1908年，熊十力返回故里黄冈，改名换姓为周定中，在百福寺白石书院孔庙教书，不久又到邻近之马鞍山的黄龙岩教书。熊十力此时认真阅读朱子的《近思录》、程颐的《程氏易传》、王船山的《周易内传》与《周易外传》。他对程氏和船山的易学思想颇有感触，并与何自新相切磋，对阴阳、乾坤、动静之关系有了新的理解，萌生了坤元即是乾元、动乃静之主的思想。次年读易学，读《列子》，由读《列子》启发了对王阳明“良知”和《大学》“明德”的理解，忽而触悟天地万物本吾一体，须向天地万物同体处（即万化大源处）认识本心。1910年，读康有为《人类公理》，病其浅薄；初闻西洋哲学唯物唯心之说，病其支离；更加坚信《大易》乾坤之义。
护法运动失败后，熊十力决定不再从事政治活动，全力步入学问之中，专门研读儒佛，探讨宇宙人生的大本大源，修养自身。熊十力当时认为，中国之乱，不仅仅在于军阀、官僚作怪，同时在于“众昏无知”，在于清代以来传统道德价值的失序。所以，此后熊十力思考的重心就转到重建民族的道德、重建民族的精神上来了。熊十力也常常反省自己，说自己“私欲潜伏，多不堪问”，“赖天之诱，忽尔发觉，无限惭惶”。
1920年暑假，梁漱溟介绍熊十力先生入南京内学院求学。此后两年间，熊先生一直在欧阳竟无先生门下学佛。1923年十月，熊十力的《唯识学概论》出版。这一讲义基本上依据佛家本义，忠实于内院所学。此时，他摆脱了章太炎的影响，批评章太炎《建立宗教论》、《齐物论释》的一些说法，同时又表现出他对佛学没有宗教徒式的信仰，而是力求得到理论上的满足。他对佛学的认同、理解，深得内学院师友的赞誉。此时，他虽然对佛学某些派别不满，但整个说来对佛学缺乏批评、扬弃。然而，这并不是说他对唯识学取经院派的教条式的态度，他在同情地理解的基础上，亦加入了自己的创见。
1930年，熊十力结识马一浮。熊十力后来修订《新唯识论》（文言文本）的末章《明心》章部分，吸收了马一浮的许多意见，特别是在心、性、天、命、理等宋明理学范畴的同一性疏解上，受马一浮的影响甚深。
1932年，竭熊十力十年之力的煌煌巨作《新唯识论》（文言文本）出版，这标志着蜚声中外的“新唯识论”哲学体系的诞生。但此书一出，即刻遭到佛学界人士尤其是内学院师友之群起攻击。其师欧阳阅后痛言：“灭弃圣言，唯子真为尤”，措辞严厉。欧阳弟子刘衡如更著《破新唯识论》对熊氏其书进行系统破斥，指责他“于唯识学几乎全无知晓”，并指斥其书乃“杂取中土儒道两家之义，又旁采印度外道之谈，悬揣佛法，臆当亦尔”。熊十力自不甘沉默，立即应战，并著成《破（破新唯识论）》一书，对刘氏之斥逐一破解。他为自己辩护说，《新》著“义既远离唯识，旨亦上符般若”，认为自己非但没有离经叛道，反而是对佛学的维护和发展，与欧阳等人相反的是，蔡元培、马一浮等人却对此书推崇备至，评价甚高。
熊十力认为，一个民族要生存下去，必须要有自己的哲学，自己的文化。为此，他开始投入更多的精力研究儒家学说，并写成《读经示要》等关于儒学的著作。1944年，熊十力《新唯识论》语体文本杀青付梓，由重庆商务印书馆作为中国哲学会中国哲学丛书甲集之第一部著作出版。此书是熊氏最主要的哲学著作，它标志着熊十力哲学思想体系的完全成熟。
《新唯识论》语体文本不仅仅是文言文本的改写，实际上已逐渐脱离了原有的佛学袈裟，完全是一独立的博大精深的哲学体系。如果依据文言文本尚可把熊氏看成“新佛家”学者的话，那么，以语体文本为界，则应当视其为“新儒家”学者。此书与稍后出版的《十力语要》、《十力语要初续》等书一起，构成了熊十力新儒家哲学思想的主要内容。
熊十力主要的哲学观点是：体用不二、心物不二、能质不二、天人不二。他所谓“体”是“心体”、“性体”，即人的生命存在的本体、宇宙万物之本根及其生生不息的源头活水，在一定意义上也是道德的本体和道德的主体。所谓“体用不二”，也就是肯定生命的意义和人生的价值，是为了在物欲横流的世界重新寻找“人生本质”和“宇宙本体”。熊氏认为，吾人与天地万物所同具的仁心本体，内蕴着极大的力量，可以创造出、生化出整个人文世界。他高扬了仁心本体刚健、创生的特质，实际上是以积极的人生态度、生命意识和人本精神去面对世界，创造世界，同时又主张不被人们创造出来的物质世界和人文建制所异化、所遮蔽，以致忘却、沦丧了人之所以为人的根基。
1956年，熊十力完成了《原儒》一书的下卷，并将上下卷同时印刷出版。全书共33万余字，重点发掘了儒学中有价值的部分，并按照自己的理解，以“六经注我”的精神，重新阐释了儒学经典和儒学史。这一巨著是熊十力作为新儒家学者的又一重要成果，继此书之后，熊十力又以超凡的毅力和速度完成了《体用论》、《明心篇》、《乾坤衍》等著作的撰写。
《体用论》集中表达了熊十力的哲学创见，特别是“体用不二”的学说。熊先生说：“此书之作，专以解决宇宙论中之体用问题。”“本论以体用不二立宗。本原现象不许离而为二，真实变异不许离而为二，绝对相对不许离而为二，心物不许离而为二，质力不许离而为二，天人不许离而为二。种种原理，皆禀《大易》之辩证法。”
在晚年出版的《体用论》一书的《赘语》中，熊十力明确指出：“《新论》（指《新唯识论》）两本（指语体文本和文言文本）俱毁弃，无保存之必要”。这话，他也成书之后多次对友人提及。
熊十力的《明心篇》是熊十力晚年最重要的一部著作。本书主要讨论心性论与认识论问题，发挥生命体验的形上睿智，对本心与习心、科学与哲学、科学的心理学与哲学的心理学、精神与物质、知识与道德、价值理性与工具理性之关系都有深入的探讨。书末附录《书札六通及体用论佛法上下两章补记》一文，均系《体用论》出版之后的答疑之作。
熊十力的“体用不二”之论，成为整个当代新儒学思潮“重立大本、重开大用”和“保内圣，开新外王”的滥觞，亦成为这一思潮的基本思想间架。
综观熊十力哲学，大致经历了由融儒入佛到儒佛同参，再到融佛入儒、归宗儒学的演进历程。其一生为学，融贯中西，平章华梵，摒弃陈说，绝少依傍。其哲学思想虽有不少局限，但他以其广阔的文化视野，独具的哲人慧思，提出并力求解决的人生问题与文化问题，诸如人的终极关切、人与自然的关系、人的困惑和疏离等，仍是人类现在乃至以后所面临而必须解决的问题，而他凭着对生命存在的独特体验，所作出的对人的内在的道德自觉、价值自觉、文化自觉的阐扬，又为人类开创了一条探寻价值的新路，而具有普遍的世界意义。