青年独裁者
诺伊斯的健康长期以来如风中残烛。在20年代，他首先被错误地诊断患有癌症，又被怀疑肺结核感染，靠大剂量的腺体注射来强打精神，还因为吃炸面包受噎引起溃疡而不得不进行了痛苦的咽喉手术。早在1928年，他就自以为“最多再活五六年——可能更少”。他开始把自己日渐衰弱的精力集中到为数很少的几个项目上，其中最重要的是完善加州理工学院的本科教育体制。在90年代代早期，诺伊斯恶化的健康和他对课程政策的关注，使鲍林觉得化学系的需要遭到了怠慢。
但是，诺伊斯一贯的做法是将学院放在第一位。20年代初期，为了吸引密立根到帕萨迪纳来，他和海耳决定把加州理工学院大部分的资源投向物理系。结果，密立根的王国迅速膨胀；1927年物理学有60个研究生，而化学系只有20个。
这正好同老牌大学，如哈佛和康奈尔大学，截然相反。在那些学校中，化学仍然是自然科学之王，比物理拥有更多的教师、金钱和荣耀。然而，诺伊斯到西部来是为了干一番新的事业的。他相信，一个小系更团结，更便于交流不同的思想，而且不容易陷入派系的斗争。同时，教师较少，就能够和精心选择的学生保持更加密切的对话。他是一个出类拔萃的团队协调者，本性不适合你倾我轧的争斗，因而对化学系的缓慢增长已经感到心满意足了。在20年代，尽管在全校处于第二位，但是化学和化学工程系总的经费几乎增加了三倍，有20个不同的研究项目得到了卡内基基金会的资助。即使在大萧条迫使研究经费缩减，并使建造新的化学楼的计划暂停下来的时候，诺伊斯看上去也并不烦恼。他的行事原则是稳健。
对大多数教师来说，这并没有什么不好。他们满足于教书，负责一个小实验室，并偶尔发表将把有意义的文章。只有鲍林对此极为不满。他需要将事情一件件落实；他自己的研究队伍随着他新思想的不断涌现而急剧扩大；研究生和博士后蜂拥至他的麾下；为了维持这种局面他需要更多的房子和经费。在哈佛，他看到过化学相对于物理的优越地位。诺伊斯为什么不为他的系争取更多的利益呢？
多年以来，诺伊斯为了使自己这位青年才子满意，为他讨来了新的场地，满足了他的加薪要求，并给他提升。当密立根对这位过于自负的青年教授日益不满的时候，他又从中斡旋。鲍林再三以离开学校的威胁来达到自己目的的做法，让密立根觉得这家伙也过于狂妄，过于自私了。也许他真有诺伊斯说的那么好。但是，要是在物理系的话，他是决不会这样受到娇惯的。
然而，为了留住鲍林，诺伊斯可以不惜一切代价。他熟知化学，理解鲍林在这一领域中日益增加的重要性，这是密立根所理解不了的。鲍林基于量子物理的化学键研究，得到了他Ｘ射线和电子衍射研究的补充和拓展。他具有将结构和理论联系起来的独特的本领。他能够将解释冰的结构的思想运用到对蛋白质结构的研究中，代表了迈向涵盖一切的物理化学的重大飞跃，而奥斯特瓦尔德早在四十年前就向诺伊斯鼓吹过这一可能性。而且，这个年轻人精力过人！他埋头工作，以化学为生命，在路易斯之后，诺伊斯就没有见过像鲍林这样的第二个人。鲍林的创造力似乎永远是无穷无尽的。
更为重要的是，鲍林是诺伊斯创造的。诺伊斯发现了他，引导了他，将他从一个俄勒冈少年变成了一个国际知名人士。鲍林是他这位导师慧眼识真珠的活的见证，也是诺伊斯在加州理工学院实践教育理论成功的活典型。
于是，诺伊斯决定，无论如何要留住鲍林。z为了让鲍林不变心，诺伊斯懂得仅仅靠好话和金钱是远远不够的。他需要有权。所以，当鲍林在30年代中期升为正教授之后，诺伊斯向他和韦弗之类的重要人物表明，他将成为加州理工学院化学和化学工程系的下一任系主任。
乍一看来，这一决定惊世骇俗。因为化学系里不乏比鲍林年长和更富有学术经验的科学家——包括全国闻名的理查德·托尔曼——但是诺伊斯认为前途比经验更重要。他写道，“年龄的大小肯定不是主要的考虑因素。”化学系主任超越一切的品质应该是“全身心地投入于研究工作……善于接受并发现新的思想。”同“制定未来科学研究新计划的能力相比”，行政能力是第二位的。
在这一点上，鲍林没有竞争对手。托尔曼的研究越来越孤僻——对宇宙哲学的思考取代了与化学相关的重要工作——而且不管怎么说，他从一开始任教的时候，就反复声称自己对行政工作没有丝毫的兴趣。威廉·雷西、斯图尔特·贝茨和迪金森，这些比鲍林的资格都要老的教授们则都满足于教学，满足于从小实验室里机械地制造出一些研究成果来。诺伊斯认为只有鲍林具备领导的才能。他充满新思想，掌握新技术，能够吸引最优秀的学生，能够掌管一个大型的、多产的实验室，而且与洛克菲勒基金会关系很密切。尽管任何一个老资格的学者都有能力领导化学系，只有鲍林能够壮大它。早在1932年，诺伊斯就告诉韦弗说，鲍林可能是他的继任者。
后来他动摇了。随着时间的推移，他在鲍林身上发现了一些令他不快的东西，一些与自己的价值观大相径庭的品质，这不得不令他对自己交班的计划再斟酌一番。尽管他的绰号叫亚瑟王，他实际上只是一个贵族。他信仰合作的、公司式管理模式，首席执行官在采取行动前需要听取拥有相当实权的教师委员会的建议；教师们通过自己的委员会，实际上左右了系里的多数决策。诺伊斯不喜欢德国化学研究所中的管理模式——大师的研究工作处于中心地位，其决策权威不容质疑。诺伊斯的管理形式正是在考察了德国模式之后的个人创造；他认为，德国模式造就的是追随者，而不是具有独立思维能力的学者，“这一体系的结果常常是，领头的一位杰出人物不堪烦琐的行政事物的重压，而手下是一群差强人意的学者。”
