明万历四十八年（1620）的七、八、九三个月，是明朝建国以来气氛最阴沉的三个月。七月中旬，当了四十八年皇帝的朱翊钧驾崩。朝野之间，抑欢禁乐，人人强作愁颜，来为大行皇帝举哀。紫禁城里孝幔低垂，香烟袅袅，一派惨淡景象。依明朝旧例，皇帝殡天后，皇太子朱常洛已于八月初一即了皇位。但万历的丧事尚未操办完毕，新登基的皇帝却又突然病倒了，而且病势来得凶猛。太医院几位医术高明的御医共同会脉后，连拟了四副重药都没有扭转病情。皇帝气得大骂太医无用，而太医院院使亲自进宫去把脉，也没敢说出病因，只开了不少补元气的药物，皇帝吃了毫不见起色。到了八月十六日，宫内传出消息，说皇帝已经起不来床了。
新君刚刚即位半个月就不能再理朝政了，这可急坏了内阁的几位阁臣，因为每天由六部及各省督、抚呈上的奏折不下数百件，其中有不少是急待办理的，皇帝病倒，不能进行朱批，只好压着不办。内阁首辅方从哲开始时倒还沉得住气，但几天以后也感到坐不住了。方从哲是以礼部尚书兼东阁大学士的资格入阁的，他在万历朝担任了七年首辅，很能处理君臣间的关系。万历皇帝三十多年不和群臣见面，但方从哲替万历草诏的各项谕旨，几乎没有受到过驳斥，那是由于方从哲设法交结了万历最宠爱的妃子郑贵妃的缘故。万历驾崩后，方从哲扶持皇太子朱常洛登墓，原以为新君正值四十多岁的盛年，会励精图治。亲自披览公文，省却自己不少麻烦。没想到这位新皇帝连万历都不如，万历虽然不理朝政，但总还能在草诏的圣谕上作作朱批，而这位新皇帝病倒后连朱批的能力也没有了。圣旨无法下发，国事无法料理。而六部九卿催促批复的奏折几乎天天摆满一桌子。最近连阁臣们也在背地里埋怨首辅办事不力了，怎不令他心急如焚？
今天：方从哲刚一来到朝房，内廷就送来了一道紧急公函。打开一看。原来是皇帝有病乱投医，昨天竟擅自斥退了太医院医官，而请内侍崔文升给他看病。崔文升开了一个方子，皇帝吃后大泻不止，一夜之间起厕三四十次，现已昏迷不醒，急请内阁处置。方从哲看罢，心中又惊又气。惊得是万岁病危，社稷难以安定，气得是内府二十四衙门，那么多官吏，竟不能劝阻皇帝，而让一个不懂医道的内侍乱用虎狼药。他一面急传太医院御医进宫抢救，一面通知内阁阁臣赶到太和门前等候宣召——他估计皇帝如果病危了，一定会宣召阁臣布置后事的。
当方从哲带着阁臣们赶到太和门时，内廷已经乱成了一团，皇帝昏迷不醒，太医们束手无策，几次派人进宫催问抢救情况，始终未见回旨、而从太和门里不断传出的杂乱脚步声，说明情况危急。方从哲心中十分紧张，急切地等着太医的诊断结果。
天近中午了，几位御医才从宫中出来。由于首辅有话，要及时禀报万岁的病情，所以领班的御医特地来朝房寻找方从哲。这位御医今年已经七十多岁了，平日与方从哲交往很深。所以说活毫不隐讳，刚—见面就压低了声音说：“上头的病不妙。”方从哲有些疑惑地说：“刚刚四十出头，怎会病成这个样子。”老太医摇了摇头说：“冰冻三尺，非一日之寒，皇上精损过重，常言道‘寿命之本，积精自刚’，所以太医们一向使用固精建中之类的药物，为的是渐复其真阴之不足。这类药物本是慢工，岂能神仙一把抓？皇上埋怨服之无效，而滥用泻药，以致我们数月凋治之功毁于一旦。”方从哲从老太医的埋怨中已经感到不妙，不觉脱口问道：“莫非不好办了？”老太医叹了口气说：“如果不再乱用庸医，只以充血生精之药调理，还是有望的，只怕……”方从哲赶紧接过来说：“我当进宫劝谏，请皇上按太医院的医案凋养。”老太医拱拱手说：“多蒙大人信赖。”说罢匆匆告别回太医院去了。
