1942年，梁思成接受国立编译馆的委托，编写一部《中国建筑史》。
这也是他们远在英美留学时的夙愿，由他们执笔写的《中国建筑史》，将是第一部中国人自己写的建筑史。为了这部书的写作，实际上他们在几年前就开始收集资料了。
林徽因的肺病越来越严重，经常大口大口地咳血，梁思成的身体也垮了下来。他的脊椎病重新复发，写作的时候，身体支撑不住头的重量，只好找一只玻璃瓶垫住下巴。
林徽因承担了《中国建筑史》全部书稿的校阅和补充工作，并执笔写了书中的第七章，五代、宋、辽、金部分。这一章是全书的主干，共有七节，分别为：五代汴梁之建设；北宋之宫殿苑囿寺观都市；辽之都市及宫殿；金之都市宫殿佛寺；南宋之临安；五代、宋、辽、金之实物；宋、辽、金建筑特征之分析。
在这一章中，她介绍了宋、辽、金时代，中国宫室建筑的特点和制式，以及宗教建筑艺术，中国塔的建筑风格，辽、金桥梁建设，乃至城市布局和民居考证。
大量资料来源，是他们数年来考察中国建筑获得的第一手材料。仅是中国的塔，她就列举了苏州虎丘塔、应县木塔、灵岩寺辟支塔、开封祐国寺铁色琉璃塔、涿县北塔及南塔、泰宁寺舍利塔、临济寺青塔、白马寺塔、广惠寺华塔、晋江双石塔、玉泉寺铁塔等数百种。细心地研究了它们各自的建筑风格、特点宗教意义，成为集中国塔之大成的第一部专著。
另外，林徽因还以详实的资料，分析了中国佛教殿宇的建筑艺术，对正定县文庙大成殿、山西榆次永寿寺雨华宫、辽宁义县大奉国寺大殿、山西五台佛光寺文殊殿、正定龙兴寺摩尼殿和转轮藏殿、宝坻广济寺三大士殿、山西大同华严寺薄伽教藏及海会殿、善化寺大雄宝殿、河北易县开元寺毗卢、观音、药师三殿、少林寺初祖庵大殿、山西应县净土寺大雄宝殿、河南济源奉仙观殿、江苏吴县玄妙观三清殿等殿宇的建成年代、廊柱风格、斗拱结构、转角铺作诸方面进行了论证与分析。这些都是前人没有做过的事情。
工作着是美丽的。林徽因、梁思成在写作中获得了极大的快慰，倾注在创作中的时候，便进入了忘我的境界。
他们梦想着等战争结束了，他们的身体好起来，能再去全国各地考察。梁思成说，他做梦也想去一次敦煌，如果上帝给他以健康，他就是一步一磕头，也要磕到敦煌去。林徽因说，她最向往的是对江南民居的考察，在南方呆这么多年，没有来得及实地考察真是太遗憾了。
在他们的书稿即将完成的时候，费正清、陶孟和从嘉陵江搭乘小火轮溯江而上，整整四天旅程，11月14日来到李庄镇。费正清是专程来探望这对老朋友的。他们自1935年圣诞节分手以来，直到1942年9月26日在陪都重庆与梁思成相逢，差不多七年时间没有见过一次面。那次相逢，他们激动地握着手达五分钟之久。
他们一进门，费正清愣住了。他不敢相信自己的眼睛，在这几乎是原始人类穴居状态的生存条件下，这两位中国第一流的学者，虽然成了半残废，却仍拼尽最后一点力气，全身心地投人工作之中。在他们的病榻周围，是堆积如山的资料和文稿。
费正清望着林徽因，心情十分激动。几年不见，竟变得几乎认不出来了。
费正清终于忍不住说：quot;我很赞赏你们的爱国热情，可在这样的地方做学问，也确实太难了，你们是在消耗自己的生命。要是美国人处在这样的环境下，他要做的第一件事情，是改善自己的生态条件，而绝不是工作。西部淘金者们，面对着金子的诱惑，他们做的第一件事却是设法使自己有舞厅和咖啡馆quot;
