正当康生小试身手，还兴致勃勃推广他的“抢救经验”时，中共中央注意到了这个问题。
1943年7月1日，经历过苏区肃反扩大化的毛泽东给康生写信，指出防奸工作的正确路线是：
首长负责，自己动手，领导骨干与广大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众，严禁“逼、供、信”。但康生未执行。
任弼时通过了解情况，发现“逼、供、信”严重，及时向毛泽东反映，并提议必须立即制止事态的发展。
一直在重庆工作的周恩来于7月16日回到延安，目睹康生所为，郑重地说：截止1943年，国民党党员有一百几十万，其中学生党员约3万人，主要是1940年以后发展的。国民党绝不会把3万学生党员都送到延安来，何况来延安的知识分子大多数是在1937年和1938年来的。那种认为80%的新知识分子是特务的看法应予以否定。而四川党的情况我是清楚的，从来没听说有什么“红旗党”。一定要甄别。
8月15日，中共中央根据毛泽东提出的防奸正确路线制定了《关于审查干部的决定》。但此时，由于蒋介石正增兵包围陕甘宁边区，在黑云压城的形势下，毛泽东对边区敌情的估计还是较严重，并认为不能给群众运动泼冷水，未马上采取措施彻底扭转事态。
10月9日，毛泽东在看了绥德反奸斗争大会的材料后，才感到事态的严重，提出了“一个不杀，大部不抓”的肃反方针，对扩大化的抢救运动进行紧急刹车。
1943年底，中共中央决定对被审查的人逐个甄别。
1944年春，边区政府成立了专门的甄别委员会，开始对受冤屈的同志进行甄别平反，对运动中查出的“特务”进行调查研究，逐个甄别。此后，甄别工作从延安到绥德、关中、陇东等地，先后有组织、有领导地进行。
为防止今后的审讯工作出现错误，甄别工作开始后，西北局社会部制定了《审讯工作条例》，强调审讯要重证据，重调查研究，不轻信口供，严禁逼、供、信。
经过甄别，按照康生部署所挖出的特务，有90%以上是冤假错案。毛泽东指示各单位，对什么场合“抢救”戴错了帽子的，要在原场合取下来。
信，指出在审干工作中必须坚持正确路线，反对“逼供信”的错误做法）审干反特的扩大化之火，终于被扑灭。
对运动中出现的问题，中共中央的领袖毛泽东多次主动承担责任，作自我批评。
1944年元旦，领导通讯联络工作的王诤领着一批被搞错的干部向毛泽东拜年。毛泽东对他们说：“这次延安审干，本来是让你们洗个澡，结果灰锰氧放多了，把你们娇嫩的皮肤烫伤了。这不好，今天，我向你们敬个礼，你们回去要好好工作。”
1945年2月15日，毛泽东在中央党校讲演中谈到审查干部工作中的错误时说：“这些错误谁负责？我负责，因为发号施令的是我。我赔个不是。”
在中共党的七大会上，毛泽东对审干中的扩大化问题，再一次公开作自我批评。他说，我们各个地区在肃反运动中走过弯路，我也走过弯路。这次整风审干，使一些同志受了委屈。他举起右手，沉重地说：“我向你们道歉！如果你们不谅解，我的手就放不下来。”
毛泽东的这种胸怀，深深感动了全场代表，会场响起了热烈的掌声。
而“抢救运动”的直接责任者康生，却始终不承认错误。
一次会上，有的同志批评“抢救运动”的错误，康生还辩解说：“严格审查是完全必要的”，“苏联党就是这样搞的”。
尽管康生不认错，但他小试身手就碰了壁，这说明延安还没有他那套“左”倾政策生存的土壤。
延安经过短暂的混乱后，又恢复了它原有的朝气和生机。整风运动恢复了它原来的旋律：只整思想不整人。