随着鲍林研究工作的扩展，他在许多方面采取了诺伊斯所不愿意看到的态度。在鲍林的实验室里，鲍林决定应该问什么问题，并用什么手段来回答这些问题；他指派别人来为他解决问题，而不向他们传授独立思考的技巧。在这令人激动的学术环境中，卓有成效的研究工作有条不紊地开展着，鲍林的学生和博士后从来不抱怨；他们正在学习一种化学新思维，日后将帮助他们叩开各地最好的研究中心的大门。
抱怨来自其他的教授。鲍林不仅以德国模式来经营自己的实验室；他还捍卫自己的利益和自己的研究，而把整个系的需要放在第二位。一位教授将这种风格称为“富有侵略性的管理风格”，那些现在和鲍林平起平坐，很快将在他领导之下工作的教授们并不欣赏这一种风格。在30年代中，系里出现了一股反对鲍林的思潮。年长的同事视他为一个妄自尊大的人；年龄相当的同事则嫉妒他的一举成名。这是一种长兄式的嫉妒：每个人都知道鲍林深受国王宠爱，是“诺伊斯的心腹”。鲍林正致力于自己的研究工作，既没有时间，也没有兴趣来平息同事们的怨气。
诺伊斯对此非常担心，同时对鲍林不问学院大事的态度也深表忧虑。这位年轻人对自己事业的奉献精神是毋庸置疑的。他不合群，首先是为自己，其次是为化学系，最后才是加州理工学院。他对于学术政治一窍不通，也毫无兴趣；他对学校当局下达命令，而不是提出请求。密立根不喜欢他。诺伊斯在自己的门徒身上发现了令他困惑的急躁和不讲情理。随着鲍林越来越成功，这种倾向愈来愈明显了。
另一方面，鲍林出色地履行了自己在系务委员会里的职责，而且是一位极其出色的教师。他对于系里的课程安排，特别是本科生学习化学的方式还有那么点兴趣。也许可以指导他更关心一些学院方面的事务。在30年代早期，诺伊斯草拟了一份计划，让青年教师参加一个政策委员会，通过与加州理工学院行政管理人员的协商来“了解学院的问题和想法”；在化学系中，他提名鲍林和托尔曼参加。还有一次，鲍林记得，诺伊斯指定他为化学系的“执行官”。诺伊斯设立这一职位也许是为了给鲍林创造一块最终登上系主任宝座的垫脚石。“但是作为执行官我没有做任何事情，”鲍林说。“他没有让我承担任何职责。”
正当诺伊斯迟疑不决的时候，在1935年初他受到了致命的打击：他被确诊患有结肠癌。医生告诉他，他唯一的机会是立即动手术。诺伊斯被手术吓坏了，坚决反对这样做。除了海耳、密立根和几个最亲近的朋友，他没有把病情告诉任何人。他开始离开学校，一个人独处。有时在学校附近圣帕斯科的小屋，有时在科罗那得马的海边别墅里。在那里，他可以静静地欣赏海鸥翱翔，海浪翻滚，耳边是海风带来的海滩上人们的欢声笑语，脑海中浮现出科德角的浪花和自己在意大利阳光灿烂的日子。在那里他可以暂时忘却学校的烦心事。
尽管诺伊斯竭力隐瞒自己的病情，学校里不久就已传得沸沸扬扬了。
鲍林的反应正是大家最害怕看见的。多年以来他就期待着能够取代诺伊斯，现在看来时机到了。需要立即作出一系列的决策，包括有机化学的发展计划，与洛克菲勒基金的长期关系，以及由于大萧条造成的新的化学楼的延期。诺伊斯似乎放弃了任何决策，而鲍林需要知道下一步将会发生什么，特别是他继任系主任的时间表。但是没有一个人跟他提过这件事。诺伊斯处于半隐居状态，而密立根则对他敬而远之。最后，鲍林决定自己采取行动。1935年7月，他借俄亥俄州立大学给他的一份邀请，要求和密立根讨论一下自己的处境。
这次会面是一场灾难。密立根是诺伊斯的亲密战友，对于朋友的疾病感到很忧虑；他目前最不愿意处理的就是鲍林显而易见的又一次加薪的要求。鲍林抱怨经费紧缺，告诉密立根应该拨给化学系更多的资金，还提醒他在别的大学中化学相对于物理的优越地位，由此会谈的气氛急转直下。密立根根本就不屑于回答鲍林的这些问题；在他看来，只要诺伊斯一息尚存，还是化学系主任，经费的问题完全不用鲍林来操心。接着他意识到了鲍林此行的真正动机：他需要保证自己在诺伊斯死后获得系主任一职。密立根勃然大怒。他强压怒火，对鲍林说，学校没有打算增加化学系在学院经费中的份额。然而当鲍林一再回到系主任任命这一话题上的时候，他再也按捺不住了。密立根告诉这位自负的年轻人说，他太年轻，甚至连系主任一职也休想考虑。就他个人而言，鲍林在以后的十到十五年中也不用费神去考虑担任那一类行政职务。接着他把鲍林轰了出去。
鲍林一下子懵住了。密立根的话彻底推翻了他原以为板上钉钉的自己前程的安排。而且密立根说他年轻，不足以担此重任的话也毫无道理。鲍林已经34岁了，比斯雷特负责麻省理工学院物理系时还年长3岁，比科南特被提名为哈佛大学校长时也小不了几岁。一定是别的什么出了岔子。
鲍林整整用了两个星期的时间才重新认识了自己的位置，他决定非要弄个明白不可。他老调重弹地给诺伊斯送去一封措辞谨慎的信：“我觉得我不得不离开学院。……唯一令我感到迟疑的是，我可能误解了您曾经嘱咐我的，要我制定发展化学系的规划，并为我安排相应角色的话。”
