台湾学者林继平《我的治学心路历程》中记述，国民党从大陆撤退时，熊十力秘密乘火车来到广州，准备转去香港或台湾，毛泽东得知消息后，立即电告四野林彪司令员在广州拦截。林彪与熊十力是湖北黄冈的同乡，尊称他为熊老师。熊十力无可奈何，只得随林彪回到武汉。林彪还召开欢迎大会，欢迎这位湖北耆宿荣归故里。会后，即护送熊回到北京。
五十年代初，熊十力在北京四年多的生活是安定的，但也是孤寂的。他虽然受到礼遇，但内心深处却充满着惆怅。他关于复兴中国文化、重振古代儒学的主张被凉在一边；而自己的哲学，理会者更加稀少；昔目的友朋门生故旧聚首日渐稀罕。在北京先还有些学生来谈谈，后来就没有什么人上门了，有的连信都没有一封了。有的人过去对他执弟子札，但是到某种运动一来，竟说，我不知道熊有什么学问。
五十年代，陈毅去看望熊十力，他竟伤心地嚎啕大哭。陈毅问：“您老为何这么伤心？”答道：“我的学问没有人传呀！”熊十力晚年居上海时，愈加难耐寂寞，曾对人说：“现在鬼都没有上门的了。”陈毅深受震动，后来有一次在给上海高校的教师作报告时，他建议大家多向熊十力请教，“近在眼前的贤师，你们就去拜门，有人批评，就说是陈毅叫你们去的！佛学是世界哲学里的组成部分，一定要学。共产党讲辩证法，事物都要了解其正反面，不懂唯心论，又怎能精通唯物论呢？”
冯友兰在《怀念熊十力先生》一文中写道：“熊先生在世时，他的哲学思想不甚为世人所了解，晚年生活尤为不快。但在50年代他还能发表几部稿子。在他送我的书中，有一部的扉页上写道：‘如不要时，烦交一可靠之图书馆。’由今思之，何其言之悲耶！”
晚年，熊十力由上海市委统战部“领导”，因此，他经常要向统战部领导“汇报”一下自己的近况，遇有“运动”，也难免表一下态。如1957年6月，他写信给统战部，信中有“今天见报载，章伯钧自认造谣反党，真可耻可恨。”1959年2月信中有“昨年大跃进，中外欢腾。今岁更当一日千里。”但更多的是生活方面的要求，如住房问题、吃饭问题等等。1960年11月，他致信统战部，要求吃粗面包，“上月承惠两次饼干，是上好的东西，而此物吃时总不觉得饱，所以愿吃粗面包。”1960年12月，熊突然便血，便写信给统战部，“谨请予我一个宰好了的肥的母鸭子，看可救此症否？”并说“素承厚意怜念老人，故敢常扰。”统战部12月5日向上级请示：“拟同意送母鸭一只，请核。”领导批曰“同意”，于是，12月9日，熊十力得到了自己的一只肥母鸭。
在生命的最后几个年头，熊十力哀叹道：“人生七十，孑然一老，小楼面壁，忽逢十祀。绝无向学之青年，亦鲜有客至。衰年之苦，莫大于孤。五年以来，余犹积义以自富，积健以自强，不必有孤独感也。大病以来，年日衰，病日杂，余兴尽矣。”
1963年，熊十力七十九岁，元旦开始动笔起草《存斋随笔》。
1964年12月，熊十力赴京出席四届政协一次会议并列席人大三届一次会议。其间，陈毅曾来看他，并对在场的熊氏后人说，你爸爸是书呆子，让他写，把他的学术思想都写出来。郭沫若也来看望熊先生，谈到《存斋随笔》印行的种种困难。郭沫若也有苦衷，不便宜说。熊十力知此书印行已无望，说如果印若干本留存也不行，请退稿。1965年初，熊十力收到退稿后，请封用拙（熊的文书）再钞一份留存。
老友韦卓民上海看望熊十力，一见面熊就号陶大哭，使韦深觉不安。
1965年夏，弟子习傅裕去看望老师熊十力时发现，熊先生明显地衰老了，目光不再如以前那般如炬，谈吐不再像以前那般滔滔，情绪也不再像以前那么激昂了。他一人独坐屋中，身穿褐色长衫，扣子全无，只用一麻绳作腰带，状若老僧。屋内墙上挂着三个大字书写的君师帖，从墙头一直贴到天花板，孔子居中，左右是两位王先生：王船山和王阳明。
王元化在《熊十力二三事》回忆说：“我曾向他请教佛学，这时他已由佛入儒。在他起居室内，有三幅大字书写的君师帖。一居中，从墙头直贴到天花板上，上书孔子之位。一在右，从墙头往下贴，上书阳明先生。一在左，也从墙头往下贴，上书船山先生。他听我要学佛学后说：‘你学佛学做什么？现在没有人学这个了。’”
文革一开始，熊十力对红卫兵上街“破四旧”，随意闯入别人家中抄家，到庙宇教堂砸神像烧经书，十分反感，曾上书毛泽东表示反对。他给中共领导人写信，但是信去如石沉大海，没有回音。
文革中，熊十力被抄家，造反派冲进各个房间，将熊十力多年来珍藏的古代书籍、经卷、字画、手稿等等，或撕毁或焚烧。熊十力视书如命，上前想从火堆中抢出一些古籍孤本，被人推倒在地。
北京一○一中学红卫兵追寻到上海青云路，审问熊十力，问他知不知道刘少奇当年在庐山白鹿书院时有甚么反动活动等等。熊十力一律回答“不知”二字，因被视为态度顽固又受批斗。
文革期间，熊十力对“左”的一套极为反感，却又无可奈何。他晚年为自己订有“三戒”：不出门、不会客、不写信，衰年求静，聊以卒岁。在万般悲苦中，他曾作一联寄友人：“衰年心事如雪窖，姜斋千载是同参。”
后来，由于抄家、批判等变故，熊十力精神有些错乱，不断给中央领导写信，还经常写很多纸条贴在裤子上、衣帽上、门窗上，连裤袜之上，都写着对“文革”的抗议。为此他常常在街上遭人围攻，他却依然我行我素。
1966年夏，当熊十力在《人民日报》上看到《横扫一切牛鬼蛇神》一文时，伤感至极。他不断地给中央领导人写信，硬让家人寄出去，还经常写很多小纸条，甚至在裤子上，袜子上都写着对“文革”的抗议。他常常穿着一件褪了色的友布长衫，扣子全无，腰间胡乱地扎一根麻绳，独自一人到街上去或公园里，跌跌撞撞，双泪长流，口中念念有词“中国文化亡了！中国文化亡了！”直到实在走不动了，才坐到地上休息。这时，悄悄尾随于后的小女婿（熊再光的丈夫彭亮生）才敢露面（熊十力不让家人跟着他出来），搀扶着他，慢慢地走回家去。
1968年，熊十力在家曾绝粒求死，后改为减食，以求速死。但此时他在仍不停地写书，写了又毁，毁了又写。春夏之交，熊十力又患肺炎，病后不肯服药，送医院前已发高烧。在虹口医院治疗后基本好转，但他习惯于一清早开窗，又患感冒。由于他病体衰弱，心力衰竭，抢救不及，于5月23日上午九时与世长辞，终年八十四岁。
熊十力先生逝世这年，身居台岛的牟宗三似有感应，在这年的三月写了一篇怀念老师的文章，他在文中深情地说：“我常瞻望北天，喃喃祝问：‘夫子得无恙乎？’他住在上海，究竟能不能安居乐业呢？今已八十多岁，究竟能不能还和当年那样自由讲学、自由思考呢？我们皆不得而知……”