第一次大冲突发生在2006年，这年的5月，阿里巴巴推出了一个项目方案，叫作“招财进宝”，方案内容是：在淘宝网上开店的人，如果能够支付一部分的费用，他的店铺就可以被推荐到一些比较显眼的网页位置上。这个模式非常像百度所实行的竞价排名。
当这个方案推出后，遭到了一些淘宝卖家的反对。他们的理由是：马云在2002年年底推淘宝的时候曾经说五年内不收费，但现在才过了三年，就开始变相收费了。
因此在2006年的整个5月份，淘宝一些卖家就在各个门户网站以及在淘宝的论坛上面发帖灌水，并且提出要在当年6月1日进行“总罢工”。
一直到5月31日，阿里巴巴提出通过全民投票的方式来决定“招财进宝”这个项目是否执行，最终这个项目被否决掉了。这是阿里巴巴和淘宝卖家之间发生的第一次非常大的冲突。
第二次大冲突发生在2011年的10月10日。在这一天，淘宝商城发布了《2012年度淘宝商城商家招商续签及规则的调整公告》，该公告涉及了两个收费调整问题，第一个是技术服务费的调整，技术服务费原来的收费标准是6000元一年，但这次被提高到了3万元到6万元一年。第二是商铺违约保证金数额的调整，违约保证金由原来一万元提高到了5万元、10万元和15万元。
这两个金额的调整比例都非常大，公告同时宣布，该调整方案从第二年的1月1日开始执行。
公告发布以后，发生了一个事件，叫作“十月围城”。当时媒体报道，在整个10月份，有5万的淘宝卖家，通过“以暴抑暴”的“革命”方式，反对淘宝网所提出来的公告。
当时发生了很多冲突性的事件，比如说有很多淘宝卖家直接冲到了杭州的淘宝总部，在淘宝总部门口拉横幅、静坐，抗议淘宝的这项公告。
同时，他们在网上也发起了很多攻击，比如说第一个大的攻击是，这些小卖家跑到淘宝大卖家的页面对大卖家进行攻击。攻击的方式是什么呢？就是小卖家先去购买商品，然后完成支付，接着又迅速地申请退款。因为淘宝网有一项制度规定，在7天之内消费者可以无条件地免费退款。这样一来，一些大的淘宝卖家就在几个小时之内一下子增加了上万个订单，而且这些订单又很快变成了无效订单，这样就直接干扰了这些大商家的正常买卖行为，造成了市场的混乱。
第二个大的攻击，是针对支付宝的。淘宝用户们把支付宝余额直接提取出来，转到银行卡里去。这有点类似于发生了银行的挤兑风波。对于任何一家银行来说，如果这家银行有一万个储户和一亿的存款，但是在同一天有8000个储户同时提款的话，那么银行就可以直接宣布破产了。所以这个“挤兑”对于支付宝来讲，是一个非常大的信用危机。
这两个攻击的发生，扰乱了整个中国的电子商务市场，对第三方支付体系也造成巨大的信用危机。此时，对阿里巴巴来说是非常危险的时刻。
事件发生后，马云在他的微博里面连续地发文章，安抚淘宝用户的情绪，甚至到最后，商务部直接出面干预。
最终，到了10月17日，阿里巴巴做出了一个妥协。比如关于技术服务费的部分，它提出了“老人老办法、新人新办法”，即所有的老用户不提高其技术服务费金额。而关于违约保证金，它提出了淘宝卖家在2012年年内可以按照新规则公布的一半缴纳保证金，同时阿里巴巴也拿出10亿元作为消费者保障基金，由浙江省工商局来监管，并交给中国人民银行进行资金管理。阿里巴巴通过这样的方式化解了这一场危机。
发生在2006年和2011年的这两个事件，可以说都是当年度的中国十大商业新闻之一。