病中的左宗棠得知刘锦棠就新疆建省一事拿出了具体的方案，也急忙把起稿师爷传到榻前，口授《新疆行省急宜议设，关外防军难以遽裁》一折。
该折这样写道：“查新疆地周两万里，与陕甘督臣、陕西抚臣治所均相距甚远。从前分设将军、都统、参赞、办事、领队、帮办、协办大臣，换防总兵各员，布置不为不密。然治兵之官多，治民之官少，已有偏重之势。”又说：“夫福建之台湾，仅海外一岛耳。由省垣至彼，轮船一昼夜可达，其地延袤千有余里，较之新疆十分之一耳。其文职有道、有府、有厅、有县。而日本事宜，议者尚有移驻巡抚之请。况新疆为陕甘、山西各边及京师屏蔽，关系綦重，非仅台湾之比。且地大物博，承平时牛羊、麦面、蔬果之贱，浇植、贸易之利，金矿、铜矿之旺，徭役、赋税之简，哈萨克茶马、布匹、丝缎互市之利，又皆什伯内地，逐渐经理，可望与腹省腴地齐观，于度支亦非有所耗也。”
折子拜发，左宗棠因连日劳累病势增剧，不得不奏恳开缺回籍。圣旨下，照例不准，只赏假三个月，命其在任所调理。
左宗棠此次发病却大异于前，竟一直调理到光绪九年（公元1883年）三月份，仍未见好转，于是不得不再次陈情于上，奏恳开缺回籍。
但朝廷此次并未依例赏假，而是下旨就海防一事询问布置机宜，盖因此时法国正对大清属国越南实行大肆侵犯，并逼迫越南与之订立了《顺化条约》，获得对越南的“保护权”。此时的大清国朝廷，眼见自己的属国硬被法国夺走，却并未派出重兵去与法国在越南军队交战，但又担心法国趁势在海上对大清国实行攻击，故有此一议。
左宗棠接旨不久，即抱病上了《筹办海防会商布置机宜》一折，对南洋海防提出自己的看法，认为“将白茅沙视为长江总要门户，在此安设坚船大炮，力扼此津，并在江阴加强防守”“自古谈边防者，不外守、战与和，而就三者言之，亦有次第，必能守而后能战，能战而后能和。和局可暂不可常，其不得已而出于战，乃意中必有之事。”
左宗棠上此折时已年高七十有一，又累受病痛折磨，但仍头脑清醒，反应敏捷。这大概也正是朝廷不肯轻易放他回籍的原因。
左宗棠随后又给李鸿章急函一封，指出：“法国侵略越南，其意并不在越南，实欲通过越南，进窥我滇粤矣。”函后又赞扬刘永福“在河内大捷，足寒贼胆而快人心”。
信函发走，左宗棠开始全身心地关注起法越战事，不知不觉中，病势竟然减轻，竟很快能下地走路了。病魔一撤，精神自然就好，他马上又给朝廷拜发了《敬筹南洋应办边务机宜》一折。
在折中，左宗棠坚称：“唯越若不存，剥床以肤，将成西南巨患；刘永福一失，越南全境无与支持，倘为法人所用，更贻滇、粤之患。事机纷乘，间不容发。及今为之，已苦其缓；若再置之不理，西南之祸岂有穷期？”又向朝廷表示：“臣当于巡勘崇、宝海后，率新募各营回湘继进，以赴戎机，断不敢置身局外，致负恩知也。”左宗棠的豪气再次冲天而起。
折子拜发后，左宗棠不顾家人及属员的劝阻，第再次乘船东下，巡视江海防务，直至崇明、宝山。船过上海租界，左宗棠为示自己身体健康，仍能督兵再战，竟下船与各国领事见面。各国领事见左宗棠谈起战事来神采飞扬，无不称奇，皆曰大清之左爵相，真乃战神转世也。一时观者如堵，纷纷传颂。
