各地整风运动的发展是不平衡的。中共中央认为在高级干部整风学习的同时，普遍整风要继续开展下去。一九四三年四月十三日，中共中央发布《关于继续开展整风运动的决定》，明确规定继续开展普遍的整风运动的任务主要是两项：一是纠正干部中的非无产阶级思想，二是肃清党内暗藏的反革命分子。
为了实现前一项任务，毛泽东强调：“自由主义是目前党内斗争中的主要不良倾向，在整风中必须克服此种倾向，才能达到彻底整风之目的”。因为：“整风是一个伟大的党的思想斗争，实行此种斗争的武器就是自我批评。有自由主义偏向的人则不愿拿起这个武器，尤其是许多中级与高级干部害怕自我批评，这种现象必须在此次整风中着重地纠正过来。”①为了搞好整风运动，毛泽东提出注意领导方法的极端重要性。他指出，一九四二年的整风，凡是取得成绩的，都是采用了一般号召和个别指导相结合、领导骨干和广大群众相结合的方法。“从群众中集中起来又到群众中坚持下去，以形成正确的领导意见，这是基本的领导方法。”“我党一切领导同志必须随时拿马克思主义的科学的领导方法去同主观主义的和官僚主义的领导方法相对立，而以前者去克服后者。”②
后一项任务，也就是审查干部的工作，是在王实味问题等发生后提出来的。毛泽东认为：“整风是思想上的清党，审干是组织上的清党。”中共中央决定由中央总学委负责领导这项工作，日常事务由康生主持。为了加强对审干工作的领导，中央还成立了反内奸斗争委员会，由刘少奇任主任，康生、彭真、高岗为副主任。
在当时十分复杂的社会政治环境下，在各种敌对势力千方百计对中国共产党和根据地进行渗透和破坏的情况下，对干部队伍进行一次认真的审查是完全必要的，通过这项工作可以清除特务，纯洁革命队伍。鉴于以往的经验教训，毛泽东向有关负责工作人员强调：“我们过去在肃反中有很沉痛的教训。我们这次无论如何不要搞逼供信，要调查研究，要重证据。”③七月二日，毛泽东写信给康生，要求把他阐述防奸工作的两条路线的一段话刊载在《防奸经验》第六期上。毛泽东写的这段话是：“防奸工作的两条路线。正确路线是：‘首长负责，自己动手，领导骨干与广大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众。’错误路线是：‘逼，供，信。’我们应该执行正确路线，反对错误路线。”但是，在实际工作中，由于过分严重地估计了敌情，由于抗日根据地处于同外界隔绝的状况，对干部的历史状况的调查研究十分困难，在这方面所花的力气不多，出现了严重的偏差，一个时期搞得“特务如麻”。七月十五日，康生在中央直属机关大会上作了危言耸听的《抢救失足者》的报告后，更出现相当普遍地大搞“逼供信”的过火斗争，使整风运动中的审干工作变成了抢救失足者运动，单在延安地区十几天内就骇人听闻地揪出所谓特务分子一千四百多人④，造成大批冤假错案，使审干工作大大偏离了正确的轨道。
中央党校副校长彭真和中央社会部副部长李克农看到问题的严重性，向毛泽东作了报告。毛泽东听完后说：我看是扩大化了。我们要很快纠正这一种错误做法。我们的政策是一个不杀，大部不抓。这些同志的问题是会搞清楚的，现在可不能随便作结论。我们如果给哪一个同志作错了结论，那就会害人一辈子。现在作错了我们要给人家平反，给受害的同志道歉。要彻底纠正这种“左”倾扩大化的错误。⑤他后来总结审干工作的教训时指出，发生错误的原因主要是两条：一条是缺乏调查研究；一条是没有区别对待。
在康生作了《抢救失足者》的报告以后一个月，八月十五日，中共中央作出《关于审查干部的决定》，以中央文件正式公布毛泽东提出的“首长负责，自己动手，领导骨干与广大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众”的审干工作九条方针。⑥这九条方针的正式下达起了重要的作用。参加过延安整风的邓力群回忆说：“我们这些负责审查干部工作的，搞了逼供信，被审查的不愿也不能交待政治问题，双方的关系很紧张。正是这个时候，中央下达了毛主席的《九条方针》，它解放了被审查者，也唤醒了审查者，使我们从自己的亲身经验中，认识了主观主义的极大危险性。”⑦十月，毛泽东在绥德反奸大会材料上的批语中，又提出“一个不杀大部不抓，是此次反特务斗争中必须坚持的政策”。
这年年底，延安审查干部的工作转入甄别阶段。一九四四年一月，毛泽东在书记处会议上总结时，指出一种已经出现的严重倾向：过去延安重视知识分子，不重视工农分子；“抢救运动”以来，又走到完全不相信知识分子。现在应估计大多数知识分子是好的。⑧他要求对搞错的同志“均应平反，取消特务帽子，而按其情况作出适当结论”。⑨“在反特务斗争中要注意保护知识分子”。