陶孟和说：quot;还是去兰州吧，我的夫人也在那里，西北地区干爽的空气有助于治好你的病。先把病治好了，再去写你们的书quot;
费正清也建议林徽因去美国治病，他可以提供经济上的帮助。
林徽因说：quot;你们住上几天，也许会有另一种看法。quot;
后来，费正清在他的《费正清对华回忆录》一书中，满怀深情地谈到当年去李庄访问徽因和思成的情景。
梁家的生活仍像过去一样始终充满着错综复杂的情况，如今生活水准下降，使原来错综复杂的关系显得基本和单纯了。首先是佣人问题。由于工资太贵，大部分佣人都只得辞退，只留下一名女仆，虽然行动迟钝，但性情温和，品行端正，为不使她伤心而留了下来。这样，思成就只能在卧病于床的夫人指点下自行担当大部分煮饭烧菜的家务事。其次是性格问题。老太太（林徽因的母亲）有她自己的生活习惯，抱怨为什么一定要离开北京；思成喜欢吃辣的，而徽因喜欢吃酸的，等等。第三是亲友问题。我刚到梁家就看到已有一位来自叙州府的空军军官，他是徽因弟弟的朋友（徽因的弟弟也是飞行员，被日军击落）。在我离开前，梁思庄（梁思成的妹妹）从北京燕京大学，经上海、汉口、湖南、桂林，中途穿越日军防线，抵达这里，她已有五年没有见到亲人了。
林徽因非常消瘦，但在我作客期间，她还是显得生气勃勃，像以前一样，凡事都由她来管，别人还没有想到的事，她都先行想到了。每次进餐，都吃得很慢；餐后我们开始聊天，趣味盎然，兴致勃勃，徽因最为健谈。傍晚五时半便点起了蜡烛，或是类似植物油灯一类的灯具，这样，八时半就上床了。没有电话，仅有一架留声机和几张贝多芬、莫扎特的音乐唱片；有热水瓶而无咖啡；有许多件毛衣但多半不合身；有床单但缺少洗涤用的肥皂；有钢笔、铅笔但没有供书写的纸张；有报纸但都是过时的。你在这里生活，其日常生活就像在墙壁上挖一个洞，拿到什么用什么，别的一无所想，结果便是过着一种听凭造化的生活。
我逗留了一个星期，其中不少时间是由于严寒而躺在床上。我为我的朋友们继续从事学术研究工作所表现出来的坚韧不拔的精神而深受感动。依我设想，如果美国人处在此种境遇，也许早就抛弃书本，另谋门道，改善生活去了。但是这个曾经接受过高度训练的中国知识界，一面接受了原始纯朴的农民生活，一面继续致力于他们的学术研究事业。学者所承担的社会职责，已根深蒂固地渗透在社会结构和对个人前途的期望中间。如果我的朋友们打破这种观念，为了改善生活而用业余时间去做木工、泥水匠或铅管工，他们就会搞乱社会秩序，很快会丧失社会地位，即使不被人辱骂，也会成为人们非议的对象。
费正清因感冒在床上休息的时候，林徽因便拿了她在李庄写的诗给他与陶孟和读。让他们惊奇的是，在这样恶劣的生存条件下，林徽因居然还洋溢着诗情。
费正清退烧以后，林徽因、梁思成陪他们去外边散步，费正清对这川南小村发生了浓厚的兴趣。林徽因说：quot;中国南方的民居，最充分的体现了中国的人文精神，我有个设想，等身体好起来的时候，要对江南民居作一番详细地考察。quot;
费正清说：quot;林，我已经明白了，你的事业在中国，你的根也在中国。你们这一代知识分子，是一种不能移栽的植物。quot;