诺伊斯在科罗那得马收到了这封信。几个月来，他一直避免作任何决定，但是现在看来他必须正面解决鲍林的前途问题了。他一直担心这会使他在生命最后几年中苦心经营的化学系分崩离析。他叫秘书把鲍林的信复写了一份亲手交给海耳，还亲自写了一段话。“鲍林好大喜功，野心勃勃，惟我独尊，但是我确实相信，他主要的思路是在其研究领域之外建立一个更大的研究中心。”然后他要求紧急约见托尔曼、海耳和密立根。
在会议上，大家很快意识到问题没那么简单。密立根希望托尔曼能够继任；他不仅资格老，而且是合适的人选；他和密立根以及加州理工学院最大的那些施主参加同样的私人俱乐部，属于同一个社交圈。在另一方面，每一个人都还记得鲍林刚读研究生时的模样。他来自穷乡僻壤，一贫如洗，和年轻的太太和孩子住在一间租来的破旧屋子里。他怎么能够应付那些学院需要交好的百万富翁呢？密立根特别担心鲁莽的鲍林在自己理事会前的表现。然而诺伊斯仍然不相信托尔曼会全身心地投入到化学系或者管理工作中去，他争辩说，失去鲍林将是学院的一大损失。托尔曼本人对独自一人取代诺伊斯表示了保留的意见。
最后，大家达成了妥协：对化学系采取分治管理的模式。鲍林将称为名义上的系主任，但是他将和一个新的化学系委员会分享他的权力。这一委员会包括五名成员，将最终决定任命、提升、工资和预算等问题。托尔曼将作为化学系在加州理工学院执行委员会中的代表，负责与理事们打交道。
这一计划是在7月份制定的，但是在11月正式公布的时候，鲍林的角色受到了进一步的削弱。也许诺伊斯还不愿就此退休；也许化学系的教师反对原先的计划。总之，最后诺伊斯被任命为化学系委员会的主席，而鲍林是成员之一。主席是委员会的当然成员，没有什么实权。他能够将有关事务提交给委员会，但是没有投票权。这一体制保证了在诺伊斯死后，他的互相合作、教师集体管理的模式能够继续下去，而不至于造成某一个人独霸化学系。在被剥夺了所有实质性内容之后，这一有名无实的化学系委员会主席的职务将在恰当的时候授予鲍林。
鲍林得知了这一消息。圣诞节刚过，他写信给科南特，说自己有兴趣到哈佛来。但是，与七年前各大学争相礼聘鲍林相比，情况发生了很大的变化。现在可供挑选的受过量子力学训练的青年化学家很多——哈佛在一年前刚刚招募了鲍林一个最得意的弟子，布莱特·威尔逊——而且把鲍林庞大的研究队伍搬到东部去需要一大笔钱。在对大萧条影响下的预算进行了两个星期的苦思冥想之后，科南特回信说：“我非常遗憾地告诉您，现在哈佛看来无法提供您所需要的那些机会。”
自尊心受到双重打击的鲍林一头扎回到研究工作中。诺伊斯让他参与一个自己希望在有生之年实现的最后的大项目，创建一所生物有机化学研究院，并借此来抚慰鲍林的创伤。这个新的跨学科的研究团体将运用现代化学的工具来重新塑造生物学。他说，鲍林将是这一学院的学术领袖，可以获得新楼的整个一层楼面。其他教师将是世界上最优秀的学者，以后将陆续被聘用。更多场地和更高学术地位的承诺帮助鲍林克服了自己的失望情绪，一门心思地扑在工作上。
韦弗在1936年3月访问加州理工学院，他非常高兴地了解到鲍林在血红蛋白研究上取得了进展。当鲍林在晚餐上介绍自己对其他蛋白质研究产生了新的兴趣，说到自己的工作有可能有助于攻克癌症时，韦弗就更加喜不自禁了。
韦弗还拜访了明显衰弱的诺伊斯。诺伊斯强打精神，四方寻求资助，招兵买马，为扩建和装备生物有机化学学院作准备。韦弗对这一规划非常兴奋——这毕竟表明，他长期以来信奉的研究生物学的方法将被实现——他告诉诺伊斯，他将和理事会一起密切关注这一项目的进展。
诺伊斯对这个项目信心十足，况且他急切地想在自己离开人世前把一切都料理停当。他让鲍林充分地考查一下新学院的合适人选。这回倒是鲍林摆起了架子。他写信对诺伊斯说，最好围绕自己的研究进展向洛克菲勒基金提交一份详细的计划，然后再看看采取什么行动。诺伊斯迫不及待。他已经决定到梅奥诊所做一次结肠手术，这是他最后治愈癌症的机会。他很快将一份6页的提纲送交给韦弗，其中概括地介绍了有机化学的发展思路，并详细介绍了由私人捐助的拟建中的大楼。然后鲍林被派往东海岸寻访人才，这回他又扯起了诺伊斯的后腿。在纽约，他告诫韦弗说，他觉得诺伊斯“以他现在的状况，为了在有生之年作出一些成就，有些过于匆忙……”。鲍林仍然认为，不管系主任一职怎样有名无实，总归是他的。他不希望被一个垂危的病人作出的决定栓住手脚。他希望在时机到来时作出自己的决策。
他不用等待太久。梅奥诊所的手术失败了，5月，诺伊斯回到了帕萨迪纳。他躺在自己圣帕斯科大街住所的床上，女仆和一位长期的助手照料他。鲍林此时正忙于和莫斯基一起对蛋白质变性的论文作最后润色，在诺伊斯最后的几个星期中探望过他两回；谁也没有提及他继任系主任这个话题。
1936年6月3日，消息传遍了校园：亚瑟王过世了。
这标志着一个时代的结束。
诺伊斯的保守克制、温文尔雅和慷慨大度扎根于19世纪；他所遵循的是一种正在迅速消逝的生活方式，慢条斯理，知书达理，知足常乐。不会再让学生驾着老摩西出游，在研讨会上不会再有可可饮料，不会再有密立根在悼词中所称的诺伊斯的“美好性格”。不会再有诗歌。未来属于不那么浪漫、更加务实、眼明手快的鲍林式人物——20世纪的人。
