鲁复审时，又用上炮烙非刑，更是受刑不过，只得屈招，一直到胡瑞澜审案都细细的说了一番。
桑春荣是浙江绍兴人，也算是江浙京官一派，听得陈鲁用了炮烙非刑，这是大清律例所不允许的，急忙命人验看，只见杨乃武身上有十多处火伤，虽已愈合，但已留下如片片白梅般的疤痕。
除火伤之外，又在胫骨、手指关节等处验出许多伤痕，可谓遍体鳞伤。堂上虽大多是刑部的人，见的刑罚多了，见了这般惨状，也不禁发出唏嘘之声。
桑春荣又向刘锡彤看了一眼，刘锡彤只低了头，哪里能说得出话来。桑春荣又细细问了杨乃武同小白菜是怎样关系。杨乃武便一点不虚，把二人关系说明。说罢又叩头道：“小人今日得见青天，便是死在九泉，也瞑目了。”
皂保和桑春荣审罢，当下即命人把杨乃武带在一旁，把小白菜带上堂来。
小白菜上了堂跪下，皂保一看果然是个标致的美人，怪不得惹出这些事非来，当下喝问道：“葛毕氏，奸夫究竟是谁，从实招来。”
小白菜叩头道：“大老爷是青天，小妇人怎敢说谎，并无奸夫，亦无毒夫之事，实在是冤枉啊。”
皂保一拍惊堂木道：“几次供状之上，都有你画的押，你还敢狡辩么？”
小白菜听了此话，泪都滴了下来，哭道：“小妇身受非人之刑，怎能不招？”遂把几次受刑的事讲了，讲到边葆城用铜丝穿入乳头的刑罚，连皂保都听的直皱眉头。
小白菜讲罢，皂保又把爱仁堂药铺学徒杨小桥、邻居王心培等干证；葛品连的母亲葛喻氏、干娘冯许氏、堂弟葛文卿等苦主；杨乃武的姐姐杨菊贞及报告舅父姚贤瑞，杨乃武的妻子詹杨氏及抱告王廷南等亲证；还有其他若干人证分数批带上来一一问过。
学徒杨小桥供称并不知有卖砒情事，药铺进货簿上从来也没有进过砒霜；葛品连的母亲葛喻氏供出了陈竹山和刘子和两个人借吊唁的机会唆使葛喻氏告状的事；刘子和虽然没有捉住，但刘子和的跟差李进诚也被拿到京城。李进诚供称同治十二年七月刘子和与陈竹山在仓前镇盂兰会上，曾到过小白菜家，意图勾引。后来，葛品连死后，两个人也曾去吊唁，所供与葛喻氏供称相符。仵作沈祥供称，验尸的银针没有用皂角水擦洗过，只见口鼻血水流入两耳，就在尸格上填了七窍流血。曾与皂班通事班头阮德争执，一说砒毒，一说病亡，争执不下，后来尸单上就含糊注了个中毒而亡。
刘锡彤听到沈祥反口，承认验尸有误，公然将他出卖，气的两只眼都红了，大骂道：“混账东西，欺心背主，胡说八道，就是养一条狗也比你忠心。”一边说竟一边站起来，掳袖掀须冲到沈祥前面，举手照着他脸上就是两拳，打的沈祥鼻子冒血，直糊了一脸。二人揪作一团，打的不可开交。堂上人看了都觉可笑，皂保急忙命刑部差人把二人扯开，将刘锡彤摁住，大声叱止道：“刘锡彤，在天子脚下，刑部大堂之上，你竟也敢咆哮公堂，欧打人证。可知你在地方的行径。”
因刘锡彤仍穿着官服，不能行刑，皂保便让人把他摁跪在地下，问道：“刘锡彤，你将以前审案情形清楚讲来。”
刘锡彤见情势大变，所有证人证言都纷纷转了向，对己十分不利，此时已经是破罐子破摔，天王老子也不怕了，朝着皂保大声嚷道：“我是奉旨来京督验，不是来受审的，为什么要让我跪堂受审？皂保大人，您是不是糊涂了？”
桑春荣听了，厉声问道：“你的所做所为还配来京督验么？我问你，既然银针并未擦洗，为什么上详时说银针已用皂角水擦洗过？钱宝生作为重要证人，就住在仓前镇内，提审十分方便，为什么不叫钱宝生与主犯当面对质，却要费时费力叫何春芳劝诱钱宝生出具书面甘结？明明葛喻氏原供为葛品连口鼻流血，为什么要改为七窍流血？”
刘锡彤听了顿时不再言语，只是瞪着眼睛仍不服气。皂保和桑春荣见他不说话，也不再问他，又提审其他证人。这样一直审了五天，到了九月十四才审问完。
审完之后，王昕问道：“人犯与证人都已审完，然而说辞各有不同，如何才能定下罪名呢？”
皂保道：“案情我已大致清楚了，事非曲直皆在我胸中。可是该案中毕竟是口供不一，证据不足，不能仓促结案。虽然只要花些时间慢慢的细推研求，严刑拷问，并非不能得到实话。但既费时日，又不能服众。我看，此案的关键就在葛品连是否为服毒身亡的问题上，只要验出葛品连生前并非服毒而亡，所有难题都将迎刃而解。”