送走老太医，已经过了午时，方从哲匆匆用了一点午餐，正准备写劝谏皇帝相信太医院的札子，却听到太和门里一叠声的传呼，“皇帝急召首辅入宫。”从这道传唤看，皇帝确实是病危了，方从哲定了走神，待情绪稳定下来后，才随着前来引路的太监向后宫走去。
进了乾清门，后宫的气氛使人感到压抑。万历皇帝的丧事还没办完，后宫各院的门前还悬挂着长长的孝幔，盛夏天气，各殿宇的大门却都紧闭着。偌大一座宫院中，除了偶尔有一两名太监匆匆走过外，阗无人声。由于天热，宫院中那些名贵的花树，也都垂着叶子，好像在想什么心事。
朱常洛的寝宫在乾清宫西南的养心殿，此时殿门紧闭，还垂着一张大竹帘子，所以一进殿就给人一种阴郁的感觉。方从哲扫视了一下殿内，没有发现一个宫娥内侍，只看见殿中央龙案上，燃着几根龙涎香，一缕香气扑鼻而来，因而屋里的空气倒不显得污浊。引路太监轻轻走到西暖阁前，撩起了低垂的竹帘，只听新皇帝用微弱的声音传旨：“请方先生进来！”方从哲不敢怠慢，整了整衣冠，面色庄重地走进暖阁，双膝跪倒，恭敬地说：“臣方从哲见驾吾皇万岁！”“起来，赐坐！”早有一名内侍搬过一只雕龙硬木圆凳来，请方从哲坐下。方从哲这才低垂着头，用眼睛的余光偷觑了朱常洛一眼，只见他面色苍白，三络长髯虽在病中，却梳理得十分整齐，头上缠着一块沾湿了的黄绫子，显然是为了降温。从这一切迹象看，皇帝的病虽重，却不象有致命的危险。朱常洛伸出有些颤抖的手握住方从哲，说：“朕这几日头目眩晕，身体软弱，不能临朝，一切大事都烦先生操劳了。”方从哲赶紧接道：“万岁天恩浩荡，从哲敢不竭尽全力报效国家？”朱常洛说：“朝中政事先生可代朕朱批，太子生性懦弱，也望先生扶持，后宫妻妾……”说到这里他感到气力不支，喘息了好一阵才接下去：“尚未来得及册封，先生可依旧例拟定名份。”这几句话无异是交待后事了，方从哲恭敬地聆听后安慰说：“万岁春秋正富，偶染小疾，原无大碍，望安心调养，千万不要误信流言，作践龙体。”朱常洛摇了摇头突然问道：“寿宫可曾齐备？”这一问使方从哲感到十分为难，他不知道皇上问的是已经驾崩的万历的寿宫还是他自己的寿宫，一时不好回答，思索了一阵才说：“万岁放心，大行皇帝已安葬完毕，天寿山地宫于前天开始复土……”，没等他说完，朱常洛已经不耐烦了，打断说：“朕问的是朕之寿宫。”方从哲慌忙跪倒在地颤声劝道：“太医院御医已禀报过，万岁目前不过是体质虚弱而已，哪里便有天崩地坼的事？”朱常洛厌烦地说：“太医院一帮庸医，朕信不过。”“万岁若信不过太医院，臣当传檄天下，广召名医。”听到广召名医几个字，朱常洛猛然想起一个人来，就问：“听说鸿胪寺有官员来进药，如今为何还不送来？”方从哲说：“鸿胪寺丞李可灼曾上本说他有仙方可治万岁病症，但臣与内阁诸臣计议，以为不可轻信，所以已将李可灼斥退了。”朱常洛面露嗔色，沉默了一阵才说：“太医无用，仙方又不可信，难道叫朕束手待毙？”方从哲吓得连连叩头说：“微臣怎敢？只是李可灼之言实不可信，皇上三思。”