从苏联回国后，冯友兰先生根据自己的所见所闻作了两次正式演讲。一次是漫谈苏联见闻；另一次是在北大哲学系，以“秦汉历史哲学”为题，提出了以历史唯物主义的某些思想为基本要素的“新三统五德论”，集中论述了社会存在决定社会意识，社会意识反作用于社会存在的观点。
这次讲演引起了官方的怀疑与不满。次年十月底十一月初，他竟被国民党政府警方视作政治嫌疑犯予以逮捕、审讯。国民党此举引起全国哗然，人们纷纷提出抗议。迫于全国的民主势力，冯在被关押、审查数天后，遂被释放。对于这次事件，鲁迅先生曾在一封书信中愤然说到：“安分守己如冯友兰，且要被逮，可以推知其他了。”（《鲁迅书信集》）这次事件对冯的震动也颇大，但他并未因此而与国民党决裂，而是选择了更加谨小慎微的道路。
冯友兰先生的天地境界何其难，比之好友金岳霖的不问世事，他的经历要艰辛坎坷许多。冯友兰的女儿宗璞觉得：这么多年，父亲冯友兰受到来自各方面的批判、谩骂和打击，成为众矢之的，却不发疯也不自杀，仍然在他的哲学天地里遨游，真是非常勇敢，非常了不起。
冯友兰第一次与毛泽东接触，是1949年10月。当时有许多人向毛泽东写信表态效忠，他也写了一封信，大意说：我过去讲封建哲学，帮了国民党的忙，现在我决心改造思想，学习马克思主义，准备在五年之内用马克思主义立场观点、方法，重新写一部中国哲学史。
1949年以后冯友兰一直就在被改造中，是最大的改造对象，因为他有思想。张岱年就说过，冯先生地位特殊，不仅没有“言而当”的自由，甚至没有“默而当”的自由。
1951年，冯友兰随中国文化代表团访问印度，印度总统普拉沙德介绍冯的学术贡献时曾提及《中国哲学史》和《贞元六书》。外交部得知后立即致电代表团，说此介绍有问题，要求冯于适当时机更正。此后，冯友兰在加尔各达访问时，在演讲中应外交部的要求说：“中国革命成功，我认识到我过去的著作都是没有价值的。”
50年代，在思想改造运动中，冯友兰多次检讨交待，甚至不惜上纲上线，以有说无，但是主持人就是不让过关。金岳霖由于素与政治无涉，在运动会中过关较快，不久还被树为积极分子，组织上让他到冯家去做工作，帮助冯转变。一进门，金先生就大声说：“芝生啊，你有什么对不起人民的地方，可要彻底交代呀。”说着，扑上去和冯友兰抱头痛哭。
文革中，工宣队进驻北大，很多教授被隔离审查，俗称“蹲牛棚”。教授们一切听指挥，早请示晚汇报都得排队，排队时必须报数，同时要自报自己的政治帽子，冯友兰个头较高，曾被叫排头一个，并叫他说：“报数！我叫冯友兰！是……是反动学术权威。”红卫兵说：“不行！重报！你这是避重就轻！你是反动学阀！”冯便改口：“我，我是反动学阀。”洪谦先生由于害怕，怕也说他避重就轻，就说：“我叫洪谦，反动学阀！”红卫兵说：“不对，你还不够格，你是反动学术权威！”洪吓得连忙改口。冯定自报“反动学术权威”时，红卫兵说：“你不就是写过一本《平凡的真理》么？你还想往反动学术权威里钻！你是反革命修正主义分子！”
冯友兰在牛棚里受折辱，但他饭照吃，觉照睡，其早餐是一窝头，两大碗玉米面粥，一分钱的咸菜丝。咸菜不少，一般人都吃不完，唯冯友兰不够。经郭兰芳提醒，冯大着胆子向红卫兵要两分钱咸菜，红卫兵瞪大眼睛说：“人家一分钱咸菜都吃不完，你还吃两分钱的，你怎么吃这么多？”冯答：“我……我吃的多。”话虽受斥责，竟还满足了要求。洪谦与冯友兰个子差不多，而饭量只有冯友兰的四分之一。
71岁高龄的冯友兰，仍天天有人来抄家，搬把凳子搁院子里，要他站在上面。家里贴满了打倒的标语大字报，铺天盖地，到处贴封条。衣服都封起来了，天冷了，封条不敢拆，冯友兰就披条麻袋御寒。他的输尿管不通，腰上挂着尿瓶，被拉去批斗，打倒在地。游街时连连跌跟头，还是要继续走。为了斗他，甚至成立了批冯联络站。
冯友兰幼子冯钟越先生是航天工业部主任工程师，有名的飞机强度专家，可惜天不假年英年早逝，赍志以终时才51岁。他长年工作在西北黄土高原上，按照冯友兰的声望和冯钟越的才学，如果活动活动，调回北京应该是能做到的。但在人们眼中有点傻气的冯老却没有这么做。对于幼子的逝世，冯老也只能是含泪题联：“是好党员，是好干部，壮志未酬，洒泪岂止为家痛；能娴科技，能娴艺文，全才罕遇，招魂也难再归来。”
冯友兰在人生最后的几年里，住院的频率更为频繁，几乎都是女儿女士陪着他在各个医院打游击战。他的旧病丹毒这时复发得很频繁也很厉害。丹毒是皮肤及其网状淋巴管的急性炎症，其好发部位一般是下肢和面部，冯老的丹毒主要在下肢。除了丹毒外，1983年发现冯友兰患有浆细胞骨髓瘤，并且是恶性，所以他的健康状况使宗璞夫妇非常担心，而且人老了，身体容易犯毛病，宗璞女士一般会定期陪冯老做检查。而冯老却在这种情况下完成了150万字的著述，除了他顽强的生命力外，这与宗璞夫妇对冯老的悉心照顾和关心也是分不开的。