诺伊斯在系里起到了协调的作用，这一点在他死后充分显露出来了。教师们在过去一年中积聚起来的敌意现在变得公开了。一些教师认为，鲍林即便是在诺伊斯重病期间也把他逼得很紧，还有人对韦弗说，鲍林“以一种毫无道理的，甚至是不可饶恕的方式来困扰和纠缠（诺伊斯），强迫他承担起不可忍受的化学系领导任务”，这甚至有可能加速了诺伊斯病情的恶化。托尔曼、迪金森和雷西这些老教授在给密立根的一封信中直言不讳地表达了同感，并“建议”暂时将鲍林提升为系主任——新近又重新确定了职责范围，几乎没有任何权力——这只是因为他的研究工作对加州理工学院至关重要，尽管“我们对鲍林教授是否完全适合这一岗位深表忧虑。……在一定程度上，我们怀疑他是否有能力来制定政策，是否能够慷慨、真诚地待人接物。”
这股反鲍林的情绪在诺伊斯的葬礼上表露无遗。荣誉扶棺者包括加州理工学院行政委员会的每一位成员，还有化学和化学工程系的每一位教师——唯独没有鲍林。鲍林对这种特殊做法感到狼狈万分，他找到密立根，要求知道为什么受到这样不公正的待遇。密立根声称自己毫不知情，说名单是化学系定的。
又一次侮辱接踵而至。葬礼后，正式宣布了系主任的任命——然而是托尔曼，而不是鲍林。这可能只是表示对前辈尊重的一种形式，因为托尔曼早就表明自己不堪此任，因此马上拒绝了，然而这实际上等于又打了鲍林一记耳光。
最后终于把系主任的头衔交给了鲍林，但是鲍林对于此等羞辱怒不可遏，拒绝接受。他不及考虑后果，匆匆地给密立根写了一封简短而直率的拒绝信。他在信中写道，新的系务委员会结构意味着他要在没有实权的情况下承担责任。提议的7500美元的工资也太低。他需要学校作出支持化学系的承诺。而且，他希望得到的不光是系主任的头衔，还有诺伊斯的另一个头衔，盖茨实验室主任。他在8月10日把这封信交了上去，然后带着全家上俄勒冈度假去了。
两星期后，他回到学校。在给朋友的一封信中他写道：“我们的化学系仍是一团糟，恐怕在一切走上正轨之前我们还要碰到许多麻烦。”密立根原以为诺伊斯的死会让鲍林幡然悔悟，欣然接受系主任的任命；鲍林信中的语气让他大惊失色，他拒绝把这封信交给行政委员会。这封信正是他对鲍林担心的明证：他太年轻，太缺乏经验，难以担当系主任的重任。太容易采取“独裁”的手腕。密立根拒绝给鲍林任何答复。
鲍林和“长官”继续沉默地对视着，过了整整两个月，鲍林才眨了眨眼睛。在11月份，他再次要求密立根告诉他将会发生什么。密立根冷若冰霜地回答说，他在等待鲍林提出能使自己“满意”的机构改革计划。
即便他们之间进行了谈判，也没有获得任何成果。1937年新年过去了，化学系仍然没有系主任。
韦弗在自己纽约的办公室里关注着事态的发展。他越来越不耐烦，决定采取行动。诺伊斯的生物有机化学资金已经启动；韦弗认为鲍林和一个顶尖的有机化学家合作能够完成大事，而且他也希望这笔资金能够产生效果。加州理工学院现在的恶劣环境让什么事都变得复杂了。尽管他深知鲍林缺乏团队精神——他认为，鲍林在8月份将那封拒绝信交给密立根时，密立根应该好好“打他的屁股”——他仍将鲍林视作自己在加州理工学院计划中的关键人物。
韦弗在1937年1月乘火车来到帕萨迪纳进行协调。他发现局势比他担心的还要糟糕。鲍林和密立根切断了彼此之间的所有联系。密立根本人开始管理生物有机化学资金，尽管他对此一窍不通。鲍林则高傲地呆在一边，等待着对他有利的决定。
韦弗首先和鲍林坐下来谈。有个能够理解自己的人来听自己的牢骚，鲍林把郁积在心中的话一股脑儿都倒了出来。他说，他担心不能很好地平衡自己在学术和行政上的时间。看看诺伊斯的情况——他事无巨细地处理着学院的事务，而本人在实验室里却没有搞出任何有价值的成果。系主任在新的系务委员会制度下不过是一个傀儡，没有决策权，却要为那些不是自己作出的决定接受旁人的洁难。而且在一些他本人就可以处理的小事上，他也需要浪费大量时间与委员会商量。鲍林还说，他对于不给他实验室主任一职极为不满，因为尽管对外人来说似乎这无关紧要，但是在他领域里的其他科学家眼中，这个头衔具有实际的重要性。工资问题也相当重要，因为他现在的收入比其他系主任的工资要低得多。
韦弗觉得鲍林的话有理有据，他开始对这位青年学者产生了一种新的敬重。接着，鲍林又让韦弗看了自己在8月10日写的拒绝信，要他坦率地说出自己的看法。韦弗读了一遍，说这封信“语调生硬，甚至有些厚颜无耻”。他告诉鲍林，与行政委员会的成员相比，他还太年轻；提他为系主任表明理事们对他非常信任，可以说是对他的一种恩赐。他的答复不仅没有感谢这种荣誉，而且没有给出他这一决定背后的理由。看上去似乎鲍林把系主任一职又扔回到他们的脸上。这是一种羞辱。所以毫不奇怪，他们让他干等着。那天晚上，韦弗在日记中写道：“鲍林似乎心说诚服地接受了我的批评，并沉痛地表示自己犯了一个大错。”
在教训了一方之后，韦弗开始和另一方理论，告诉密立根鲍林的忧虑以及对化学系的计划。他说，这个年轻人在长时间的等待中仍保持了清醒的头脑，这难能可贵，而且鲍林对于洛克菲勒基金是十分重要的。他请求密立根能够理解。