朱常洛挥了一下手说：“纵不能医病，也断不会要命吧？你传旨下去，朕要试试这个仙方。”方从哲知道，从万历的爷爷嘉靖皇帝起，就信奉道教，求炼长生不老的仙丹，这股风气由来已久，万历晚年几乎天天都要坐在丹房里与那些老道们一起炼丹，看来新皇帝也深谙此律，迷信“仙方”，这是难以劝阻的。只好推脱道：“待臣与六部九卿商议后，再来禀明皇上。”朱常洛说话太多了，感到底气不足，挥了挥手，示意方从哲不要再说。方从哲赶忙与几名宫娥伏侍皇帝躺好，看着他闭上眼睛，微微喘息，才磕了一个头匆匆退了出来。
接连三天，后宫里不断来人催问：“李可灼的仙丹是否送来了。”方从哲只是推拖，到了第三天下午，皇帝的亲随太监来到体仁阁，说皇上降旨，着李可灼速带仙丹进宫。方从哲无奈，只得与阁臣韩议定，由他二人陪同鸿胪寺丞李可灼带所进之药进宫见机行事。
鸿胪寺丞李可灼是个五十开外的老人，他面形清癯，举止飘逸，确有点道骨仙风。所进的“仙丹”盛在一个十分古朴的锦匣内，方从哲打开锦厘，立即飘出一股沁人心肺的清香，使人感到五内舒畅。再看那仙丹，却是一粒红得如同玛瑙般的药丸，光泽晶莹，灼灼夺目，确实不像凡间所有，据李可灼讲：此仙方乃是他年轻时节在峨媚山采药时得遇一位仙长所赠，所用药料均采自神府仙境，非人间所能得到，能治百病。这么一说连方队哲也不能不信了，急忙带着李可灼来到了养心殿。
朱常洛显得比前几天更削瘦了，体质虚弱，竟连侧身半坐也觉困难，只好平躺在龙床上。但他的神智十分清楚，见方从哲与韩进来，劈头就问：“仙丹可曾带来？”方从哲跪着奏道：“李可灼已携仙药进宫，只究竟能否治病，臣尚不敢妄言，请皇上明断。”这时，李可灼也捧着“仙丹”跪在了韩的后面。朱常洛示意把药呈上来，方从哲赶紧回身取过药匣，膝行到龙床前双手把药递了上去。一名贴身宫娥接过药匣徐徐打开，立刻全屋都迷漫起淡淡的清香。李可灼见周围大臣疑虑神色，先自服一丸。大臣方才放心。而朱常洛一见仙药红润晶莹，就觉得不同凡响，况且此刻药物的清香又使他顿觉舒畅，于是命人取水来，急匆匆地把药吞下去了，整个西暖阁内从宫娥内侍到方从哲、韩都紧张地等着皇帝的反映，只有李可灼似乎胸有成竹，脸上呈现出一副自信的神色。皇帝服下药去，就闭上了双眼，有一刻多种—动也不动。守卫在两侧的臣子们有点沉不住气了，方从哲用眼色示意传事太监看住李可灼，勿令逃走。就在这时，皇帝却睁开了双眼，呼唤宫娥携扶，想坐起来。方从哲刚要阻拦，朱常洛已经坐了起来，好像一下子健康了许多，脸上露出了笑容，连夸：“果然是仙药，仙药！”又称赞道：“李可灼是个大忠臣。”皇上的这番举动使方从哲、韩不能不相信仙药的灵验了，二人齐声问：“万岁此刻感觉如何？”朱常洛说：“朕只觉遍体清凉，似再无虚弱之感。”说罢探出身来叫道：“李可灼！”李可灼伏地轻应：“微臣在。”朱常洛说：“朕服仙丹果然奏效，请你明天再进一丸来，大概就可痊愈了。”李可灼答道：“臣家中尚有一丸仙丹，但仙长曾指点过，需在第一丸后三天再进第二丸，臣当于三天后再献灵药。”朱常洛说：“联病好后，一定给你加官进爵。”李可灼磕着头说：“微臣不求加官进爵，只愿万岁龙体得康复真元，就心满意足了。”朱常洛更是不断地点头称赞“忠臣，忠臣。”方从哲跪着扶住皇帝说：“万岁刚刚复康，还望息心调养。”朱常洛点点头说：“朕知道，你们跪安吧！”方从哲恭恭敬敬地站起来，带着二位外臣退出了养心殿。