为了防止延安审干工作中的错误在其他地区再发生，毛泽东还要求各地做到：灵活地运用坦白运动，不要机械地搬用延安各机关的经验；要正确地估计敌人的力量，不要把一切从敌占区及国统区来的学生、知识分子、军人、文化人、技术工作人员等都看成是特务分子，不可将一切敌后或大后方的党组织或“左”倾革命团体，都看成是红旗政策的特务组织；要教育干部注重调查研究，不要轻信口供，要在干部和群众中深刻地广泛地进行反对逼供信的教育，要懂得逼供信的绝大害处；坚持一个不杀、大部不捉的原则。⑩这些意见对各地审干运动健康发展有重要指导意义。
对延安审干工作中出现的偏差，毛泽东主动承担了责任，并不断总结教训。他多次向受到错误伤害的同志“脱帽鞠躬”，“赔礼道歉”。一九四四年五月，他在中央党校讲话时说：整风中的一些问题，是则是，非则非，搞错了的，摘下帽子，赔个不是。说到这里，他向大家行礼赔不是。同年十月，他再次在中央党校讲话，说：去年“抢救运动”，搞了十几天，我们马上就使它停止了。“抢救运动”的基本错误是缺乏调查研究和缺乏分别对待这两点。一九四五年二月，他又一次在中央党校讲话，说：在审干中，“整个延安犯了许多错误，谁负责？我负责，因为发号施令是我。别的地方搞错了谁负责？也是我，发号施令的也是我。”“我是党校的校长，党校也搞错了，如果在座有这样的同志，我赔一个不是，因为搞错了。”⑾毛泽东的自我批评，化解了许多人心中的怨愤，重新实现了同志之间不存芥蒂的团结。
整风运动的一个重要内容是反对主观主义，但在审查干部工作中却出现了由于主观主义而造成的大量冤假错案，这是不应该发生的错误。但由于中共中央和毛泽东发现并纠正了这个错误，它在延安整风中只是一个支流。
当整风运动按照毛泽东的部署向前发展的时候，传来了共产国际解散的消息。这件事也有利于正确解决中共党内高层领导的问题。
中国共产党自从在党的二大决定加入共产国际后，作为它的一个支部，不仅思想上受到共产国际很大影响，组织上也得受到它的一定约束。共产国际对中国革命做过许多有益的工作，也做过不少错误的决定。中国共产党在处理各种政治上以至组织上的重大问题时，常常不能不考虑到共产国际的态度这个因素，尽管在后期共产国际对中国共产党的干预已经越来越少了。
一九四三年五月二十日，季米特洛夫致电毛泽东，通报关于共产国际主席团将于二十二日宣布解散共产国际一事。当翻译师哲将国际来电送给他时，毛泽东兴奋地说：“他们做得对，我就主张不要这个机构”。⑿二十一日，毛泽东主持中央政治局会议，讨论国际来电。会议决定：先由毛泽东复电季米特洛夫，表示赞成共产国际主席团的提议；待共产国际公开宣布主席团的这一提议后，中共中央再作正式决定。二十六日，中共中央收到苏联《真理报》发表的共产国际执委会主席团《关于提议解散共产国际的决定》后，立即召开政治局会议，一致通过《中国共产党中央委员会关于共产国际执委会主席团提议解散共产国际的决定》。
当天晚上，中央书记处召开延安干部大会。毛泽东在大会上讲话。他首先充分肯定了共产国际在它存在的整个历史时期中，在帮助各国组成真正革命的工人政党上，在组织反法西斯战争的伟大事业上，特别是在帮助中国革命事业上，有巨大功劳。接着指出，但是现在共产国际这个革命的组织形式，已经不适合斗争的需要了，如果还继续保存这个组织形式，便反而会妨碍各国革命的发展。现在需要的是加强各国民族共产党，而无需这个国际的领导中心了。他强调：共产国际的解散，不是为了减弱各国共产党，而是为了加强各国共产党，使各国共产党更加民族化，这就增加了我们的责任心。⒀共产国际的解散，更便利了中国党能够独立自主地按照中国的实际情况去处理中国革命问题。
共产国际的解散，也打破了国共两党之间保持了两年的相对平静状态。国民党顽固派错误地估计了形势，趁机发动新的反共高潮。他们一面以共产国际解散为借口，制造舆论，要求解散中国共产党，取消边区，另一面调集二十多个师的兵力，准备向边区发动突然袭击，形势十分严峻。
毛泽东从西安八路军办事处得到准确的情报后，立即做出紧急部署：“以宣传对付他们的反共宣传，以军事对付他们的军事进攻。”⒁他从晋西北调兵力保卫边区；在延安召开三万余人的群众大会，紧急动员全边区人民积极做好武装自卫反击的准备，由大会发出呼吁团结、反对内战的通电。同时，他又指示重庆、西安等地的八路军办事处把蒋介石、胡宗南准备进攻边区的消息向外界广为传布，并亲自为《解放日报》撰写社论《质问国民党》，呼吁爱国的国民党人行动起来，“制止这个内战危机”。
