马寅初在浙江省财政厅任职时，一日，一个陌生人找到他家。马寅初不在家，那人对在马家打杂的老潘说：“老兄，我是德清县来的，有桩事想请你帮帮忙。这300块银洋给你吸烟，这2000块银洋是送给马先生喝茶的。小弟被提名为县长。报道省里已一个多月，至今尚未批下。马先生德高望重，又与批放县长的某君是莫逆之交，望老兄在马先生面前美言几句，请他帮我在某君处催一催。倘若事成，定当重谢。”话一说完，即告辞而去。马寅初回来，老潘如实禀报。不等他讲完，马寅初已眉头紧锁，大声骂道：“真是无耻之极！这像蚊子叮菩萨——找错了人。这种人，今天用1300块银洋来打通关节，万一当上县长，一定也是一个贪官污吏。单凭这一点，他就没有资格当县长。老潘你千万牢记，今后绝不能收这种臭钱，你马上把这笔钱如数还给他。”老潘只好将钱如数归还。
马寅初特别看不起靠美国老板过日子的孔祥熙，见面总要讽刺他几句。有一年，孔祥熙做五十大寿，马寅初也接到请柬。马寅初去时，提着3斤挂面2斤肉。這点礼物，送给堂堂的国民党财政部长，实在是太寒酸了。不过，孔祥熙倒也不计较。寿宴开始，有人提议猜拳助兴。有人說猜拳助兴不文雅，还是讲笑话好，因为孔祥熙很会讲笑话，這个人是想巴结他。开始讲笑话的时候，大家知道马寅初学识渊博，口才又好，便齐声要他先讲。马寅推辞不过，便說：“我不会讲什么笑话，只会讲故事。现在讲一个故事为大家助兴。”大家拍手叫好。马寅初說：“从前有兄弟三人，老大叫年纪，老二叫学问，老三叫笑话。一天，父亲叫三兄弟一同上山砍柴，傍晚三兄弟回家，父亲看到‘年纪’砍一把，‘学问’一点都没有，只有‘笑话’砍了一担。”這个故事显然是讽刺孔祥熙“年纪一把，学问全无，笑话一担”。
解放前，马寅初在大庭广众下质问“蒋委员长”的连襟，财政部长孔祥熙的经济问题，搞得孔部长结结巴巴地说：“我是‘孔夫子’的后代，我不会贪污！”一时传为笑话。
1938年，马寅初指责孔、宋家族大发国难财。于是有人奉命来劝说马寅初，说可以将北碚立法院的好房子让他居住，想购买黄金，只要他提个数字，就可以照办，如果要去美国考察，不论长住或短期都可以，经费不成问题。对此，马寅初发表声明：
一、在此国难当头，我绝不离开重庆去美国考察；
二、为了国家和民族的利益，我要保持说话的自由，国民党政府的立法院没有多大意思，我绝不去北碚居住，并要逐渐同立法院脱离关系；
三、不搞投机生意，不买一两黄金，一元美钞。有人想要封住我的嘴，不让我说话，这办不到！
马寅初目睹官商勾结，腐败盛行，物价飞涨，民不聊生，经常点名批评当局，在社会上产生很大影响，为蒋介石政府所忌。一日，蒋介石召见了重庆大学校长叶元龙，将其大骂一通：“下周四拟陪同他（马寅初）到我这儿来，我要当面跟他谈谈。他是我的长辈，又是同乡，总要以大局为重！”叶回校后，怕碰钉子，让侄儿去找马寅初传达这个消息。马寅初听后，火冒三丈：“叫校长陪着我去见他，我不去！让宪兵来陪着我去吧！”马寅初又说：“委员长是军事长官，我是个文职，文职不去拜见军方！再说，我给委员长讲过课，他是我的学生。学生不来拜见老师，倒叫先生去拜见学生，岂有此理！假如真有话要说，叫他来找我！”蒋介石知道后，十分生气，又无可奈何，只好对叶说：“我是想同他谈谈经济问题。你回去告诉他，以后有时间，随时都可以来找我。”但马寅初始终未去见蒋。
抗日战争期间，有一次马寅初在重庆大学商学院大礼堂演讲，台下混进了国民党特务，情况很危险。马老带了女儿和棺材上台。他说：“为了真理，我不能不讲。我带了棺材，是准备吃特务的子弹；带女儿来是让她亲眼看着，特务是怎样卑鄙地向她爸爸开黑枪的，以便她坚定地继承我的遗志。”接着，他话锋一转，就针对国民政府的种种腐败状况，四大家族的企业、财产等等算了一笔细账。他的演讲，赢得了阵阵春雷般掌声，使混在台下的特务不敢贸然下手。国民党当局大为震惊，连连派人以高官、美金为诱饵，劝他不要再发表此类演说，但马寅初一一严词拒绝，后来逼得蒋介石亲自派人去请马老，说有事叙谈，马老照样拒绝了。
后蒋介石又派人游说马寅初：“委员长说了，您是他的老前辈，既是老师，又是浙江同乡，委员长准备推荐您担任财政部长，或者是中央银行行长。”马老笑道：“你们想弄个官位把我嘴巴封住，办不到！”来人又说：“那么，请马老先生买些美钞吧，政府批给您一笔外汇，这可是一本万利的生意啊！”马老生气地说：“不，不！这种猪狗的生意我不做！我不去发这种国难财！”马老“不做猪狗生意”的话在民间广泛流传，赢得喝采。蒋介石恼羞成怒，下令把他幽禁在贵州。抗战胜利后，马老恢复自由，在上海工商学校任教，勇敢揭露国民党发动内战的阴谋。他还不顾特务威胁，给家人留下遗嘱，只身前往南京演讲。
1960年，马寅初辞去北大校长之职。满腹经纶而又刚直不阿的他，赋闲了。马寅初毕竟经过风雨，见过世面，能够泰然处之，他喜爱这样两句话：“宠辱不惊，闲看庭前花开花落；去留无意，漫观天外云卷云舒。”