2003年，四处狂奔而无所收获的赵新先和他的三九冲到了悬崖的边缘。
5月，曼哈顿时代广场上的那块“999三九药业”广告牌被悄然拆除了，赵新先坚守了8年的梦想随风飘逝。为了这块广告牌，三九每月大约需支付12万美元，8年下来总金额超过1000万美元，三九的资金现状已经养不起这道昂贵的风景线了。
9月28日，《21世纪经济报道》刊文《98亿贷款：银行逼债三九集团》，披露三九共欠银行贷款余额98亿元，已经陷入巨额财务危机。此文一出，顿时把三九的资金窘境曝光天下，接下来的1个多月里，“讨债大军”纷至沓来，三九总部一片混乱。一些性急的银行开始封存三九资产，冻结质押股权，并向法院提起了诉讼。三九在全国各地的数百家子孙公司都成了银行逼债的对象。其中做得最绝的是浙江湖州的中国工商银行，索性冻结了三九湖州药厂的银行账户，将所有进入的流动资金全数扣押，造成药厂资金链断裂，生产经营陷入停顿，只好宣布破产。
对于所有企业来说，银行信用的破产几乎是无可救药的。三九到了自创办以来最惊险的时刻。在这样的时候，试图自救的赵新先突然把矛头对准了国有资产的拥有者。他认为：“三九负债率偏高的根源在于三九集团是一个怪胎，作为国有企业，其国有出资人是存在的，但却没有实际出资，国有出资人没有履行出资义务。对于三九集团而言，国家不仅没有出一分钱，而且也从未享受过债转股、贴息贷款等优惠政策。”
很显然，已经超过了60岁退休年龄的赵新先不想再坐等下去了。他想利用此次财务危机，彻底——至少部分地解决三九的产权问题。
在三九的产权问题上，赵新先表现得非常摇摆。
他一直觉得三九是他一手缔造出来的。甚至在一次中高层干部会议上，他对台下的部属说：“没有我赵新先，就没有三九。”这句话在某种意义上是不错的，在他治理三九的相当长时间里，几乎没有受到过太大的约束和干涉；他所受到的待遇也是极高的，除了全国劳模、全国政协委员等政治荣誉外，他还拥有军中文职二级官衔，享受中将待遇，这在中国企业家中绝无仅有。不过，尽管他缔造了三九，但三九却始终不是他的。
赵新先在很长一段时间里，没有思考过这个问题。1998年，国有企业改革进入攻坚阶段，产权明晰化试验一度受到默许，不少企业都开始尝试经营层MBO，南方的tCL、美的等企业先行一步完成了产权改造。对此，赵新先表现得很无所谓，对前来采访他的记者说：“三九是我做大的，MBO多此一举。”到后来，他开始意识到产权的重要性，但也仅仅轻描淡写地一句：“这个问题我考虑没有用，这要我的‘婆婆’去考虑才行啊。”1998年底，中央下达军商脱钩的命令，三九与解放军总后勤部脱钩，归口中央大型企业工委管理；到2003年，国务院成立国有资产监督管理委员会，三九作为中国直属187家企业之一，转属其管理。随着“婆婆”的变更，赵新先在产权改造上的主动性渐渐变得越来越小。
当2003年秋天的财务危机总爆发的时候，赵新先突然觉得这是一个可以利用的机会。
他算了一笔账：“三九发展到今天，上缴给国家的利税是40多个亿，上缴给银行的利息是30多个亿，上缴给上级将近10个亿。这个数字跟三九在银行的贷款数字相近，都在80亿元左右。”由此，他提出了两个要求：“一是实现出资到位的问题，解决50亿元净资产的最终归属；二是完成股份制改造，建立规范的法人治理结构，最终完成激励机制和监督机制的完善。”在一次媒体访谈中，当有记者提问“三九如何走出困境，继续去完成整合中国中药产业的使命”时，他直截了当地回答道：“不把我的产权问题解决好，三九就没有办法去整合这个产业，只有三九把产权问题解决了，它才有整合的力量、整合的动机。”
2004年3月，在北京召开的全国“两会”上，作为全国政协委员的赵新先在接受中外记者采访时，再度把矛头直指国资委。他说，国资委管辖的中央企业里，存在着部分这样的企业，即国家并没有投入资本金，企业是靠向原来的上级单位借款发展起来的，不仅在当初的两三年内还清了借款，而且向上级上缴了相当于借款数十倍的利润，这样的企业虽然归属国有企业，但国家早已没有了实际的、直接的资本金投入。因此，作为国有资产的代表机构，国资委应当担负起企业股东为获得发展的流动资金增加投资，投入新的资本金的职能。
