五四后期，蔡元培鉴于“读书不忘救国”引发的某种偏颇，重新号召“救国不忘读书”。此后北大校园还是发生了一起“讲义风潮”，令人不快。有次，一群学生涌进红楼，要求校方免收讲义费，并要找主张这条“可恶”规定的人算帐。蔡氏告诉他们，自己单独负责。争辩过久，怒不可遏。“你们这班懦夫！”他挥举双拳，怒目喊道：“有胆的就请站出来与我决斗。如果你们哪一个敢碰一碰教员，我就揍他。”学生们在他面前围成半圆。蔡先生向他们逼近几步，他们就退后几步，始终保持着相当的距离：“这位平常驯如绵羊、静如处子的学者，忽然之间变为正义之狮了。”
蔡元培任中央研究院院长时，虽然辞去了几十个兼职，然而请他题字、作序、写文章、谋职位的人仍是络绎不绝，他不胜其烦，遂在报上登出“三不启事”：一不兼职，二不写稿，三不介绍职业。
北京大学在蔡元培未当校长以前，开校务会议多半讲英语，特别是预科的校务会议，全部讲英语。不懂英语的教授，只好像聋子一样坐在那里，痛苦万分。蔡接任校长以后，特别提议校务会议一律改用国语，这引起了外国教授的反对。他们用英语表示“我们不懂国语”。蔡先生针锋相对，回答说：“假如我在贵国大学教书，是不是因为我是中国人，开会时你们就说中国话！”洋教授哑口无言。从那时起，任何会议发言，一律用中国话，不再讲英语。
对于没有真才实学的人，不论是什么背景，蔡元培都力主一律解聘，有两名英国教授依旧我行我素，带领学生逛八大胡同。聘约期满时，蔡元培不再续聘。那时外籍教授多由公使馆介绍而来。英国驻北京公使朱尔典找蔡求情，遭拒绝。那位公使大怒，扬言：“我看你蔡鹤卿还能做几天校长？！”外籍教授告到法庭，蔡元培请王宠惠作代理人，最后校方胜诉。
五四前后，北洋军阀及其御用文人指责新士风为“洪水猛兽”。蔡元培发表一文，勇敢宣称：“今日之士风，可以算是洪水；而今日之军阀，正是猛兽，非用洪水淹此猛兽不可。”二十多年后，傅斯年先生回顾旧事，犹自感慨不已：“这话在当年是何等勇敢，何等切实！”
蔡元培先生担任中央研究院院长后，因应酬较多，开销亦大。他的部属眼见院长的开销快超出薪水了，就在原来的薪水之外，多加了200元。蔡元培领到薪水后一算，发现多了200元，很奇怪，就去问主管发薪水的人到底是怎么回事。他知道原因后，当场就把多加的钱如数退了回去，并召集部署开会说：“一切要按照规定办理，生活清苦些不要紧，但守法必须要严格做到。”
唐绍仪辞职后，蔡元培亦呈请辞职：“敬乞大总统速任教育总长，俾元培得早一日去职，即尸位之咎早一日解免。”当他到总统府向袁世凯当面辞职时，袁对他说：“我代表四万万人留君。”蔡元培说：“元培亦对四万万人之代表而辞职。”
1930年秋，国民党某省政府改组，一个北大学生请蔡元培先生向蒋介石推荐他，并托老同学联名致电蔡先生促成。郑天挺记得，蔡先生很快给了回电，只有一句话：“我不长朕即国家者之焰。”