有序的世界
鲍林最早收到阿尔伯特·勋弗利斯的信是在1938年12月份。信是用德文写的，克制的语气中流露出一丝恐慌。勋弗利斯是犹太人。他的父亲是一位知名的德国科学家，一个Ｘ射线晶体学的开创者，也是劳厄的朋友。勋弗利斯本人在法律界工作，曾担任十年的德国法官，后来希特勒的纽伦堡法案剥夺了他的这一权利。他认为，这简直是在发疯，但是同许多德国人一样，他觉得一切迟早会过去。他将自己的无所事事看作是强制的休假，可以和自己的三个孩子多呆些时候，并上了几门化学课程。然后他被告知犹太人不可以读书。1938年11月的一个冰天雪地的夜晚，暗杀和殴打开始了，到处是破碎的玻璃和流血的头颅。勋弗利斯觉醒了过来。和成千上万的犹太人一样，他绝望地试图离开德国。劳厄关照他给美国的科学家写信，其中就包括鲍林，希望有人能够给他办理学生签证。
在30年代末，鲍林收到过许多绝望的德国学者的来信，勋弗利斯只是其中之一；他的答复无一例外充满同情，彬彬有礼，然而他对移民局的繁文得节却无能为力。他对勋弗利斯的来信特别关注，因为劳厄亲笔给他来信请他帮忙。鲍林接洽了一些专门解决德国难民问题的委员会，但是发现这些机构效率低下。鲍林试图和勋弗利斯取得联系，但是杳无音讯。直到四个月后，鲍林才再次得到勋弗利斯的消息，这时他已经置身于荷兰的一个难民营里。勋弗利斯写道，他身无分文，且无法从德国银行中取出自己的积蓄，在移民美国的抽签中号码又非常靠后。“目前我住在这里，没有任何谋生的手段，我非常沮丧……我的三个孩子分别为6岁、8岁和10岁，在这里他们无法上学，我也没有机会获得任何一份工作。……我恳请您无论如何设法拯救我于水火之中。”鲍林立刻复了信，保证将尽力而为；他给国际教育理事会和帮助难民委员会写了信。然而，把老练的德国科学家弄进美国，相对来说要容易一些，至于前法官，那就是另外一回事了。鲍林提出寻找资金来源在帕萨迪纳安置这一家人，并设法首先将勋弗利斯的孩子接出来。但是，他无法让移民官员加快办事的进程。他在1939年春天给勋弗利斯写信，告诉他将继续努力。他的信被退了回来，上面敲了一个“地址不确”的章。
从30年代中期开始，许多来到美国的犹太科学家都讲述着诸如此类的恐怖故事。希特勒借口维护民族的纯洁性，驱逐或者监禁犹太教授和那些同情犹太人的德国学者，将德国的大学搞得支离破碎。在这一过程中，希特勒摧毁了德国科学的大部分。许多犹太学者仿效爱因斯坦，来到美国安家。许多非犹太科学家，包括索末菲，竭尽全力提供了帮助，并在早期公开谴责纳粹的行径。有些科学家，像海森伯，保持着沉默。还有一些人领导了清洗运动。这简直是一场恶梦，动摇了鲍林对于科学理性的信念。
到了1939年，鲍林觉得必须制止希特勒的罪行。他在9月份给一位英国朋友的信中写道：“全体美国人民都赞成英国反对希特勒的行动。我希望民主力量联合起来，尽快结束这一场灾难。”在1940年春法国沦陷后，鲍林的忧虑加深了。他深信，如果美国不直接干预的话，英国也将陷落，因为希特勒拥有世界上最强大的战舰编队，拥有绝对的制海权。
现在的问题是应该如何行动。从传统上来说，科学家对政治漠不关心，他们寻求的是可以求证的事实，而把世界大事留给政治家们去操心。不卷入政治旋涡是科学界一条不宣的定律，大家对此都采取默许的态度，因为这是科学态度的一种自然合理的延伸：多数科学家觉得他们在任何公共角色中应该保持公正和客观，就像他们在进行科学研究时那样，他们应该执着于对知识的追求，而将没有头绪或无可考证的政治问题留给政客们。这并不是说科学家们没有政治观点；只是他们并不张扬他们的观点。鲍林同样抱有这一态度。尽管在爱娃·海伦的影响下，他早在30年代初就偏向于左翼，但是在公众场合，他从未宣讲或者发表过任何政治言论。
然而，他对于科学家在公共事务中应该扮演的角色的认识正在发生着微妙的变化。1939年，他阅读了《科学的社会作用》一书，作者是约翰·戴斯蒙得·伯纳尔，一位英国晶体学家。伯纳尔在这部长篇大论中详尽而又严厉地批判了科学在对待世界事务方面的无能，彻底摧毁了科学是不受世俗杂务烦扰的理性圣地的观念：“过去人们总相信科学研究会导致生活水平的不断改善，”伯纳尔说道，“但是首先是第一次世界大战，接着是经济危机，表明科学可以同样容易地被用来达到破坏的目的。要求停止科学研究的呼声也日益高涨，并以此作为唯一的手段来维持一种可以忍受的文明。科学家们面对这些批评，不得不第一次认真地考虑，他们正在进行的工作如何才能有效地与身边发生的社会和经济发展联系起来。”伯纳尔是一名坚定的马克思主义者，也是一名世界统一政府的倡导者。他提议科学家应当仿效一种运用自己的才能为大众服务的社会主义模式，而不是去为资本主义经济添砖加瓦。他还认为科学家们本身是创建一个社会主义乌托邦的障碍。照伯纳尔看来，一个科学家充其量不过是一个属于中产阶级者的顺民，而最糟糕的情况则会沦为资本家的附庸，“受雇于国家、企业或某些半独立机构，如直接或间接依赖国家或企业的大学。因此，出于谋生的需求，科学家的真正自由被局限于其雇主所能容忍的范围内。”伯纳尔继续写道，科学工作者必须组织起来掌握自己的命运，认清自己的社会责任，并采取相应的行动。“让科学获得自由，它将更加有效地为全人类的进步作出贡献，而不是像现在这样服务于少数人的利益。”
鲍林一口气读完了这本书，并将它作为自己在加州理工学院开设的讨论课上的一个议题。他赞同书中大多数观点。在爱娃的影响下，他对于世界的兴趣扩展到美国的基本权利和政治问题上；现在他开始相信科学家对于这些问题也许能够发表一些有用的言论。和伯纳尔一样，他认为现代世界的大多数发展扎根于科学进步，而科学家比其他人更加了解这些进步，因此他们在公共辩论中应该发挥非常重要的作用。科学家还拥有一项技巧——科学方法——可以对数据进行冷静和理智的分析。这样，只要有足够多的信息，他认为科学家完全可以运用自己的技巧对政治或者社会问题，如怎样对付希特勒，进行有益的思考。
