正当赵新先宣誓打造全球第一中药企业的时候，中国企业界的生态突然发生了变化。从20世纪80年代以来，实业型企业家一直是业界的主角，在家电、食品及医药领域涌现出了一大批善于运作、精于管理的企业家。然而，随着互联网的兴起及资本市场在中国的苏醒，另一类型的企业家忽然成为新宠，他们更加年轻，更加善于运用资本这个放大器，同样是白手起家，却能在更短时间内完成财富的积累。面对这一势不可当的商业潮流转变，年近六旬的赵新先并没有茫然失措。相反，他在资本市场和互联网两大领域中，都表现得异常激进。
2000年4月，三九集团的旗舰公司“三九医药”以“000999”的代码在深圳证券交易所上市，国家药品监督局副局长亲自为股票上市敲槌开市，股票开盘当日升幅为177.5％，募集资金近16.7亿元，风光一时无二。
几乎同时，中国证监会批准江西的一家上市公司宜春工程正式更名为“三九生化”。宜春工程是一家主营轮式装载机及其配件的企业。它于1996年上市，3年后陷入经营困境。赵新先在四处并购的时候瞄中了它。三九购买了其上级公司手中持有的国有股，成为宜春工程的第一大股东，通过一系列的投资、重组，使其摇身一变为一家以生物制药为主的上市公司。
同年11月，赵新先再度出手，他收购了上海胶带股份有限公司29.5％的股份，成为该公司的第一大股东。胶带股份于1992年在上海证券交易所上市，是有名的“老八股”之一，其主营业务是输送带、三角带及其他橡胶制品。赵新先得手后，对其进行重组，使其变成一家主营生物基因工程药物的上市公司。2003年，该公司更名为“三九发展”。
赵新先在不到1年的时间里，强势出招，一举成为3家上市公司的主人，无疑称得上是国有企业资本运作的第一人。在当时的资本市场上，只有唐万新的“德隆系”同时控股了湘火炬、新疆屯河及合金投资3家上市公司。在一次与媒体记者的交谈中，赵新先不无得意地说：“在资本市场上，三九的表现仅次于德隆。”
事实正是，赵新先仅用1年时间，就为三九构筑了一个十分让人眼红的资本平台。在三九医药上市的同时，三九还获得特许，注资3.08亿元成立三九深圳金融租赁有限公司。这是国内最早由实业型企业发起并控制的金融租赁企业，它为三九的融资及并购提供了一个十分优越的管道。2001年3月，在公司的一次战略决策会议上，赵新先更是进一步提出了培育10个上市公司的设想。他认为，三九在各地并购的很多企业，通过重组包装，都具备了上市的条件。
跟草莽出身的新疆企业家唐万新相比，赵新先有太多的优越条件。他并购上市公司，不必像地下老鼠那样躲躲藏藏见不得人。作为一家大型国有企业的当家人，他的任何商业活动都代表了国有资本的利益，因而受到方方面面的关照和优惠；他的资金来源也没有唐万新那样紧张，银行的大门是朝着国有企业开的，尤其是三九这种效益良好的国有企业，无论哪个银行都随时愿意为三九贷款——有一次，赵新先抱怨说，都是因为银行不知节制地提供贷款，才让三九的负债率越来越高。它有一个太成功的产品和品牌，所有的投资故事听上去都是那么的合理和富有想象空间。与赵新先形成鲜明对比的是，民间身份的唐万新没有显赫的资本背景和如此宽松的运作空间，因而他不得不更加善于投机，不得不更加狡黠和凶猛，不得不去构筑一个更加复杂而庞大的融资平台。因为资本属性的不同，作为资本市场上国有和民营资本的代表性人物，赵新先和唐万新的表现风格迥异，他们对中国资本市场的理解也完全不同。
赵新先有很深的实业情结，这也是他跟吕梁乃至唐万新等股市庄家们最大的不同。三九在资本市场上所宣称的项目，基本上都有投资和经营的痕迹，而不像其他资本炒家那样不知羞耻、信口开河。赵新先曾透露，“德隆系”、“中科系”都曾经跟他接触，希望联手炒作高科技概念，而他在再三思考后都没有答应。唐万新因此曾嘲笑他说：“老赵是资本市场上的八旗子弟。”意指他家境显赫、资源众多而不知“利用”。
除了在资本市场上的激情表演，面对汹涌的互联网热浪，赵新先也表现得非常积极。2000年4月24日，就在三九医药上市的同时，号称全国最大医药健康网站的999健康网开通。赵新先宣布，三九将采用“四网合一”的思路，以三九全国的销售网络为依托，以全国医药连锁店为端口，以三九健康网为枢纽，以中药远程诊疗网为延伸，组成一个超级医疗健康服务体系。在“概念就是一切”的互联网热中，赵新先的这番远景描述，自然又是受到市场的一片追捧。