在参观傅斯年位于僻静寺院的图书馆之后，费正清还用一个下午的时间看了来自美国南达科他州斯宾克县的传教士詹森博士，尔后与陶孟和重登小火轮返回重庆。
1945年8月，日本侵略者宣布无条件投降。
消息传来，贫病交加的林徽因、梁思成夫妇，欣喜若狂，8年的离乱终于结束了，好像陷进古井里的人，一下子看到了阳光。可是梁思成当时不在李庄，在重庆正与两位年轻的作家在美国大使馆食堂共进晚餐。
林徽因庆祝的方式是极其特别的，她拖着病骨支离的身体，坐轿子到茶馆去，这是她四年来第一次离开她的居室，以茶代酒，庆祝抗战的胜利。梁思成兴致勃勃地回到李庄镇后，把家里仅有的一点钱，买了肉和酒，还请了莫宗江一起相庆。林徽因也开了不喝酒的戒，很痛快地饮了几杯。
乘着酒兴，梁思成大声教宝宝和小弟朗诵杜甫的诗：
剑外忽传收蓟北，
初闻涕泪满衣裳。
却看妻子愁何在？
漫卷诗书喜欲狂！
白日放歌须纵酒，
青春作伴好还乡。
即从巴峡穿巫峡，
便下襄阳向洛阳。
宝宝和小弟看到将要随父母回到阔别多年的故乡北平了，也雀跃起来。
随着quot;即从巴峡穿巫峡，便下襄阳向洛阳quot;的日子一天天临近，他们的心情也一天天不平静起来。
然而，林徽因看到和听到的消息，使她心中非常不安，虽然日寇已经投降，可是歌乐山上空依然是战云密布，蒋介石调兵遣将，准备打内战。
1946年1月，她从重庆写给费慰梅的信中说：
正因为中国是我的祖国，长期以来我看到它遭受这样那样的罹难，心如刀割。我也在同它一道受难。这些年来，我忍受了深重苦难。一个人毕生经历了一场接一场的革命，一点也不轻松。正因为如此，每当我察觉有人把涉及千百万人生死存亡的事等闲视之时，就无论如何也不能饶恕他……我作为一个quot;战争中受伤的人quot;，行动不能自如，心情有时很躁。我卧床等了四年，一心盼着这个quot;胜利日quot;。接下去是什么样，我可没去想。我不敢多想。如今，胜利果然到来了，却又要打内战，一场旷日持久的消耗战。我很可能活不到和平的那一天了（也可以说，我依稀间一直在盼着它的到来）。我在疾病的折磨中，就这么焦灼烦躁地死去，真是太惨了。
在这同时，林徽因为另一桩事心情一直很沉重。营造学社经费来源完全中断，已无法再维持下去，刘敦桢与陈明达已先后离去，留下的也人心散乱。梁思成觉得，中国古建筑研究，经过营造学社同仁数年努力，已基本理清了各个历史时期的体系沿革，可以告一段落，战后最需要的是培养建设人才。
他们一家商量着，先到重庆看看病，再到昆明会会老朋友，建议西南联大负责人梅贻琦在清华大学增设建筑系。
过了一段时间，他们搭乘史语所一辆去重庆的汽车，一大早就上路了。去之前，史语所的朋友们劝她：quot;林小姐，还是到协和医院去治疗吧，重庆毕竟不是北平。quot;
到了重庆，她大部分时间呆在中研院招待所里，那时费慰梅来华在美国大使馆当文化专员，继李庄相会不久，她们又第二次在重庆见面。费慰梅有时开车带她到城里去玩，有时开车到郊外南开中学去接在那里读书的儿子小弟，有时开车到美国大使馆食堂一同就餐，有时到她和费正清刚刚安顿下来的家里小坐。在重庆，费慰梅还请著名的美国胸外科大夫里奥·埃娄塞尔博士检查了她的病情。当她的身体允许的时候，费慰梅还带她们全家去看戏和电影，林徽因和儿子小弟还参加了马歇尔将军在重庆美新处总部举行的一次招待会，在那里见到了共产党的高级领导人周恩来，quot;基督教将quot;冯玉祥等名人。