接着爱娃又怂恿鲍林阅读《现代联邦》一书。美国政治记者克拉伦斯·斯特雷特描述了极权主义的危险并提出了与之抗衡的一种新的思想：按照美国联邦的模式，将世界各地的民主国家联合成一个整体。斯特雷特提出的将美国宪法的基本内容推广到全球的诱人前景引起了不大不小的轰动，引发了一场“现代联邦”的运动。到1940年，全国有六十个分会的三千名会员加入了这场运动。爱娃成了斯特雷特哲学思想的积极倡导者。夫妇两人都成了帕萨迪纳分会的创始成员，许多个下午，爱娃都坐在分会市中心沿街办公室的柜台后。
在妻子的敦促下，鲍林在1940年生平第一次作了政治演说。他的题目是“现代联邦”遏制法西斯和准备下一场战争的必要性。起初，就一个与科学无涉的题目发表演说，鲍林觉得有一些别扭，但是很快他就有些自鸣得意了。在初中礼堂或是起居室里，面对一小群听众，他会以一种与科学演讲不相称的激情发表讲话。这令他重温了在俄勒冈农学院作为高年级学生代表发表演说时的激动与满足。“敌人正在进攻英国，而且可能在击败英国后转而进攻我们，我国是否应该立即帮助英国打击敌人呢？”他询问自己的听众。“这意味着投入战斗，而我们是理想主义者，本性是和平主义者，反对战争。但是，反正我们都会被拖入这场战争——我们正在积极地备战，我们中间是否有人认为我们将永远不会陷入这场战争呢？……必须将恶性蔓延的法西斯主义——笼统地说就是独裁统治——从这原本有序的世界上彻底铲除出去。”在演说最后，他提出了一个动人的远景，一个稳定、民主的世界政府领导着一个平和有序的星球。
鲍林相信世界是“有序的”，而希特勒的罪孽在于打破了这种秩序。这一想法将鲍林萌芽的政治思想同他的科学观统一了起来：他认为，人类世界和分子世界一样，同样可以被认知和理性化。问题的关键又是结构。如果人类生活在一个结构正确的世界上——民族主义被世界政府所取代，资本主义被科学的社会主义所取代，独裁被民主所取代——那么人类的苦难将会减少，战争将会绝迹。世界将会变得健康美好。以上这些目标有些尚遥不可及，但是希特勒是一个迫在眉睫的威胁，必须马上采取必要的行动。
鲍林日渐激进的左翼思想使他在加州理工学院和共和党占主导地位的帕萨迪纳都处于少数派的地位。1940年秋天，理工学院学生设法组织了竞选年的一次辩论，请持不同政见的教授为各自拥戴的总统候选人辩护。他们在寻找支持罗斯福的入选时碰到了麻烦，最后只得求助于鲍林，而鲍林同意试一下。拥护文德尔·威尔基的加州理工学院的经济学教授们毫无还手之力。约翰·埃德塞尔，一位当时正在加州理工学院访问的哈佛教授回忆道：“鲍林处处占尽先机，这是一场令人眩目的表演。”但是，威尔基最终在帕萨迪纳的选举中获胜，事实上，在罗斯福参加的每一年选举中，共和党候选人都在帕萨迪纳获得了胜利。不过，鲍林发现做一个反派角色同样是非常有趣的。
鲍林最为关切的仍然是即将来临的战争。有一阵子，他考虑参加全美科学工作者协会。这是一个左翼组织，属于伯纳尔在30年代晚期创建的一个英国组织的分支，旨在鼓励科学家思考其工作的社会影响，并动员他们将科学服务于社会福利，而不是为战争服务。全美科学工作者协会成员包括一些知名学者，但是在1940年协会在《科学》杂志上发表文章，敦促美国在欧洲战争中保持中立，这使它失去了鲍林的支持，因为他认为只有通过战争才可能打败希特勒。他公开抗议科学工作者学会“不惜一切代价维持和平”的计划，他还参加了帮助同盟国保卫美国协会和中国人民的美国朋友组织。
大多数美国科学家对法西斯主义的看法和鲍林相仿。当1940年春天闪电战横扫欧洲的时候，国家科学院院长、加州理工学院校友弗兰克·朱厄特开始游说华盛顿，动员科学家为战争服务。美国政府采纳了这项建议，设立了国家防卫研究委员会，旨在组织并资助全国的战争科研工作，这一机构相当于海耳在第一次世界大战期间成立的全国科学研究委员会。卡内基学院主席、麻省理工学院毕业的电气工程师几内瓦·布什受命领导这一组织，并在1941年将它与医学研究委员会合并，建立了科学研究与发展局。
这开创了美国科学界和政府合作的新纪元。随着战争的风声越来越紧，布什开始召集起一群顾问，来决定数百亿防卫开支的投向。加州理工学院的理查德·托尔曼受邀主持国家防卫研究委员会装甲和军械部的工作。他在1940年夏天来到首都上任，并推荐学院的核物理学家查尔斯·劳利森作副手。
鲍林也被请到了华盛顿，不过是请他出主意，而不是请他当官。1940年10月，他和另外叨名化学家一同在华盛顿参加了国家防卫研究委员会二处召集的战争需求讨论会。鲍林终于觉得自己可以为打击纳粹作些有益的工作了，他全神贯注地听一群军官向科研人员描述他们希望得到的一些突破，包括新的药品、威力更大的炸药以及更精确的监视和探测仪器。鲍林特别注意到了一名海军军官介绍的在潜艇中存在的一个致命的问题。那位军官说，没有简易的方法来测量那些锡罐中的氧气含量，因而很难在长时间的潜水航行中监测氧气是否处于安全和有效的水平。氧气过少的话，水兵会感到无力和困倦；而氧气过多，则会增加爆炸的危险。
在回程的火车上，鲍林思考着该如何来设计一个氧气测量仪。氧气具有与众不同的磁特性——它会被磁铁吸引，而大多数别的一般气体会稍稍受到排斥——在对血红蛋白的研究中，鲍林曾成功地利用了氧气的这一特性。也许通过这一点可以制作一个氧气测量仪。空气样本中的氧气含量越高，受磁铁的吸引就越大。但是你如何来测量呢？氧气含量的细微变化所引发的磁场变化非常小，特别是和转动刻度盘上的指针所需的机械力相比而言。
