历史总是如此惊人相似，和五年前一样，巴乔又不得不离开自己获得成功的俱乐部，上一次是不得不离开佛罗伦萨去尤文图斯，这一次是不得不离开尤文图斯AC米兰。那么，这一次是谁迫使巴乔离开尤文图斯呢？
当时有不少人认为是尤文图斯队的主教练里皮迫使巴乔离开尤文图斯的。但是，三年多之后，也就是1998年9月21日，国际足联组织了一次世界足球先生候选人的提名活动，当时巴乔和里皮都被委员会邀请为佳宾参加这一活动，他们在那里不期而遇。见面后两人互相握手致意，还互相拥抱，低声交谈着什么，状态十分亲密。过去，人们以为他们之间积怨颇深，矛盾不可调和，但事实却并非如此。那时，巴乔轻松地说：“与里皮相见使我感到很高兴。里皮与我打招呼，并对我说：‘我绝对没有想过要把你排斥在我的队伍之外，我们之间不了解纯粹来自于外部的流言蜚语，我敬重你，你一直是我十分赏识的球员。’里皮的一席话使我感到十分高兴，这同我对里皮的看法和感觉是一致的。”里皮说这些话给巴乔听，其实是暗示，巴乔被迫离开尤文图斯是有另外原因的，并不是像外界传说的那样，是他不喜欢巴乔，他不应该承担赶走巴乔的责任。不过从事实上来看，里皮虽然从内心来说可能并不低看巴乔，但他的战术思想不适合巴乔的发挥却是客观的现实，这使巴乔逐渐失去了在球队的核心地位，而胸部的领导层据此认为巴乔在球队里并不起什么作用了，因此起了逼走巴乔的念头。有一个现实的事例可以证明这一点。如今，里皮已是国际米兰的主教练，巴乔又在他旗下效力，今天的里皮仍然没有重用巴乔，他认为巴乔不适合他的战术需要，两人为此闹得有些僵。
此外，也有不少人认为，是尤文图斯队的新人德尔.皮埃罗挤走了巴乔。
众所周知，皮埃罗的特点和巴乔十分相似，都是既善组织又能自己打阵得分的前场攻击手，而他又有比巴乔年轻近十岁的优势，俱乐部从未来的前途着想，让皮埃罗取代巴乔也在情理之中。而尤文图斯的老板阿涅利就曾表示：“我们已经拥有皮埃罗了，为什么不在实施一套老将的锋线组合？”他暗指巴乔和维亚利这些老一代前锋可以出卖。而事实上，后来的情况正是朝着这一方向发展的。巴乔和维亚利都相继离开了尤文图斯。 不过从巴乔和皮埃罗两人的个人关系上来说，他们并没有闹到水火不容的地步。在一次记者的采访中，记者问皮埃罗，他与巴乔之间更多的是友谊不是竞争时，他说：“当然是友谊。在我们之间从来不存在着竞争。我应该感谢巴乔和尤文图斯。巴乔普拉蒂尼一样，都取得了卓越的成绩，巴乔一名伟大的球员，他所做出的一切已证明了这一点。我所能表明的是：不是我促使巴乔离开尤文图斯的，我没有推他下场。离开俱乐部的原因与比赛毫不相干。”另一个事实也可说明一些问题，就在1998年的那次世界足球先生候选人的推举中，巴乔说：“也许你不相信，在意大利最佳球员中我推举了皮埃罗。”正如里皮一样，皮埃罗本人并不应该对巴乔离开尤文图斯负责，但客观上，正是皮埃罗的成长使俱乐部觉得不再需要巴乔了。
其实，巴乔最终不得不离开尤文图斯的原因在于俱乐部的领导层。由于巴乔在转会市场上能大赚一笔，而本俱乐部又有了他的接班人，何不乘机捞上一笔呢？这种想法本身并没有什么可谴责的，关键在于尤文图斯俱乐部领导层的态度暧昧，把责任推给巴乔感到不快。后来在AC米兰巴乔对记者说：“我为自己给尤文图斯带来的许多荣誉感到骄傲，但俱乐部对我可不怎么样。问题不在于减了我的工资，当然我认为这一点也是不应该的。最令我难过的是把我封锁起来，直到最后一刻才把他们的意见告诉我，这给我带来一定的困难，包括心理上的不平衡。我认为这样对我太不够意思了，是耍了手腕的。”
谁是谁非，历史自有公论。既然已经离去再去争论是非也毫无价值了，更关键的是，来到一个新的豪门，巴乔又将面临一个什么样的前途呢？