在腾讯内部，有这样一种说法：在管理一家大企业方面，马化腾可能比不上杨元庆，但如果给他们同样的资金去创业，马的胜算则更大。简言之，马化腾有着非常敏锐的商业嗅觉，知道该学什么，并懂得对学到的东西进行改进。在马化腾看来，自己是偏技术和产品的，非常务实，在互联网的大腕里，马化腾和丁磊的风格是比较接近的。对战略和产品的方向和度的把握还可以，但不善于管理和对外交流。
在面对计算机时，他如鱼得水，开发出“股霸卡”就是一个例子。1994年，还在润迅公司做软件工程师的他看到电脑板卡市场火热，便结合自己炒股的兴趣，开发出“股霸卡”，一度在深圳的电子市场卖断货。同样的逻辑，发生在QQ的诞生过程中。1998年年底，27岁的马化腾创办了腾讯，而3个月后他所推出的OICQ，正是其以往热爱使用的ICQ的一个翻版。马化腾的QQ(前身就是OICQ)从诞生那天起，就克服了成名已久的ICQ的一些弊端。
通过马化腾早期的经历，我们似乎可以窥见他日后商业思想的核心：审时度势，该出手时就出手。2002年，马化腾决心进入游戏市场。那时候，网民在网吧玩游戏的时间已经超过了玩QQ的时间。在马化腾看来，这是一个无形资产上的威胁。腾讯选择先进入棋牌类休闲游戏，理由是棋牌类游戏开发成本比较低，而且关联度比较大，简单且可以整合。最初，腾讯只是投入4个人进行了棋牌类游戏的研发，结果却获得了意想不到的成功，很快就超越休闲类游戏老大联众。
随后，马化腾代理了一款韩国大型网游，但成绩平平。理由也很简单，大型网游更像一部大片，成功与否与它本身的关系更大，而与你的平台和衍生的关系则很小。这次合作给腾讯的游戏研发和运营队伍上了一堂课。此后，腾讯开始自主研发网络游戏，直到大型网游《QQ幻想》诞生。
马化腾在腾讯的业务线上采取了依靠自己人的方式，在公司的管理架构设置上，亦是如此。2006年，马化腾开始从日常管理中抽身而出，有麦肯锡和高盛背景的空降兵刘炽平从马化腾手中接过了总裁的位置。刘炽平早在2003年扶助腾讯上市的时候就跟马化腾相熟，他是前高盛亚洲投资银行部执行董事，也曾是腾讯上市的承销顾问。2005年初马化腾把刘炽平引入腾讯做首席战略投资官，一年后任命其为总裁。2007年3月，刘炽平升任公司执行董事，成为协助马化腾进行公司战略部署和运营的最重要角色。同样是任命总裁，陈天桥就是一声令下，唐骏一步到位，之前两个人只有数面之交。
目前，腾讯公司的高层中有许多空降兵。被微软从西雅图派回上海的熊明华，受到腾讯另一位创始人张志东的力邀，于2005年12月加入腾讯，与张志东共同分担首席技术官一职。负责广告和品牌推广业务的刘胜义(曾担任阳狮——Publicis中国的执行合伙人)、人力资源总监奚丹(来自中兴)，无线业务的执行副总裁刘成敏(来自华为)，腾讯网总编辑陈菊红(曾在《南方周末》、《南风窗》等媒体担任高管及主编职务)等等均是空降到腾讯的高级人才。如此一来，马化腾几乎成了腾讯公司的“首席架构师”。《你所不知道的马化腾》一文中把马化腾的工作归结为：外部看“腾讯未来做什么”，内部看“人的问题”。马化腾现在最大的功夫下在参与新业务线的孵化和跟踪前沿上。每天晚上马化腾都泡在网上，从各大门户的科技频道到DoNeec社区，他都会去看看;国外新兴的服务、有意思的产品，他都要下载下来用一下;新上市的网络游戏，也要进去玩一玩。一旦发现什么合适的创新，就想办法移植到腾讯来。
除了工作，马化腾几乎没有其他爱好，即使婚后他仍时常加班到深夜。他甚至是企业家中极少乐于表示自己不爱读书的人：“管理方面的书，知道了也就够了。不会因为你知道，企业就能变得怎么样，还是得看你做的事情。”马化腾曾对媒体表述过他对读书的态度。