清洲会议的结果，羽柴秀吉取得了绝对的优势，但仍留下了许多后遗症。
首先，任何一举获得头等权力和收入的人，一定会让周围的人嫉妒并提高警觉。这或许可以称做成功的副作用吧。从织田信长横死到举行清洲会议，前后不到一个月的时间，秀吉在山崎大获全胜，把丹羽长秀、池田恒兴、堀秀政等人拉到自己这一边，又大幅扩充了领地。如今羽柴家的领地，除了播磨、因幡、但马、丹波、山城、河内、淡路等七国共及两百数十万石以外，手下事实上还包括了备前的宇喜多、大和的筒井、丹后的细川，以及东摄津的中川和高山。换言之，将近一半的旧织田家领地，都已纳入羽柴的支配下。当这个事实逐渐传开后，一种“咱们被算计了”的懊恼之情开始在织田家中蔓延。
“虽然他在山崎会战替主公报了仇，但也没有那么大的功劳啊！”
这样的私下窃议，慢慢地变成更激烈的反弹：
“开玩笑，我们岂能当那个猴子的家来！”
看样子，秀吉虽在清洲会议巧妙地孤立了柴田胜家，在包括中坚武将在内的广大“舆论”上，却未必占有完全的优势。
第二个问题是外交上的。这虽然尚未表面化，但四邻的大名当然不希望上方出现任何能取代信长的大势力。本州中央越是扰攘不安，各地大名短时间内至少不用害怕遭到攻击，顺利的话说不定还有机会觊觎天下。可是羽柴秀吉这么迅速地囊括了畿内的西半部和中国的东部，很有可能会成为不逊于信长的危险势力。于是，不管毛利、上杉、北条或长宗我部，都开始对羽柴秀吉心生警戒。
其中最让秀吉担心的，是在这段时间平定了甲斐和信浓，成为五国大领主的德川家康。家康一向自诩为“织田家的亲族”，说不定会拥立信长的儿子，对抗不断扩充的羽柴秀吉。
第三个更实际的问题，乃是该如何统治遽增的领地，让四境安泰。秀吉刚拿到的丹波和河内，是织田家经过惨烈战争所夺来的，域内有不少憎恶织田家的农村武主或本愿寺徒众。京都和山城则聚居了最难统御的京都人，也是那些反覆无常、口蜜腹剑的阴谋份子群聚的巢窟。万一治理不当，各地叛乱蜂起，反而会消耗羽柴家的战力，得不偿失。如果嫉妒羽柴成就的织田家武将或四邻的大名再从中扰乱，意图搅局的话，基础不稳的羽柴家说不定就会在转瞬之间分崩离析。当下就已经有许多织田家的老将在一旁看笑话，冷言冷语地说：
“连信长主公都耗费了十年工夫才安顿了畿内，咱倒要看看这个羽柴家的猴子有多大的本事！”
身为哥哥的幕僚，小一郎秀长最费心去处理第三个问题。当哥哥在尾张清洲热烈地展开谈判时，小一郎正在巡视丹波的山野和河内的水乡，向领内百姓说明今后将以公正宽大的态度来治理此地。并且表示大部分的农村武士或村落皆可拿回以往的领地和权利，京都的朝廷或寺社也有可能恢复固有的领地。而对于信长厌如蛇蝎的本愿寺徒众，他也答应会从宽处理。这些允诺对于安定人心、降低叛乱意愿，有相当大的效果。畿内百姓历经长期战乱和信长的严格统治，身心皆感疲惫，因此这样的做法让大部分的人产生一种心态：
“咱们先静观其变，看看这个羽柴秀吉大人会怎么做吧。”
七月一日，秀吉从尾张进入近江，巧妙地走在弟弟小一郎铺好的路线上，转瞬间就稳定了畿内各地。只要小一郎发出过口头承诺，秀吉一概予以承认，许多农村武士或寺社都接获“旧领安堵”的书函。连曾经激战过的本愿寺光佐，他都主动派遣使者前往敦睦，也致函身在毛利庇护下的足利义昭。曾在信长手下屠杀比叡山、以威猛之势攻讨播磨、英贺的一向宗暴乱的羽柴秀吉，藉着这些举动顺利蜕变，展现出和信长不同风格的“天下人”姿态。
在此同时，秀吉也在另外两个问题——在织田家的旧臣间形成舆论，以及和四邻大名间的外交——上多所用心，获得了不错的成果。
首先，他先在战胜之地山崎筑城，藉以夸耀自己的战功和身为中央统治者的地位，同时任命浅野长政和木下家次为京都奉行，向天下人展现他对京都的支配权。九月十二日，他又让自己的养子羽柴秀胜在大德寺举行信长百日忌的盛大法会，十月三日则由正亲町天皇叙任为从五位下左近卫少将。
在外交方面，秀吉特别重视毛利家，因为万一和柴田胜家等人展开争斗，一定得和毛利亲睦，以巩固背后。在存留至今的一封七月十七日写给毛利辉元的书信中，秀吉告诉他因为忙着建筑山崎城，所以信长的葬仪将会延后。在百忙之中他还发出这样内容的书信，想必在此前后他已经发出大量的书函了。
除此之外，大约就在此时，他也开始和上杉景胜联络，目的是希望牵制柴田胜家的背后。