农历八月末，是北京的金秋季节，在养心殿的宫院里，有几盆硕大的桂花正在盛开，金黄色的花朵簇簇团团，馥郁的幽香弥漫庭院。大殿里，那紧闭了十几天的殿门已被敞开，任阵阵花香随风飘入西暖阁。朱常洛坐在龙案前，心境很是欢快。自吃了李可灼的“仙丹”后，不知为什么，疾病好似一下子被驱走了一半。两天来，他除了时常坐在龙案前养神外，居然还有两次走出了殿门。看到那生意盎然的桂树，他感叹由于有病竟然没顾上欣赏中秋的月色。想想今天就是八月三十日了，李可灼的第二粒仙丹将要送来，心里更是高兴。
朱常洛和他父亲万历皇帝一样，十分迷信所谓的灵丹妙药，这次吃了“仙丹”，病势陡然减轻，更使他对仙丹百般敬服。他清楚地记得十八年前，父皇万历也曾得过一场大病，当时已认为没有恢复的余地了，于是传了遗诏，把太子后妃托孤给首辅沈一贯。但一夜之间，病情突然大愈，据说就是吃了仙丹的结果。想到这里，他更希望快点得到第二粒仙丹，所以从上午他已派了六拨儿太监去催促方从哲，叫他火速传李可灼进宫。但现在天色已近申时，李可灼还没到来，他不觉有点焦躁了，嘴里不断地叼念着“首辅误事”。直到申末时刻，太监才报道方大人、韩大人陪着李可灼在宫门前候旨，朱常洛迫不及待地说：“传！”
力从哲今天可为了大难了。三天前在皇上的催逼下，他引李可灼进宫献药，虽然当时就收到了效果，但凭他多年的阅历，总觉得这似乎是心理作用所致，并不一定是药的神效。回到府中后，就有几位心腹幕僚前来打听情况，他们与方从哲的看法一致，都劝方从哲不要再引李可灼进宫。尤其是太医院的几位太医，异口同声地否定“仙丹”的作用，他们表示，如果首辅再引入送什么“仙丹”，他们就集体上辞呈了。第二天又有几名给事中上疏，弹劾方从哲以首辅之尊，不能制止内侍乱用虎狼药，又滥引荒诞之人进宫献荒诞之药，弄得方从哲有口难辩，所以他准备再次斥退李可灼。但从后宫传来的消息却是皇上已能下行走，这又使他对仙药寄托着一线朦胧的希望。他也曾寻访了太医院院使，院使告诉他皇帝的复康有两种可能，一种是太医院近来所献的医方起了效果，一种竟可能是病入膏盲的“回光返照”，无论怎么说也与仙药不相干。这使方从哲一，时难以断定孰是孰非。今天一早，皇帝就派人催仙药，方从哲是一压再压，企图拖延，但午时以后，皇帝催促更紧，并发下圣谕，如果内阁阻拦进药，就以抗旨欺君论处。他才无可奈何地将李可灼召到内阁，再四叮问，李可灼力保仙丹有神效，方从哲这才拉上韩一同陪李可灼进宫。
进得宫来，见皇帝居然隐坐在龙案前，神气确比前天好多了。方从哲总算略微踏实了一点，心里又有点相信仙药确有奇能了。今天进来的这粒红丸，比前次的略大一点，色泽也更加光艳。朱常洛接过来后，仔细端祥了好一阵，脸上露出了一种难言的喜悦。宫女捧上淡人参汤，朱常洛很快地就着参汤把药服下了。李可灼看皇帝服罢药，跪请他上床休息，朱常洛却不在乎地摆了摆手说：“用不着，朕今天精神很好，李爱卿献药有功，来日定当封赏，”说罢，起身在地上踱了几步方步，又笑着对方从哲说：“方先生，你看朕明天是否可以临朝了？”方从哲娓婉地劝道：“万岁且再将养几日，待龙体大康后再临朝不迟。”朱常洛点头应允。为了不再使皇上过分劳累，司礼监随堂太监及时地截断了他们的谈话，把三位外臣直送到隆宗门才挥手言别。