左宗棠乘船南返途中，不期突遇特大暴风。一时间，舟在浪尖上跳跃，似野马脱缰，好像在空中飞舞。船上一干人众无不东倒西歪，无法把持，左宗棠亦晕倒过去，风息后方醒。醒来后，左宗棠不仅旧患悉数尽发，左眼亦从此失明。
左宗棠回到督署，连夜上折，向朝廷汇报自己的病情及左目失明的情况；在奏恳准予开缺回籍的同时，又附片请择裕禄、杨昌浚、曾国荃三人中一人出任江督。
光绪十年（公元1884年）正月十二，圣旨递进两江总督衙门：“左宗棠着准其开缺，赏假四个月，回籍安心调理。曾国荃署理两江总督，兼办理通商事务大臣。”
越六日，左宗棠又接一旨：“内阁学士周德润奏勋臣不宜引退，请旨责以大义，令其在任调理等语。左宗棠勤劳懋着，朝廷倚任方殷。当此时局艰难，尤赖二三勋旧之臣竭诚干济，岂肯任其功成身退，遽赋归田？只因该大学士目疾增剧，而两江地大物博，政务殷烦，又难静心调摄，是以降旨准其开总督之缺，仍赏假四个月回籍。原欲其安心调理，俾得早日就痊，出膺重寄。该大学士素着公忠，谅不至稍耽安逸，着即赶紧调治，一俟稍愈，不必拘定日期，即行销假，以副委任。”圣旨只给左宗棠赏假四个月回籍养病，仍不准开缺。
左宗棠于是让孝宽督促家人打点行装，料理回籍各事宜。曾国荃很快来到江宁接印。
从咸丰十一年（公元1861年）十二月左宗棠署理浙江巡抚算起，左宗棠与曾国荃已经二十三年没有见面了。相见之下，两个人竟然抱在一起，许久不肯放手。
曾国荃抱着左宗棠，一边流泪一边说道：“好哥哥，沅甫一直想着您啊！”
左宗棠哽咽着说道：“九弟，您要对我还有气，就骂我一顿吧。有些事情，我不是有意的呀！我三年前回籍省墓，特意到涤生的墓前磕了三个响头。我对涤生说，我左宗棠能有今天，全是他一手托起来的。可他临走的时候，我竟然没有和他说上一句话！九弟，我左宗棠对不住你曾家兄弟呀！”
曾国荃一边替左宗棠擦眼泪，一边说：“我们是兄弟！我们永远都是兄弟！过去的事，就不要再想了。您的身子骨可不能大意呀。您哪，听我一句劝，先不要忙着回籍。我明儿找个好些的洋医生给您瞧瞧。等病好了以后啊，您再回籍也不迟。”
左宗棠松开手，让人给曾国荃放了座，这才说道：“在京期间，我发现，得罪谁也不要得罪小人！否则他们会绞尽脑汁使坏，像苍蝇一样烦人。现在，我已经病入膏肓了，熬不几天。九弟，我离开后，您也要注意自己的身子骨啊。我听说，劼刚贤侄的身子骨不大强壮？”
曾国荃答道：“都是让俄国人气的！”
当晚，有消息纷传，说法国远东舰队有可能袭击南洋水师。鉴于这种情况，左宗棠第二天便抱病与曾国荃办了交接，并就南洋海防的情形，对曾国荃做了一番交代。
交印的第五天，左宗棠即率家人抬着棺榇乘船南返，曾国荃率一应僚属亲自护送至码头方回。船行中途，左宗棠忽接一旨，言称越事愈棘，命左宗棠快速入京觐见。
左宗棠只得与家人分手，改道进京，仍居贤良寺。左宗棠的棺榇单放进寺里的一间空屋子里。
稍事歇息便陛见，陛见的当天便有旨下来：“左宗棠仍在军机大臣上行走。该大学士卓着勋绩，年逾七旬，加恩毋庸常川入直，遇有紧要事件，豫备传问，并管理神机营事务。所有应派各项差使，均毋庸开列，以示体恤。”
左宗棠接旨以后，认为朝廷是准备让其终老京师了，许多王公大臣也有此观点。但李莲英却还没有把左宗棠戏耍够。