他忽然想到了阿基米德。两千年前，这位希腊哲学家通过在液体中悬挂一个固体测出了液体的密度：周围液体的密度越大，其中的物体受到的浮力就越大。通过测量物体受到浮力和不受浮力之间的差异，就可以计算出液体的密度。鲍林推理道，将液体换成空气，并在其中悬挂一个可以反映磁场变化的试验体，那么空气中氧气含量的变化将会使试验体发生变化。他开始描绘草图。试验体必须很小，并保持精巧的平衡，以测量细微的变化。鲍林设想出一个小的玻璃哑铃，两头充满空气，粘在一根极细的石英纤维上保持平衡。磁场可以从一块普通的马蹄形磁铁获得。将石英纤维穿过磁铁的两极。这样试验体周围空气磁性的任何变化都会使它在磁场中重新定位，发生旋转直到纤维的扭转使它处于新的平衡状态。旋转的程度可能非常小，也许可以通过将一束光射向试验体并反射到刻度盘上来放大这一变化。
他觉得这不是一个坏主意，特别对他这样一个没有制造实验仪器经验的理论家而言。回到帕萨迪纳之后，他将草图交给鲁本·伍德，一个更具机械才能的同事来完成这项工作。难点在于制作小的玻璃哑铃，并在纤维上将它平衡；在完成了这一工作之后，伍德在哑铃上粘了一小块玻璃以反射光束，将小哑铃穿过磁铁，整个设备被装入一个钟形玻璃罩内，用一个手电筒提供光源，在瓶壁上贴了一小张纸片作为刻度。他只花了几天时间就制作完成了样品。
几星期后，鲍林重新踏上去华盛顿的火车，随身携带着第一台鲍林氧气测量仪。他既骄傲，又有些不安。离开帕萨迪纳的第一个晚上，他突然惊醒，预感到自己的设计有可能失效。他拧亮顶灯，小心地取出测量仪，打开了手电筒。纸片上显示出的氧气水平显然太低了；在上车的拥挤中，仪器肯定给碰坏了。它过于精细，难以实用。“我最好还是下车回帕萨迪纳去，”鲍林想道。他绝望地向窗外望去。突然他长吁一口气。目力所及到处是山峰。列车正在翻越大陆分水岭。测量仪是精确的——它正确地反映了高海拔的低氧气水平。他把测量仪装了回去，如释重负地重新陷入了梦乡。
军官们看到这台仪器奏效之后，即刻向鲍林订购了几百台鲍林氧气测量仪。他申请了专利，然后让斯特迪文特在实验室里组织起一个小工厂。工人们将融化的玻璃吹成哑铃的小球，并将其平衡在几乎看不见的纤维上。这项工作难度极大。首先需要鼓足所有的气才能让融化的玻璃膨胀；而一旦玻璃开始膨胀，得马上停止吹气，不然玻璃球就太大了。他们只找到一个研究生高手，他能够咬住吹管，协调横隔膜、肺和口腔的动作，吹出一个像样的球体——大约每两百次中能够成功一个。
鲍林意识到这样做无济于事。他说服具有创新精神的理工学院化学系教授和仪器制造专家阿诺德·贝克曼——贝克曼ph计量器的发明人和贝克曼仪器设备公司的奠基人——来掌管生产。贝克曼雇佣了鲍林的工人，亲自设计了世界上最小的玻璃吹制机，并找到了一种能够拉出肉眼看不到的硅丝的方法——工人们只有通过将一张折叠的纸放到硅丝所在的位置才能找到它。他制造出的测量仪十分精确。尽管美国海军一直到战争结束还在就技术规格争论不休，从未成为大买主，但是英国海军定购了几百套。这一仪器还被用到航空医药、工业厂房和早产儿保育箱内。加州理工学院、鲍林、斯特迪文特和伍德分享销售的专利使用费——这项收入在许多年中成为加州理工学院专利使用费的主要来源。不过真正靠这项发明赚大钱的是贝克曼。他在50年代中期以一百万美金的价格出售了制造氧气测量仪的公司。
阿迪斯医生开出的饮食方案
1941年3月，鲍林40岁生日过后的一个月，他获得了继朗缪尔奖十年后的又一个重要的奖项：美国化学学会纽约分会的威廉·尼科尔斯金奖。鲍林——新闻发布中称他为“美国乃至世界杰出的理论化学家”——又一次成为获得这一奖章的最年轻的人。当时，这一奖项被认为是美国化学界最崇高的荣誉。
颁奖仪式成了纽约化学界的一次盛典，高潮是宾西法尼亚酒店的盛装晚宴。与会的化学家们啜饮着咖啡，而鲍林的老朋友、加州理工学院的室友埃米特则在台上讲述着他们早年学生时代的趣闻轶事。在埃米特之后上台的是伟大的哥伦比亚化学家约瑟夫·迈尔，他简要地介绍了鲍林的学术成就。
轮到鲍林发言时，每个人都期待着这位著名的演说家再次用他的宏篇大论来征服听众，然而那些熟悉他的人很快就发觉情况有些不对劲。鲍林的脸看上去有些浮肿。他的声调平淡乏味。他说那天早晨他张开眼睛的时候惊奇地发现眼睛肿得睁不开，自我挪揄地说政治家总是盲目的。但是他看上去精疲力尽，这并没有什么好笑的。他的发言短得出奇，早早地就回到了旅馆的房间。
第二天晚上在莫斯基家举行的晚宴上，鲍林承认自己感觉十分疲劳，并在过去的几个星期里增加了20磅体重，连扣上衬衫领子和穿鞋都觉得困难。客人中间有一位是来自洛克菲勒医学研究院的心脏病专家。他将鲍林拉到一边，对他说像他这样的浮肿表明他的心脏可能有问题，并问他能否立刻给鲍林检查一下。他们躲进莫斯基的一间卧室，鲍林躺在地上，那位医生触诊了他的四肢，听了他的心跳。结果令人困惑。鲍林的心血管系统看来完好无恙，但是极端的浮肿肯定预示着某些疾病。医生让鲍林第二天到研究院自己的办公室来，为他作一次全面的检查。
爱娃忧心如焚，她陪着鲍林一起来到洛克菲勒医学研究院，让他作了那里医生能够提供的每一项检查。在进行了几小时的穿刺和抽血之后，鲍林和爱娃紧张地等待着化验的结果。最后他们被领进了一间屋子，里面满是神态严肃的医生。他们坐了下来。一位医生开口说，鲍林的情况看来非常严重。他的肾脏可能感染了布赖特症，使得肌体日渐丧失过滤血液中杂质的能力。结果液体就会郁积起来造成浮肿。但是问题可能比这更糟糕。化验显示他的尿液中排出的蛋白质数量异常地高，表明他的肾脏可能遭到了损害。这是布赖特症最严重的一种症状。鲍林沉默无语，试图理出个头绪。爱娃询问是否有人从这种状况康复过来。“有些人能够康复，”一位医生回答道。但是现在重要的是确定症状的性质，并找到发病的根源。
