在公开场合，巴克利装出了一副气势汹汹的样子。“〈国民评论》一定要捍卫自己的观点，捍卫自己不受任何人骚扰的权利，”这一案件公之于众后，《国民评论》发表的一篇社论这样说。“本刊决不会被一个爱打官司的公众人士所吓倒，用参议院的一个小组委员会的令人清醒的话来说，此人‘多年来已经证明自己随时准备与共产党合作’。”
然而，巴克利在内心深处却惶恐不安。此时，鲍林打官司的成功率还是较高的：他在两个案件中达成了庭外解决，在其他几个案子中也迫使被告收回和更正了有关的言论。鲍林一次也没有输过。《国民评论》是一家小本经营的杂志，如果判下来的赔款数接近于100万美元，那么杂志在竞争中就要被淘汰出局了。单单是涉及到的法律费用就很成问题。
但是，巴克利认真研究了鲍林所写的文字，最后决定与对方奉陪到底。他与拉什和本哈姆碰了面，认为将鲍林称为“同路人”的根据就是鲍林本人的经历，这与“将杜鲁门称为民主党人是一样的道理”。如果鲍林想在这一点上争论，那么他将随同一批善于论争的高手一起接受这一挑战。
律师们花了数月时间就技术问题作了精心的准备。等到鲍林即将在案中宣誓忠诚的时候，他获得诺贝尔和平奖的消息正式宣布了——这对巴克利一方是不利的因素——一直要拖到1964年初从奥斯陆归来后，鲍林才能去纽约当着律师们的面出庭了。于是，法律准备的时间又增加了几个月。1965年，一名法官接受上司指派将双方准备的材料分档和清理，致使双方原本希望得到对方背景材料的打算全都落空了。
这一拖延对《国民评论》倒是有利的。1964年，美国最高法院对一起名为“纽约时报诉沙利文”的重大诽谤案进行了判决，使美国适用于诽谤的法律依据发生了一次根本的变化。为了保护正常的公开辩论，审理沙利文一案的法官们辩称，评判一个人是否受到诽谤的标准，政治家和其他公众人物应与普通公民有区别。比方说，一家报纸将参加竞选的一名侯选人说成是“笨蛋”，就不算是诽谤——对于普通公民，就可以认为是诽谤——当然，如果有证据表明，这样称呼出于“实际的恶意”，那就另当别论了。不过，这也得由有关说法的虚假性或故意隐瞒真相的事实来界定。
对沙利文一案所作的判决，使政治家在诽谤诉讼案中取胜的难度大大增加了。当然，仍有这样一个问题未解决，就是在选举的范围之外，对文艺界明星、议会外从事游说话动的说客或者像鲍林那样的著名人士，上述裁决原则是否适用呢？
鲍林关于诽谤的诉讼，特别是《国民评论》一案，就其动机和鲍林的形象而言，有助于界定沙利文裁决原则适用的范围。在沙利文案作出判决以后，《国民评论》的律师马上争辩说，根据这一裁决原则就可驳回鲍林的申诉。但是，法官却不能断定，鲍林一定有资格算作为公众人物，因而拒绝了他们的要求。随后，1965年秋天，巴克利竞选纽约市市长，他认为应当易地审理这一个案子，认为在曼哈顿审理保证不了公正，因为媒体对他的竞选活动所作的报道“容易引起人们的反感”。这样，这一案件又再次被拖延。后来，这家杂志试图利用它正在斗争的另一诽谤案加强自身在鲍林案中的地位，因为那一个案子已以原告失败而告终。于是，鲍林案就进一步拖延了。
