为改革高度集中的计划经济体制，陈云赞同搞活经济、发挥市场调节作用，并把搞活经济和坚持计划指导比喻为“鸟和笼子”的关系。
三中全会确立了改革开放的方针。陈云在领导经济调整的同时，对改革开放事业的健康发展，也予以了极大关注。
三中全会后，陈云担任了中纪委书记，但他仍然一直在思考，如何系统地从体制上和指导思想上，改变过去经济发展中的问题。
陈云是建国后相当长一段时期经济工作的主要领导人，对社会主义经济体制的建立作出了巨大贡献。他也是党内较早认识到社会主义经济中市场作用的领导人之一。
1956年9月20日，陈云在中共八大会议发言，谈了在农业和资本主义工商业社会主义改造后，我国迅速建立起来的社会主义经济体制存在着若干不可忽视的弊端，必须采取有力的措施，既坚持计划经济，又把经济搞活。
陈云提出了社会主义经济体制“三个主体，三个补充”的著名设想。
陈云的这个设想，是根据当时中国的实际，突破苏联模式的一种新的构想，可惜，“左”的指导思想使这个正确构想在后来的实践过程中被打断了。
多年来，经济工作中一再出现急躁冒进的“左”的错误，而且为害时间长、破坏性极大。这和我们的指导思想上和体制上的失误和弊端是分不开的。陈云总结和建国以来工作的经验教训，结合马克思主义原理和各国社会主义建设的实践经验和教训，进行了深入的思考。
这些思考，集中反映在关于计划与市场关系的进一步认识上。1979年2月22日下午，李先念在听取中国人民银行负责人关于全国分行长会议情况的汇报时说：我同陈云同志谈，他同意，在计划经济前提下，搞点市场经济作为补充。计划经济和市场经济相结合，以计划经济为主；市场经济是个补充，不是小补充，是大补充。国内要竞争一下，不管东西好坏，都由商业部门收购不行。允许工厂自销，也可代销。实在不象话的要关一批。
1979年3月8日，陈云把自己思考的一些结论写成了提纲。这份提纲即是收入《陈云文选》的《计划与市场问题》。
这份提纲提出，社会主义经济有计划按比例发展，是马克思分析资本主义后提出的设想，是完全正确的。60年来，苏联和中国实行计划经济，都是按马克思这个理论来办事的。
陈云指出，在建立计划经济体制的过程中，由于没有根据已建立的社会主义经济制度的经验和本国生产力发展的实际情况，对马克思的原理加以发展，导致了缺点：只有“有计划按比例”这一条，没有在社会主义制度下还必须有市场调节这一条，所谓市场调节，就是按价值规律调节，在经济生活的某些方面可以用“无政府”、“盲目”生产的办法来加以调节。计划还常常脱节，计划机构忙于日常调度。计划只能对大路货、主要品种作出计划数字，因此生产不能丰富多彩，日用品十分单调。
这个缺点，后来被概括为“统得过多、过死。”为克服这方面的缺点，陈云提出，整个社会主义时期必须有两种经济：计划经济部分，即有计划按比例部分；市场调节部分，即不作计划，只根据市场供求的变化进行生产，带有盲目性调节的部分。第一部分是基本的主要的；第二部分是从属的次要的，但又是必需的。无产阶级掌握了政权，又掌握了国民经济的计划经济部分，就能够建设社会主义。市场调节部分只能是有益的补充，当然必须基本上是无害的。
陈云预计，在今后经济调整和体制改革中，实际上计划经济和市场调节这两种经济的比例的调整，将占重要地位。不一定计划经济部分愈增加，市场调节部分所占绝对数额就愈缩小，可能是都相应地增加。
陈云的这个预计是很准确的。改革中，对计划和市场关系的探索，占了很重要的地位。随着改革开放逐渐深入，市场作用一步步扩大，国民经济焕发了新的活力。陈云对这种进展十分高兴。他进一步把关于计划与市场关系的思想概括为计划经济为主，市场调节为辅。