之后的所有事情如同一场梦魔。他们又待了一天，接受了更多的化验。结束之后，医生告诫鲍林必须取消剩余的讲演，即刻回家去。他们会帮助他在加利福尼亚找一位合适的专家。
在回程的火车上，鲍林表面上保持着镇静，但是内心百感交集。他的父母都英年早逝。外祖父莱纳斯·达令也是由于肾病而去世的。似乎他将随他们而去。回到帕萨迪纳，他一边等待着专家的建议，一边以他掌握的唯一方法来对付疾病的困扰：他埋头工作，完成了提交给洛克菲勒基金的又一项申请，并阅读所有有关肾病的文章。所有的文章都提到了一个事实：多数专家认为对布赖特症没有有效的治疗方法。
鲍林的心情抑郁起来，但是他将这种情绪深埋心底，继续工作。除了容易疲劳和长了20磅体重以外，他并没有生病的感觉。但是他遵照医嘱躺在床上工作。后来，有人安排他去见西海岸最出色的肾病专家。专家名叫托马斯·阿迪斯，是斯坦福大学肾病诊所的所长。
鲍林需要希望，而阿迪斯就是给他带来希望的人。他是一个高大、英俊、魅力十足的苏格兰人，看上去让人难以相信他已经60岁了。他和蔼可亲，令人信赖，有些心不在焉的样子，对布赖特症的分类和治疗有着丰富的知识。阿迪斯对于布赖特症二十年的研究使他确信，这一疾病不是单一的疾病，而是具有不同症状的几种疾病的并发症。在鲍林看来，他的诊断方法非常科学：他在一段时间里对尿样沉淀物进行定量分析（阿迪斯计数），这可以使他了解肾病的病因。他还测量尿样的尿素清除率（阿迪斯尿素率），这可以使他了解病情的严重程度。阿迪斯是世界上为数不多的几个相信布赖特症可以治愈的医生之一。他有一套理论，认为对这一疾病的治疗应建立在组织被破坏和再生的平衡之上。治疗的诀窍在于让肾脏得到充分的休息。阿迪斯对鲍林说，肾脏的主要功能是将尿素集中起来排出体外。尿素来源于蛋白质的新陈代谢。为了治愈这一疾病，鲍林的肾脏需要处理较少的尿素，这意味着需要减少蛋白质的摄入量。
鲍林从阅读的有关肾病的文献中早已了解到，其他的一些肾病专家并不同意阿迪斯的观点。他们指出，在饮食中需要蛋白质以使肾脏得到最大限度的再生。而在另一方面，另外一些专家则照例会放弃对患布赖特症病人的治疗。阿迪斯至少作出了尝试来治愈这一种疾病。
一连好多天，阿迪斯跟踪分析鲍林的排尿量、沉淀物数量和尿素清除率，有时他把鲍林带到自己的实验室，亲眼观察尿样分析的结果。他每天都和这位明星患者进行交谈——有时他们一起喝茶，而喝茶是阿迪斯每日必不可少的一项仪式——两人发现他们有很多相似之处。阿迪斯相信科学的测量是进行诊断的基础，这正好与鲍林不谋而合。两人讨论肾脏的功能，讨论血红蛋白的新陈代谢，还讨论政治：阿迪斯是海湾地区最为激烈的反法西斯主义者，民权运动的支持者和苏维埃俄国的信仰者，他采用了社会主义的路线经营自己的诊所。
在阿迪斯的诊所里度过两周后，他俩成了好朋友。一天，阿迪斯走进病房告诉鲍林可以回家了。他的测试表明鲍林的病情可以通过低蛋白和无盐的饮食得到控制，这样可以减少尿素的产出，并降低组织的浮肿。爱娃将确保鲍林坚持这一饮食方案；阿迪斯已经给了她一些建议。他会在斯坦福继续关注鲍林病情的发展，每星期都会对他的尿样进行分析。他嘱咐鲍林说，躺在床上，注意饮食健康；不要过度劳累，以便让肾脏得到修补的机会。
这听起来十分在理。回到帕萨迪纳后，鲍林被安置到了书房的一张床上，开始按阿迪斯的嘱咐限制饮食，主要吃些水果、谷物、蔬菜，并补充适量的维生素、矿物质和大量的水。他将通信缩减到了最低限度，将大多数的行政职责委派给了斯特迪文特，并埋头于神秘小数，希望借此来暂时停止对科学的思考。爱娃成了他的护士和营养师，精心为他准备食物，在新买的天平上精确地称出每样配料的重量，计算总的蛋白质和盐的摄入量，并把所有的数据都记在本子上。如何让无盐、无肉的饮食有滋味成了向她本人的一项挑战。除了日常的香蕉和动物胶之外，她有时还从园子里抓几个蜗牛，用麦片喂养几日，然后清蒸，这对于饮食单调的鲍林而言不啻于一餐美食。爱娃对鲍林解释说，蜗牛的蛋白质非常低。
阿迪斯的食物疗法开始奏效。鲍林强迫自己呆在床上，起先是一整天，然后是半天。四个月之后，浮肿消失了；六个月之后，鲍林发现自己的精力和兴致恢复到了正常的水平。他经常和阿迪斯通信，偶尔去拜访他，并成为阿迪斯疗法的信徒。后来他提名阿迪斯为国家科学院院士，并确保了他的当选，并在战争期间帮助他获得政府资助以继续肾病的研究。他坚持低蛋白饮食达15年之久，并将他的生命和健康归功于阿迪斯的医学思想。而阿迪斯对鲍林说，是爱娃拯救了他：其他很少有病人能够这样做，这样虔诚地坚持这种饮食。
对鲍林的同事而言，他的康复被视为一种奇迹。一开始，甚至有人十分认真地在讨论化学系在失去鲍林之后将何去何从。现在不到一年，鲍林就恢复了健康，而且看上去比任何时候都更好。休斯回忆说：“我们原以为会失去他，然而此后的许多年中，我发现他痊愈之后一年比一年更加年轻了。”
1941年9月，鲍林的感觉十分良好，他决定去参加芝加哥大学的五十周年校庆，庆典的高潮是向五十个学术领域中五十名佼佼者授予荣誉博士的称号。鲍林高兴地接受了荣誉化学博士学位。他重新开始投入到科研项目中，包括他的抗体研究，并开始把他给一年级新生上课的备课笔记编成了一本教材。
然而，正在此时传来了日本袭击珍珠港的消息，这一科研项目连同其他许多项目一起被搁置了起来。
炸弹和火箭
