张亚勤进入桑纳福之后，所面对的工作不再是单纯的科研工作，他不得不越来越多地考虑市场问题。之前他所在的GtE研究院相当于科学院性质，科研经费都是由公司供给，张亚勤在那里是一个单纯的科研人员，即使作市场分析，也并不需要真正冲到第一线。
而在桑纳福研究院，一切都要面向市场。1987年，RCA被通用电气公司（GE）合并。GE公司的传奇首席执行官杰克·韦尔奇以他一贯雷厉风行的风格，分拆了RCA业务部门，留下国防部门和NBC电视台，把电视制造业务出售给法国汤姆逊公司，把桑纳福研究院与SRI斯坦福研究院合并，韦尔奇仍然兼任桑纳福董事长。
之后桑纳福得到了4亿美元，作为换取研究院所有专利的筹码。从那之后这家研究院就拿着这4亿美元，开始自谋生路了。当时桑纳福研究院一共有1200多人，70%以上的人拥有博士学位。一家单纯从事基础和应用研究的研究院，一夜之间突然没有了靠山，需要自己解决科研经费。要想生存下去就必须要争取项目，创造利润。创造利润意味着大家研究出来的技术一定要面向市场，不但要实用而且要领先。
对于一直作研究的张亚勤来说，这是一个非常艰难的转型。他必须把自己从一名研究人员转型为一个拥有市场意识的研发人员和管理者，因为加入桑纳福的时候，张亚勤开始管理一个不到10人的小团队—10个科学家按每人每年30万美元的经费来算，他需要找到至少300万美元的项目，才能支付整个团队的开支。
尽管只是一个不到10人的微型团队，但“麻雀虽小，五脏俱全”，研究、技术、市场等等都要兼顾，无异于自主创业。张亚勤所面对的，是并不确定的未来。那段时间，他内心的声音是：“既然以我的能力随时可以去找一份研发的工作，那么为什么不借这个机会作新的尝试呢？”从此他开始了一场轰轰烈烈的新的战役。
1997年在庆祝桑纳福重组10周年的晚会上，张亚勤第一次见到韦尔奇，公司CEO卡恩斯介绍张亚勤时说：“这个小伙子是我们公司最年轻、最聪明的研究院主任。”并安排他们坐在一起。多少年后，已是微软全球副总裁的张亚勤与韦尔奇在盖茨家里见面时，韦尔奇说，“我清楚地记得你。”