今滨于天正二年六月开始筑城，北近江三郡的居民都受到徵召。考察当时藤吉郎秀吉对浅井郡八木村或坂田郡六庄村所发出的文件可知，不拘农民、僧侣、商人或农村武士，都必须携带锄、锹、畚箕来协助施工。在六月的大热天劳动，想必相当不好受，但秀吉可能是考虑到这段时间刚好是插秧和收割间的农闲期，不至于影响居民的正常生产活动吧。
城池外观粗具之后，秀吉取其可长可荣之意，将此城命名为“长滨”。这也是效法信长将稻叶山城改名为岐阜的做法。在筑城的同时，秀吉也划分了城下的市街，请北近江自古闻名的箕浦、平方、川道等市场，或小谷城下的加纳市场的商人移居此地，形成新的商业区。他还在护城河内特别规画了锻冶屋町、洋枪町等专门容纳军需产业的市街。他遴选了三名长者和号称十人众的十名顾问，以自治方式管理城下的行政。他将这些人的住处安排在各市街的主要位置，以期避免行政上的疏失。这可说是秀吉日后大规模造镇的雏形。
小一郎特别派遣深谙筑城技巧和土木工事的藤堂高虎携带几名手下前往协助哥哥，自己则负责留守小谷城及领地内的监督管理，鲜少前往今滨。因为这段期间天下情势急速恶化，谁也说不准甚么时候会发生甚么状况。
由于越前的问题，织田家与本愿寺的关系破裂，四月二日再启战端。本愿寺大军攻打织田家在摄津的几个城，并四处放火焚村。在越前方面，本愿寺派遣下间赖照担任当地守护，加贺的金泽御堂亦派出大批援军前往驻守，跟着，长岛方面的一向宗徒也开始蠢蠢欲动。此外，刚开始在今滨筑城的时候，还发生了另一件大事，就是武田胜赖攻陷了德川家位在远江的高天神城。这个城固若金汤，过去武田信玄曾数度进攻皆无功而返，胜赖立此大功，心中想必相当得意。
（简直和两年前没两样嘛。）
听到这些消息，小一郎觉得之前的一切努力根本是徒劳。如果真要说有甚么不同，大概只有足利义昭不在京都，而北近江成了织田家的部将羽柴秀吉的领地罢了。
“信长主公事情太多，北边只有靠我们了……”
每次哥哥得空从今滨回来，一定如此再三强调。北近江十二万石的羽柴家所拥有的四千多名士兵，是织田家在北边仅有的兵力，其中有一半被派去筑城，小一郎领着剩余的两千士兵——多半是新加入的近江部队——守着小谷城，经常满怀不安地凝视着北方的天空。
幸好一直没有苗头显示，越前的反抗势力打算越过地界入侵近江。据小一郎差人打探的结果，似乎是因为徒众之间产生了对立，位高权重的上层僧侣和豪族，与阶级低下的农村武士和农民意见相左，促使后者打算脱离前者的掌控。换言之，靠自己的力量打倒桂田、富田等部将的越前一向宗徒众，开始产生了自信和自尊，亟欲脱离本愿寺的统治而独立自治。
织田信长看准了这个情势，趁机对伊势长岛发动猛烈攻击。七月十三日到达阵地，信长便和九鬼、泷川等所率领的水师，兵分四路攻打长岛五寺，九月二十九日五寺全面投降。据说其中中江、屋长嶋等二城死守不懈，信长在城外围起数重栅栏，从四面八方放火猛攻，将两万僧俗男女全数烧死，无一幸存。
长岛一向宗徒众一直是织田家根据地尾张侧腹的强敌，击败这股势力对织田家而言，的确是可喜可贺的，但此时已经又有另一个强敌横亘在眼前。统领中国地方十国的毛利家，与本愿寺联手，加入了反织田同盟。这件事也大大改变了羽柴秀吉、秀长兄弟的命运。