1948年和1949年的交替，预示着一种旧政治制度的结束。蒋介石周围的世界碎裂了，他即使坐在总统府的子超楼里，也能清晰地听得见“破冰”的声音。他的私人秘书和智囊陈布雷在南京的住宅中自杀了。“让我安静些。”在陈布雷的日记后面有这样一句话，“我现在已到了灯枯油干的时候了。”他身体虚弱，患有失眠症，心情总是很忧郁，最不能使他忍受的是，他发现自己唯一的女儿竟是共产党的地下党员，把重要机密送给了共产党。陈布雷感到国民党的失败已是无可避免，并责怪自己没能影响蒋介石的政策和决定。
国民党能动用的军需储备物资几乎已被全部投入到南京以北两三百公里的广阔战场上去了，蒋介石在徐州和长江一线的防御也被攻破，何基沣军队的倒戈在左侧打开了一个缺口；徐州之战更注定了国民党政府的命运。
这时，国民党政府内部出现了一个和平团体，认为只有和共产党谈判，才能延缓共产党的进攻。起初，他们的头头是广西将领白崇禧，很快这些人就拥白崇禧的老朋友李宗仁负责。白崇禧控制着50万军队，对他的要求，蒋介石不能掉以轻心。
蒋介石派张群两次从南京飞汉口，和白崇禧商讨形势，但几乎所有人都跟蒋介石唱反调。湖南、湖北、河南、广西各省参议会议长联合签发了一份电报，要他对自己的前途马上作出决定，张群也对蒋介石说他赞成和谈。圣诞节，蒋介石收到了白崇禧的电报，要他在美苏联合调停下立即与共产党和谈。
南京总统府随后度过了气氛压抑而可怕的一个星期。蒋介石召集全国主要军事将领，举行了整整一星期的会议。每逢新年，蒋介石总习惯于向全国发表一份新年文告，文告内容通常在一星期前就公布于众了，但1949年，直到元旦前一天下午文告才起草好，并译成外文。
12月31日，蒋介石发表新年致词时，邀请了大约40名国民党中央执行委员会委员到他在黄埔路的官邸吃饭。他默默地听完了他们谨慎的发言，接着咆哮说：“我不想引退，你们这些国民党官员却想让我引退。我引退并不是因为共产党，而是因为国民党内部的某些人。”这天晚上，所有国民党的核心人物都在这所房子里度过。
蒋介石引退后的1个月，南京政府陷入了混乱。时任国民政府行政院长的孙科宣布，以3个月薪金的疏散费遣散80%的公务员工，在当时恶性通货膨胀的形势下，3个月的薪金只够1个月的伙食费。面临失业的财政部官员们包围了他们的次长杨道樾，并对一个叫罗宗文的司长大打出手，结果除了3个月薪金，还争取到3000元疏散费。这个事件让各部门纷纷效法，并联合了2000人到行政院请愿，致使“政务会议”不得不三迁会场。
2月初，国民政府行政院院长孙科宣布要把政府搬到广州，他在这座南方大都市组建了包括外交部在内的内阁。但对于临时首都究竟定在哪，孙科自己也没有完全拿定主意。原来决定政府一级部门（行政院、国防部、外交部等）的首脑应当留在南京，但他们大多数人都在上海或到广州去了。倒霉的是下级官员，外交部下属200人带着400名家属刚开始他们漫长的行程，就在此刻极为混乱的火车站等候了3天。后来终于乘上火车，却在去上海的途中，为了给军队让行全部被赶下车来，在吴淞口为等候南下的轮船耽搁了一个星期。