1979年3月，担任国务院财经委员会主任以后，陈云这一思想也进一步落到了实处。他提出，体制改革势在必行，现在要进行研究，先改什么，后改什么，怎么改。
另一方面，在搞活经济的过程中，也出现了摆脱国家宏观管理的趋向。这种趋向，并不完全是计划与市场的关系，而主要是国家与地方、政府与企业的管理权限上的矛盾。放权过多，在刚刚引入市场作用、实行计划经济转型以搞活经济的时候，对国民经济的稳定发展是十分危险的。
为了改革开放和现代化建设稳定、健康地进行，陈云提醒大家注意这种危险。
1980年12月16日，他在中央工作会议上提出：“我们要改革，但是步子要稳。因为我们的改革，问题复杂，不能要求过急。改革要靠一定的理论研究、经济统计和经济预测，更重要的还是要从试点着手，随时总结经验，也就是要‘摸着石头过河’。开始时步子要小，缓缓而行。这绝对不是不要改革，而是要使改革有利于调整，也有利于改革本身的成功。”
1982年12月2日，陈云同出席五届人大五次会议的上海代表团部分代表谈话时，把计划和市场关系又比喻为鸟和笼子的关系。
陈云对改革开放以来，经济工作中扩大市场作用，尊重价值规律而取得的成就给予了高度评价。他说，党的十一届三中全会以来，实行搞活经济的政策，效果显著。现在百货商店里的东西多得很，“卖方市场”正在变成“买方市场”，群众把票子拿在手里，好的就买，不好的就不买，这么好的形势，很久以来没有见过。今后还要继续实行搞活经济的政策，继续发挥市场调节的作用。经济工作中，要有时间观念，要有利润观念。否则，就是大少爷办企业，是不行的。
另一方面，他也提醒说，要防止在搞活经济中，出现摆脱国家计划的倾向。搞活经济是在计划指导下搞活，不是离开计划的指导搞活。这就象鸟和笼子的关系一样，鸟不能捏在手里，捏在手里会死，要让它飞，但只能让它在笼子里飞。没有笼子，它就飞跑了。如果说鸟是搞活经济的话，那末，笼子就是国家计划。当然，“笼子”大小要适当，该多大就多大。经济活动不一定限于一个省，一个地区，在国家计划指导下，也可以跨省跨地区，甚至不一定限于国内，也可以跨国跨洲。另外，“笼子”本身也要经常调整，比如对五年计划的修改。但无论如何如何，总得有个“笼子”。就是说，搞活经济、市场调节，这些只能在计划许可的范围以内发挥作用，不能脱离开计划的指导。
1985年9月，陈云在全国党代表会议上发言说，计划是宏观控制的主要依据。计划包括指令性计划和指导性计划。两种计划方法不同，但都要运用各种经济调节手段。
陈云的这些观点，对在当时条件下解放思想，改革经济体制，重视市场调节，以突破高度集中的计划经济体制的束缚，起了积极作用。
在对外开放问题上，陈云在多次主持财经工作时，态度始终是非常积极的。1979年3月21日，他在中央政治局会议上明确表示，对外资、外国技术，“一定要，而且还要充分利用”。
但是，当时的问题是有些干部过分热心，头脑已经很不清醒了。外债能借多少是多少，经济特区一下子就要遍地开花。陈云以自己的丰富阅历和高度的责任心，提醒大家要头脑清醒，要认真分析，不断总结经验。
1979年9月28日，他在国务院财经委员会召开的汇报会上，明确提出：“现在谁也不反对借外债，但对所借外债要加以分别。”“不要用自由外汇兑换成为人民币来弥补基建投资的赤字。” “设备贷款，我们每年能够使用多少，不决定于我们的主观愿望，而决定于我们使用它时，国内为它配套所需的投资数量。”
他告诫大家：“利用外资来进行建设，我们的经验还很少，需要认真加以研究。”
