另一方面，此时日本社会正处于一个欣欣向上的大变革时期，其显著的特点就是宋朝钱币在经济领域的大量流通以及武士阶层、农民、工商业者、金融业者各方面之间经济活动的频繁发生。与当时社会的繁华气象相对应，幕府御家人为了负担奢侈的生活，不惜举债度日，甚至将自己的所领与庄园都予以抵押。而普通的农民则受到了领主更加残酷的剥削，正嘉年间的大饥馑期间，各地强盗蜂起，恶党横行。这种现象并非是单纯一时的景象，而是日本在充满朝气的镰仓武家政权领导下急速前进的反应，处于巨大变革浪潮之中的日本，人们或者逐波逐流为潮流所裹挟，或者为争夺属于自己的未来而奋斗，全然没有意识到另外一个更加洪大的拍打世界的巨浪的到来。
但是，也并非没有清醒看世界的人。早在文应元年（公元1260年），日莲宗的始祖日莲上人便敏锐地捕捉到了时代的变迁，在《立正安国论》一书中预言了他国入侵，日本内乱的前景，劝说幕府改弦更张，皈依正道。日莲上人的这些话对于已经完全专制化的镰仓幕府显然毫无用处。
针对当时的社会状况，幕府一边发布恶党镇压令来改善社会治安，一边凭借御家人所领回复令等德政令的手段，以牺牲工商业主和金融业者的利益为代价明确保护作为幕府支柱的御家人的利益。在这样动荡的社会环境下，镰仓幕府必须坚持武家政权的权威，才能继续维持北条执权的统治地位。正因为如此，镰仓幕府根本没有可能在对蒙古的交涉中轻易低头，否则幕府的威权顷刻间便会崩塌。忽必烈和忻都都自恃武威，对于岛国日本的强硬态度不能理解，他对于日本国内激荡昂扬的社会状况的了解是非常不够的，对于日本坚持抗战的决心也没有充足的体会。
就在最初的蒙古使者到达日本的文永五年（公元1268年），接获蒙古国书以后，日本朝廷尚在进行繁冗讨论的时候，幕府便已经向西国的御家人下达了警戒令。文永八年（公元1271年）东国的御家人在幕府的动员下陆续前往九州戒备，第二年二月九州当地的御家人开始在筑前、肥前一带的沿海巡逻警备（异国警固番役）。与此同时，九州的御家人一方面强化武备，一方面也加强了对领内恶党的镇压。
文永九年（公元1272年）十月，幕府开始调查各地领主、守护的领地以及庄园公领的土地数目，以便掌握各地的军事动员力和经济力，为全面的抗战进行准备。调查的同时，也一定程度上抑制了御家人买卖领地的行为。
凭借与蒙古抗战的契机，北条执权不但攫取了朝廷在西国的行政权力，在幕府内部和社会文化领域也采取了强硬的统制政策。当年北条时宗捕杀了有不稳迹象的异母兄弟北条时辅，并将对幕府持批判态度的日莲流放到了佐渡。
镇压恶党，控制守护，抑制、封杀异己分子，实行全面警戒，通过诸多手段，镰仓幕府从一开始就抱定了彻底抗战的决心。
北条时宗强硬的态度一来表示幕府坚决抗战的决心，二来也是为了压制异国入侵以来武家政权所面对的尖锐矛盾。
元军入侵时，九州的御家人武士积极参战，固然是为了保卫自己的领地，但是许多西国，甚至东国的武士团体也奋勇争先，先后前往九州参战。对于这种积极的态度的解释当然不能肤浅地用所谓“保家卫国”的真理来搪塞，事实上这种现象与镰仓幕府的御家人制度有着深刻的关联。身为御家人的武士阶级与作为武家政权代表的镰仓幕府之间并不仅仅是一个简单的主仆关系，幕府与武士之间的根本关系其实是建立在“御恩”和“奉公”之上。幕府根据武士在战场上的表现给予领地的封赏称为“御恩”，武士为了获取“御恩”必须忠实地承担他的“奉公”义务。
然而对于抵抗蒙古入侵来说，因为是纯粹的防御战争，不能象之前的源平战役和承久之乱那样没收战败者的领地来奖赏那些奋勇前驱的武士们。而那些冒着蒙古人如雨箭矢，轰天火炮，拍马向前，单凭手中的一柄短刀和一腔热血呼喝着慷慨赴死的武士们，取得了战功却不能获得期望中的封赏，他们的失望情绪可想而知。
另外，镰仓时期起，武士家族为了家族的壮大，往往采取嫡长子继承的惣领制度，一族的领地只有嫡长子才能继承，其他家族子弟或者放弃武士身份参加农业劳动，或者作为嫡长子的家臣卑躬屈膝，再或者就只有出家为僧了。那些心有不甘的子弟要想出头，唯一的晋身途径就是为幕府效力，获取幕府御恩来换取自己的领地。但是这场抵御外敌的战争使这条唯一的途径也堵死了，武士阶层对幕府上层深深地失望了。
由于这种不满，武士们相互之间出现了对立，各地武士出现了为领地而争斗的现象。武士们对负责战场直接指挥的各地守护也有了不信任感。为此幕府特别发布了要求守护与武士同心防御异国入侵的命令。
九州失陷后，镰仓幕府以异国防御为借口，大幅更迭了各国的守护。其中有六国守护是幕府执权北条一门，其他的新任守护也都是亲近北条氏的亲族。自北条时赖以后，北条氏逐渐加强了在幕府中的专制支配的权力，在元军入侵的期间，这种北条氏专权的集权统治已经到了露骨的地步，北条氏与身为镰仓幕府支柱的御家人之间的摩擦不断显现，这一不可调和的矛盾日益将镰仓幕府拖向了没落的泥潭，也预示着这场战争的失败。
在元军占领九州之后，日军曾组织水军，对元军发动过两次进攻，都被张禧轻易击败。意识到双方战斗力的差距后，日军不再进攻，而是开始全力构筑防御工事，等待元军的进攻。