美国在1941年12月7日正式加入战争，实际上证实了加州理工学院师生的预见。在珍珠港事件发生后的几天内，73岁的密立根就指派了一个委员会来保证学院的安全。人们主要担心日本人搞破坏和轰炸，而且委员会在珍珠港事件后的狂乱中有些神经过敏。战争初期的几个星期有些像一出喜剧，成队的学生手执斧头柄在重要的建筑周围巡逻。有人向鲍林建议说，在盖茨大楼和克莱林大楼的每个实验室外都配备武装警卫，但是他说服校方，只要晚间派一个巡夜人就足够了。学者们将他们的思想从宇宙的结构转向国产防毒面具的制作，以及在爆炸时防止玻璃四处乱飞的方法。鲍林和每一个接受军方合同的科学家一样，被取了指纹并接受了安全审查。
比这些表面上的变化更为重要的是战争给学院带来了大笔的金钱。在华盛顿，加州理工学院的查理·劳利森成了军用火箭的狂热推动者，他让军方确信，尽管学院在战前对火箭的研究甚少，但是可以成为全国火箭研究的中心。在日本人进攻珍珠港后三个月，帕萨迪纳收到了联邦政府用于火箭研究的第一笔二十万美元的拨款——相当于学院战前年度预算总额的六分之一。劳利森在帕萨迪纳附近的丘陵中建立起了一个火箭推进剂工厂，并在鲍林系里的一位教师、化学工程师布鲁斯·塞奇领导下彻夜不停地开展工作。一位项目参加者回忆说：“没有什么人知道，在山上的高性能炸药足以将帕萨迪纳从地图上抹掉。”到1944年，单是给火箭项目的经费一个月就达到了两百万美元，雇佣的工人成千上万，分包商有上千个，在南加利福尼亚创建了一个全新的工业。正如劳利森的得力助手所言，“加州理工学院的一大部分实际上成了军械局的一个分部。”
火箭的一大问题是不可靠。劳利森观看海军的射击演习，看见火箭一个接一个，不是提前爆炸，就是偏离目标。他相信这是推进剂的问题，美国产的火药燃烧不规律，比他看见在英国使用的火药差得多。他认为使用更好的推进剂和更为科学的设计，火箭可以更精确，更可靠，成为战争的一样利器。
鲍林也对推进剂和炸药发生了兴趣。美国宣战之后，他将自己的才能运用于火药的研究之中。他成为国家防卫研究委员会炸药部的一个成员——这个委员会和新成立的医学研究委员会一样，是科学研究与发展局的一个下属机构——并主持火箭项目内部弹道特别委员会的工作。他几乎每个月都要到华盛顿去，和操纵战争机器的那些人制定研究规划并讨论研究目标。政府的拨款也开始流向他的实验室，主要是用于炸药分析，并开发更为稳定的推进剂。鲍林很快成了一名专家，他广泛地阅读各种资料，并在1942年春夏之交参观了东部一些火药和炸药工厂。海军开始经常性地将得到的德国和日本燃料送到帕萨迪纳，让加州理工学院的科学家进行分析。在鲍林指导下创造出来的新的色谱法，可以对协约国的火箭成分进行快速准确的分析——哪怕只是从炸弹碎片上刮下来的一些碎屑。将泽希迈斯特的分离法扩展到对炸药的分析，使色谱法成为化学家的一项重要工具。鲍林说：“引进色谱分析，我们可以说是对现代化学进行了一场革命。”
1942年春天，已经康复的鲍林急切地想为战争作贡献，一头扎进了国防研究中。他发明了一种改进的火箭炸药稳定剂，这一化合物能够使炸药燃烧得更稳定，火箭飞行的弹道也更理想。有好事者昵称它为“莱纳斯”，这一名称在第二次世界大战期间流传甚广。鲍林开始研究用合成物质来替代军事观察仪器上急需的石英晶体，并合作研制了一种穿甲弹，后来还申请了专利。
只要有可能，爱娃仍坚持让鲍林在床上躺上半天，但是要让他减缓工作的节奏几乎是不可能的。他本来的想象力就如天马行空，现在更有许许多多问题需要他思考。而且，他选择的每一个课题，似乎都有源源不断的联邦经费。他就如同一个手执一张空白支票的男孩，闯进了玩具店。他在1942年6月写道：“这里的实验室已经失去了往日的悠闲。我们有数不清的战争研究项目，每个人都全力以赴。”他巡视兵工厂，对炸药的生产提出建议。他分析制造氧气的化学系统。他负责一个生产烟雾剂的生产项目。他还设计了一个测定溶剂中分子量的仪器，并在空余时间发明了一种他自认为不可破译的密码（他将这一发明送交陆军部，之后就杳无音讯了）。他每月一次都要登上“超级首领”列车去华盛顿，路上要用三天时间，在那里呆上一两天开会或讨论，接着就回家。他非常喜欢这一段旅程，因为他可以一边望着车窗外的群山和平原，一边安静地进行思考，觉得正在为战争贡献自己的力量。
随着滚滚而来的拨款，鲍林实验室的规模也日益膨胀。单是火药项目就集中了大约五十个青年化学家，占满了实验室和办公室的每一个空间。他们由科里领导，科里是不可或缺的。这位生性腼腆的人原来只习惯和一两个助手共事，战争使他成了一个高效的经理。他设计的一整套汇报和规划体系使加州理工学院成为其他战时实验室效仿的榜样。
1943年年初，鲍林的老朋友奥本海默来到加州理工学院，给鲍林带来了为战争作贡献的更好机会。自从奥本海默在十五年前试图说服爱娃到墨西哥“度假”之后，他们两人没有说过几句话；但是鲍林跟踪着这位物理学家在伯克利的学术生涯，并且通过秘密情报网得知他正在参与一项极端机密的武器项目。奥本海默仍然那么憔悴瘦削，仍然烟瘾十足，仍然自以为是。他向鲍林解释说，他正领导一个小组利用铀的同位素裂变来制造一种炸弹。他说他们正在和海森伯领导的德国人竞赛，因而至少从理论上来说，纳粹面前没有什么障碍。但是这里涉及的不光是理论。一个月前或更早的时候，费密和西拉特在芝加哥成功地控制了一次裂变连锁的反应。现在看来，肯定能够制造出一种核裂变炸弹，爆炸时，将原子核结合在一起的巨大能量就能够释放出来。
奥本海默解释说，政府正在把巨额资金投入到这一炸弹的研制中。这将是一个巨大的项目，将涉及上千名科学家。他们都集中在新墨西哥州洛斯阿拉莫斯镇一处山顶上改建的一所小学里，保安措施非常严密。大多数工作将由物理学家完成，但是也会涉及到相当多的化学工作。他问鲍林是否对领导这一项目的化学组感兴趣。他说，参加这个项目一个额外的好处是能够得到珍稀的放射性示踪剂氖，鲍林在化学生物学的研究中非常需要这一种物质。