由于中共中央和毛泽东采取正确的斗争方针并作出周密的部署，揭穿了国民党的密谋，取得国内各界的同情，英美等国也对蒋施加了压力，蒋介石不得不改变计划。这场来势汹汹的反共浪潮还没有完全掀起就被打退了。事后，毛泽东致电八路军西安办事处负责人周子健，表扬他们提供的准确情报“帮助中央甚大”。⒂
接着，毛泽东和中共中央乘势在全国范围内发动了一场巨大的宣传攻势，批判蒋介石在这年三月出版的著作《中国之命运》，反对中国的法西斯主义的势力，以消除中国的内战危机。为了反驳蒋介石“没有国民党就没有中国”的宣传，中国共产党先后发表《国共两党抗战成绩的比较》、《共产党抗击的全部伪军概况》的材料，说明中国抗日战争的真实情况。在中国共产党强大的政治攻势面前，九月六日至十三日，国民党召开五届十一中全会，蒋介石在会上不得不表示，中共问题是“一个政治问题，应用政治方法解决”。⒃毛泽东给这个时期的斗争以高度评价，他说：“过去宣传总是不痛不痒，唯独此次打到痛处，故能动员群众压倒反动派气势。”⒄
同时，中国共产党在党内系统地进行了关于国民党统治的本质及如何对待国民党的政策教育，用抗战以来直到眼前的种种具体事实来加以说明。一些原来对国民党抱有幻想的党员，通过这场斗争和党内的政策教育，提高了觉悟。在这些事实面前，经过对照比较，人们对王明所鼓吹并推行的右倾投降主义错误就看得更清楚了。
在这个时期中，王稼祥、刘少奇先后提出“毛泽东思想，便是马克思列宁主义与中国革命运动实际经验相结合的结果”⒅，“应该用毛泽东同志的思想来武装自己”⒆的重要论断，并被党内广大干部所接受。
在这种有利形势下，系统地清算王明的错误路线、统一全党思想的历史条件已经成熟。整风运动按照原定计划转入最后一个阶段——总结党的历史经验时期。
八月三十日，毛泽东在政治局会议上结合蒋介石发动第三次反共高潮的事实指出：国民党的政策是两面政策，抗日和反共，我们对国民党的斗争是以斗争求团结。中央的路线是正确的，王明只要团结不要斗争的路线是错误的。针对王明在一九四一年九月会议以来一直坚持错误，到处宣传中央的路线是错误的，所以毛泽东提议，继续召开政治局会议，讨论抗日时期党的路线问题。⒇
一九四三年九月七日至十月六日，毛泽东主持召开中共中央政治局会议。这次会议是一九四一年九月会议的继续和发展。
从九月七日至九日会议连续开了三天，王明称病没有参加。这三天中，博古、林伯渠、叶剑英、朱德等发了言。他们对抗战以来王明的路线错误开展了严肃的批评，博古又进一步作了自我批评。他说：武汉时期有两条路线，一条是毛泽东为首的党的正确路线——布尔什维克路线；一条是王明在武汉时期的错误路线——孟什维克的新陈独秀主义。这条路线，只看见国民党抗战的一面，忘记了它反动的一面，只看见并夸大它变化的方面，忘记了它不变的方面；对八路军，不敢大胆深入敌后，不敢大胆扩充，华中、华南失去许多机会；对根据地，不建立政权，一切要合国民党的法；对国民党不敢批评；对抗战，强调运动战，忽视游击战，对持久战基本观点是不同意的。(21)针对王明把错误的责任都推给博古，毛泽东在会上插话说：内战时期的错误路线，第一个是王明，第二个是博古。王明是这个路线理论的创造者与支持者，博古等是执行者与发挥者。(22)
在九月十三日的会议上，康生提出：要用历史的方法来检讨王明的投降主义错误，这就是不能孤立地看他抗战时期的问题，而要联系十年内战时期王明主义的来源。他说：过去我们说，“左”的路线应从一九三一年九月二十日决议起，现在看来要重新考虑，因为王明是在四中全会之前就有一个从中国革命根本问题起的比立三“左”的机会主义纲领——《为中共更加布尔什维克化而斗争》的小册子。一九四○年，他不经中央同意，又将这本书印发到延安及各抗日根据地。康生要求在武汉工作过的同志应当对这些情况多多揭发。康生提出的王明的小册子这个问题，受到毛泽东的重视。毛泽东在会议的最后一天说：“九月的会是有收获的，以前许多同志未注意的问题引起了注意，如王明《为中共更加布尔什维克化而斗争》一书。”“现在康生、少奇、恩来等议论，四中全会是错误的，此事大家可以研究。”(23)
在九月十三日的会上，毛泽东也发了言，他指出：从四中全会后，党内有两个宗派，一个是教条主义的宗派，一个是经验主义的宗派。“教条主义是主观主义的第一个形态，经验主义是主观主义的第二个形态。反掉这两个具体东西，党才能够真正的统一。”他说：“教条主义宗派，其思想是主观主义，政治上是投降主义，组织上是宗派主义。”他着重强调：“两种宗派主义，教条主义是主要的”，“所以破坏整个宗派主义，首先应从破坏教条宗派开始。”(24)他的这个发言，对党的历史上许多问题作了深刻的分析，提出教条主义和经验主义是主观主义在党内的两种具体形态是正确的，但其中有一些过激的话，他自己不久作了纠正。如两个宗派的问题，在扩大的六届七中全会上，肯定了毛泽东的提议：“在党的历史上曾经存在过教条宗派和经验宗派，但自遵义会议以来，经过各种变化，作为政治纲领与组织形态的这两个宗派，现在已经不存在了。”