1966年3月，这个案子终于摆到了陪审团面前，有关各方都已厌倦了——双方的辩论断断续续拖了六个星期，厌烦情绪随之也进一步滋长。以梅塔为首的原告方律师谨慎入微，以至到了可能引起审案法官塞缪尔·西尔弗曼反感的地步。他们花了好几天时间表明鲍林原先享有良好的声誉，甚至还请爱娃到场，出示装满了整整一箱的奖状和奖章——其中包括鲍林的两个诺贝尔奖——梅塔将这些物品递交给法官和陪审团。鲍林取得的每一项成就，其中包括25个左右的学位，都在法庭上一一宣读并记录在案，鲍林本人站在原告席上的时间长达十小时。在检验他的背景、成就和政治活动的过程中，他始终直视着陪审团成员。“在我与有联系的团体中，都没有我知道或怀疑是献身于共产主义的人，”他说。“对于马克思主义，本人不但一无所知，而且毫无兴趣。”他作证说，《国民评论》的一些社论在很大程度上对他的经济收入带来了负面的影响。事实上，1962年，他在加州理工学院的工资未得到提升，而且他在账面上的收入还略有下降。他还举证称，他受到加州理工学院校长和其他一些人的冷落，《国民评论》的社论损害了他的自尊心。
《国民评论》的律师在答辩时，同样费尽了心机，同样使用了好几天时间，不厌其烦地陈述了鲍林与左翼人士联系的历史，并且引用了国会进行各种各样调查得到的结果。他们表明，鲍林在几年里的总收入并没有下降；如果算进他得到的奖金，还有所增加。鲍林的律师提出了许多反驳的意见，一再打断被告的证词，以至西尔弗曼都失去了耐心。“如果陪审团还要听完双方其余的话，”这位听了四周时间作证已经倦容满面的法官说，“请记住，那就是4月1日了。”
这样又过了两星期。法官西尔弗曼实在听够了。《国民评论》方提出一项新动议，要求引用沙利文裁决原则，驳回原告的诉讼。西尔弗曼表示赞成此动议，使鲍林方感到很震惊。西尔弗曼说，他现在已经充分听取了双方的陈词，可以作两点判决：鲍林是一位公众人物，适用于沙利文裁决原则；《国民评论》并没有故意回避事实真相的举动。根据沙利文裁决原则，事实上的诽谤不成立，因此，不能作出有利于鲍林的判决。“鲍林博士由于帮助自己所信仰的事业而提高了自己的声誉，”西尔弗曼对陪审团说。“我只不过认为，这样做也就限制了因名誉受到诽谤而在法律上作补偿的要求。也许，我们可以将此看作为他为了维护自己的信仰而作出的又一次牺牲。”
法庭命令鲍林支付《国民评论》一千美元的法律诉讼费（这家杂志雇佣律师总共花去的费用超过五千美元）。陪审团随后就宣布解散了。
鲍林简单地说，这一结果使他很“失望”，然后就让他的律师离开了。后来，他又请了一位更好的律师来帮助上诉，就是高级律师路易斯·尼泽。尼泽手下的律师小组开始时感到悲观，但鲍林热情地鼓励他们好好干，认为有可能推翻沙利文裁决原则适用于本案的结论，因为鲍林并不是当政的官员。于是，律师小组同意把这个案子接下来。
但是，西尔弗曼对鲍林案所作裁决的合理性，得到了其他法庭为另外一些案子所作裁决的印证。在那些案子中，有关的公众人物也不是政治家。1967年，美国最高法院对沙利文裁决原则作了更加广泛的解释。等到1968年春天尼泽最终将鲍林的上诉送到法院的时候，这已经成了明摆着一定要输的事。在鲍林控告《环球民主党人》和纽约《每日新闻》的两宗名誉诽谤案中，沙利文裁决原则也成了他败诉的一个决定性因素。
《国民评论》用了整整七页的版面，极尽讽刺挖苦之能事，为读者再现了案件审理的经过。巴克利的杂志不仅在鲍林的威胁面前渡过了难关，而且比以前更加神气活现了。
自此之后，鲍林被沙利文裁决原则解除了武装，再也没有提起名誉诽谤的诉讼。
分子矫正疗法