鲍林很快就作出了答复。做一群物理学家的下属——特别是直接在奥本海默的领导下工作——令他反胃。将自己的妻子和孩子带到新墨西哥州荒漠极端保密的新兵训练营中去也丝毫提不起他的兴趣。他拒绝了这一邀请。他说：“并不是因为我觉得发展核武器有什么不对，而是我手头还有别的工作。”
鲍林有很多事情要操心。战争初期他就成为科学研究和发展局西部医药研究委员会的一名成员，成了帮助军方解决最紧迫的医疗需求的顾问。他获悉成千上万名士兵由于休克而死亡，原因仅仅是因为得不到血浆。而战时的血浆供应极端匾乏。医学研究委员会紧急设立了一个项目，旨在开发廉价、可靠的人造血浆替代品。鲍林由于在血红蛋白和抗体的研究上积累了丰富的经验，因而赢得了这一项目。他拉起了一支队伍，其中包括阿迪斯，由他负责测试肾脏对人造血浆的清除率，还包括免疫学专家坎贝尔。他们共同尝试了许多化学方法，试图制造出能够骗过肌体的人造血浆。他们一直没有任何进展，直到鲍林想出一种化学方法，改变了动物胶的性质，使它不仅能够模仿血浆的一般特性——其浓度和粘度——而且成本低廉，易于储藏。他将这一方法称为动物胶氧化法。在志愿人员身上进行的早期试验相当成功，鲍林为这一配方申请了专利，并无偿提供给政府使用。他通过各种媒体广泛宣传了这一发现，公开宣布了他的成功，并收集了全国各地电讯稿的剪报。由于这一配方中分子大小的差异极大，政府拒绝批准动物胶氧化法，这令鲍林十分失望。接着在1943年，整个血浆替代品的项目下马了，因为已有众多的志愿人员纷纷捐献出真正的血浆。
“在医药史上第一次……”
到了1943年，鲍林的化学和化学工程系完全变了一个样：托尔曼去了华盛顿，尼曼研究着化学战，布赫曼和科普弗利试图合成抗疟疾药，卢卡斯研究塑料，雷西专攻火箭项目。所有学生几乎都上了战场，代替他们的是进修炸药或者火箭课程的军事人员。鲍林在1943年给一位朋友的信中写道：“这里的事情确实发生了巨大的变化。我们试图将讨论会继续下去，但是很难找到合适的题目。”许多研究课题都被列入了保密的范围。
在洛克菲勒基金会，韦弗和他的同事不安地注意到他们提供给鲍林的经费开始流向战争研究项目。由于科里和休斯将他们的注意力转向炸药和推进剂的研究上，最近一大笔经费资助的蛋白质问题被搁到了一边，而且有机化学项目大多也停顿了下来。
只有鲍林对于免疫学的研究未受到影响。由于这一项目对战争有着较为直接的作用，鲍林得以在华盛顿的支持下继续他的基础研究。鲍林个人对于这一领域的兴趣也日益浓厚。他甚至在多年以后重新开始涉足实验室，让坎贝尔教他如何给兔子接种，如何设法产生抗体凝结的反应。由于加州理工学院尚没有动物试验设施，鲍林在自家车库附近建起了一个五十只兔子的免窝，派小莱纳斯和彼得喂养和打扫。每天清晨去学校之前，他会给兔子注射抗原，有时还会亲自放血，收集抗体。
“我十分高兴地向您汇报，我们的免疫化学工作进展十分顺利，”鲍林在1941年年末给韦弗写信说。他的下一个目标是证明每个抗体分子有两个键合点，正如他在1940年关于抗体形成过程的论文中提出的那样，为此他设计了一种聪明的办法。兰德施泰纳将一个经过选择的有机分子和一个蛋白质结合在一起，完善了制造合成抗体的技巧；这样就可以根据已知的结构来培养抗体并进行研究。鲍林叫自己的助手制作了一系列这样的合成抗体，每一个蛋白质分别和一个、两个或三个同样的有机分子相结合。将这些有机分子培养出来的抗体进行各种反应，并对形成的合成物中的抗原和抗体的比例进行分析，他就能够估算出每个抗体分子到底与多少个抗原结合到了一起。研究结果有力地表明，正如他预言的那样，抗体是二价的，同时和两个抗原联结。他还发现，似乎抗体分子的两头能够与不同的抗原相结合，这又支持了抗体形成的模板理论。
但是，最令人激动的消息是，坎贝尔在1941年末成功地制造出了人造抗体。根据鲍林1940年论文中提出的理论，血液中任何一种球蛋白在变性之后都会形成一种特定的抗体，这样就能在某一抗原周围重新成形。鲍林在11月给韦弗的信中激动地写道，这正是坎贝尔对牛肉球蛋白进行试验得出的结论。他说，这标志着世界上首次人工合成了抗体。鲍林在信的结尾轻描淡写地说道，“我觉得在试管内合成抗体可以被认为具有相当的重要性。”实际上他认为这项发明相当重要，完全可以申请专利，不过他并没有将这一点告诉韦弗。
不过，坎贝尔的试验并没有像鲍林说的那么确定。坎贝尔制造出的东西只是有些像抗体——至少在他的手里，这种蛋白质确实能够专一地和一种目标抗原相结合——但是从牛肉球蛋白中得到的这一产品的产量很低，而且不稳定。在最理想的情况下，鲍林所称的“制造出来的抗体”中只有八分之一能够与抗原结合。而且抗体和抗原之间的结合力也比自然抗体要弱，沉淀物中抗体和抗原的比例也要低得多。
然而，这一切都可以用合成技巧的不完善来解释。证据也许不充分，但却是实实在在的，而且大致符合鲍林有关抗体形成和蛋白质构造的理论，符合他关于氢键连成的长链构成了各种形状的蛋白质的思想。这确证了他对世界的认识，当然也是正确的。
他认为这一实验是正确的。人造蛋白质的成功合成引发了各种有趣的可能性。在战争时期，人们迫切地需要各种药品，而人造抗体将称为世界上最有效的药品。鲍林为整个工艺申请了专利，这表明他深知自己这一发现的商业价值。他进而采取了一个不同寻常的举动。1942年3月，他在加州理工学院发表了一份新闻稿，宣布他的实验室成功地制造出了人工抗体。他在新闻稿中写道，尽管还不知道它的发现是否在医药上有用，这一研究为治疗疾病“开辟了新的可能性”。