在韦弗回到纽约之后，密立根和鲍林开始对话，意在确定一种双方都能够满意的体制。在诺伊斯去世几乎一年后的4月份，鲍林将好消息通知了韦弗。“在与您谈话之后，我找到密立根教授，决心消除我们之间的隔阂。我们没费什么功夫就达成了共识，我相信每个人都会满意的。”鲍林当然是满意的。他将保留系主任和系务委员会主任的头衔，他的工资将提升到9000美元。
在别人的忧惧惶恐之中，鲍林顺利地担当起了系主任的角色，这主要应该归功于他沿用了诺伊斯的行政管理体系，并把主要的精力放在了自己的科研工作上。作为系主任，他需要抛头露面，外出旅行，讲演，提高学校的知名度，并吸引大笔的赞助。其他的一切事务都委派别人去做。他说：“作为行政管理人员，我出于某种原因，养成了把几乎所有事情都交给别人去办的习惯。”他让自己以前的研究生斯特迪文特当了自己行政方面的助手。这一选择十分正确，因为斯特迪文特务实、果断——他负责化学系的仪器车间，在日常行政事务之外还设计并制造了一些精密的化学仪器设备——在一个教授的记忆中，他是“我所认识的人中最能干的一个”。
大多数其他的日常决策都由系里的一些常设委员会来制定。甚至连新的系务理事会机构这样一个棘手的问题，也非常容易地解决了：对任何新教师的录用或是别的重大决策，鲍林并不采取所有教师投票的办法，而是通过小范围的投票来解决。在此，鲍林同样显示了他的才干：在投票之前，鲍林都会先去试一试水温，通过非正式的谈话达成一致意见，这样就避免了许多公开的争论。教师会议简短有效，多数教授喜欢这种形式。
在获得系主任提名后的几个星期，鲍林在给一个朋友的信中写道：“非常感谢你关于我的新职位的来信。我不知道将来会怎么样，但是到目前为止事情并没有朝坏里发展，因为除了在一些最无关痛痒的事情以外，我都成功地逃避了任何责任。”
关于鲍林“独裁”倾向的忧虑看来是言过其实了。也许全系的科研重点有所转移——诺伊斯偏好的是无机物理化学，而鲍林注重的是新的生物有机化学——但是教师们很快就意识到，不会发生什么大的变动。系里的生活平稳、和谐地延续着，至少在表面上看来如此。
只有少数例外。托尔曼，作为诺伊斯的好朋友，客客气气地和鲍林保持着距离；在客套之外，他们的关系再没有热络起来。另外一个是唐·尤斯特，一个固执己见、独来独往的无机化学家。鲍林记得他“有些跟我作对”，也许是因为尤斯特对化学系的重点偏离自己的领域心怀不满，也许是因为鲍林对上回尤斯特没能找到他所预言的氙化合物仍耿耿于怀。尤斯特在加州理工学院一直呆到退休，经常和鲍林对着干，在系里的许多决策中他是唯一的反对票。他也不刻意隐瞒自己对鲍林的敌意，有时候发展到两人一句话也不说的地步。
除了这些偶然事件外，加州理工学院化学系在鲍林的领导下不仅生存了下来，而且进一步壮大。两年之后，鲍林骄傲地向韦弗报告说，化学系的研究生数目从25个增加到了45个，博士后的数量也翻了一番。学生们拥向加州理工学院，不仅因为诺伊斯创建了一个强大的化学系，而且因为现在鲍林是掌门人。他以自己的化学键和分子结构思想推动着化学的发展，在前面领路。30年代中期的一位研究生维纳·舒梅克说：“许多学生是因为听说过鲍林的名字，所以才到加州理工学院来。他也没有让任何人失望。他总能创造一个接一个或大或小的奇迹。”理查德·诺伊斯，依利诺伊大学化学系主任的儿子，在30年代末本可以到任何一个研究生院去学习，然而他选择了加州理工学院，因为它“欣欣向荣，……是世界上学习结构化学的最佳场所。”那时候，鲍林的学生，所有化学系的学生，都觉得自己是一个精英集团的一分子。鲍林的过人智慧和个人风格造就了这种特殊感。他并不隐身于办公室，只有在研讨会发言或者主持会议时露露脸。他现在不必担心自己牢固的地位，时常在走廊里走动，把脑袋探进实验室，和任何一个碰见的人聊聊天、开开玩笑。新生原来以为会遇见一个拒人于千里之外。令人肃然起敬的伟人，然而却发现他友好、随和，而且异常年轻——他只比多数研究生大十岁——他询问他们的兴趣，倾听他们的想法，坦率地谈论自己的看法，而且最令人惊奇的是，他能平等地对待他们。他邀请学生和博士后到自己的家里听唱片，吃早点，在感恩节共进晚餐。有时，他们还替鲍林看孩子。他率领他们到沙漠去野营。鲍林的风格随意奔放——西部风格——与别的总是以先生或教授称呼的化学系大异其趣。在加州理工学院，在鲍林的轨道上，真实、创新、领先的化学既令人兴奋，又让人感到充满了乐趣。
系主任一职在鲍林身上也产生了一种中和的作用。爱娃有了鲍林新的工资作后盾，更加刻意地将他打扮得符合他的新职务。她为鲍林买了更加昂贵的西服，把他打扮成加州理工学院的时装模特儿。鲍林在讲课的时候也不再斜依在讲台上。与路易斯在一起时，两人也更加班配，令路易斯欣喜万分。
鲍林浑身是劲。在36岁的时候，他在自己选择的领域中成名，领导着世界上最强大、最有影响的化学实验室。他靠自己的努力取得了这一切。他非常高兴。
这种情绪洋溢在他的脸上，渗透在他走路的姿势里。从他的一位助手埃迪·休斯在30年代末拍摄的家庭录像中，我们可以看到鲍林和朋友们在威尔逊山上，低着头，两手背在身后，陷入沉思，也许在思考着一个化学难题。但是没有紧张的感觉；他自在地溜哒着，四肢放松，怡然自得。一般的科学家总是一本正经的，即使在最放松的时候，也让人觉得有些滑稽。然而只要相机一转向鲍林的方向，他马上会咧开嘴，脸上绽放出灿烂的笑容，活像一个钓到大鱼的中学生。这笑容已成为鲍林的“商标”。
