1949年已经在国民党政府国防部是一名年轻参谋的黄仁宇，用他后来在美国的大部分时光思考国民党为何失败。在他看来，国民党军队所拥有的由美国配置的现代装备连同蒋介石设立的现代政府一样，距离中国民间社会是如此遥远，它们“更像是外来干涉力量对抗中国社会”。40岁的自由知识分子储安平呼应了黄仁宇的观察，他在当时颇受欢迎的政论杂志《观察》上称，国民党政权正在丧失其原来的支持者：“现政权的支持层原是城市市民，包括公务人员、知识分子、工商界人士。现在这批人，没有人对南京政权有好感。”在当时的首都南京，源于这种对立的对抗表现得比其他任何城市都要深刻。
随着李宗仁和何应钦在4月22日离开国防部大楼，最后驻守南京的国民党政府成员从明孝陵机场离开，这座处于短暂政权真空的首都开始陷入不可遏制的骚乱之中。
先是位于市南老住宅区的穷人成为抢劫的主体，后来，失业的铁路工人、香烛厂工人，还有掉队的国民党士兵也加入骚乱的人群。人们先是洗劫国民党官员的住宅，李宗仁和何应钦的也没有幸免。国民党放在长江南北两岸军火库和油库内的定时炸弹引爆产生的大火和浓烟布满了南京的天空。危险并没有让愤怒的人群冷静下来。因为美国使馆区占地巨大，由海军陆战队护卫，人群就把使馆南面巴尔将军的住宅当成了出气筒，他们在这栋无人居住的大宅子里卸走了所有的门板、窗扇和管道等装置，并把木地板砸成碎片拿回家当柴火烧。“有几个乘机发财的人在北城墙外火车站附近的得克萨斯石油公司油库前转悠。不过，这些仓库大部分已被洗劫一空了。”
国民政府南京市长邓杰在住宅被暴动者烧毁后，试图驾车带着市财政金库的3亿金圆券逃跑，被他的私人司机和卫兵痛打了一顿，断了双腿，后来在南京城南的公路被进城的人民解放军俘获。第二天，南京市面上金圆券贬至150万兑换1美元。
骚乱直到解放军进城才被平息，人民解放军成立了“和平筹备委员会”，负责处理接管，刘伯承被任命为南京军事管制委员会主席，接着又被任命为市长。南京市民注视着胜利了的共产党军队，“他们纪律严明，士气高昂，和国民党军队冷漠的表情和混乱的指挥形成了鲜明的对照”，司徒雷登在回忆录中写道。陈毅各部除了一小部分军队留在南京，其余大部都掉头东进，攻入杭州，切断沪杭连接并包围上海。
南京跟上海的通讯被解放军迅速切断。4月23日，南京唯一一份仍在出版发行的报纸是基督教的《义士报》，报纸上载满了欢迎共产党的文章。“新华通讯社”开始运转，采编人员中很多是两天前还在为国民党“中央通讯社”工作的新闻记者。
全世界都在等待“解放军攻克南京、占领总统府”这条具象征意味的新闻的发布，但新华社三野总分社却出了点意外。从渡江战役筹备开始，新华社就配备了1个总分社，4个分社，还有26个支社上百人的报道力量跟随第三野战军，但这些记者却几乎全都跟随主力部队，没顾上进南京，就向郎（溪）广（德）山区进发了。4月23日，跟随东路军南进的总分社行军途中电台无法与分、支社联系，以至于35支社虽然在23日深夜进到了南京，但稿件无法发出。到24日凌晨5点，在北京焦急等待的毛泽东不能再等了，他口授了一则消息《南京国民党反动政府宣告灭亡》。
4月24日9时，新华社正式发布南京解放的消息后，南京60多名政治犯获释。一天后，供水供电就恢复了，中国人民银行南京分行开始对外营业，限期限额收兑部分金圆券。另一些人被投进了新政府的监狱，他们包括：变成瘸子的国民党的南京市长邓杰、国民党社会福利局局长沈清诚和市卫生局局长徐新农。邓杰被指控犯有“企图携市政府雇员工资拨款外逃罪”。