九月初一，是新君登基一个月的喜庆日子。内廷诸司见皇帝病势恢复得很快，决定连夜撤掉祭奠大行皇帝的孝幔。挂灯悬彩，祝贺新君亲政。所以紫禁城里八月三十日是一夜未眠，二十四衙门连夜布置装饰宫院的活动。御用监和司设监更是忙碌，把大量红绸、宫灯送到三宫六院。各院太监们来回奔走，挂灯的挂灯，送锦衣的送锦衣，生怕明天寅时二十四衙门总管太监检查时，挑出大毛病。忙碌到后半夜，乾清宫前突然出了乱子，只见四名年青力壮的太监飞跑着往各宫传旨，着立刻停上张灯结彩，紧接着司礼监掌印太监传谕速召太医院院使率诸太医进宫，不一会儿又传皇帝口谕，着乾清宫李选侍率皇太子及各宫妃嫔到乾清宫听旨，与此同时，宣召内阁辅臣、六部九卿掌院官吏进宫……这一连串的召人，说明皇帝已经病危了。等到方从哲率领着各部尚书来到乾清宫前时，太医们已经垂头丧气地从殿内走出来，乾清官里六宫女眷‘们哭作一团一皇帝在九月初一丑时二刻殡天了。
本来已经复康了的皇帝，服了一粒并非御医进呈的红丸，在夜里猝然死去，这可是一件非同小可的事情。方从哲此刻更为紧张，他已预料到明天早晨就会有无数指劾他的奏本飞进来，弄不好很可能被扣上一顶“弑君”的帽子。所以虽然他表面上还保持着镇静，但心中却在暗暗地思索着为自己解脱的对策。按明朝的旧例，皇帝驾崩，他的遗诏需由内阁首辅代拟，方从哲想来想去，觉得只有利用拟遗诏的机会，申明服用红丸是皇帝自己的意见，把责任一股脑推到大行皇帝身上才算上策。主意已定，他的神情也安定了下来，以宰相的风度调理后事，居然使一切有条不紊，当夜就安排好了举哀的全部程序。
果不出方从哲所料，皇帝的暴卒引起了整个朝廷的注意。要追查皇帝死因的奏折两天之内就达数百件。其中有的奏本已经公开指出，给皇帝服泻药的内侍崔文升，最初曾在郑贵妃属下任职，后来才由郑贵妃转荐给朱常洛。崔文升竟敢用泻药摧残先皇，其背后必有人指使。这使方从哲感到吃惊，因为他明白自己与郑贵妃也有着极其密切的联系。如果有人说红丸是由自己引进的，再把它和崔文升联在一起，很自然地会形成一个育计划的弑君阴谋。朝议一起来就很难平息，自己将成为众矢之的。虽然对这些他已有预料，但绝没有想到，事态会发展得这么快。好在他在皇帝殡天那天起就已想好了对策，他满有把握地认为，群臣现在纷纷上本，是由于不了解真相。如今只要把皇帝的遗诏发下去，群情自可平息。于是方从哲迫不及待地征得了阁臣的同意，颁布了由他亲笔起草的遗诏。遗诏中以大行皇帝的口吻百般夸奖李可灼，并诏赐银币。方从哲以为这对堵住各言官的嘴可能会起极大作用。但他绝不会想到自己走了一招最愚蠢的棋。遗诏一下，群情鼎沸，朝臣们都知道遗诏出自首辅之手，无形更把方从哲与进红丸紧密地联在一起了。大家把遗诏当成了方从哲的“此地无银三百两”，许多言官直言不讳地把方从哲也列入弑君的行列，请求惩办崔文升，李可灼，并严查幕后主使的声浪愈演愈烈，到这个地步，方从哲也感到有点招架不住了。