鲍林在名誉诽谤案中接二连三地败诉，为了打官司又耗费了大量的时间、精力和金钱，因此情绪很低落。他决定在科研工作上加把油。
到1966年底，鲍林和爱娃有一半时间是在热泉路家中度过的，另一半时间则待在大苏尔牧场新近竣工的漂亮宅第里。在那里，鲍林处于与世隔绝的状态，如果头脑里产生了什么新的想法，总会有大量的时间去思考。此时，他打算割断与民主制度研究中心的关系，把时间集中用于理论科学的研究。他就石墨和氮化硼的结构发表了几篇论文，将重子共振作为金属间化合物所处的旋转状态和电子转移现象来考察，同时又再次探讨了用科学方法解决世界问题的必要性。有几天时间，他反复思考着要不要透彻地研究一下自然界不明飞行物现象，将有关问题汇总起来，从目击者的可信度，一直到星外来客的可能性，作一次全面的分析。
就是从这类想象力的遨游中，出现了一种具有概括作用的新思想。
这一切都起始于1965年下半年。鲍林拜访了几位朋友，其中一位是精神分析家卡梅尔。有一天，还没有到吃晚饭的时间，他在会客室中想利用时间找一点有趣的材料读一读，他的目光落到了一本有关精神分裂症的书上，书名为《精神病学中的烟酸疗法》。鉴于自己对用维生素（烟酸是维生素Ｂ中的一种）治疗精神病方面的知识很缺乏，因而对这本书发生了兴趣。作者是一位加拿大学者阿伯拉姆·霍弗，萨斯喀彻温省精神病研究所所长。该书总结了霍弗和他的同事汉弗利·奥斯蒙德多年里进行实验所得的成果。这些成果似乎清楚地表明，大剂量应用烟酸以及有关化合物，对精神分裂症患者的大脑功能具有相当积极的疗效。这两位加拿大人开出的剂量是惊人的——在若于病例中，超过了日常先许用量的一千倍。看来，这样大的剂量不但没有产生明显的不良副作用，而且在精神病症状和复发率方面都有显著的改善。霍弗和奥斯蒙德将他们的治疗方法称为“超大剂量维生素疗法”。
鲍林关注精神病的生化机理已有十多年时间了，因此颇为赞赏该书的论点。不过，仍然有一些问题他感到吃不准。
思考了一个星期后，他突然找到了答案。他知道，大多数药物只是在一定范围的浓度内是安全有效的；即使是阿斯匹灵，过量用药也可能致命。在霍弗和奥斯蒙德的研究中，烟酸是当作药物使用的，但剂量很大时，仍然是非常安全的，而目随着剂量的加大，效果甚至更显著，这种剂量的数量级远远超过了内科医生的建议量。对此，鲍林感到很惊奇，他开始考虑其他维生素是不是也有这样的情况。
几个月之后，鲍林亲自考察了超大剂量维生素疗法的作用，他的兴趣更浓了。1966年3月，他获得卡尔·纽伯格奖，这是对他将新的医学和生物学知识综合起来进行研究所作的表彰。他在接受奖章以后作了一次发言，提到他希望再活十五到二十年，亲眼目睹医学上必然会来到的巨大新进展。几天之后，他收到欧文·斯通的来信。斯通是一位来自斯塔腾岛的生物化学家，喜欢交朋友，鲍林是在颁发纽伯格奖后举行的宴会短暂时间里与他认识的。
斯通在信中对鲍林说，他非常欣赏鲍林的讲话，但他认为再活二十年要求太低了。为什么不再活五十年？只要鲍林听他的劝告，就可以达到这一个目标。
他向鲍林叙述了一个有关维生素Ｃ的故事。
斯通从1935年起就对维生素Ｃ发生了兴趣。那时，他开始发表论文，并且取得了使用抗坏血酸（维生素Ｃ的学名）作为食品添加剂的专利。好几年里，他阅读了一系列来自世界各地的报道，说明使用大剂量维生素Ｃ治疗各种病毒性疾病，甚至用于心脏病和癌症，都能得到一定的疗效。斯通和他的夫人都相信维生素Ｃ有助于健康，两个人开始每天服用3克维生素Ｃ——这是政府建议日用量的许多倍。
