中国传承下的《滕王阁序》的各版本多是以“南昌故郡，洪都新府，星分翼轸，地接衡庐”作为开篇，然而，在日本皇宫发现了公元707年(日本庆云四年，即滕王阁序创作后的26年)收藏的《滕王阁序》的抄本，在该抄本中，开篇却是“豫章故郡，洪都新府，星分翼轸，地接衡庐……”，这也就是今天我们所使用的版本，专家们给出的解释是，“豫章故郡”是原版，而“南昌故郡”只是为了避唐代宗李豫的讳，而作此修改。
“落霞与孤鹜齐飞，秋水共长天一色”，中国现行流通版《滕王阁序》的“孤鹜”，一只野鸭，“孤鹜”必须成群才齐飞，单独不可能齐飞，该处一直困扰历史学家和文化学家的文坛悬案。而在日本皇宫的抄本，却是“落霞与孤雾齐飞，秋水共长天一色。”对于“鹜”和“雾”由于一直没有定论，所以还是使用原本“孤鹜”。