在天启初年的内阁中，辅臣韩算是威望最高的了。“红丸案”发生以后，尽管群臣纷纷上疏追问，韩却始终一言不发。这令方从哲十分恼火。十月四日，在内阁里议处政事，方从哲问韩：“李可灼进红丸从始至终你都清楚，为什么不出来说上两句公道话？”谁知韩只是微微一笑，根本没有回答。方从哲真不知这位辅臣葫芦里卖的什么药。其实韩一直在注视着群臣的动态，他对方从哲的无过受责也寄予很大同情，但是他看问题要比方从哲远得多。依他的主意，对群臣要求查清红丸案、追惩幕后人的奏折，本就应采取听之任之不加可否的态度，这样很可能喊一阵就自然的息声敛气了。方从哲过早地跳出来，又是颁遗诏，又是命人申辩，实际上是自己给自己套锁链。如今方从哲成了众矢之的，而自己也是陪同进药的阁臣之一，群臣攻击方从哲，未必对自己就没有猜疑，如果在这个节骨眼—上站出来为方从哲辩护，其结局将会和他一样陷入被动局面，那么要澄清此案就比登天还难了。韩的这番苦心，方从哲怎么会知道呢？
十月中旬，追查“红丸案”的呼声达到了最高潮，礼部尚书孙慎行和左都御史邹元标上了两道令人瞩目的奏疏，孙慎行指出：“从哲纵无弑君之心，却有弑君之罪。欲辞弑之名，难免弑之实。”邹元标则厉声切责：“首辅方从哲不伸讨贼之义，反行赏奸之典，即谓其无心，何以自解于世。”这孙慎行和邹元标都是朝巾最孚众望的大臣，素以忠正耿介著称。尤其是邹元标，当年曾因反对权倾一时的首辅张居正受过很重的杖刑，被时人誉为“五直臣”之一，声震朝野。他们的奏折给追查“红丸案”元凶定丁基调，方从哲纵有一万张嘴也难以辩驳了。捧着这两道奏本，方从哲双手不断颤抖，他回顾这几天为平息众怒所做的努力，感到自己并没有走错棋，比如在会见群臣时，他曾严正地指出：“崔文升、李可灼进药，均系先皇所请，如说内中有阴谋，首先要使先帝蒙受一个不得寿终的名声，凡属臣了，于心何忍？”这本是一个理直气壮的回击，足以使那些气势汹汹的言官望而却步。谁知这个回击非但没有奏效，反而如同火上浇油，使追查的声势形成了一股狂流。先前弹劾他的还只是些言官，现在连不少大臣也挺身而出了，先前的奏本还只是“犹抱琵琶半遮面”，以隐指为主，现在干脆指名点姓地骂起来了。更有甚者，有的奏本还翻起了老账，把方从哲依附郑贵妃的丑事都抖露出来了，最后终于导致了孙慎行、邹元标的奏本……秋风起了，宫院中落叶满径，寒气从门缝、窗缝中钻进来，使人遍体生凉。方从哲此刻连心里都是凉的，他感到再也无力抵挡这些严厉的切责了，想不到居官一世处处仔细，苦心钻营，竟落了个“弑君”的罪名。事到如今要想保全身家性命，只有一条路，那就是上疏请求归隐。方从哲思来想去，终于选定了这个退身之计。他写了一道很长的奏本，一面仔细为自己辩解，一面十分诚恳地提出了退隐的要求。
方从哲奏本递上去不到十天，天启皇帝的批准谕旨就下来了。十一月初，这位执政八年之久的老臣，在萧瑟的秋风中，凄然地离开了京城。卢沟桥的长亭前，芦荻萧萧，落日斜映，断鸿声声，一派肃杀景象。方从哲举起酒杯，对前来送行的几位幕僚发泄了一番感叹。一阵寒风卷来，他那花白的胡须在风中飘洒，越显凄然，以至送行的幕僚都落下了伤心的眼泪。方从哲走了，在荒草侵径的小路上，在乱云与荒草接壤的天尽头，在落叶飘零的秋风中，孤独地走着一个被从统治集团中倾轧出来的失败者，但是悲剧并没有到此结束……就在方从哲离京后不久，又一批严查红丸案内幕的奏折送到天启皇帝的案头。这位十六岁的少年皇帝一生也算是充满坎坷了，还在幼年时节，自己的生母就因被人殴打而病死，而父亲一直得不到万历皇祖的信任，几次差点被废掉皇太子的称号。