科里
在等待系主任职位的一年中，鲍林没有停止旅行、演讲、教学，他以令人瞠目结舌的速度发表了一篇又一篇的学术论文，几乎每三到四个星期就有一篇：对于血红蛋白更进一步的磁性研究，对于有机和无机分子结构的更广泛的涉足，关于染料色彩的新理论，还有对金属结构的新认识。他与布莱特·威尔逊合着的量子力学教科书出版了。他还计划写一本关于自己的共振理论在有机化学上应用的书，并且与自己以前的一位学生韦兰德已经完成了几个章节，但是在其他琐事的压力之下，这本书最终没有能够完成。
然而，他的首要目标是解决蛋白质的结构问题。他开始在几个层次上同时着手。阿斯特伯里在1937年5月访问了帕萨迪纳。他同鲍林进行了探讨，并给他看了角蛋白一些最新的Ｘ射线照片。两人在蛋白质是一条长链这点上意见一致，然而对深层结构产生了分歧。鲍林说：“我当然了解利兹的阿斯特伯里有关角蛋白结构的文章——毛发、兽角、指甲等等。但是我知道阿斯特伯里的观点是错误的……因为我们通过简单分子的研究获得的键长、键角和氢键结构的知识足以让我们推翻他的观点。但是当时我还没有找到正确的答案。”
同伯纳尔和其他的英国蛋白质Ｘ射线晶体学家一样，阿斯特伯里试图直接通过复杂的Ｘ射线衍射来解决蛋白质结构的问题。鲍林仍然喜欢他在研究硅酸盐矿物时十分奏效的随机法：尽量获取有关物质大小和形状的数据，推断将其结合在一起的化学键形态，运用以上信息制作精密的模型，然后检验这一模型是否符合Ｘ射线数据。
他决定对角蛋白也采用这一方法。角蛋白是由氨基酸构成的，但是令人遗憾的是，对于这些相当复杂的分子，没有像样的Ｘ射线结构分析。鲍林认为，即使没有理想的结构数据，他对于相关分子的认识也足以让他推测出氨基酸是如何互相联结在一起构成阿斯特伯里的阿尔法角蛋白的。鲍林的假设中很重要的一条是基于他从前的一种观点，即肽键具有相当程度的双键特性，这样就限制了其两侧原子的转动，使它们处在同一个平面上。这一认识，加上对氨基酸大小的基本概念和对氢键重要性的认识，就构成了鲍林研究的起点。
1937夏天，鲍林一直被这个问题困扰着。他尝试了一种又一种氨基酸链的排列方式，以符合阿斯特伯里的Ｘ射线数据，并包含尽可能多的氢键。他试图建立一种互相纠结在一起的平面带状结构，就像阿斯特伯里提出的那样；但是不管他怎样排列，都无法满足x射线的数据。他试图将结构设想成是三维的；但还是不行。主要的问题是，阿斯特伯里的数据显示在氨基酸链上，每隔5.1埃（一埃等于一千万分之一毫米）将会出现一个重复的构造。鲍林的模型无一能满足这一条件。
到了9月份，鲍林放弃了努力。也许他对于氨基酸构造的设想是错误的。也许他从别的分子结构中借用的键长和键角不适用于蛋白质。也许肽键不是平面的，而可以扭曲。也许他对于氢键的认识是错误的。
只有通过精确地确定单个氨基酸的结构并确认它们互相联结的方式才可能回答这些疑问。鲍林已经让一个研究生加斯·埃尔布莱希特培养供分析用的氨基酸晶体。但是仅靠一个研究生的才能是远远不够的：氨基酸比用Ｘ射线分析过的任何有机分子都大得多，复杂得多——甚至连甘氨酸，最简单的氨基酸，也含有排列复杂的十个原子——而且成功需要远见、技巧以及多年的辛勤劳动。他上哪里去寻找这样一位既有技巧又有毅力的人呢？
命运将身材瘦削、其貌不扬的罗伯特·科里带到了鲍林身边。科里是全国为数不多的精通蛋白质晶体衍射的科学家之一。1924年他在康奈尔大学获得博士学位，接着在洛克菲勒医学研究院协助拉尔夫·威科夫用Ｘ射线来分析从豪猪刺到结晶血红蛋白的形形色色的蛋白质。当威科夫的实验室由于机构调整被取消后，科里拿到了一年的工资、从威科夫那里要来的所有仪器和一封推荐信。1937年4月，鲍林收到科里的一封信，询问能否自带仪器和薪水到帕萨迪纳来工作一年。鲍林当然不会反对，但是告诫科里说，很有可能没有足够的经费永久性地雇佣他。
当鲍林遇见科里时，他可能有些迟疑。科里看上去不止40岁，身材瘦长，头发稀疏，留着一撮胡髭。他小时候患过严重的小儿麻痹症，没能很好地恢复；他的腿瘸得厉害，要靠拐杖才能走路。他性格腼腆，超过了鲍林喜欢的程度——鲍林后来说他是“一个没有脾气的好人”——但在交谈了一会儿之后，鲍林就发现科里对Ｘ射线晶体学了如指掌。科里还有另外一些特殊的品质：他含而不露，实际知道的比他说出来的要多得多。他告诉鲍林，他已经开始对甘氨酸结构作第一步研究。鲍林后来回忆道：“他和我共同决定，他将研究确定某些氨基酸晶体和简单的缩氨酸的结构。”接着他更正了自己的说法。“说是他和我共同作出这一决定并不正确。很有可能他早已下定了决心，只不过他巧妙地让我同意了他的观点，让我觉得这是我们共同的决定。后来我了解到他精于此道。”
两人从此将开始一段长期卓有成效的合作。
绝对正确的帕萨迪纳研究