这时，彭德怀等前方负责人不久可以回到延安。九月三十日和十月六日，中央书记处先后举行两次会议决定，中央的会议暂停，等他们到来再开为好，先进行高级干部的学习。总学委仍以毛泽东为主席，刘少奇、康生为副主席，胡乔木为秘书。
十月六日，毛泽东在这次延续一个月的政治局会议的最后一次会上作了关于学习党的路线的发言。他充分肯定了这次会议取得的成绩，并且说：整风学习的目的是打碎两个宗派，教条宗派是头，经验宗派是脚。“这些宗派并无组织系统，但有思想方法、政治路线为纲领。打的方法即是改造思想，以马列为武器，批判自己，批判别人。”教条宗派是经验宗派的灵魂，故克服前者，后者再加马列，事情就差不多了。要发展自觉性，也要适当地将军，内力外力合作，才会有成效。对时局问题，他说：今年国民党搞了第三次反共高潮，“我们的方针是后发制人，不为戎首”。国民党十一中全会和国民参政会骂了我们八个字：“破坏抗战，危害国家”，又拉了一下：“政治解决”。我们“从今天起，对国民党的揭露在《解放日报》一律停止，但阶级教育、反特务斗争继续进行”。(25)
毛泽东讲话后，刘少奇、朱德、周恩来相继发言。刘少奇着重谈党内斗争传统问题。他强调，首先要有自我批评的空气，特别是中央负责同志应该有这种精神准备，随时接受干部和群众的监督与批评；其次，批评只准明枪，不许暗箭，彼此挑拨也是不对的；第三，发言一律称同志，不称首长，以利争论的展开，党内历史有许多不清楚的，要组织几个报告，要留下些文件给后代。(26)从井冈山时期起就和毛泽东患难与共的朱德说，毛泽东是一个“有魄力、有能力，遇到困难总能想出办法”的人。有毛泽东领导，各方面都有发展。照毛泽东的方法办事，中国革命一定有把握胜利。我们这次学习，就要每人学一套本事，主要学好毛泽东办事的本事。(27)周恩来系统回顾了党的历史，分析了党成立以来几次出现路线错误的国际原因和社会根源。他说，在这几次错误中，王明的教条更完备，还有“国际”的帽子，又有米夫做后台，这样才在中央占了统治地位。(28)
作小结时，毛泽东又谈了两点意见：第一，团结问题。他说：我们是要团结的，但办法是要大家觉悟起来，犯路线错误的、犯个别错误的同志觉悟起来，弄清路线的是非，才能真正团结。真正要团结就要展开批评，掩盖分歧的人就是不要团结。第二，党内斗争的方法。他说：这次要避免党的历史上的错误斗争方法。“过去党内斗争没有解决思想问题”，“现在的斗争还是继续整风的精神，惩前毖后，治病救人”。(29)
批判王明的范围逐渐扩大。十月十四日，毛泽东在西北局高干会议上作报告，指出：我们党已经有二十二年三次革命的经验，不能再容许王明路线占领导地位了。他把抗战初期王明错误的特点概括为四条：一、以速胜论反对持久战；二、以一切经过统一战线反对独立自主；三、军事上反对游击战，主张运动战；四、组织上闹独立性，不服从中央。
这时，中共中央书记处从杨家岭迁往枣园，毛泽东的住所也迁到枣国。
枣园，位于延安城的西北面，原是陕北地方实力派高双成的庄园。毛泽东的住处在一座小院中，院内种了许多花草、树木，夏秋时节，花繁叶茂，香气袭人。院子东南角有个八角形的小凉亭。毛泽东工作之余，常到这里读书，看报。每逢过年过节，毛泽东常去看望枣园的乡亲们，并且为老人们祝寿。他称自己是“枣园的居民”。
从十一月十三日至二十七日，中共中央政治局继续举行会议，集中批判王明在十年内战期间和抗战初期的错误。十三日，毛泽东在会上发言，系统地回顾了六届四中全会以来党内斗争的历史，着重批判了王明、博古等：“他们顶着国际和马列招牌，欺骗全党，全党要从这个骗局中解放出来。如果没有很好的步骤和方法是很危险的。”遵义会议“只集中弄清军事路线，因为中央在长征中，军事领导是中心问题。当时军事领导的解决差不多等于政治路线的解决。组织上不久也取消了博古的中央书记而以洛甫代之，因为当时只有如此才能团结我们内部。”他又讲到：一九三七年十二月会议时，王明回国，进攻中央路线，“而我是孤立的。当时，我别的都承认，只有持久战、游击战、统战原则下的独立自主等原则问题，我是坚持到底的。”他强调：一定要学会使用分析的方法，分析具体问题。“综合是分析的结果，分析是综合的手段。统一的东西必须经过分析，发现问题，暴露问题，分析问题，才能有正确的结论。”他说：“教条宗派分化出来的人是应当欢迎的。遵义会议不是稼祥、洛甫分化出来是开不成的。他们二人不管过去怎样，但是做了对党有利的事。”他又说：“所有经验宗派的人，与教条宗派是有区别的，大多数是被欺骗的，不觉悟的。他们常常被教条宗派利用‘共产国际’、‘马恩列斯’的外衣和威逼利诱所蒙蔽，所迷惑。”他在结束发言时说：“我们的目的是揭发路线错误，又要保护同志，不要离开这个方向。”(30)