由此产生的结果是，斯通的感觉好多了。不过，真正信服这一点是在发生了一次汽车交通事故以后的事。1960年，斯通夫妇驱车奔驰在南达科他州的公路上，迎面与一醉汉驾驶的卡车相撞，两个人都差点送了命。然而，斯通对鲍林说，他们两人不但都活了下来，而且伤口异常迅速地愈合了。他将这归功于他们在康复期内大剂量服用维生素Ｃ的做法。
出院后，斯通打算向别人宣传抗坏血酸的功效。他开始阅读各方面的文献和资料。他注意到，在哺乳动物中，只有与灵长目动物关系最密切的人和豚鼠无法在自己体内合成维生素Ｃ，因为体内没有产生这种维生素所需要的酶。因此，人一定要通过饮食摄取这种维生素。缺乏维生素Ｃ，就可能生坏血病，这种可怕的病曾经夺走过成千上万海员的生命。还是一位英国医生发现，食用酸橙汁或新鲜的柑橘，就可有效地防治这种病。为了预防坏血病，美国政府及时地规定了每天维生素Ｃ的最少摄入量。
但是，斯通认为，这是不够的。坏血病不只是简单的一种营养缺失症，而B也是人类共有的一种遗传件缺陷，也就是先天性新陈代谢的缺陷可能造成的严重后果。一种酶的丧失，使人类失去了体内合成某种所需物质的能力。对动物所作的研究表明，简单地预防坏血病，尚难保持人体处于最为健康的状态。只有另外一些哺乳动物，如老鼠，才具有良好的生化机制自身就能产生出抗坏血酸。实验证明，一位经过体重调节达到150磅左右的成年人，每天摄入1.4克到4克维生素Ｃ，这大约相当于一只老鼠自身体内产生的数量，才能保证人体自身的健康。斯通还相信，摄入量少于此数，就可能引起他所说的“慢性亚临床坏血病”。这是一种身体衰弱的状态，处于这种状态的人很容易生各种各样的疾病。他在一篇论文中得出结论说：“这种遗传性疾病的概念可以用来合理地解释，为什么能用大剂量抗坏血酸来治疗坏血病和许多其他的疾病，从而为临床研究打开了广阔的天地，并且深入到目前尚未充分探索的领域。我们可以用大剂量抗坏血素来治疗某些细菌性炎症、胶原性疾病、心血管疾病和衰老症。”遗憾的是，已经有六家医学杂志拒绝刊登他这篇论文。
换言之，在斯通看来，眼用足量的维生素Ｃ来预防坏血病，与一个人用足够的食物来填饱肚皮以免饿死是一样的道理。要吃饭，要健壮，就要摄取更多的营养。他劝鲍林每天服用1.5克维生素Ｃ，这对预防伤风感冒之类的病毒性疾病有奇效。
“我并不相信这一点，”鲍林后来提到斯通的来信时说道。斯通毕竟不是医生，严格的意义上来说，他也不是营养学家或专门研究医学的学者。他是酿造工业界一位生物化学工作者。但是，斯通的理论框架——遗传性变异造成维生素Ｃ缺失的思想——是与鲍林本人的思想一脉相承的。比德尔用链苞霉变异的概念表明，遗传性变异可以导致像维生素和氨基酸那样的营养成分的缺失，鲍林对比德尔的思想是深信不疑的。“我们今天需要的各种维生素都是千百万年以前祖先生过的分子型疾病的见证，”鲍林在1962年就曾这样写过。要是在一两年以前，他也许会把斯通的劝告当作喜欢异想天开的人写来的信件付之一笑了事，但时至今天，他对精神分裂症的超大剂量维生素疗法刚产生兴趣，看来维生素Ｃ至少还是值得一试的。
他开始每天服用3克维生素Ｃ。