这样的冷静，在对外开放之初的狂热中，是极其宝贵的。如果不是这样，拉丁美洲国家因不计后果盲目引进外资，导致经济不堪重负，长期为外债打工的悲剧，就难保不在中国上演。
1980年12月16日，他在中央工作会议上谈到自己这样考虑的原因。他说：“我所以一再说对外国资本家在欢迎这中要警惕，这是因为我们有些干部对这件事还很天真。我之所以要提这样的总是，丝毫没有不要利用外资的意思，只是敲敲警钟。再重复一遍，利用外资和引进新技术，这是我们当前的一项重要政策措施，不过要头脑清醒。”
陈云在就任国务院财政经济委员会主任时已经表示过，自己身体不行，难以承担全盘领导经济工作的重任。大量繁重的工作，严重损害了陈云本来就虚弱的身体，宝钢调查后不久，他就大病了一场。虽然大家都希望他全面主持经济工作，但他从大局出发，主张让更年轻的人上来。
1979年10月，陈云在各省、市、区党委书记座谈会上讲话，主动提出，为了党的利益，建议中央调比较接触实际、比较年青一些的干部，到中央来搞财经工作，这是国家的大计。如果不采取这样的组织措施，自己身体不行，工作搞不动。中央认真考虑了陈云的意见。
1980年3月17日，中央政治局常委会决定，成立中央财政经济领导小组，撤销国务院财政经济委员会，继续贯彻经济调整和改革开放的经济政策。
陈云虽然不再直接主持经济工作了。但他积极支持和配合新的财经领导机构工作，并为调整和改革开放事业取得的成就感到欣慰。1981年，陈云热情地赞扬说：党的十一届三中会会以来农业和工商业及财政计划等方面的改革，是要打破平均主义的“大锅饭”，将会大大调动广大工人、农民、知识分子和干部进行四化建设的积极性，使我国的生产力获得一次新的大解放，其意义不下于50年代消灭剥削的对资本主义工商业的社会主义改造。
陈云为邓小平提出的社会主义现代化建设三步走战略作出了重要贡献。党的十二大确定20年国民生产总值翻两番的现代化建设战略目标，同时确定在步骤上分两步走，前十年主要是打好基础，这是陈云极力推动和支持的。
1982年12月2日，陈云同出席五届人大五次会议的上海代表团部分代表座谈时指出：“如果急于求成，把本来应该放在后十年办的事也勉强拿到前十年来办，在‘六五’和‘七五’期间乱上基本建设项目，那末，经济又可能出现混乱，翻两番的任务反而有可能完不成。”由于采取了稳妥的步骤，新时期以来国民经济既实现了高速增长，又避免了急于求成的大折腾。
改革开放是一项全新的实践，需要不断创新、不断探索，有时难免遇到困难，陈云总是给予帮助、鼓励。
1988年10月8日，他同中央负责人谈话时说：“在我们这样一个社会主义国家里，学习西方市场经济的办法，看来困难不少。你们正在摸索，摸索过程中碰到一些总是是难免的，还可以继续摸索，并随时总结经验。”
1992年7月21日，他在悼念老战友李先念的文章中，又鼓励大家说：“现在我们国家的经济建设规模比过去要大得多、复杂得多，过去行之有效的一些做法，在当前改革开放的新形势下很多已经不再适用。这就需要我们努力学习新的东西，不断探索和解决新的问题。”
今天，改革开放和社会主义现代化建设已经闯过了一道道难关、险阻，创造了连续20多年高速增长的世界奇迹。陈云虽然离我们而去了，但他为人民利益终身奋斗的丰功伟绩，他的思想和品德，将永远是后人取之不尽的宝贵财富！
1956年9月3日，毛泽东在中共七届七中全会上评价陈云说：“我看他这个人是个好人，他比较公道、能干、比较稳当，他看问题有眼光……不要看他和平得很，但他看问题尖锐，能抓住要点。”从我们对陈云一心为人民谋利益的“红色掌柜”生涯中，从他屡创新局面的实践中，我们可以了解，这是对陈云最中肯的评价。