好容易登上了皇帝的宝座，却又大病缠身，如今又突然不明不白地死去，这使他心中蕴蓄着一股报仇的情感。方从哲恰好成了他发泄仇恨的对象。所以当方从哲乞归的奏本上来后，他一点也不留恋地准了本，而现在群臣并没有因为方从哲的被贬而停止对他的攻讦，就更使天启帝觉得方从哲逃不脱弑君的罪名了。但碍于从哲乃是三世老臣，一时不好给予过重的处置，所以天启将这些奏书都留中不发，以观动静。这天上午，天启皇帝正在群臣的奏折中寻找指控方从哲的本子，却忽视发现一个非常熟悉的字体，仔细看来，却是方从哲从致仕的老家发来的。奏疏写得很恳切，疏中说：“离京后无时不注目朝廷，知道群臣还在先皇考殡天事上纠缠不休，自己年老愚昧，未能阻止庸官进药，罪不容诛。为表示谢罪，愿乞削去官阶，以老髦之身远流边疆，以平朝臣之怨。”看罢奏折天启又有点同情起这位老臣来了，就把原疏发内阁度议。他没有想到，这正是远在江南的方从哲希望他做的。
在处理红丸案的过程中，方从哲是走一步错一步，只有这最后一道奏疏算是走对了。他上这道奏疏的目的一是以恳切的言词，严厉的自责来平息公愤，二是希望唤起一些朝臣的同情，能站出来替他说上几句话。结果两个目的都达到了。群臣在议论方从哲的奏折时，已有人为他鸣不平。不久，刑部尚书黄克缵、给事中汪庆百、御史王志道等纷纷上书，要求立即刹住追查大行皇帝暴卒之谜的舆论。他们的主要理由就是如果纠缠下去，朝廷不宁，且陷先帝以非善终之地，与皇家名声也不好听。这样的理由如果从方从哲嘴里说出，就能引起众怒，而从其他官员嘴里说出，就显得有些道理。但天启认为这种辩解并没有搞清红丸案的真相，一时难以决断。这时，一直缄默无言的阁臣韩终于站出来说话了。韩以一个亲历者的资格出现，把当时他目睹的一切事实都详细地说清楚了。特别是方从哲当时进退维谷、左右为难的情景，被描绘得十分具体。最后，韩才提出“红丸”一案，纠缠了一年多，但真正置先皇于死地的崔文升和李可灼到现在也没有处置，这两个人虽然乱用药物，但也确实是奉旨进药，可以适当惩处，红丸一案则不宜继续深究。
韩在万历年间就是个有名的老成之臣，居官十余年处事公正，并绝不趋炎附势，很受群臣尊仰，而且他和刘一憬都是在进红丸的前几天才入阁的，与原内阁中的党派之争没有关联，入阁后又一直陪伴方从哲料理进红丸之事，说出的话是可信的。所以他的奏折报上后，很快地使一场风波平息了下来。不久天启皇帝圣旨颁下，“将李可灼削官流戌边疆，崔文升逐出北京，发往南京安置。”一场轩然大波，到此总算结束。但是朱常洛为什么在一夜之间猝然暴死？李可灼所献的红丸究竟是什么东西？却一直是个谜。三百余年来，尽管史学家见仁见智，设想了种种答案，但没有一种能令人信服，因此红丸一案成了千古之谜，而围绕着一代皇帝猝死所发生的一场宫廷政治斗争，却深刻地揭示了明朝末年上自后妃、诸王，下至宦官、外戚、阁臣、九卿、言官、外吏之间激烈的门户之争。透过它，我们终于看到封建社会晚期的种种陋政和积弊，所以直到如今还有人把发生在明末的“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”列为理清明代政治斗争脉络的钥匙呢！