神奇的结果出现了。几十年来，伤风感冒一直是鲍林的心腹之患。一旦患上感冒，就不是小毛病。身体极为衰弱，咳嗽多疾，往往要卧床一星期，许多情况下还会并发非常严重的鼻炎。感冒严重地影响到他的工作，迫使他推迟出访的计划，真使他苦不堪言。以前，他只有一种预防的办法——每天针青霉素，从1948年开始，一直到60年代初，他断断续续地一直在用这一种方法。
接下来，就与维生素Ｃ有关了。他和爱娃开始按斯通的建议量服用维生素Ｃ。两个人都感到比以前更有劲，精神也愈来愈好，而且不再患感冒了。四十年里一直缠绕着鲍林的毛病突然得了医治，这与科学文献中写出的结论一样是一个有力的证据，鲍林成了维生素Ｃ的信仰者。
不过，他是一个不想大事声张的信仰者。三年里，他每天都服维生素Ｃ，从中得益，却对其不置一言。这倒不是因为他从生化机理的角度对此不感兴趣；事实上，在圣巴巴拉居住期间，他甚至开始测定自己小便中维生素Ｃ的含量——但是，他不相信抗坏血酸是一种包医百病的灵丹妙药，他只是希望把霍弗和奥斯蒙德的想法借用于对精神健康和维生素问题的研究。
鲍林此时正在研究和分析另一重大的理论，那是一项关于精神问题的宏大计划，在未来的一年里，这一计划将要成为他施展想象力的主要阵地。霍弗和奥斯蒙德应用超大剂量维生素来医治精神分裂症，对鲍林来说，这是促使他研究问题的“催化剂”，但其中还有更深层次的东西需要他考虑。经过多年的研究，鲍林开始认识到，人的大脑是一种分子一电子能激发的场所，它通过一种复杂的生化机制发送出种种信号，这一机制由代谢物提供必要的营养，其活动受到酶反应的支配，并以某种人们尚不清楚的方式加以协调和调节——根据鲍林从最先进的流行思想中得出的结论，这一切很可能是通过神经细胞相互联系的有利模式完成的。
鲍林的研究兴趣集中在有关的生化机制上。他在探索大脑奥秘时所作的初步尝试，十年以前对精神障碍和苯丙酮尿症患者进行的研究，其目标都集中在发现和界定酶缺失现象，因为这种现象可以用来解释精神障碍的分子学原因。他所采用的工具局限于尿样分析和血液分析，由于这类方法太粗糙，难以帮助他找到所希望的目标，因此，这一研究最后以失败告终。如今，精神健康问题又再次成了他注意的中心，另一种至关重要的理论又在他的头脑中酝酿起来了。他相信，利用这种理论就能够解释——就像他创造的其他重大的理论一样——各种各样模糊不清，有时甚至是自相矛盾的现象。
如果说，人的大脑功能取决于某些分子（比如，酶、辅酶、替代物、生成物等等）的适当数量的话，那么，大脑的最佳功能就很可能取决于在大脑中分子的某种类型的平衡，正如他后来所说，要有“合适数量的合适分子”。如果有一种重要的酶不够活跃或失效了——苯丙酮尿症患者就属于这样的情况——那么整个机制就会陷入混乱的状态。不过，要是有一种酶功能失调，我们就可以通过大量补充有关的物质来恢复平衡。这也许就是霍弗和奥斯蒙德用烟酸所做的事——在一种酶反应失调的情况下，大量运用一种替代物或辅助物使其回到正确的方向。
鲍林为自己的理论找到了一个引人注目的新名称——“分子矫正”精神病学，并且着手准备发表自己的思想。