科里来校后不久，鲍林就接受了康奈尔大学的邀请，以乔治·费希尔·贝克讲座主讲人的身份前往康奈尔大学作为期4个月的访问。这一身份具有崇高的声望，讲课人要对某一专题举行一系列讲座，并由康奈尔大学出版社作为贝克系列丛书中的一种出版。鲍林选择的题目是化学键的本质。他在9月底和爱娃一起来到了伊萨卡，将孩子们——12岁的小莱纳斯，6岁的彼得，5岁的琳达和3个月前刚刚出生的爱德华德·克莱林——托付给朋友们照管。他们住进了康奈尔大学的泰鲁菜得楼。爱娃庆幸自己能够暂时摆脱一帮孩子的纠缠，这也是他俩十年前第一次去欧洲之后她和丈夫单独在一起最长的一段时间。鲍林夫妇尽情享受这段美好的时光，出席招待会和晚宴，还不时到纽约去听一场最新的音乐会或是去跳舞。
躲开了系主任的日常事务，鲍林有充裕的时间来完成一个已经酝酿了很久的大项目——将自己有关化学键的所有思想写成一本书。贝克讲座是他的出发点，但是最终的内容将更为广泛。在伊萨卡逗留的几个月时间里，他写出了初稿，并在1938年回到理工学院之后对手稿进行了扩充。
《化学键的本质和分子及晶体的结构：现代结构化学入门》在1939年出版，立刻成为一部经典的著作。它的读者对象是高年级的化学专业研究生，但是其影响远远超出了教科书的范围。这部著作将改变全世界科学家对化学的认识。以往，化学被视作以一些实用公式描述的经验数据的大杂烩，但鲍林在此书中首次用一种物理理论——鲍林对于化学键的量子力学思想——统一了这一切。阐述化学键的性质如何决定分子结构，分子结构又如何决定化学性质，按照马克思·佩鲁茨的说法，鲍林首次“使人们理解了化学，而不用死记硬背”。在书中，鲍林还向化学家们介绍了Ｘ射线和分子衍射这两种确定原子键长和键角的重要工具，并通过这些工具来揭示化学键的本质。在这本书出版之前，很少有化学家注意到神秘的晶体学；在这本书出版之后，没有化学家再敢忽视其价值。
这本书条理清晰，使用的语言也是化学家喜闻乐见的。鲍林故意剔除了几乎所有的数学公式以及量子力学的详细推导过程，而注重描述现实世界中的实例。书中到处是分子的结构示意图；尽管涉及的内容很广泛，但是十分通俗。
这本书的出版立即引起了热烈的反响。一封来自依利诺伊大学教授的信代表了多数读者的想法：“我忍耐不住激动的心情，提笔向您表示祝贺。我觉得这是我读过的最出色的化学著作之一。”鲍林将此书献给路易斯。路易斯写道：“我刚过完一个短假。我随身携带的书包括几本侦探小说和你的‘化学键’，而后者更为令人着迷。”再说，此书的销售情况也很好。
很快，《化学键的本质》一书成为全国大多数最好的大学采用的标准教材。它后来共出了三版，被翻译成法语、日语、德语、俄语和西班牙语，在几乎30年的时间里一再印刷。这本书将成为新一代化学家的圣经，并成为科学史上被引用最多的参考书之一。
在1939年，只有一个人对这本书提出了批评意见。这本书通篇的口气绝对自信，哈佛大学的化学家基斯塔科夫斯基在《美国化学学会学报》上发表的一篇大体肯定的评论中忍不住说：“鲍林博士如此成功地解决了本领域中的许多问题，所以可以理解他在书中流露出来的认为帕萨迪纳研究成果绝对正确的态度和他有些像教皇般的口气。”
与鲍林一起进行血红蛋白研究的合作者查尔斯·科耶尔读到了这句话。当他在校园里又一次看见鲍林的时候，他高声地向“教皇莱纳斯一世”致意。鲍林觉得这个称呼非常有趣，但是提醒他说，在罗马天主教早期已经有一位叫莱纳斯的教皇，所以更贴切的称呼应该是教皇莱纳斯二世。
当鲍林在1938年年初从康奈尔回到加州理工学院的时候，他发现科里在这几个月的时间里，在对氨基酸结构的研究上取得了惊人的进展。在失业阴影的压力下，科里日以继夜地工作着，在甘氨酸结构上的研究已经接近尾声。鲍林惊喜万分，同意科里继续他的研究工作，并将研究范围扩大到二酮哌嗪，由两个甘氨酸组成的环状结构，以获得有关肽键的知识。
科里精力充沛，一丝不苟，并创新地运用了许多Ｘ射线分析的新技巧。他很快就攻克了二酮哌嗪的结构，随后又在1939年与加斯·埃尔布莱希特合作，详尽地描述了甘氨酸的结构。这两篇论文成为蛋白质结构理论发展的里程碑。
科里将在加州理工学院度过其学术生涯的后二十年，成为鲍林Ｘ射线实验室里的得力助手。他们两人的性格迥异，而正是这种差异使他们的科学合作获得了巨大的成功。科里的长处是细致、精确，逻辑严密，这正好填补了鲍林理论灵感的火花和跳跃性思维留下的空缺。科里谨慎，鲍林果敢；科里性格内向，鲍林脾气爽朗；科里出言谨慎，鲍林性急口快。鲍林冲在前面，满脑子都是蛋白质的宏伟构思；而科里总是耐心地去获取所需的Ｘ射线数据，并一再劝戒鲍林不要冒失地发表尚不能肯定的观点。
他们的合作可谓是珠联璧合。
1938年5月16日，鲍林作为加州理工学院化学和化学工程系主任，在公开场合第一次发表了重要讲话。这是新落成的供有机化学研究的克莱林实验室的捐献仪式。实验楼共有6层，地下3层，地面3层，把化学系和生物系联结在一起。由鲍林牵头，向洛克菲勒基金提出的赞助申请很爽快地得到了批准——加州理工学院将在五年时间里获得25万美元，包括招聘新教授的经费，购置克莱林实验室专业设备的款项，以及鲍林自己的结构化学项目的每年1万美金——能将诺伊斯身前最后一个项目变成现实，鲍林感到十分自豪。参加仪式的人群中有加州理工学院的所有最高领导，以及南加利福尼亚地区许多有钱有势的男男女女。