许多中央领导人在会上也回顾了党内斗争的历史，总结历史经验，并作了认真的自我批评。但王明始终没有到会，会后，李富春代表中共中央向他传达会议精神，并希望他认真考虑，作出检查。十二月一日，王明的妻子孟庆树代笔为王明写了致毛泽东和中共中央的信，表示一九四一年九月底十月初时同毛泽东讲的关于国共关系和中央抗战路线问题的那些意见都是错误的，“现在我再一次地向中央声明，我完全放弃我自己的那些意见”，“我愿意做一个毛主席的小学生，重新学起，改造自己的思想意识，纠正自己的教条宗派主义错误，克服自己的弱点”。(31)这些，其实都是假话。
十二月下旬，毛泽东为中共中央书记处起草了向一些中央局和中央分局发出的关于研究王明、博古宗派机会主义错误的指示，要求他们很慎重地组织这一研究，每一中央分局在所属地区组织一百到二百人左右的高级干部学习和研究两条路线的有关文件。毛泽东强调：“此种研究的性质是整风的深入与高级阶段，其目的是使干部提高认识与增进统一团结，并为将来讨论七大决议作思想准备。”
经过九月以来的紧张学习和对错误路线的深入批判，高级干部中对党的历史上的路线是非已能看清。但是，又出现一些新的偏向。有些过去受过错误打击的干部对那些犯了“左”倾错误的干部也进行过火斗争，使有些人在毫无思想准备的情况下被揪上台去交待问题，有的甚至被轰出会场，一度造成十分紧张的气氛。对党史中的一些重要问题还存在严重争议，主要是：王明、博古等属于党内问题还是党外问题？临时中央和五中全会是合法的还是非法的？怎样处理思想要弄清和结论要宽大的关系？对六大如何估价？党内的宗派是否还存在？对这些问题，毛泽东非常重视。历史经验告诉他，如果这些问题处理不好，还会重复过去犯过的错误，党内也不可能实现真正的团结与统一。
一九四四年二月二十四日，中央书记处会议就上述有争议的问题进行讨论。取得了一致意见。三月五日，毛泽东在政治局会议上谈了书记处会议讨论后的意见，明确地指出：一、党内党外问题。在去年党的路线学习中，有部分同志怀疑王明、博古同志是党外问题，现在确定是党内错误问题。二、合法与非法问题。过去有的同志认为临时中央和五中全会是非法的。现在查到临时中央有共产国际来电批准过，五中全会也经过国际批准，所以是合法的，但选举手续不完备。四中全会是合法的，但政治路线的内容是不好的。三、思想弄清与结论宽大问题。自整风以来，我们的方针就是“治病救人”。我们要强调产生错误的社会原因，不要强调个人责任。因此，组织结论可作宽大些。现在要宣传解释这个方针，使同志们了解实行这个方针的必要。思想要弄清，结论要宽大，对党才有利。对抗战时期的问题也许不在七大上作结论，七大只做四中全会至遵义会议这一段历史的结论。四、不要反对一切。对四中全会至遵义会议这一段历史，也不要否定一切。当时我和博古一起工作，有共同点，都要打蒋介石，分歧点就是如何打蒋介石，就是策略上的分歧。如果把过去一切都否定，就是一种偏向。五、对六大的估计。六大基本上是正确的。六、党内宗派问题。经过遵义会议和六中全会，党内没有宗派了，现在比较严重的问题是山头主义。(32)
毛泽东这些意见得到政治局会议的赞同和批准。四月十二日和五月二日，毛泽东先后在中共中央西北局高干会和中央党校作学习和时局问题的报告，进一步阐述了经政治局通过的这些意见。他在四月十二日的报告中说：
“这次处理历史问题，不应着重于一些个别同志的责任方面，而应着重于当时环境的分析，当时错误的内容，当时错误的社会根源、历史根源和思想根源，实行惩前毖后、治病救人的方针，借以达到既要弄清思想又要团结同志这样两个目的。对于人的处理问题取慎重态度，既不含糊敷衍，又不损害同志，这是我们的党兴旺发达的标志之一。”
“对于任何问题应取分析态度，不要否定一切。”“我们许多同志缺乏分析的头脑，对于复杂事物，不愿作反复深入的分析研究，而爱作绝对肯定或绝对否定的简单结论。我们报纸上分析文章的缺乏，党内分析习惯的还没有完全养成，都表示这个毛病的存在。今后应该改善这种状况。”
毛泽东的这个讲话，对全党的团结和巩固起了重要作用。当年参加会议的邓力群回忆：“一批人解脱了，许多人心服了，大家心里的石头都落了地。”(33)