然而，在日后的经营中，“四网合一”根本无法实现，健康网的定位摇摆不定，从健康门户网到学习型网站，再到电子商务，每一次转型就意味着大量的资金投入。赵新先为了展现公司在网络时代的超前形象，又不断收购中小网站，到2003年，三九名下共有13个公众服务网站和29个企业网站，其网站数目之多、性质之杂、烧钱之多都让人惊叹。
在这一时期，三九的发展战略已经从之前的“八大产业并举”，变成了“以生命健康产业为主营，网络信息和金融租赁两大产业为支柱”。赵新先的表述是：“主营好像是飞机一样，支柱则像飞机的两个发动机，它们推动主营发展。”
这样的描述看上去无比鲜亮，它既坚持了三九的中药路线，同时又嫁接了当今商业圈最炙手可热的两大产业——互联网和金融。三九的战略始终看上去非常美好，但是在执行中却缺乏整合和深耕，第二次的扩张，仍然没有让三九实现决定性的飞跃。
一个事实是，三九集团自1990年之后便再也没有开发出一个成功的中药产品。后来的10多年里，它一直靠三九胃泰以及皮炎平等“老臣”支撑着天下。2000年，深圳召开全国性的高科技商品交易会，三九集团一口气推出了一大批带有高新科技含量的医药医疗设备，如精制中药电子调配中心、三九智能煎药机、网上中医诊疗系统、近红外线乳腺癌诊断仪、数字化心脏介入C臂系统等。另外，还有一批网络信息产品亮相，如“VIOP”电话系统、三维数码立体图像制作系统、东方新干线网络信息系统等。这些新产品让三九成为高交会上最耀眼的明星，人们对它的科研开发能力大为惊叹。然而，让人遗憾的是这些高新产品最终都没有形成规模生产，自然也没有为三九带来相应的经济效益。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情况下遭到中国证监会的警告。这天晚上，赵新先在中央电视台的新闻联播节目中意外地听到了自己的名字。新闻称，中国证监会公开通报批评三九医药，指称其在募集资本的使用上与招股说明书不符，大股东及关联方占用上市公司资金超过25亿元，占公司净资产的96％，严重地侵占了广大中小投资者的利益，直接威胁到上市公司的资产安全。通报还公开点名批评三九医药的董事长赵新先，称其“有重大失职行为，情节特别恶劣，应当予以谴责”。这是中国证券史上，中国证监会第一次用公开通报的方式，对一家上市公司董事长进行点名谴责批评。
这则新闻对一向形象良好的三九而言，损害之大可以想见。在过去的1年里，庄家吕梁事件、银广夏事件以及基金黑幕等证券市场的负面新闻已经让人们对上市公司失去了信心，中国证监会的公开谴责一发表，三九顿时成为又一个“股市巨骗”。
赵新先对这次事件毫无预知。在他的意识中，三九集团和三九医药本就是他的左口袋和右口袋，资金挪用应属正常之事。想当年他创办三九，便是把建职工用房的钱擅自挪用去买设备了，因此还被传为佳话。有一次，他去北京大学做演讲，还曾用嘲讽的口吻讲过一段他与外国投资商的“斗争”逸事：“当初外方收购我们的股权时，按照当时我们的财务管理，外方的钱进来，是进到财务结算中心的，这个财务中心的钱放在这里，大家可以花。我拿这些钱，搞了房地产，搞了旅游，外方不满意了。按他们的企业管理规则，公司的钱母公司不能占用，宁可存在银行里也不能动。外方的几个代表就到上级管理机关告我们的状，说你们的赵总花了我们的钱。上级领导也是业务干部，就说，你们看看《中外合资法》，上面写的是，为了利用外资搞中外合资企业，为什么赵新先给你们打工？不就是为了钱吗？”据记者记录，赵新先的这番话，“引来了巨大的掌声”。
没有想到此一时彼一时，反差如此之大。不过尽管内心不满，他还是表现出了企业家的风度和理性。3天后，他出现在中央电视台记者的镜头前，第一句话是“接受批评”，第二句话是“道歉”。不过他始终认为，自己“其实没有错”。他对记者说，我们这些项目没有造成国有资产的流失，而是为将来国有资产的增值做了保障。