“分子矫正精神病疗法，就是通过给大脑提供最佳的分子环境，特别是提供体内正常状态下各种元素的最佳浓度的溶液，对精神病治疗的方法，”他在1967年春就这一理论撰着的第一篇论文中作出了这样的解释。采用不含蛋白质的食谱来治疗苯丙团尿症，就是分子矫正疗法的一例：其结果是降低了造成精神障碍的氨基酸浓度。霍弗和奥斯蒙德的超大剂量维生素Ｃ疗法是分子矫正疗法的又一个例子。还可以找到其他的例子。人们还知道，种种不同的营养缺失症，其中包括诸如糙皮病和坏血病那样的维生素缺乏症，可能导致各种各样精神错乱的症状。“大脑和神经纤维的功能，与其他器官的功能相比，更加敏感地取决于化学反应的快慢，”鲍林写道。“我认为，精神病多半是由反应速率失常引起的。一个人的遗传结构和饮食，以及重要元素的分子浓度发生异常的变化，决定了这类反应的快慢。”
这一新理论的某些结果使鲍林感到特别兴奋。这是一种重要的理论，错不了。这种理论从一个全新的角度考察了大脑运行的最佳方式。不过，还有比这更加深刻的含义。这种理论为鲍林提供了一条回顾过去的途径，在一定程度上还帮助他明白了生活中发生过的一些荒谬而又不可理喻的事情。他还记得，他母亲贝莉生了严重的贫血症，逐渐伤害到大脑，最后终于被迫进了精神病医院。她的大脑中产生了分子不平衡状态。应用分子矫正疗法将会有助于杜绝别人再发生这样的事。
还不止这一些。分子矫正这一概念可以应用于人体。比方说，糖尿病就可以看作是一种需要进行分子矫正的疾病，让病人体内自然产生适当数量的胰岛素，这种病就可以得到治疗。治疗甲状腺亢进，应当补充需要的碘。氟化水可以防止龋齿的发生。生命是一系列复杂的化学反应；人体就是发生这种反应的场所。如同任何别的化学反应一样，人体内的化学反应也需要有适当数量的反应物、催化剂和生成物。鲍林很快就从分子矫正的角度，把他的理论从大脑活动推广到人体健康所涉及的各个领域。
圣地亚哥和斯坦福
为了验证自己的理论，鲍林需要一个实验的场所。有了实验的设施，反过来也有利于他寻求必要的资助。圣巴巴拉无法向他提供这样的条件，他只得将目光投向其他的地方。1967年夏天，机会终于来到了。新建和正在发展的加州大学圣地亚哥分校邀请鲍林担任为期一年的化学和物理学访问教授。化学系似乎有意向将其转化为一种长期聘任的关系。鲍林向民主制度研究中心请了假，爱娃在拉乔拉找到了住所。1967年9月，鲍林开始在圣地亚哥工作。
在一段时间中，他似乎又回到了轻松愉快的岁月。又有了一个实验室——尽管很小，只有他在加州理工学院时那个实验室的几分之一，但毕竟算是一个实验室——又与一批科研人员为伍。他又能伴随大学校历的节奏开展工作了。
然而，事实证明，圣地亚哥与圣巴巴拉一样，也非久留之地。鲍林好不容易凑到一笔研究资金，并且雇用了一名研究助理开始对某些问题进行研究时，他就得到消息说，长期聘用他的事又要泡汤了。至于理由嘛，仍然是政治。
鲍林对两大政党的越南政策很厌恶，因而批评的火力也更加猛烈。1967年，他加入和平和自由党——该党提名参加总统竞选的是布莱克·彭瑟，埃尔德里奇·克利弗——并且使用了“实现民主社会学生联合会”这个左翼组织特有的语言。鲍林从心底里拥护这个组织的宗旨和策略，支持美国黑人争取政治和经济权利的斗争，号召持续不断地进行强大的群众性示威活动。此时，他还谈到了要进行革命的问题。“我相信非暴力斗争，”他在1968年5月的一次反战集会上说。“但是，当权者都相信暴力，相信武力手段——相信催泪弹、燃烧弹、警察武装、空中轰炸、核武器、战争。只要当权者的自私心理不灭，我们关于未来革命应当采用非暴力方式的愿望就有落空的危险。”