在这个时期中，重庆《新华日报》全文发表了郭沫若的史学论文《甲申三百年祭》。这篇文章总结了明朝李自成所领导的农民起义从胜利走向失败的历史教训。毛泽东非常赞赏这篇文章，认为它的内容对已经取得很大胜利的中国共产党有着特殊的意义。他指示《解放日报》全文转载，并把它当作整风学习的重要文件。他在《学习和时局》的报告中谈到：“我党历史上曾经有过几次表现了大的骄傲，都是吃了亏的。”“全党同志对于这几次骄傲，几次错误，都要引为鉴戒。近日我们印了郭沫若论李自成的文章，也是叫同志们引为鉴戒，不要重犯胜利时骄傲的错误。”(34)十一月二十一日，毛泽东致郭沫若的信中说：“你的《甲申三百年祭》，我们把它当作整风文件看待。小胜即骄傲，大胜更骄傲，一次又一次吃亏，如何避免此种毛病，实在值得注意。”他还说：“我虽然兢兢业业，生怕出岔子，但说不定岔子从什么地方跑来；你看到了什么错误缺点，希望随时示知”(35)。
在全党团结、统一的气氛下，中共中央认为起草历史决议问题的时机成熟了。五月十日，毛泽东主持中央书记处会议，讨论召开党的七大的问题。会议决定组织几个准备报告的委员会：党内历史问题决议准备委员会，成员包括任弼时、刘少奇、康生、周恩来、张闻天、彭真、高岗（几天后又增加了博古），由任弼时负责召集；军事问题报告准备委员会，由朱德负责召集；组织问题报告准备委员会，由刘少奇负责召集；统一战线工作报告准备委员会，由周恩来负责召集。会议还决定，七大召开前在五月二十日左右开始召开六届七中全会，通过关于七大的准备问题。
中共六届七中全会是从五月二十一日开始的，本来只准备开两个月，由于时局的发展变化，会议延长到一九四五年四月二日才结束，断断续续开了十一个月。
五月二十一日，毛泽东主持召开七中全会第一次会议。他指出全会的任务是：一、准备七大；二、在全会期间处理中央日常工作。毛泽东代表中央政治局向全会作工作报告，讲抗日准备时期和抗战时期的主要问题。指出：这两个时期我们的方针是为驱逐日本帝国主义出中国而奋斗。为了达到这个目的，我们的方针是发展自己，团结友军。关于发展自己，事实说明没有八路军、新四军的抗战，中国的抗战决不能有今天。关于团结友军，我们始终站在团结国民党抗日的立场上，但遇到反共磨擦则要同它斗争。在反磨擦中，我们是采取有理有利有节的方针，使磨擦斗争归于缓和，将国民党引导到对敌斗争目标上去。今年军事仍以精练为主，明年准备发展，并占领一批小城市，在获得美国配合时，准备驱逐日本帝国主义出中国。
会议决定：由毛泽东、朱德、刘少奇、任弼时、周恩来组成七中全会主席团；毛泽东为中央委员会主席及七中全会主席团主席。在全会期间，中央书记处及政治局停止行使职权，由七中全会主席团处理日常工作。会议同意毛泽东代表中央政治局向全会提出的关于党内历史问题的六点意见，并形成决议。会议通过七大的议程、各报告负责人和四个报告（政治报告除外）准备委员会名单。
起草“历史决议”是七中全会期间中共中央为准备七大所作的一项重要工作，是对党的历史经验的总结，是全党智慧的结晶。最早的“决议”草案稿是任弼时在一九四四年五月写成的，题目是《检讨关于四中全会到遵义会议期间中央领导路线问题的决议（草案）》。它是以一九四一年秋天毛泽东起草的《关于四中全会以来中央领导路线问题结论草案》为基础的，主体部分的内容基本相同，同时又反映了一九四三年九月会议以来的新认识，如对四中全会的评价和以毛泽东为代表的正确路线的作用等。稿子写成后分送政治局委员征求意见，并由政治局秘书胡乔木作了比较大的修改。任弼时又在胡乔木的修改稿上作过三次修改，其中把王明路线的错误概括成七点提纲式的意见，题目也改为“关于四中全会到遵义会议期间中央领导路线问题的决定（草案）”。接着，又由胡乔木写了一个稿子。中央指定张闻天对历史决议稿做了认真的修改和补充。
毛泽东一直十分关心这个决议的起草。一九四五年春天，他在张闻天修改后的稿子上开始进行修改。他前后作了七次修改。毛泽东后来曾特别讲到这一点：“我们现在学会了谨慎这一条。搞了一个历史决议案，三番五次，多少对眼睛看，单是中央委员会几十对眼睛看还不行，七看八看看不出许多问题来，而经过大家一看，一研究，就搞出许多问题来了。”(36)
