总的来说，改造不可谓不成功，但当国家将城市的商业利润最大限度向中央集中时，地方失血也是一个无法避免的客观现实。
1955年1月起，广州市的商品成交量有所下降，许多商品库存积压，一些甚至腐烂了。进出口贸易的政府垄断挤压了一大批私营商业的生存空间，一些商人在物价上限和政府收购价上限的要求下放弃了商业，或是缩小了他们的经营规模。
匡正的记忆中，“虽然在1955年到1956年期间，广州的许多商店关闭或合并，但广州在1957年每百人仍有3.8间商店，到了60年代，每百人已经降到了0.3间。”问题已经很清楚了，地方商业在政府的一系列重组之后，正在失去旧有活力，商业渠道被垄断和控制后，民间资本很难在这个系统中像过去那样快速扩张了。“商业企业的大量合并，商店开门时间的缩短，家庭产品的短缺，独立商贩在城市几乎消失了，这让购物更为不便。在1955年之前当供应不足、物价高涨时，人们会谴责私人商业；当社会主义改造完成后，市民就会认为这是政府的责任。”匡正说。
叶剑英更早注意到了这个问题，杨应彬回忆说，“叶帅有个提法叫做‘打通一根竹’，他到广州之后，注意到城乡联系在这个城市的特殊性所在，主张政府尽力促成城乡互助，他把城乡比作一根竹子的竹节，如果竹节没有打通，城市的繁荣是会大受影响的。”“但商业无法自由流动的情况下，城市商业失去活力，乡镇会更受冷落，叶帅的这个主张并没有得到深入实现，到60年代，广州周边乡镇就只有三样东西：新华书店、邮局和供销社。”
让广州人有所抱怨的是，在中央第一个五年计划中，一直想挤入工业化道路的广州被排除在外了。“广州自己在对第一个五年计划进行讨论时，对工业化充满了期待，党代会上还悬挂着‘将广州建设成为华南工业基地’标语，但最终的五年计划里，内地一些中等城市被作为工业中心发展得到优先考虑，广州因为是‘国防前线的沿海城市’，而被排除在外。在会上，陶铸没有强调广州悠久的商业历史和广州作为商业中心的重要性，他指出，第一个五年计划期间广东必须把精力集中在农业上。”李祯荪回忆说，当广州的商业无法带动城市的情况下，广州走工业化的道路又被否定，这对地方官员确实是不小的打击。在一年后，时任广州市委第一书记王德向中央政府提意见时，他代表广州发了言，他说，中央政府不仅没有帮助广州，而且还把电力设备拿到了北方，他个人是不同意的，中央1955年给予整个广东省城市建设的预算只有600万元，这连广州市都不够。
第一个五年计划后，已经有一些广州干部开始重新思考重组广州城市商业的问题。欧初和杨应彬都是其中一员。1956年欧初组织了一个小组，到广东肇庆专区调查自由市场的情况，“根据调查所得资料，我写了一份报告送交省委，总结开放自由市场的好处。”欧初回忆说。当时省委书记处下设两个办公室，欧初主管的第二办公室分管工业，杨应彬主管的第一办公室分管农业。
二人曾在交流中讨论到商业萎缩对于农产品和轻工产品贸易带来的严重牵绊。60年代，全国各地高中级干部掀起一阵学习政治经济学的热潮。“60年代初，我又一次带一个小组完成了一份商品流通调查报告，指出计划经济在广州运行时的某些弊病。比如，北京分配到广东的物资，全部沿京广铁路运到广州重新分配，因而分到粤北工业重镇韶关的物资，又要沿京广铁路运回韶关。水上运输更是如此，货船进出港要办十九道手续，停港超过十八个小时，高度计划下这些浪费运输资源的情况在商品流通正常的时代不可能发生。杨应彬的那个组在调查另一个项目时，也得出了类似结论。”欧初说，“两份调查报告一并上报，引起了广东省委的重视，省委决定由我在韶关进行试点，改善商业、交通和经营管理活动。”“后来，朱德总司令听了我的汇报，指示我们‘取消一些不必要的中间环节，使商业流通与外贸工作相适应’，广州的商业重组才开始有了一个突破口。”