看准了的事，不避风险也要说。陈云提出为渡过困难需要“分田到户”，却受到了严厉批评和冷遇工业调整有办法了，农业调整也需要想办法。农业生产受“大跃进”和自然灾害的影响是最大的，在那段困难的日子里，陈云给予农业问题以极大关注。粮食危机的救急办法只可应付一时，要走出困境，还是要想办法增加粮食产量。
前几年粮食减产，到底是什么原因？谁都不敢找“大跃进”的问题，就归因于自然灾害。陈云不同意这种说法。1961年刚重新工作，他就旗帜鲜明地表示：有人说去年因灾减产1200亿斤，我不信。李先念说是500亿斤，我计算顶多360亿斤。我跑了几个省，印象是北方几个省主要是因灾减产，而浙江、江苏、广东则不是，浙江农民就不承认有灾。搞平均主义，大大降低了农民的积极性。
但是，在当时的条件下，这种看法肯定会有人抵制。因此，陈云最初考虑较多的，是如何恢复和发展农业生产力的问题。他认为，发展化工和水利事业，可以对农业增产起很大作用，其中发展化肥是农业增产最快、最重要的一条。年产100万吨化肥，只要10亿元投资，可增产粮食300万吨即60亿斤。同样增产这么多粮食，用开荒的办法，需要投资15亿元开3000万亩土地。
农业生产遭破坏，一个最主要的原因，是由于“公社化”运动严重脱离农业生产力实际，在生产关系上冒进，瞎指挥、浮夸风、一平二调、平均主义、高指标高征购、搞公共食堂等等胡作非为的错误，严重影响了农民生产积极性，不能不赶快解决。陈云一直认为，搞好粮食生产，首要的是解决政策问题。1961年5月，陈云把这个问题提到了中央。他在中央工作会议上提出，政策问题不解决，农民的积极性发挥不出来，其他的措施再多，农业生产也上不去。
为了掌握来自农村的第一手的材料，陈云带着一个调查组，在6月下旬到7月上旬，回到故乡上海青浦县，在小蒸公社住了15天，进行农村调查，亲眼看到了农村的情况，亲耳听到了农民和基层干部的呼声。那时候基层为了应付上级，领导来了，就搞些布置，掩过饰非，只让领导看好的一面，隐瞒真实情况。陈云在1927年大革命失败后，曾经在这里搞过农民运动，工作组中有两个成员也参加那时的工作，农民知道他们，敢于讲话，使他们了解到了农村生活中最真实的一面。
在这里，陈云听了公社党委两次汇报，召开了十次专题座谈会，这些座谈会，有几次主要是向农民做调查，有几次是和公社党委交换意见。他自己还去农民家中跑了若干次，观察他们养猪、种自留地、住房和吃饭等情况。
最后，陈云把这次调查发现的问题和几点建议整理出来，专门给中央总书记邓小平写了一封信。陈云在信中把这次了解到群众的几点意见概括为4点，一是粮食吃不饱；二是基层干部不顾实际、瞎吹高指标，参加劳动少，生活特殊化；三是干部在生产中瞎指挥，不向群众进行自我批评；四是没有把集体生产组织好，农民积极性差，相反，对自留地、副业生产积极性高。随信附了这次青浦农村调查的3个专题调查报告：《母猪也应该下放给农民私养》《种双季稻不如种蚕豆和单季稻》《按中央规定留足自留地》。
在七千人大会上，刘少奇总结几年困难局势的时候，提出不能到处照搬缺点错误“九个指头和一个指头”的公式，有人说一些地方是“三分天灾，七分人祸”。陈云这次调查中了解到的问题，也突出反映出农业集体经营中出现的一些不适应（如干部特殊化、作物安排、生产组织），以及农民个体经营方面的一些优势（如养猪、自留地）。这些问题不能不引起陈云更进一步的思考：在这样困难的时期，能否想办法尽可能发挥一下农民个体经营的积极性，以发展生产、解决粮食问题呢？
担任中央财经领导小组以后，陈云提出全党都要研究农业问题，他首先就带头研究思考这个问题。他到杭州、上海休养，还在经常考虑如何解救缺粮的农民，如何加快恢复粮食生产。他对当时安徽等一些地方的包产到户做法非常感兴趣。
1962年春夏之交，陈云在上海、杭州休养，又看了安徽搞责任田的材料，非常重视，认为与他在农村所见、所设想的恢复农业生产的办法是一个路子。他指出，这是非常时期的非常办法。
这时，毛泽东的秘书田家英又送来他在湖南搞调查的报告，那里农民对这个办法也有强烈愿望，他们得出类似结论。陈云称赞这个报告“观点鲜明”。但毛泽东听了田家英的口头汇报后说：“我们是要走群众路线的，但有的时候，也不能完全听群众的，比如要搞包产到户就不能听。”
毛泽东对此持否定态度，陈云打算就此问题向他直接陈述。他把这个打算给一些领导干部讲了，他们劝他再慎重考虑，不必急于提出。显然，毛泽东对“大跃进”、人民公社化的思想和一套政策，虽然同意调整，进行局部改变，但并未放弃，如提出“包产到户”等方案，预料他是难以接受的。
但陈云看准了的事情，态度也是非常坚决的。他说：我担负全国经济工作的领导任务，要对党负责，对人民负责。此事既然看准了，找到了办法，提与不提，变与不变，关系到党的声誉，关系到人心向背，怎能延误时机！
6月24日，陈云从上海回到北京，立即与中央常委同志交换意见，看法基本一致。7月6日，陈云给当天早晨才从外地视察回到北京的毛泽东写信说：“对于农业恢复问题的办法，我想了一些意见，希望与你谈一次，估计一小时够了。我可以走路了，可以到你处来。”
下午4点，毛泽东约陈云去谈了1个多小时，陈云主要阐述了个体经营与合作小组在我国农村相当长的一个时期内，还是要并存的。建议用重新分田的办法，刺激农民的生产积极性，以解决当前农业生产中的困难。当时，毛泽东未表示意见。
几天后，毛泽东在一个小范围的会上说，他很不同意陈云的意见。但陈云是中央常委，向党的主席讲意见，组织上没有错。他还严厉地批评了邓子恢和田家英，说他们主张“分田单干”，是瓦解农村集体经济，解散人民公社，是中国式的修正主义，是走哪一条道路的问题。
问题提得如此之高，闻者十分震惊。陈云听后态度深沉、久久沉默不语。他只向身边工作人员表示，这只是根据家乡调查的结果，觉得个人搞积极性高一点，这是非常时期的非常办法，说是“分田单干”，我还没有发展到那个程度。
8月上旬，北戴河会议第一天，毛泽东发表了关于形势、矛盾和阶级斗争的讲话，会场气氛顿时紧张起来。在半个月的会议中，集中批评了“反对人民公社”，搞“包产到户”和“单干”的思想，并批评了所谓“翻案风”、“黑暗风”等。
这次会上虽然没有点名批评陈云，但了解情况的都清楚，陈云是批评的对象之一。此后，随着国内政治气氛日益严峻，陈云的处境更加困难，在很长一段时间里实际上等于“靠边站”了。