对于如此重要的一项发明，未经科学杂志发表而首先向新闻媒体宣布，这闻所未闻，但给鲍林带来了立竿见影的效果。各界的反应迅捷而热烈。电讯社报道了这一发明，并广为传播。《科学》杂志在新闻栏目中进行了报道，对研究界人士说，“在医药史上第一次在烧瓶中人工合成了对抗疾病的物质，抗体。”《美国医药学会学报》的编辑用赞许的口气介绍了鲍林的发明，并期望有朝一日人造免疫血浆库能够出售鲍林的产品。医药公司的代表纷纷邀请鲍林签订合同，为他提供经费和技术上的帮助。
但是在完善实验技巧，最终将其商业化之前，鲍林希望得到更多的没有附加条件的赞助，为此他充分利用了新闻稿发布之后的知名度。有两家机构表示出兴趣，一个是科学研究和发展局的医学研究委员会，另一个是洛克菲勒基金会。鲍林在两家机构之间忸怩作态，一边通知委员会他的最新发现，同时又以开发出一种有价值的对付疾病的“相当大的可能性”来引诱韦弗。韦弗在激动之余中了鲍林的计。在很短的时间内，洛克菲勒基金会将为鲍林的免疫学研究提供三万一千美元的经费，其中包括用来完善人造抗体生产工艺的两万美元。
然而，并不是每个人都像鲍林那样信心十足。鲍林在4月份写道：“没有多少人写信来索取我们在试管中生产抗体的实验资料。也许他们满腹狐疑。”这话说对了。免疫界专家对鲍林这一成果一直保持缄默。8月份，鲍林在《实验医学杂志》上首次完整地发表了人造抗体的论文。论文表明，鲍林距离自己声称的研究成果还有相当大的距离。对于实验的描述相当粗略，根本无法精确地重复，而且他的对照实验也相当勉强。兰德施泰纳和其他一些人在试图重复这一实验时没有获得成功。
尽管人们的怀疑日益加深，鲍林仍然坚信自己是正确的。他发现了一些新的证据：他和坎贝尔人工合成了肺炎球菌抗原的抗体，发现其对感染的老鼠至少具有某种可以测量的保护作用。然而，其他的一些迹象则有些不妙。坎贝尔似乎是能够人工合成抗体的唯一的一个人。他指导的学生和博士后则运气不佳。在进行了三个月的努力之后，一位研究人员写信给鲍林说：“我祝愿您在人工制造抗体的工作中一帆风顺，但是我必须承认自己有些悲观……坦率地说，对于那些时而有效、时而无效的实验步骤，我并没有什么好感，而且我找不到任何失败的缘由。”
1943年初，洛克菲勒基金也开始紧张起来。弗兰克·布莱尔·汉森分担了韦弗自然科学部的一些职责，他对于鲍林不像韦弗那么迷信。随着免疫学资金延续期限的邻近，汉森征询了全国抗体专家对于鲍林理论的看法。专家们的反应并不积极。一位专家直截了当地说帕萨迪纳从来就没有制造出过人造抗体；另一位专家则担心鲍林“对自己的工作并不十分严谨”。兰德施泰纳对于鲍林抗体形成的一般理论仍持赞成态度，但是他告诉汉森，如果他下注的话，“他觉得鲍林生产出抗体的可能性小于百分之五十。”著名的微生物学家勒内·迪博总结说：“鲍林教授的观点之所以受到广泛重视，是因为他在化学领域的崇高威望，然而我们中许多人觉得其结论的基础非常不充分。”
汉森开始公开表示怀疑，问鲍林既然在一年的努力之后仍没有得到结论性的成果，是不是应该削减他的经费。鲍林无言以对。实验结果似乎预示着成功，然而过多的失败给整个研究蒙上了一层阴云。在向全世界宣布了他已经成功地人工合成抗体之后，现在他不得不承认这些抗体不能全面地保护动物，对此他深感“失望”。他进而降低了人造抗体在他整体研究计划中的重要性。接着洛克菲勒基金会将给他的专项研究经费削减了一大半。与此同时，鲍林悄悄地收回了对抗体生产的专利申请。此后他再也没有就此课题发表过一篇论文。
然而他也不愿意撤回自己的结论。他不明白为什么坎贝尔的实验看似成功，而带来的只是混乱。他觉得自己的理论是正确的。他看到的坎贝尔制造的少量人工抗体也肯定是正确的。如果这一切是错误的话，将会有人站出来证明这一点。
但是，在战争期间及战后的许多年中，没有人这样做。尽管当时免疫学研究领域的顶尖科学家私下里对鲍林的研究工作持批判态度，并且对他的执迷不悟大为不满，但是他们都不愿公开发表他们的观点。只有一个初出茅庐的青年免疫学家埃尔文·卡巴特敢于发表文章，对鲍林的研究结果表示质疑。他在一篇评论文章中说，鲍林和坎贝尔观察到的是抗原和球蛋白的非特定的结合；由于坎贝尔在实验中使用了大量的球蛋白，这些蛋白质互相纠结在一起，同时将一些抗原也拖了下来。一些资深的免疫学专家在非公开场合对卡巴特的观点表示赞同。那么为什么只有他公开地抨击鲍林的观点呢？后来卡巴特说道，“慑于鲍林的威势，大多数不想对他表示异议。”
科学界的沉默使鲍林的声誉不至于因人造抗体的失败而受到过多的影响。只有对这一领域最为熟悉的免疫学家和洛克菲勒基金会的官员才明白，鲍林在这一研究上有夸大其辞的嫌疑。
就鲍林而言，他从不认为他和坎贝尔进行的工作是失败的。五十年后，鲍林仍然坚持他的立场：“我们确实成功地制造出了抗体——尽管非常弱，但是仍具有特异性。”
为什么那些神奇的东西只在坎贝尔的烧瓶中出现呢？在放弃研制人造抗体多年之后，坎贝尔对自己的密友，理工学院生物系教授雷·欧文提出了一种解释。他说，一个过于积极的实验室助手为了得到老板们预期的结果，而对实验做了手脚。整个事件是由于“一些技术人员为了讨教授的欢心”而发生的。
在放弃了人造抗体的研究之后，鲍林得以重新将精力投入到更富有成果的其他免疫学研究领域。从1943年开始，他回到了对更为基本的问题的研究上，并与普莱斯曼和坎贝尔一起得出了一些实在的研究成果。在此之后的几年中，三人小组发表了二十多篇论文，对抗体二价性以及特定分子形状在抗体和抗原结合中的重要作用提出了有力的证据。他们比兰德施泰纳更为精确地设计了合成抗原，并运用新的定量技巧来测定抗原和抗体的反应。事实上，到了战争结束时，鲍林实验室就证明了抗体和抗原形状的互补性是其互相结合的根本原因。他们的成果支持并进一步发展了埃尔利希锁和钥匙的思想，确切地表明抗体和抗原就像分子拼图游戏一样彼此吻合着。
