赵新先一直被关在看守所里，从未被投入监狱。2007年6月27日，他因“国有公司人员滥用职权罪”，被深圳市罗湖区人民法院一审判处有期徒刑一年零九个月。由于抵扣羁押时间，赵新先的刑期至2007年9月20日到期。也就是说，只要他认罪，在宣判两个月后就可以获得自由。面对一审判决结果，他“在综合考虑之下”，决定不上诉。
一年后，赵新先以顾问身份加盟南京小营药业集团。该集团前身为南京小营制药厂，隶属南京军区空军司令部，于2005年被永泰投资控股有限公司采用溢价方式收购改组。此外，他还受聘担任深圳清华大学研究院中药、天然药物研究中心主任。
据熟悉他的人称，赵新先一直“心有不甘”。他认为，自己当年以不到5亿元的价格买入大龙健康城项目，并因此获“滥用职权罪”，而到2009年地价已升至20亿元，“足证这一决策的正确”。赵新先自称是“中国最老的农民工”、“三无人员”。因为军转民衔接不畅，赵新先的退休手续一直办不下来，没有退休金、医疗保险，没有产权房，还在深圳住着三九集团的职工宿舍。年近70岁的赵新先在大连尚有九十高龄的父母，自谓仍须打工以尽孝养。
没有了赵新先的三九医药却呈现完全不同的命运。在被央企华润集团重组后，公司更名为“华润三九医药股份有限公司”。2008年，华润三九获评中国上市公司价值百强企业，被列入沪深300指数、深证100成分指数。2009年，公司实现营业收入48.53亿元。