在第一次修改中，毛泽东将题目确定为《关于若干历史问题的决议》，并且增写了新的内容，如“团结全党同志如同一个和睦的家庭一样，如同一块坚固的钢铁一样，为着获得抗日战争的胜利与中国人民的解放而奋斗”(37)，就是这次写上的。在第二次修改中，毛泽东强调了六大的正确方面；批评四中全会在过分地打击犯立三路线错误的同志、错误地打击所谓犯调和路线错误的同志后，还错误地打击了当时所谓“右派”中的绝大多数同志，并对受打击的被诬为“右派”的何孟雄、林育南、李求实等作了肯定的评价；还指出遵义会议纠正了当时具有决定意义的军事上和组织上的“左”倾错误，确立中央的新的领导，这是中国党内最有历史意义的转变。(38)在这份稿子上，毛泽东写了一段批语：“弼时同志：请邀周、朱、洛、刘（如在此时）看一下，是否这样改，然后印若干份，编号发给40多个同志，再集他们座谈一次，就可定议，再交七中全会通过。”(39)以后，毛泽东在三月二十六日的稿上作了些文字增删，在四月七日和八日又先后修改三次。这以后再修改了一次。在四月七日的修改稿上，毛泽东在起始部分加写了一大段话：
“中国共产党自从它在一九二一年产生以来，就以马克思主义的普遍真理与中国革命的具体实践相结合为自己一切工作的指针。在一九二一年至现在（一九四五年）的二十五年奋斗中，经历了北伐战争、土地革命与抗日战争三个时期。在这三个时期中，全党同志和广大中国人民在一起向着中国人民的敌人——帝国主义与封建主义进行了英勇的革命斗争，取得伟大的成绩与丰富的经验。同时，在这三个时期中，全党同志与党内一切机会主义思想与行为不断地作了马克思主义的斗争。使党在思想上、政治上、组织上一天天更加巩固起来。到了今天，有了一百二十万党员，我党领导了近一万万人民，九十万军队的中国解放区，形成了一条同国内一切错误路线相对立的正确路线。由于执行了这条正确路线，并批判了一切错误路线，党才在三个时期取得了伟大成绩，造成了今天这样在思想上、政治上、组织上巩固的党，形成了中国人民解放事业的伟大的领导者。”(40)
这一大段话，经毛泽东再作修改后，成为后来通过的历史决议的第一部分。
在“决议”起草过程中，党的高级干部进行了多次讨论，提出许多重要的修改意见，其中，很多意见被吸收到决议中去。
讨论并通过《关于若干历史问题的决议》，本来是七大的重要议事日程。三月二十五日，中共六届七中全会主席团决定将这个决议改在七中全会上讨论通过。为什么要做出这样的重大改动呢？三月三十一日，毛泽东在七中全会全体会议上作了说明：总结经验可以说是算帐。不采用大会这个形式来算帐，才能使大会集中注意力于当前问题。他说：历史上的错误是一个社会现象，因为那时党在政治上不成熟，犯错误的同志是因为不自觉。现在大家都觉悟了，主要思想都一致了，如果使用大会这个武器，势必要扯两三个星期，转移了中心目标，结果仍不能超过现在的草案。毛泽东要求参加七中全会的同志说服七大的代表们，把过去党的历史问题委托七中全会解决比较好，以便自己集中力量来解决抗战建国的任务。他还讲到：草案中没有说“左”倾路线造成白区损失百分之百、苏区损失百分之九十的问题，没有说犯错误者的品质问题，也没有说四中、五中全会的非法问题，也没有说教条宗派、经验宗派问题。这些不说，我看至多是缺点；说得过分，说得不对，却会造成错误。对《决议》草案中没有就抗战时期党的路线问题作结论，毛泽东也作了说明：七大的方针是只解决已经成熟的历史问题，没有成熟的问题都不必急于作结论。(41)毛泽东准备的政治报告和刘少奇准备的修改党章报告也在这天的会议上通过。
四月二十日，任弼时主持召开扩大的七中全会。这是历时将近一年的七中全会的最后一次会议。会议讨论并通过了朱德准备的军事工作报告和原则上通过《关于若干历史问题的决议》。
由于会前毛泽东、任弼时等做了大量细致的准备工作，所以会议进行得很顺利。博古等在发言中真诚地表示拥护这个决议，并向那些曾经受过错误路线迫害的同志道歉。任弼时在发言中坦率地谈到他对毛泽东的认识过程，特别提到：“皖南事变后毛对政策的掌握，直至整风中的思想领导，使我产生了佩服和信赖”(42)。王明请任弼时阅转毛泽东和七中全会的声明书中，对历史决议和它对第三次“左”倾路线所犯严重错误的分析和估计表示“完全同意和拥护”。(43)
毛泽东心情舒畅地在会上作了长篇发言。他说：《决议》不但是领导机关内部的，而且是全党性质的，与全国人民有关系的，对全党和全国人民负责任的。哪些政策或哪些部分在群众斗争中证明是适合的，哪些是不对的，如果讲得合乎事实，在观念形态上再现了二十四年的历史，就对于今后的斗争有益。党是政治团体，不是家族或职业团体，都是来自五湖四海，因为政见相同而结合起来的。政见不同就要有争论，争论时分清界限是必要的，但今后要少戴帽子为好。凡是过去政治上犯过错误的同志，现在都改正了，都要如《决议》所说的像一个和睦的家庭一样。《决议》把许多好事都挂在我的帐上，我的错误缺点没有挂上，不是我没有而是没有挂，为了党的利益没有写上。这是大家要认识清楚的，首先是我。孔夫子七十而从心所欲不踰矩，我即使到七十岁，相信一定也会踰矩的。(44)