然而是什么力量使它们结合在一起的呢？在对打破抗体和抗原之间化学键所需的能量进行研究后，鲍林深信其中并未涉及强化学键——共价键或离子键。他的脑海中出现了一幅新的图像。鲍林小组比较了抗体和具有特定变异的抗原之间的反应，发现抗原上哪怕是一个原子的变化也会对键合的力量产生显著的影响。换句话说，这种吻合一定是极为精确的。
分子之间原子和原子的紧密接触产生了另一种附着力，也就是原子间的范德瓦尔斯引力。范德瓦尔斯引力得名于一位荷兰科学家，他研究了气体中这种力的作用，并证明它非常弱——相当于共价键的十分之一到百分之——而且没有针对性，几乎任何一对彼此接触的原子都会产生这种作用。弗里茨·伦敦在1930年用量子力学理论解释了这种现象，提出这是由于两个靠近的原子干扰了彼此的电子云造成的。鲍林在进行晶体衍射的研究时早已熟知这一种现象：共价键将两个碘原子紧密地结成一个分子，而范德瓦尔斯力则将这些分子联结成晶体。对抗体而言，相当重要的一点是，范德瓦尔斯力随距离的增加而呈几何级数递减，这样它只有在相当近的距离内才能产生作用。鲍林意识到，如果只有几个原子在一起，那么范德瓦尔斯力没有多少作用，但是如果像蛋白质这样的巨型分子的表面互相接触，那么总的范德瓦尔斯力就足以将两个分子结合在一起。假定范德瓦尔斯力是抗原一抗体作用的主要因素，也意味着如果使分子互相离开哪怕是一丁点儿——鲍林实验室发现，如果在一个抗原的表面制造一个凸起，使抗体和抗原之间的距离达到一个原子直径的几分之——就能显著地削弱它们之间结合的力量。如果这种不吻合的情况更为显著的话，抗原和抗体就会彼此脱离。
鲍林发现，由于存在这种微弱而又不确定的力，再考虑到某些氢键的作用以及极性相反的分子间相互吸引的作用，抗体和抗原的结合一定会具有非常特殊的形式。而且发生这种作用的根本原因是分子结构。精确、互补的形状是至关重要的因素。鲍林相信，至少在免疫学中，分子结构决定了生物特异性。
这项研究成果具有非凡的价值和重要性，使鲍林在遭受人造抗体的失败之后仍能在免疫学研究领域保持领先的地位。他关于形成抗体的直接模板理论继续受到人们广泛的承认。这一理论非常简明易懂，尽管存在一些缺陷，仍将在以后的十五年中成为抗体成形理论中最具影响力的理论。甚至那些在私下里批评鲍林的免疫学家也不得不承认；他给这一领域带来了新的活力，作出了一些重大的发现，引发了许多有益的讨论。直到50年代中期，鲍林的直接模板理论才被一种基于一些令人惊奇的遗传现象的抗体成形理论所替代。直到那时他才最终被证明其抗体成形理论是错误的。不过他关于抗体和抗原如何发生作用的理论仍是正确的。
爱娃·海伦也在为战争操劳着。她在加州理工学院生物实验室里做了几个月的研究助理，帮助开发人工制造橡胶的方法。她受训担任了洛杉矶县的助理消防员和空袭警报哨，并在屋前开挖了一片战时菜园。她还从事政治活动：她认为1942年提出的拘留美籍日本人是对民权的粗暴践踏，并志愿为当地的美国公民自由协会服务以反对这项法令。
与此同时，她对自己贤妻良母的角色仍烙尽职守。她尽力使山间的居所能够远离战争忧患，尽管这并不容易。每天，孩子们都会听见山下加州理工学院一所炸药研究所传来的爆炸声。1942年一天深夜，全家人都被空袭警报惊醒。鲍林默数着高射炮的爆破声，爱娃则安慰着孩子们。
孩子们需要安慰。战争爆发时小莱纳斯16岁，照他后来的说法，是一个“在许多方面神经质的少年”。与父亲的关系使他伤透了脑筋。父亲高高在上，望子成龙，他永远也无法让父亲满意，同父亲在一起总是让他不舒服。鲍林对于父子关系的认识，是从学校里把一年级的化学题目带回家，让高中的小莱纳斯解答——当回答不出的时候，小莱纳斯总感到非常丢脸。尽管他的学习成绩还过得去，他在学校里总感到难以安心。他前后换了三所学校，最后才在弗林特里奇，一所距帕萨迪纳几英里之外的贵族寄宿学校安顿下来。暑假回家的时候，他总觉得自己像是一个陌生人，比二弟要大6岁，在年龄上更接近父亲叫来看孩子的研究生。他对自己的前程也感到困惑：尽管鲍林没有强求，年轻的小莱纳斯还是感到父亲希望自己能够从事科学事业，然而他无意同自己的父亲竞争。战争开始时，他决定学医，这一领域“和科学密切相关，可以让父母满意”。18岁刚从弗林特里奇毕业时，他加入了空军，离开了家。
别的孩子也让人操心。彼得也在很早的时候就被送到了寄宿学校，在战争期间，他开始表现出古怪的行为。一个学期他带回家的可以是弗林特里奇学校里最好的成绩，而下一个学期就会下降为B和C。尽管思路敏捷，口齿伶俐，他的学校评语千篇一律地为：“他应当而且完全能够得到全A……但是他的成绩与他的能力相去甚远。”鲍林和爱娃对他的成绩深感忧虑，最后在1945年让他从弗林特里奇转学到一所公立初级学校——他轻而易举地在核心课程中拿到了全A。
琳达长成了一个漂亮的孩子，是父亲的掌上明珠。小儿子克莱林很早就懂事了。但是山间的住处与世隔绝，琳达和克莱林不能和别的孩子玩耍。还有另一种孤独：父母经常外出。鲍林要么在路上，要么在学校里，要么就是关在八角形的书房里，那里是孩子们绝对禁止打扰的。尽管爱娃竭力想成为一个尽职的母亲，但她也同样喜欢旅行，利用一切机会陪伴自己的丈夫外出，一去就是几天，甚至几个星期。贝克讲座让他们在康奈尔大学一呆就是四个月，期间他们把婴儿克莱林和别的孩子托付给鲍林的秘书阿莱塔·汤森德照看。阿莱塔像母亲一样照顾着孩子们，和三个最小的孩子非常密切，特别是琳达。
鲍林履行着他认为是一个父亲应尽的职责：努力工作，为家庭提供像样的住所和几件贵重物品，在必要的时候管教孩子们。尽管他所有的孩子都煞费苦心地博取他的欢心，他们毕竟还都是孩子。他缺乏耐心，如果他们太调皮或者缺乏教养的话，他就会大发雷霆。
科学是他的挚爱，孩子们不能与科学相提并论。