初期的严峻形势
面对“非典”疫情，4月2日，温家宝总理主持召开国务院常务会议，研究防治工作，这是媒体报道中首次提及国务院会议讨论“非典”问题。会议听取了卫生部关于“非典”防治工作的汇报，同时第一次提出要抓紧建立国家对突发公共卫生事件的应急处理机制。
4月6日，温家宝与吴仪等国务院领导来到中国疾病预防控制中心。温家宝指出，政府要将保护民众健康和生命安全放在第一位，将防治“非典”作为各级政府的一件大事。他要求每天向世界卫生组织报告疫情。
4月9日，吴仪在中南海会见了世界卫生组织驻华代表贝汉卫和专家组成员。外电注意到，吴仪在谈话中没有使用卫生部长张文康在几天前的国务院新闻发布会上对外界所说的“有效控制”一词，而是用了“有效遏制”的说法。
4月12日，温家宝和吴仪专程到救治“非典”病人最多的北京佑安医院看望医务人员，高度赞扬白衣战士们救死扶伤的人道主义和无私奉献的革命精神。
4月13日下午，国务院在京召开全国非典型肺炎防治工作会议，这是国务院首次就非典型肺炎召开专门会议。国务院总理温家宝坦率地承认，“非典”对我国旅游、交通、商贸和对外交往等活动造成的暂时影响是难以避免的，但要正确对待，把眼光放长远一些，不必计较一时的得失。
在广大群众的印象中，这是几十年来国务院第一次就一个特定的疾病召开专门会议。
4月14日，中共中央总书记胡锦涛出现在广州市北京路商业街上。胡锦涛是在考察广东省疾病预防中心后，在事先未打招呼的情况下直接来到这里的。人们的惊讶在于，胡锦涛抵达前，有关方面并未展开任何清场行动。
由广东回到北京，胡锦涛主持召开了政治局常委会议。在这次会议上，他要求各级党政机关“不得缓报、瞒报”疫情。
在短短10多天的时间里，国家主席和政府总理相继出现在重点疫区，国家领导人和国务院频频就非典型肺炎防治问题作出专门的安排和部署，而且所采取的措施有逐步升级的趋势。敏感的人意识到，中央政府的弦已经绷起来了。
但是，来自卫生部和部分省市的公开信息却是乐观的。4月3日，国务院新闻办召开新闻发布会。卫生部负责人在会上表示：在中国工作和生活都是安全的。北京由于汲取了广东的教训，有效地控制了输入病例以及由这些病例引起的少数病例，所以没有向社会扩散。这是中国卫生部第一次就“非典”情势公开发表看法。
4月10日，世界卫生组织公开批评了北京的疫情报告系统。认为北京只有少数医院每日汇报“非典”病例，派出了专家组赴京考察。4月11日，北京重新被世界卫生组织定为疫区。但是，卫生部并没有宣布这一消息，国内所有的媒体也对此保持了沉默。
2003年4月20日，距离新一届政府就职刚好一个月零两天。当天，卫生部再一次举行新闻发布会。刚刚担任卫生部副部长不久的高强对卫生部和北京市的工作进行了批评。他说：“卫生部应对突发公共卫生事件准备不足，防疫体系比较薄弱，没有及时对全国的疫情制定统一的收集、汇总、报告制度，要求不明确，指导不得力。”而北京市有关部门“信息统计、监测报告、追踪调查等方面的工作机制不健全，疫情统计存在较大的疏漏，没有做到准确地上报疫情数字”。他同时宣布取消当年的五一长假，并且自4月21日起将疫情由过去的五日一报改为一日一报。
高强还坦率地承认，北京的疫情已经“很严重”。据20日当天公布的数据显示，截至4月18日，北京已经确诊非典患者339例，比卫生部门4月14日宣布的37例飙升了近10倍。
当天下午，新华社发出消息，中共中央宣布免去部分责任官员的职务。
世界看到中国的改变
针对中央政府的举措，媒体当即作出反应。有报道说这是中国新一届政府前所未有的举动，称人们“看到了中国领导人的决心”，此举表明政府是负责任的，敢于承担的，中国抗击“非典”的斗争从此将进入一个新的阶段。一些评论人士表示，此举开高官问责制之先例，对政治体制改革有极大的推动意义。海外媒体也宣称，中国政治文明将由此走进一个全新的时代。
中央的坚定决心和有力措施，标志着中国真正意义上的抗击“非典”的全面战争打响了。2003年4月20日，历史将记住这一天，因为它是抗击“非典”斗争的分水岭。
中国政府的信心和表现，得到了国际组织的认可。2003年4月22日，世界卫生组织发言人迪克·汤姆森接受中国记者专访时，对中国近期在控制非典型肺炎流行方面的合作精神表示满意。他说，在当今与“非典”的斗争中，中国称得上是世界卫生组织的合作伙伴。全世界医学研究人员花了3年时间才找到艾滋病病毒，而这次中国的两个实验室与世界卫生组织和其他国家同行通力合作，仅用8天就确定了“非典”的病原体。现在世界卫生组织每天都能收到中国方面提供的关于“非典”的疫情报告。22日，中国实验室还提出了一个诊断报告，对世界卫生组织掌握疫情的发展情况很有帮助。汤姆森说，只要高度重视，采取有力的措施，相信“非典”会在中国得到有效的控制。
4月23日，北京市中小学宣布放假。同一天，中国将“非典”列入法定传染病进行管理，违法者刑期可达7年。
4月24日零时，北大附属人民医院开始封闭隔离，这是北京第一个整体隔离的“非典”重点疫情地区。同一天，中央财经大学、北方交通大学两处宿舍楼也被隔离控制。之后，被隔离的人数节节攀升，最多的时候高达27000多人。
4月26日，温家宝总理宣布吴仪兼任卫生部部长。美国有线新闻网（CNN）的报道认为，中国由吴仪出掌卫生部，是要向国际社会表明，中国正认真对待非典型肺炎，并有足够经验应付国内和国际的问题。民间对吴仪寄予的期望和信任相当大，以至于闻知此消息后即有民谣传出：吴仪吴仪，无疫无疫。
中央政府的措施是坚决的，也是有力的。至2003年4月30日，国务院已经向内地所有省区市派出了共计5批督察组。
与此同时，世界的目光也注视着中国。5月16日，国务院副总理兼卫生部部长吴仪率中国代表团飞抵日内瓦，出席在那里举行的第五十六届世界卫生大会。作为继温家宝总理出访泰国后第二个出访的新一届政府高官，与温家宝一样，吴仪此行要争取改变国际社会对中国抗疫的怀疑眼光，消除“非典”疫情给中国带来的负面影响。在大会发言时她坦陈：在“非典”疫情发生的初期，我们对这场疫情的严重性认识不足，公共卫生系统存在缺陷，防治工作在一段时间内有些被动。在对从道义、资金、物质和技术等方面理解、支持和援助中国的所有国家和国际组织致以诚挚的谢意时，她稍稍离开讲台，向与会代表鞠躬致谢，全场报以热烈的掌声。全世界都看到了中国的改变。