鲍林使用的语言愈来愈激烈，再次引起加州大学校务委员会委员们的注意。从他抵达圣地亚哥的时候起，就听到传闻，说加州大学有几个校务委员早就看不惯鲍林，坚决反对任何一所分校长期聘用他。说来真不巧，鲍林在1968年2月庆祝了自己的67岁生日，正好是加州大学教授法定的退休年龄，因此，事情就更加困难了。鲍林此时身体很健康，思维也非常活跃，几乎没有考虑过要退休的事。但是，年龄还是成了再次聘用的障碍。与此同时，一项新的规定又开始生效，就是加州大学校务委员会取得了直接投票的权力，可以否决任何一个人到了退休年龄而要当作例外情况处理的提议。鲍林心里很清楚，这些校务委员无论如何不会放过他。他在圣地亚哥分校的前途未卜，因此要取得研究资助就很渺茫了。没有资助，在学校里就难以得到科研的成果，到达退休年龄再要求续聘就更没有理由了。
经过几个月的迟疑不决和内部的争斗，1968年秋季学期开始前几个星期，加州大学圣地亚哥分校终于决定再聘用鲍林一年。事情已非常明显，再要超过一年几乎是不可能的，因此，鲍林开始另谋出路了。他的老朋友比德尔曾经主动要求他去芝加哥大学任教，他也曾考虑过接受这一邀请，但最后还是谢绝了，他的家在加利福尼亚州。
他终于作出了决定。1969年2月，鲍林正式宣布，他将在学年结束以后离开圣地亚哥。他说，他的目的地是斯坦福大学，他已接受该校的邀请，担任化学系的顾问教授。
1969年5月，成百上千名圣地亚哥分校的学生，聚集在学校体育馆，哀掉一位伯克利分校的学生。在人民公园发生的一次冲突中，这名学生被警察开枪杀害了。集会上，争论的焦点是，要不要举行罢课，让学校关门。
有些教职工呼吁采取温和克制的态度，此时，鲍林来到了会场。他那激昂慷慨的声音，爱憎分明的态度，与他以前在反对核试验发表演说时完全一样。他对与会的学生们说，伯克利枪杀事件是美国式军国主义、经济剥削和无视人权的又一实例，这类现象在越南还在不断地上演。“罢工和罢课是被压迫和被剥削人民表达自己反对压迫和剥削的一种方式，”他厉声说道，所用的言辞也愈来愈激烈。“在整个加利福尼亚大学，每一个人，每一位同学，每一位老师，每一位职工，都应当站出来，与伯克利事件所显示的不道德的非正义行径作斗争。”
这也算是他向加州大学校务委员们说声再见的一种方式。
在许多方面，斯坦福大学的情况要好得多。不说别的事，帕罗·阿尔托离开他的大苏尔牧场就要近得多。他和爱娃频繁地往返两地之间就不再那么费事了。化学系的老师对他的加盟也感到非常高兴。在私立学校里，退休年龄不再是一个问题，他再也碰不到与校务委员们磨擦的麻烦。再说，旧金山地区的政治气候还是比较平和的。
但是，出于经济方面的考虑，鲍林不得不与他人达成一笔交易，就是从自己的工资中拿出一半的钱，再加上得到的全部资助，用来支付有关人员的工资。一年之后，工资就根本没有保证了。仅有的实验场地又很小，而且与化学系主楼是分开的。
鲍林心里想，关于分子矫正的项目一旦能得到资助，情况就会有好转。他和爱娃在帕多拉谷地，离校园5英里的山区，找到了一所外表朴实但还算比较舒适的房子，房子里有一座用石块建造起来的大火炉，配上用天然木料制成的家具，一切与他们在帕萨迪纳的老房子还是比较相像的。
他想，这下他也许可以结束飘泊不定的岁月，真正安顿下来，在科研上做一点重要的工作了。