既然人们本来具有智慧觉悟的本性，可是为什么会迷失本性而不能觉悟呢？禅宗从佛性与烦恼的关系回答这个问题。他们认为，人心本来具有佛教觉悟的智慧，它就是人的本性；智慧觉悟的本性本来清净，但是它被人们心中的烦恼妄念所掩盖，于是人们便成为迷失本性的众生，而不能成为现实的佛。慧能把清净的本性比作日月常明，把烦恼妄念比作乌云蔽日，它使本来明亮的日月不能显现。所谓烦恼妄念掩盖了智慧本性，也就是说烦恼妄念是妨碍人们觉悟解脱的心理障碍，因此必须加以克服。
在禅宗看来，智慧本性与烦恼妄念相即不离，二者同时集于人心，但是前者不生不灭，后者生灭变幻，因此烦恼妄念是可以克服的，无论人心当中充满多少烦恼，都不能改变人们智慧觉悟的本性。慧能说“即烦恼是菩提。前念迷即凡，后念悟即佛”；“自色身中邪见烦恼、愚痴迷妄，自有本觉性”。就是说觉悟的本性就在烦恼妄念之中。尽管二者相即共在，但它们的性质完全相反：佛性智慧是真实的本体，烦恼妄念是虚假的现象。为什么呢？因为智慧本性是清净的，清净就意味着无相，“性体清净，是以无相为体”；“净无形相”，“无相”就是没有任何具体的相状，“清净”是无相的比喻性说法，比如一个无色透明的物体，人们无法说它是黑的还是白的、红的还是绿的，等等。所谓佛性（本性）清净无相，也就是说佛性没有任何具体的规定性；如果从生灭的角度来说，佛性也就是无生无灭、常住不变的实体。所以慧能的弟子神会说：“佛性体常故，非是生灭法。”与此相反，烦恼妄念随生随灭、变幻不已。他认为佛性好像虚空，烦恼如同明暗，“明暗有来去，虚空无来去”，来来去去就意味着生生灭灭；二者又好比金属与矿石，“金之与矿，俱时而生。得遇金师，炉冶烹炼，金之与矿，当时自别。金既百炼百精，矿若再炼，变成灰土”。佛性与烦恼的关系也是如此，佛性常住不变，烦恼变纪不居。佛教把无生无灭（常）看做真实性的象征，把生灭无常作为虚假的标志，所以禅宗说佛性不生不灭就意味着佛性是真实的本体，说烦恼有生有灭就意味着烦恼是虚假的现象。神会认为人心中这个真实的方面就是根本性的，而虚假的方面则是派生的，所以说：“以不生不灭故，得称为常；以常故，得称为本。”既然佛性是根本性的，所以它“本有今无”，即本来具有而被“烦恼盖覆不见”；既然烦恼是派生的，所以它“本无今有”，即本来没有而后天生起。这就表明，无论人们心中充满多少烦恼，都改变不了智慧觉悟的本性；无论烦恼多么深重，人们都可以将它克服。