沈从文初到北京的两年半，在饥寒交迫中挣扎，但他并没有去求助亲戚熊希龄。湘西的上层以联姻来巩固自己的地位：熊希龄的弟弟熊捷三是沈从文的七姨父；沈的大姐沈岳鑫嫁给了熊希龄的外甥田真一；田应诏（同盟会会员，护法联军第一路军总司令，晚年有“湘西太上皇”之称）曾想将自己的妹妹嫁给沈从文的父亲沈宗嗣，后来嫁给了熊希龄的四弟熊焘龄；沈从文的弟弟沈岳荃娶了田应诏的女儿；熊捷三曾想让沈从文成为自己的女婿……美国学者金介甫对这种复杂的关系感到头晕目眩，沈从文却对他说：“并不复杂。等你深入下去，也不过是那么几个在当地十来个县分管辖中称王称霸。我早就对于这种关系十分厌恶，所以一离开就不至于重新进入这个富贵囚笼。”
沈从文到香山慈幼院工作，熊希龄对这位同乡兼亲戚十分关心，经常同沈一起谈时事、聊哲学，畅谈到深夜。二人谈话，往往是熊提出各种问题，沈作答。后来沈回忆此事，认为是熊是有意在考他。一次，熊不经意地问道：“为什么你生活这么艰难不来找我？”沈答：“我想独立。”熊又问：“你在陈渠珍那里不是过得挺好吗？”沈答：“当兵6年中我眼看上万无辜平民被杀，除了对被杀的和杀人的留下个愚蠢和残忍的印象，什么都学不到！你可想得到，一个机关300个职员有150个是‘烟枪’，是个什么光景？我实在呆不下去了，才跑出来！我想读点书，半工半读，读好书去救救国家。这个国家这么下去实在要不得！”熊打量着这位年轻同乡，连声说：“好，好，年轻人就要有这种胆识！”
内战爆发后，沈从文多次撰文，表示反对党争，反对内战，他对国共两党都颇有微词，认为内战时“数十万同胞在国内各处的自相残杀”，“说是为人民，事实上在朝在野都毫无对人民的爱和同情”。
闻一多邀请沈从文参加民盟，还特地找沈谈话，但沈以“不懂”婉拒。1948年，萧乾邀请沈从文参加中国社会经济研究会刊物《新路》的筹办，并在发起人的名单上签名。沈看着名单，轻轻又决然地说：“我不参加。”
沈从文常说：“一个作家的成就要看他拿出来的作品，而不是依靠帮派的活动。”
沈从文反对文学与政治联姻，多次撰文批驳革命文艺与政治的关系过于紧密。1946年10月，沈接受《益世报》的采访，说对一些到处“出风头”的作家“爱莫能同意”，其中包括：郭沫若“飞莫斯科”、凤子“穿的花红柳绿跑到苏联大使馆去朗诵诗”、丁玲“到铁矿上去体验工人生活”、何其芳“到延安后，把心力花费在政治上了”、“李辰冬与光未然都沾点政治气氛”……他本意是举例说明许多文学天才都因政治而葬送了，但却把一干革命作家得罪了干净。此篇访谈见报后，引来一片攻击、嘲讽之声，默涵在《“清高”和“寂寞”》一文中说，沈从文与国民党的调调一致，“关麟徵、陈立夫是准会感谢他为他们舐净了手上的血污的”。
1948年11月，沈从文与冯至就文学与政治的关系有过一次争论。
沈：“驾车者须受警察指挥，他能不顾红绿灯吗？”
冯：“红绿灯是个好东西，不顾红绿灯是不对的。”
沈：“如果有人操纵红绿灯又如何？”
冯：“既要在这路上走，就得看红绿灯。”
沈：“也许有人以为不要红绿灯，走得更好呢？”
冯无言。
抗战胜利直至解放前，沈从文写了许多政论文章，他的立场让“在朝”、“在野”的所有党派都颇为恼火。巴金、李健吾担心沈的处境，让汪曾祺写信给沈，劝他不要再写这样的杂文，还是写小说为好。汪曾祺曾一连两次写信劝说老师。
1948年，中国共产党在解放区斗地主、分田地时，沈从文应熊希龄夫人毛彦文之请，写了回忆熊的文章《芷江县的熊公馆》，其中叙述了湘西一带地主与佃户之间和谐共处的民俗风情。此文日后给他带来了巨大的麻烦，被指为“地主大资产阶级的帮凶和帮闲文艺”。
50年代，全国大批武训，处于政治漩涡中心的沈从文觉得这场批判有些可笑，他在给友人的信中说：“费力多而见功少，似乎不大经济。即把一个导演，一个演员，并一个在坟墓中的武训，完全骂倒，新的优秀作品还是不会产生！”
1952年，统战部长李维汉请周培源、沈从文、冯至等人吃饭，席间，李维汉对众人说，希望他们积极入党，或者加入民主党派，比如九三学社。在场的周培源迅速加入九三学社，很快成为中央委员，后又担任副主席。对此，沈从文说：“许多过去在国民党时代满有办法的人，现在还是有办法。有些本来极本行的教书的，却认为是为反动服务。”博物馆的领导找沈从文谈话，说上头交代过，沈有条件，政治上过得去，要争取入党，沈从文回答：“入党我没有资格，还差得远。”
黄永玉回忆，沈从文在一次谈话结束时说：“我一生，从不相信权力，只相信智慧。”
1964年，沈从文在给友人的信中说：“北大史学系副主任周一良正率领师生于海甸区（今海淀区）掏粪，一定要这么做才算是思想进步，我目前就还理解不够。”