赵新先的这些言论其实是拿他的职业生命当了赌注。他大胆逼宫国资委，无非想达到两个目的：其一，国资委担负起出资人的职能，对三九注资50亿元，这样，银行逼债风波自然化解；其二，国资委同意三九进行股份制改造，那么他及其团队就可以顺势成为三九的真正主人。这两个目的无论达成哪一个都是令人满意的。而他之所以敢于如此动作的原因是，三九自创办以来一直由他掌控，从人事、财务到产业没有第二人了然全盘，如今乱局如麻，除他之外何人敢接、谁人能解？
然而，事态的发展并非如他所愿。果不其然，就在北京“两会”期间发言的两个月后，5月16日，国资委党委书记李毅中亲赴深圳，突然宣布免去赵新先三九企业集团总经理、党委书记职务。其公开的理由是，国资委管辖的干部60岁必须退休，而赵新先已经63岁了，离职退休是正常的。他同时给予了赵新先很高的评价，称他“40年如一日，为我国的医药事业，为三九企业集团的发展，作出了突出贡献”。
赵新先的经历再次证明，企业家是一个多么残酷的职业。
1995年，正如日中天的赵新先作为特聘兼职教授，受邀参加清华大学经济管理学院的元旦座谈会。时任国务院副总理兼经济管理学院院长的朱镕基对他说：“你放心，即使南方药厂垮了，我还要请你当教授，为什么？因为你可以从这里总结经验，企业是怎么垮的。当然我不希望垮。”此言悠悠，竟藏无穷忧虑。
2004年10月，一直深受赵新先重用的三九集团副总裁、年仅43岁的陈重因病猝亡，在清理他的办公室时，发现数额巨大的不明存款；随后，审计署介入对三九的审计事宜，集团副总裁荣龙章、三九广州医院院长崔崇林、三九生化总经理张欣戎、三九汽车公司经理陈达成、三九工程公司总经理林长兴等相继被“双规”或通缉。种种迹象表明，这些三九重臣们的问题都与赵新先有丝缕牵连。
根据后来的信息披露，赵新先涉嫌“向境外转移资产”。香港特别行政区公司注册处提供的资料显示，三九在香港注册了50多家公司，其类别均为“私人公司”，赵新先出任多家公司的董事长；而且在三九健康城等项目中，有数亿元资金不知去向。香港科技大学郎咸平教授在研究了三九的财务状况后，总结了赵新先的“捞钱六招鲜”：截、借、垫、套、挪、赖。
除了资金上的违法行为外，《财经》杂志则另外给出了一种观察的结果：赵新先被突然宣布退休后，其继任者一直难以开展工作。一方面，三九的各项业务均出现崩塌迹象，用“一地鸡毛”来形容一点不为过。号称投资数十亿元的健康城因土地审批问题胎死腹中，连锁药店项目难以为继，最后不得不以区区400万元的低廉价格转让。2005年5月，三九集团将其所持有的三九发展和三九生化的国有法人股，分别以3500万元和2.05亿元的价格出售给浙江、山西的两家民营企业，从这两家上市公司中彻底退出，所谓的“三九系”宣告瓦解。到秋季，有媒体报道，庞大的三九集团共有500多家企业，从总公司到分支公司共分五级管理，到第三级公司大多已出现鸟兽散的失控局面。另一方面，面对如此复杂、艰巨的重组工作，赵新先的一些旧部仍占住“小山头”不放，并且相信赵新先能再度复出。在此情形下，有关部门果断出手将赵新先“拿下”。
无论如何，原本以为能安全着陆的赵新先在退休两年多后又成了焦点人物。
赵新先被捕的经过是这样的：
2005年11月19日，赵新先去北京颐和园游玩，那天他的心情不错，一路上让家人拍了不少照片。在出园的时候，几名警察拦住了他。第二天，赵新先出现在南方的深圳梅林看守所。它位于笔架山西南侧一个很冷僻的山坳里，四周长满细高笔直的桉树和硕大树冠的荔枝树。赵新先被关押在一间只有几个平方米的囚室里，囚室的窗口很高，踮着脚往外望，瞧得见南方浩瀚的星空。从这个地方向东走1000多米，再拐一个弯，就是当年赵新先睡过狗棚的地方。
从狗棚到囚室，赵新先走了整整20年。