2000年夏天，张亚勤希望能用三个月的时间与家人待在一起，好好放松一下，不过他的这个愿望还是有些“奢侈”了。
李开复的电话不期而至。刚接通电话，张亚勤心中就有种预感，一定是有什么重要的事情发生了。因为跟开复认识这么久，他只给自己打过一次电话，就是邀请自己加入微软中国研究院那次。此后，他们所有的交流都是面对面或通过电子邮件进行的。
“亚勤，不好意思。”
“发生了什么事？”
“你这个假可能休不成了，总部有一些重大人事变动。”
“那对我们有影响吗？”
“有，亚勤。我可能最晚8月1日或2日就要离开研究院了，到雷德蒙总部去负责一个部门，研究院将由你来接管。”
张亚勤心中一惊，李开复的语气很平静。他们在电话里聊了差不多半个小时，讨论关于这次变动所涉及的问题，以及怎样通知研究院的员工、怎样面对媒体等。最后，李开复希望张亚勤能够尽快回北京去交接工作。
张亚勤很清楚这意味着什么。
在过去合作的一年多时间里，李开复作为研究院的院长，负责研究院整体工作，更多的是处理行政管理方面的工作，而张亚勤作为首席科学家，一门心思主抓研究，这种相互扶持的搭配才有了后来赴总部汇报的精彩效果。现在李开复离开，自己担任院长，这就意味着以后自己从事研究的时间要大大减少。肩上的担子加重的同时，他难免也感到一丝失落。
张亚勤马上结束假期，乘航班返回北京。戏剧性的是，这次一起结伴回来的还是他的老战友沈向洋，沈向洋去美国总部进行技术交流，也是在得知这次人事变动后临时改变行程赶回来的。这两位当初一起回国的战友又一次同程，而这次等待他们的将是更加重要的使命。
回到北京的第二天，张亚勤与李开复、张宏江、沈向洋以及其他几位研究院的核心人员一起在香格里拉酒店开早餐会，开始了交接工作。
7月的最后一个星期，微软中国研究院在希格玛大厦六楼的一间大会议室召开全体员工会议。雷德蒙总部的里克·雷斯特、凌大任和黄学东通过视频电话参加了这次会议。
会议一开始，李开复简要说明了自己的新任务。他进一步表示，相信研究院会有一个光明的前途。之后是张亚勤发言。沈向洋回忆说：“亚勤的语气不舍、伤感、严肃，好多人都流泪了。”
2000年8月，张亚勤从李开复手中接过具有象征意义的接力棒，开始担任微软中国研究院院长。
这时候，里克和凌大任插话进来了：“我们感觉到了研究院团队成员之间强大的凝聚力。单凭这种凝聚力，相信研究院的未来会是一片光明，总部对于新的领导层充满信心，大家继续努力。”
2000年8月3日下午，研究院召开新闻发布会，正式宣布了一系列的人事任命：原微软中国研究院院长李开复博士被提升为微软公司全球副总裁，调回微软总部，主管公司新组建的Microsoft.NEt部门。同时，原微软中国研究院首席科学家兼副院长张亚勤博士晋升为新一任院长，全面接管研究院在中国的各项管理事务。原微软中国研究院主任研究员张宏江博士和沈向洋博士被提升为研究院副院长。
各大媒体连篇累牍地报道了微软中国研究院的这次人事变动。
至此，张亚勤开始掌舵微软中国研究院。