在办学方式上，马一浮孜孜追求的是古典书院式的教育形式，而不是现代大学的教育方式。他认为，只有像宋明时代的古典式的书院，有着优美宁静的山水，充足的供给这种从容和闲暇的环境，才能和宣讲儒家学术相一致。
马一浮设书院的想法，早在1912年与当时教育总长蔡元培的促膝谈心中就提出来了。马一浮对蔡元培说：“设通儒院，以培国本，聚三十岁以下，粗明经术小学，兼通先秦各派学术源流者，一、二百人，甄选宁缺勿滥，优给廪饩，供给中外书籍，延聘老师宿儒，及外国学者若干人，分别指导。假以岁月，使于西洋文字精通一国，能为各体文词，兼通希腊、拉丁文，庶几中土学者可与世界相见。国本初张，与民更始，一新耳目。十年、廿年之后，必有人材蔚然兴起，此非一国之本，亦世界文化沟通之先声也。”然而，马一浮的这个建议，蔡元培又以时间尚早而搁置。
马一浮辞谢回杭后，仍向往和追求儒学书院式的教育，并于同年自费考察了南洋群岛（今之新加坡）。他对闽人办的《道南学堂》以兴儒为宗旨，倍加赞赏。回国后，由于当时国内绌儒的氛围和学校废止经科，便一概谢绝来聘。此后，他在与弟子寿景伟、刘百闵等的通讯中，流露了愿找一处山水胜处，创办一所古典式的书院讲学的想法。这个愿望由其弟子辗转传到国民党最高当局，得到了认可。在成立书院董事会后，书院董事会于1939年3月间正式聘请马一浮为复性书院主讲，总持讲学事宜，实现了马一浮长期追求的愿望。
在赴川之前，马一浮要求，书院必须是完全属于社会性的纯粹学术机构，不受政府干涉的自由讲学。在与政府的接谈之际，马一浮提出三项先决条件：一，书院不列入现行教育系统；二，除春秋祭奠先师外，不举行任何仪式；三，不参加任何政治活动。当局居然一一赞同。蒋介石、陈立夫明确表示“始终以宾礼相待”，并拨开办费3万元，月给经费3千元。1939年1月底，马一浮总算接受条件赴川应聘。
复性书院设在四川省乐山县（古称嘉定）乌尤山的乌尤寺，位于岷江、青衣江、大渡河交汇处的江中心，风景绝佳。山上除乌尤寺外，尚有“尔雅台”，相传是晋人郭璞注解《尔雅》的地方。复性书院以“讲明经术，注重义理，欲使学者知类通达，深造自得，养成刚大贞固之才”为主旨；书院课程分通治、别治二门；书院为纯粹研究学术团体，不涉任何政治意味；书院不授予学生任何资格；书院设主讲、讲友、都讲，并有肄业生近30人，加上参学人不足40人。
马一浮拟定《复性书院简章》，规定书院宗旨为“专明吾国学术本原，使学者得自由研究，养成通儒”，书院设主讲一人，请的教师应是国内知名学者。而学生，则规定不求仕宦，不营货利，不起斗争。
书院很讲究礼仪，马一浮认为，讲学是一件大事，是弘扬大法，启迪后学，故不敢不敬。书院在正式讲学前，举行了隆重的开讲礼，马一浮斋庄盛服，立讲舍（乌尤寺之旷怡亭）前正中位，讲友、都讲及诸执事分立左右。学生在后依序立。由引赞王静伯唱先行谒圣礼，师生向先师位北面三礼，梵香读祝复三礼，谒圣礼毕。次行相见礼。礼毕，主讲马一浮开示。以后，马一浮每次开讲前，先写好讲稿，命人誊清，并将尔雅台前的旷怡亭扫除清洁，再将鲜花一束置瓶内虔诚肃穆地放置讲桌上，待讲时既到，学人齐集，然后由都讲乌以风捧讲稿随待在后，俟马一浮升座定位，再将讲稿双手捧持顶礼以献。
复兴书院从1939年9月15日开始讲学，到1941年5月25日停止讲学时止，前后共一年另八个月。之后，书院就专事刻书。刻书的主旨，是要使儒学有传，智种不断。马一浮多次对弟子们说：“多刻一板，多印一书，即是使天地间能多留一粒种子”。
马一浮对书院的建立，是满意的，并付出了全部的精力和心血，他对书院的成就，亦是满心喜欢的。他曾说：“书院成才，不同于今之学校。期望从学之士人人能为王者师，方尽得儒者本分。孔子门下，从学三千不为多，其中只有颜回、曾参不为少。希腊柏拉图学园，只成就一个亚里士多德，亦足以继往开来，为西方哲学宗师。”
1946年5月，马一浮回到杭州，暂时借西湖葛音山庄为临时书院院舍，继续以书院主讲兼总纂的名义卖字刻书，以维持书院继续支撑下去。虽然生活非常拮据，马一浮却仍然不想结束书院，中止刻书。直到有一天，因政府的币制改革失败，导致金圆券大跌，马一浮才彻底放弃了维持书院的生活。为“存先民之矩镬，贻后学之津梁”，马一浮将书院改作智林图书馆，负责保管流通，纂辑丛书。