鲍林的讲话简短扼要。他站在露天的讲台上，春风吹拂着他的头发。他谈到了将在新的实验室里进行的研究工作，说在这里一小群科学家将探索“对人类生命具有深刻影响的知识，而对这些知识的认识才刚刚起步。……以及研究化学结构和生理活动的关系……”。捐助这幢楼的爱德华德·克莱林是一个退休的钢铁巨头，他用更朴实的话说出了自己的期望：“……如果这种研究不能找到什么仙丹的话，那么至少可以更好地了解生命的过程，可以为人们带来更加健康、更加长寿的幸福生活。”人们对他俩的讲话报以礼貌的掌声。接着鲍林一一同现在和潜在的捐款人握手，最后才开始动手将仪器设备搬进新的实验室。
克莱林实验室标志着跑林生活中新的一章的开始。实验室的完成不仅扩大了他的实验场地，而且进一步确立了他的领导地位。他能够为实验室配备最优秀的人才，最现代化的设备——Ｘ射线光谱仪，超高速离心机，电子衍射仪——并以此将化学推向新的方向。他对实验室和捐助人满意之极，以至于与爱娃商量，将他们的新生儿取名为爱德华德·克莱林·鲍林，让所有人都颇感意外。（鲍林说：“护士建议给孩子取名为卡布斯，我们没有同意。”）
他们的家庭生活也进入了一个新的阶段。现在有了四个孩子和较高的薪水，鲍林夫妇需要、也承担得起一所大一些的房子。就在克莱林实验室落成后不久，他们在离校园5英里的威尔逊山下买了一幢房子。房子很漂亮，占地两英亩，面对一条峡谷，景色壮丽。他们开始规划梦幻家园——一幢结构随意的加利福尼亚农场风格的建筑，两翼厢房按一定角度联结在一起，正面是砖坯墙面。设计以适宜居住为本，不图外形美观。室内色调，冶人，客厅内有一个很大的壁炉，到处是书橱，还有很多场地供孩子们游戏。有6间卧室（四个孩子每人一间，鲍林夫妇一间，女仆一间），客厅旁有一间鲍林的书房，还有为爱娃准备的大厨房和园地。鲍林积极参与了设计的每一步骤，并向建筑师提出了许多不同寻常的要求。其中之一是鲍林的书房要求被设计成晶体的形状：八边形，周围是书架，一面能够看见峡谷。另一建议要求两翼厢房的夹角正好是104.67度——碳的正四面体键角角度。设计师满足了他的第一个要求，但是劝说鲍林放弃了第二个想法，因为设计起来实在过于复杂。最后双方妥协，将角度改为120度，苯的键角角度。
所有这些都很费钱，但是鲍林出得起。9000美元的年薪在大萧条时期是一笔巨款。在穷苦中长大，并度过十多年研究生和低级教员清贫生活的鲍林决心好好地花钱，并且花出些样子来。作为对自己获得系主任一职的最后奖励，他给自己买了一辆时髦漂亮的林肯西风轿车。日后他将越来越钟情于飞车。
克莱林实验室完工之后，寻找科学家的任务就显得重要起来。最初的打算是聘用一位世界级的资深有机化学家来辅助鲍林，一个能够吸引资助和学生的人物，这样可以尽快保证项目的成功。另外，洛克菲勒基金还有足够的钱来招募一两位有前途的青年科学家。
资深有机化学家一职有些问题。科南特显然不可能，而鲍林又看不上其他的美国学者，韦弗只好派人到欧洲去招贤。他和鲍林花了一年时间向苏格兰有机化学大师亚力山大·托德大献殷勤。托德有相当成功的历史，而且他的结构观点正好和鲍林的观点相符。他们出钱邀请他来加州理工学院住了六个月，希望南加利福尼亚的暖流和热情会发挥通常的魔力。然而在访问之后，托德决定还是呆在英国。后来，鲍林对一位匈牙利科学家拉斯罗·泽希迈斯特产生了浓厚的兴趣。他的特长是运用一种最近被再次发掘出来的色谱法对有机分子进行提纯和研究。这一技术将有机分子溶解在溶剂中，并让它们穿越一个固体，如一张纸或是纯净的硅石。取决于溶剂和使用的固体，有些分子移动得快，有些分子移动得慢；最后纯净的形式可以被完全分离出来。“泽希”（这是别人对他的称呼）对胡萝卜素特别感兴趣，这些大分子给胡萝卜和西红柿染上黄色和红色。胡萝卜素是与非蛋白质结合的分子——同血红蛋白中的毗咯一样，它们具有单键和双键相间的结构——鲍林对它们的结构和色谱法这种有用的工具很感兴趣。尽管韦弗的反应并不热烈，认为这个匈牙利人的知名度太低，难以引来别人的赞助，鲍林还是聘用了泽希。这一决定好坏参半。泽希将色谱法引进美国，并使它成了一种被广泛使用的实验室重要工具。但是他没有什么学术上的雄心壮志，无法同托德日后取得的巨大科学成就相比。
在青年学者方面，韦弗推荐了卡尔·尼曼，一位青年蛋白质化学家，他早在洛克菲勒医学研究院期间就为自己赢得了声誉。鲍林非常喜欢他，也乐意聘用他。接着鲍林竭力建议聘用一对兄弟，R·R·威廉姆斯和R·J·威廉姆斯，他们的研究兴趣包括维生素Ｂ。不过当韦弗表示“不怎么十分满意”时，鲍林退缩了，转而聘用了威廉姆斯兄弟的一个青年合作者埃德温·布克曼来填补第二个空缺。
在担任系主任的一年里，鲍林证明了自己具有惊人的领导才能，而且与诺伊斯的风格截然不同。诺伊斯在幕后默默地团结大家将一个又一个宏伟的计划付诸实施，改变了科学教育的方式，并建立了一个将美国的科学水平提高到世界水平的学院。他是独一无二的国王。鲍林敢于冒险，富有洞察力和创见，更为野心勃勃，自己的科研和形象也极为成功，他将给加州理工学院化学系打上自己的印记。
没有人称鲍林为国王。比较相近的一个称呼是莫斯基1938年从洛克菲勒医学研究院听来的。莫斯基写道：“哦，顺便跟你说一句，那天我和伽瑟（研究院的新任院长）谈论起你。他称你是‘怪杰’。我希望你不会感到自己将因此受累。”