闰五月初七，左宗棠因用内阁印行文让提督黄少春率所部赴镇南关抗法，遭御史参劾。
慈禧太后本打算把御史的折子留中不发，但李莲英却对慈禧太后说：“奴才听外间传说，左宗棠此次是藐抗祖制，不重处无以服人。外间还说，左宗棠在陕甘的时候啊，就是想怎么着就怎么着。奴才有时就想啊，左宗棠功劳是大，但他功劳再大，还能大过曾国藩吗？曾国藩就从来不做违制的事。奴才是真怕外间误解朝廷啊！左宗棠也真是的，他怎么就不知道朝廷对他的好呢？”
慈禧太后思虑再三，第二天就颁下懿旨，将左宗棠以违制罪被降二级留用。
十日后，在奉旨保荐人才时，左宗棠因保荐曾纪泽出任两江总督，魏光焘亦堪任督抚重任，再次被人以体制不合参劾，折子虽被留中不发，但再次被降调二级。
同年七月初六，是光绪寿诞，依例京师大小臣工均须进宫参拜。
左宗棠因为三日前法军袭击马尾，福建船政局悉被轰毁而旧病复发，卧床不起，未往参拜，又一次被参劾。朝廷下旨将其交部议处，并比照御门大典不到罚俸一年例，罚俸一年。这都是李莲英的“功劳”。
同时，大清国颁诏四海，被迫对法国宣战。
这时，李莲英又抓住机会对慈禧太后进言道：“老佛爷，奴才上日听去贤良寺给左宗棠瞧病的太医讲，左宗棠卧房的门旁贴了一副对子，挺有意思，奴才就问他是什么对子，他一说，奴才一听，还当真挺有意思，奴才就记下来了。”
慈禧太后就问：“什么对子值得你记下来呀？你说说看。”
李莲英便道：“这副对子的上联是‘天下衣冠京邑盛’。”
慈禧太后便笑道：“他这对子说得不差，这没什么大惊小怪。京师是我大清的都城，原本就该京邑盛。他的下联呢？”
李莲英忙道：“这意思就在这下联里头，是：中兴人物楚材多。听太医讲，左宗棠那日跟他解释说，他这副对子的前一句，是说京城里皇亲国戚都是衣裳架子，什么大事都办不了，只是摆设。后一句是说，只有湖南才出国家的栋梁之材。”
李莲英未及把话说完，慈禧太后就一愣道：“他怎么这么说呀？他眼睛里还有谁呀？看样子，京师还是太小，装不下他呀！”
见自己杜撰出来的这则故事，竟当真把慈禧太后惹恼了，李莲英的内心自是欢喜异常。就是当晚，病中的左宗棠接到圣旨：“大学士左宗棠，着授为钦差大臣，督办福建军务。”
左宗棠知道如今法舰纵横南洋海面，福建、台湾势危，遂不敢以病辞，只得在接旨的第二日早上，抱病扶杖进宫请训，很快抬着棺榇由通州、德州、济宁南下赴福建。
恭亲王早在中法交战之初便以“用人不当，委靡因循”，被慈禧太后罢去一切职务，回家赋闲。军机处领班此时是礼亲王世铎，总理衙门领班则由庆郡王奕劻出任。这两个人都对左宗棠不怀好感，自然不可能上折去为他讲话。
同年九月三十日，大清国颁诏中外，宣布新疆正式设立行省，诏赏刘锦棠头品顶戴兵部尚书衔出任首任巡抚，魏光焘出任首任布政使。
众所周知，大清国的一省巡抚一般都例兼二品兵部侍郎，只有总督才例兼一品兵部尚书。刘锦棠是截止到目前为止，唯一的一个兼署一品兵部尚书的巡抚。
一个月后，左宗棠抵达福州，当日即抱病在福州将军穆图善、署福建浙总督杨昌浚的陪同下，赴马尾查看船政局被毁情况。福建浙总督何璟因“临事昏庸”被革职勒令休致，已离开福州回籍。