这次会议一致决定：原则上通过《关于若干历史问题的决议》，个别意见委托给七大以后的中央去采纳修改。这个决议在一九四五年八月九日召开的七届一中全会第二次会议获得一致通过。
《决议》总结了党的历史经验，特别是对六届四中全会至遵义会议期间中央的领导路线问题作出正式结论。经历了几年的整风，使党内的思想取得了一致，使提倡“实事求是”、反对主观主义成为中国共产党的优良传统，全党在毛泽东的旗帜下空前团结起来。它的意义是十分深远的。
①毛泽东为中共中央起草的《关于继续开展整风运动的指示》草案第三号（关于克服自由主义），1943年4月13日。
②《毛泽东选集》第3卷，人民出版社1991年6月版，第900、901—902页。
③毛泽东和绥德专署专员袁任远谈话记录，1943年7月。
④康生在中央政治局会议上的发言记录，1943年8月2日。
⑤王保成：《跟随领袖二十年》，甘肃人民出版社1991年6月版，第69页。
⑥中共中央《关于审查干部的决定》，《中共中央文件选集》第12册，中共中央党校出版社1986年11月版，第329页。
⑦邓力群：《回忆延安整风》，《党的文献》，1992年第2期。
⑧毛泽东在中央书记处会议上的讲话记录，1944年1月10日、11日。
⑨中共中央书记处致邓小平、饶漱石、林枫、程子华的电报，1944年1月24日。
⑩毛泽东、康生致邓小平、滕代远的电报，1944年2月26日。
⑾毛泽东在中央党校的讲话记录，1945年2月15日。
⑿师哲：《在历史巨人身边》，中央文献出版社1991年12月版，第228页。
⒀毛泽东在延安干部大会上的发言记录，1943年5月26日。
⒁毛泽东在中央政治局会议上的发言记录，1943年7月7日。
⒂毛泽东致周子健的电报，1943年7月13日。
⒃蒋介石对《关于中国共产党破坏抗战危害国家案件总报告决议案》的指示，《中国国民党历次代表大会及中央全会资料》，光明日报出版社1985年10月版，第841页。
⒄毛泽东在中共驻重庆办事处关于《质问国民党》一文发表后的反映材料上的批注，1943年8月22日。
⒅《王稼祥选集》，人民出版社1989年9月版，第350页。
⒆《刘少奇选集》上卷，人民出版社1981年12月版，第300页。
⒇毛泽东在中央政治局会议上的发言记录，1943年8月30日。
(21)博古在中央政治局扩大会议上的发言记录，1943年9月7日。
(22)毛泽东在中央政治局扩大会议上的插话记录，1943年9月7日。
(23)毛泽东在中央政治局扩大会议上的发言记录，1943年10月6日。
(24)毛泽东在中央政治局扩大会议上的发言记录，1943年9月13日。
(25)毛泽东在中央政治局扩大会议上的发言记录，1943年10月6日。
(26)刘少奇在中央政治局扩大会议上的发言记录，1943年10月6日。
(27)朱德在中央政治局扩大会议上的发言记录，1943年10月6日。
(28)周恩来在中央政治局扩大会议上的发言记录，1943年10月6日。
(29)毛泽东在中央政治局扩大会议上的结论记录，1943年10月6日。
(30)毛泽东在中央政治局会议上的发言记录，1943年11月13日。
(31)王明致毛泽东和中共中央的信，1943年12月1日。
(32)毛泽东在中央政治局扩大会议上的发言记录，1944年3月5日。
(33)邓力群：《回忆延安整风》，《党的文献》1992年第2期。
(34)《毛泽东选集》第3卷，人民出版社1991年6月版，第947、948页。
(35)《毛泽东书信选集》，人民出版社1983年12月版，第241页。
(36)毛泽东在中共七大预备会议上的讲话记录，1945年4月21日。
(37)毛泽东对历史决议（草案）的第一次修改稿，1945年3月手稿。
(38)毛泽东对历史决议（草案）的第二次修改稿，1945年3月24日手稿。
(39)毛泽东对历史决议（草案）的第二次修改稿，1945年3月24日手稿。
(40)毛泽东对历史决议（草案）的第四次修改稿，1945年4月7日手稿。
(41)毛泽东在中共六届七中全会全体会议上的发言记录，1945年3月31日。
(42)任弼时在中共六届七中全会上的发言记录，1945年4月20日。
(43)王明向毛泽东及中共六届七中全会提交的《声明书》，1945年4月20日。
(44)毛泽东在中共六届七中全会上的发言记录，1945年4月20日。