后来，他们又找了一家比较好的教会医院再次检查，梁思成说，咱们一定把身体全面检查一下，回去路上心里也踏实。
X光检查以后，医生把梁思成叫到治疗室说：quot;现在来太晚了，林女士肺部都已空洞，这里已经没有办法了。quot;
梁思成如五雷贯顶，一下子跌坐在椅子上。他不知怎么和林徽因走出医院的。
林徽因却很坦然，安慰梁思成：quot;现在我觉得好多了，回到北平，很快就会恢复过来。quot;这话如一把刀子扎在梁思成心上，全身每一个器官都在流血。
在重庆他们商定，梁思成先回李庄处理北返事宜，费慰梅同林徽因乘机去昆明。
重访昆明的住所是军阀唐继尧后山上的祖居，那祖居的窗户很大，有一个豪华的大花园，几株参天的桉树，枝条垂下来的芳香随风摇曳。
长期的分离之后，又有张莫若、钱端升夫妇、老金等老朋友聚集在她的身旁，她欣喜若狂，床边总是缭绕着没完没了的话语。
这年2月28日，林徽因给费慰梅写信，报告了她昆明之行的情况：
我终于又来到了昆明！我来这里是为三件事，至少有一桩总算彻底实现了。你知道，我是为了把病治好而来的。其次，是来看看这个天朗气清、熏风和畅、遍地鲜花、五光十色的城市。最后并非最无关紧要的，是同我的老朋友们相聚，好好聊聊。前两个目的还未实现，因为我的病情并未好转，甚至比在重庆时更厉害了——一到昆明我就卧床不起。但最后一桩我享受到的远远超过我的预想。几天来我所过的是真正舒畅而愉快的日子，是我独自住李庄时所不敢奢望的。
我花了11天的工夫才充分了解到，处于特殊境遇的朋友们在昆明是怎样生活的，……加深了我们久别后相互之间的了解。没用多少时间，彼此之间的感情就重建起来，并加深了。我们用两天时间交谈了各人的生活状况、情操和思想。也畅叙了各自对国家大事的看法，还谈了各人家庭经济，以及前后方个人和社会状况。尽管谈得漫无边际，我们几个人（张奚若、钱端升、老金和我）之间，也总有着一股相互信任和关切的暖流。更不用说，忽然能重聚的难忘的时刻，所给予我们每个人的喜悦和激奋。
尽管昆明的海拔高度对徽因的呼吸和脉搏有不良的影响，但她周围有许多老朋友为她作伴，有看不完的书，还有女仆和老金热心周到的照顾，她心里感到十分惬意。
林徽因给费慰梅还写信讲述了住在唐继尧quot;梦幻别墅quot;的感受：
一切最美好的东西都到花园周围来值班，那明亮的蓝天，峭壁下和小山外的一切……房间这么宽敞，窗户这么大，它具有戈登·克莱格早期舞会设计的效果。就是下午的阳光也好像按照他的指令以一种梦幻般的方式射进窗户里来，由外面摇曳的按树枝条把缓缓移动的影子泼到天花板上来。
不管是晴天或者下雨，昆明永远是那样的美丽，天黑下来时我房间里的气氛之浪漫简直无法形容——当一个人独处在静静的大花园中的寂寞房子里时，忽然天空和大地一齐都黑了下来。这是一个人一辈子都忘不的。
梁思成的建议，很快得到了梅贻琦的支持。梅贻琦答复，首先在清华大学工学院开办建筑系，并聘他为系主任。梅贻琦还告诉他，清华大学不久就要返平，让他也做好回去的准备。
这年7月，西南联大教工北返，林徽因、梁思成一家也跟他们一起，乘一架改装的军用飞机，由重庆顺利地回到北平。