相传，上古可以通灵的智者们曾经制造了13个水晶头骨，这些水晶骷髅能说话、会唱歌，并且在头骨中还隐藏了有关人类起源和死亡的资料，能帮助人类解开宇宙生命之谜。根据传说，人们必须在2012年12月21日之前找到全部头骨，那一天是已经循环了5126年的玛雅历法的终结。除非13个头骨聚集在一起并按正确的位置摆放，否则地球将飞离轴心。只有按照预言中的做法丝毫不差地按时把水晶骷髅摆放到正确的位置上，头骨的超自然力量才能挽救地球。
水晶头骨的信息多来源于传说，死亡的人头骨和美丽的水晶的组合为其添加了许多神秘感。水晶骷髅头是由石英石打造完成的人头骨模型，传言说这些看起来异常美丽的人头骨蕴涵着某种奇异的能量体，它们全都归古代美洲阿兹特克或玛雅人所制作。至今尚未有经由考古学家挖掘出来的模型。
有关于水晶骷髅的起源有着不同的说法，最被人们所熟知的便是和2012世界末日相关的13个水晶骷髅的传说。这个传说起初只流传在美洲的印第安人族群中。但另一则据说是从长老会口中流传出来的故事却并不太一样。
根据长老会传下来的说法，水晶骷髅一共有52个，玛雅人占有其中13个，其他的水晶骷髅则散布在世界各地的神圣之地，其中包括美洲许多其他土著部落和澳洲土著等部落。但在危地马拉的一个村庄中，当村里的土著人把水晶头骨拿给一位自称是来自文明社会的神父看时，神父说这个东西是魔鬼制作的，于是就把那水晶头骨打得粉碎。
在剩下的51个水晶骷髅中，有12个骷髅的下颌骨能够自由活动，因此这几个便被称之为“会唱歌的头骨”。这在12个水晶骷髅中，存储了大量知识和当时人类尚未掌握的科技。因而这12个水晶骷髅也和其他的水晶骷髅不相同，它们是外星人从天狼星座给地球人带来的礼物。为了协助知识的传播，外星人在地球上教会了玛雅人制作水晶头骨的技术。玛雅人便用这种技术制作了40个下颌骨不能活动的头骨，称作“会说话的头骨”。也就是说，那12个水晶骷髅是后来40个水晶骷髅的原型。
不可避免地有人反对这两个传说的真实性，他们的理由显得简单却又十分具有说服力。因为水晶是世界上硬度最高的材料之一，用铜、铁或石制工具都无法加工它，而千年前的玛雅人又是使用的什么工具来打造的呢？如果真的是外星人的技术打造的，这个概念又过于模糊不清，难免让人产生怀疑。
而水晶骷髅的真正神秘之处在于，若是把它和真正的人类头盖骨作比较的话，很容易就能够发现其二者之间存在极大的相似性，只是唯独眼部特征稍稍偏于人类的正常范围以外。人类准确地认识自己的骨骼结构更是18世纪解剖学兴起以后的事，而产生于远古时期的水晶骷髅竟然是如此符合人体工程学的原理，不得不令人啧啧称奇。
而水晶骷髅对光学知识的应用也达到了一个巅峰。据说，水晶骷髅的催眠功能便来自于此。如果让一个人紧盯着水晶头骨的眼睛处，不多时人便会感觉昏昏欲睡。在各种古怪的传说中，水晶头骨总是被玛雅人拿来给病人做手术时催眠病人。
最能够证实水晶骷髅是玛雅人制造的证据于1927年被发现了。在洪都拉斯的玛雅废墟中，考古学家发现了一个水晶头颅。这个骷髅头是用水晶雕成的，高12.7厘米，重5.2公斤，大小如同真人头，是依照一个女人的头颅雕成的。这颗头颅的五官比例与现代人一模一样，牙床上整齐地镶着上下两排牙齿，眼睛由圆形水晶石点缀，鼻骨则由三块水晶石拼成。至今1000多年历史，专家们研究过头颅的表面及其内部结构后，肯定其历史非常悠久，确是玛雅时代遗留的文物。
众所周知，古代玛雅人并不如同当今人们想象的一样充满了无知，他们在数学、天文学和历法方面完全可以称得上是专家，甚至他们还掌握了许多可以与现代技术匹敌乃至超过现代技术的成就。虽然目前尚没有足够的证据能证明玛雅人早已经掌握了雕刻水晶的技术，但不能证明的事情并不代表不存在。
相反，一些并不太确定的蛛丝马迹却给玛雅人制造水晶骷髅提供了有利的证据。但也有另外一些证据表明，是后来的阿兹特克人和墨西哥中部及高原上的印第安人制作了它们。不管是谁最终制造了它们，这些古人一定非常善于在水晶上进行雕刻的工作，并且也有着足够的证据证明这些民族曾经把水晶骷髅当成某种意象——或许和宗教信仰有关——而频繁地使用着。
令人感到遗憾的是，当年从玛雅废墟中发现的水晶骷髅经过了几次拍卖，大英博物馆也曾加入拍卖者的行列中，但最终未能够如愿。现在，大英博物馆中唯一保留的便是当年参与拍卖水晶骷髅时的文献。
有关于水晶头骨的真实来历，恐怕在很大的一段时间里将会依旧是个谜团。