上谕算是皇帝圣旨的一种，其中皇帝口述之后经过比较信任的臣子直接转述传达给领旨一方的，算是最直白的口谕。
而其中皇帝亲自手写的只言片语，特别转达给某个官员由其负责执行的，算是皇帝的手谕。
还有一种，就是皇帝自己口述大意要点，而由内臣或者内阁中书舍人执笔撰写完成，然后绕开内阁，以书面形式直接发给文官武将拿去执行的那种。
这种上谕，也叫作中旨。
如今这位崇祯皇帝在设立军机处之后，为了增加效率，充分地发挥了这几种上谕的作用，不仅口谕、手谕形式的上谕依然存在，而军机大臣起草或者军机舍人书写的中旨形式的上谕，更是大行其道。
这样的上谕，当然也算是圣旨，但与诏书、敕书、诰命等朝廷正规格式的圣旨大为不同。
诏书、敕书、诰命等朝廷正规的圣旨，需要内阁的副署，需要六科廊的审核，甚至在过去的一段时间之内，更是需要由翰林院的专职官员书写，否则就发不出去。
这也是文官制度发展到了一定程度之后，对于皇权的一直自觉或者不自觉的限制。
而上谕则与这类朝廷正规的圣旨不一样，不需要走那么多复杂的程序。
特别是如今军机处起草的上谕，只要加盖了崇祯皇帝的玉玺，以军机上谕的形式发布，一样具有等同其他圣旨的效力。
就是这么一点机巧，也是经过了如今这位崇祯皇帝在设立军机处将近三年之后，才让满朝文武逐渐习惯起来的一个做法。
明朝的官员曾经一度有过拒接中旨的传统，不经过内阁副署和六科廊审核的圣旨，就算是发到了官员的手上，一些清高的官员也是宁死不接的。
这个奇葩的现象，在宋代的时候就有，到了明朝嘉靖、万历年间的时候尤为突出，常常搞得皇帝很没面子。
这就是为什么万历皇帝喜欢用太监充当税监税使的原因了，因为太监与万历时期的文官们比起来听话得多。
当然，这也是为什么崇祯皇帝不想更换温体仁这类人物的原因。
因为这类人物不是那种读书读坏了脑子的死脑筋，更重视实际的利害得失，而不是过于看重形式上的东西。
至少温体仁这样的人物会接受皇帝的上谕。
而且比起接受以皇帝名义下发的朝廷诏书，对于真实反映皇帝心意的上谕，他们接受得也会更加积极。
当然，崇祯皇帝如今更加看重以上谕指挥各地文官武将做事，则是因为上谕与其他圣旨最大的不同，在于其高效快捷，对任何一件军国大事能够迅速作出反应，并且能够准确传递皇帝的决心和意图。
而以奉天承运皇帝诏曰、制曰、敕曰等开头的朝廷圣旨则不然。
一来它需要内阁的副署，若是其不符合内阁的意图，那么就需要重新起草。
二来内阁同意了之后，还需要六科廊来审核，检讨其中的所谓得失利弊。
再者，等到六科廊的给事中们检讨修改完毕后，即便最后通过了，其最终的结果，很可能已经距离皇帝最初授意的那个意图很远了。
而且最重要的是，让皇帝的旨意在各个中枢机构之间转来转去，相当地浪费时间。
若是天下承平的时代，出于对一封圣旨的审慎考虑，避免给天下带来损害，这样做当然是没有错的。
但若是追求军国大事的办理效率的话，这样一个拖沓冗长的过程，简直就是一个灾难。
在崇祯三年这个天下纷乱的秋天，崇祯皇帝当然容不得一个来自东南的事情消耗了朝廷太多的时间。
因此，在孙承宗、南居益合议了崇祯皇帝了的想法之后，军机处很快就形成了几道上谕，交给皇帝御览之后，迅速以军机处上谕的形式，通过朝廷驿递发往南京和闽浙总督府而去。
军机处秉承崇祯皇帝的决心和意图，发给南京和闽浙总督府的上谕，一方面快刀斩乱麻地处理了闽南的问题，另一方面也算解决了一直悬而未决的南北五军都督府几个属员的人选：
“上谕南京吏部、兵部、镇守勋臣、守备中官并闽浙总督府、福建抚镇诸臣：
“惊闻九月粤寇自海上袭击闽南，大掠人口财货而去，致使南澳、金夏、月港等地咸受其侵害，闽地督抚镇臣不可谓无罪责。
“着即免去熊文灿福建巡抚一职，以右佥都御史改任南京海军行都督府右护军，上谕到日即刻赴任。
“着即免去卢毓英镇守福建总兵官一职，以镇海卫指挥使世职改任海军都督府都督佥事，上谕到日即刻赴任。”
与此同时，崇祯皇帝为了这几个人的变动不至于影响到东南的大局，同样在上谕之中明确了接替的人选。
“上谕南京吏部、兵部、镇守勋臣、守备中官并闽浙总督府、福建抚镇诸臣：
“闽浙总督温体仁上体天心、下顺民意，任职闽浙两年半，厉行移民屯垦、开海通商之策，不仅东番、舟山等海外荒岛人口充实，更兼宁波、泉州等通商港口贸易兴盛，朝廷本欲奖拔任用，以此番之失，论功过相抵。
“另因前番闽地督抚同城驻节，部院、抚院职权交叉，军令、政令行之多有不便，今上谕到日，着令闽浙总督温体仁兼任福建巡抚一职，用心办理福建军务。”
除此之外，崇祯皇帝也没有忘了郑芝龙在东番岛驱逐西班牙人的功劳，以及朝廷对于其被杀的弟弟郑芝彪该有的追赠。
“上谕南京兵部并闽浙总督府诸臣：郑芝龙奉旨联合荷兰人驱逐西班牙人之战况，朕已悉知。
“驱逐夷人，复我国土，乃不世之功也！此番未及援救闽南，朕意不谓其有罪！
“今论其功，赐郑芝龙一等子爵世职，着令该员就地升任镇守福建总兵官一职，仍统带所部水陆士卒，驻防金门、澎湖、东番等地！
“郑芝龙弟芝彪留守南澳而战死，着即追封郑芝彪为一等男爵，特准予择郑氏子弟过继为嗣而袭爵！”
除了说明这些事务之外，崇祯皇帝也没有忘了下旨给闽浙总督府，以及郑芝龙，让他们了结了东番岛上的战事之后，特别是安置好了东番岛上的防务之后，尽快去清剿刘香等广东海盗。
“上谕闽浙总督温体仁并福建总兵官郑芝龙等员：粤盗刘香等人为祸东南已久，此番勾结西夷，侵袭闽南各地，杀我子民，夺我财货，堪比倭寇，罪不容诛！
“上谕到日，着郑芝龙即于驱逐东番西班牙夷之后，尽速率领所部水陆大军回师闽南交接防务，全力清剿刘香、李魁奇等广东海盗！
“为便于就近协调两广总督府及其麾下水师支援，更有利于合力清剿刘香、李魁奇等广东海盗计，特准予福建总兵府衙门南迁敌前！
“朕意可改设于同安或金门，此议由新任镇守福建总兵官郑芝龙与闽浙总督温体仁商定之后报与朕知！”
对于闽浙总督府一并上报的各种情况，崇祯皇帝带着军机处快刀斩乱麻一般地做了个处理，至于其中的对错，只能留待将来再说了。
因为崇祯三年的秋天，对他来说，实在是一个多事之秋。