毛利和上杉确信羽柴秀吉已取得优势，因此对秀吉亲陆的举动无不欢然回应，日后秀吉和柴田胜家作战时，他们也都以保持善意的中立向羽柴家示好。
不过，这个时期秀吉最用心对待的，其实是丹羽长秀。
在秀吉往上爬升的过程中，丹羽五郎左卫门长秀一直是他的上司，也是织田家资深重臣中少数几个始终好意对待秀吉的人。而他们俩能维持如此良好的关系，可能是因为丹羽淡泊名利，个性也比较怯懦的缘故吧。当信长要封给诸将官位时，只有长秀辞退不受，表示：
“臣一辈子当五郎左即可。”
最后他只接受了“惟住”这个镇西名族的姓氏。此外，对领地的加增他也看得很淡，信长死时他只领有近江佐和山城和若狭一国，共计十万石领地，远比当时织田家其他的“军区司令官”要少。因此，秀吉在山崎会战后分给他的近江二郡，志贺和高岛二十万石领地，或许已让丹羽长秀觉得是超额的报酬。终其一生，这个男人似乎没有那种靠着和他人比较来评量自己地位的意识。
不过，在织田家的家臣团中，他的排名却仅次于柴田胜家，远比羽柴秀吉为高。秀吉尊重此事，即使自己已成为七国之主，仍经常让长秀坐上座，而且遇事一定记得在形式上找长秀商量。同年八月起到年底，秀吉数十次款待长秀，与其会面商议大事。
为此，丹羽长秀也感受到秀吉的好意和势力，两家结成了更稳固的盟友关系。对在织田家中饱受冷眼看待的秀吉来说，次席家老始终不变的支持，想必是极其珍贵、无法取代的吧。
清洲会议后的三个月间，羽柴秀吉陆续弥补了自己的弱点，并把单纯的优势化为确实有利的地位。这种顺序安排之巧妙，就像名人下棋一般，先是快速布出大局，然后在转瞬之间巩固好布下的地盘。
完成这些准备后，秀吉立刻宣布要在十月十五日于京都大德寺举行信长的葬仪，由信长的四男，也就是他的养子羽柴秀胜担任丧主。
这是对神户信孝和在背后支持他的柴田胜家的公然挑战。当时神户信孝已将成为织田家总领的三岁幼儿三法师带入岐阜城，俨然一副家长的模样。所以在宣布此事时，秀吉也毫不客气地指责信孝等人不孝，说他让四男秀胜主持亡父的葬仪，是因为其他儿子根本无意采取行动。
当然，这和事实有很大的差距。握住织田家总领三法师的神户信孝，当时也和柴田胜家、泷川一益等人联手，准备在岐阜城举行信长的葬仪，但时间却一再受到耽延，因为织田家的部分成员，尤其是相信秀吉会支持他的北畠信雄，一直刁难，不愿以信孝为主来举行葬仪。秀吉本身也攻击信孝，说信孝自八月起便违反约定，不肯把三法师送到安土，藉此阻挠信孝举行葬仪。换言之，集合家中所有人来举行葬仪的先决条件，是信孝要将三法师送到安土。
或许应该这样说，在大德寺以羽柴秀胜为丧主所举行的葬仪，是秀吉故意将敌人逼到绝地，然后再先发制人。神户信孝和柴田胜家当然会因此勃然大怒。
但也正因如此，秀吉必须办得更盛大，一方面宣扬“忠臣秀吉”的印象，也向天下人展现谁才是真正有实力的人。
“这次我可要办个前所未有的豪华葬礼。”
秀吉再三向小一郎强调。而秀吉的确有企划活动的才能，日后也将此才能发挥得更淋漓尽致。或许这才是哥哥向旧主信长学得的最大能力。而这次秀吉绞尽脑汁、不惜一切花费所企划的这个活动，果然是史无前例的。
信长的棺木以璎珞为顶、珠宝为栏，还装饰上金银，覆盖上金纱金栏，并且以沉香雕刻的木像来取代在本能寺烧毁时失踪的遗体。他还借用平安时代以来天皇的火葬场莲台野，并且让大德寺近三千平方公尺的每一个空隙都挤满了僧侣和参加者。
可是，排场大问题自然也多，其中最麻烦的便是警备问题。尤其要在对手直截了当的敌意中举行空前盛大的活动，更是分外困难。万一在葬仪中遭人捣乱或放火，反而会让人质疑秀吉对京都的支配力，暴露自己的弱点，因此无论如何一定要设法维护洛中全地安靖无虞。小一郎自然又奉命挑起这个艰困的任务。
他指挥三万士兵固守京洛一带，别说放火作乱，就连趁隙扒窃都严惩不贷。
葬仪当天，载着信长棺木的豪华舆架，由池田恒兴的儿子辉政抬着前辕，丧主羽柴秀胜扛着后辕，浩浩荡荡地迈向莲台野，秀吉本人则拿着牌位和大刀走在队伍的最前方。小一郎秀长仍一如往常，扮演着不起眼但却费心劳力的角色，站在放眼望不见尽头的护卫士兵中，目送这个豪华的队伍逐渐远去。
不过，哥哥竟赶在当天出版了命大村由己撰写的《惟任退治记》，就连小一郎也不禁咋舌。这本书的问世，离事件发生才不过四个月，照当时出版书籍的速度来说，简直是特例中的特例。而且秀吉还做了上百本抄本，从京洛到偏远小国到处发送，把过去表演给信长一个人看的邀功伎俩，毫不害臊地改向全天下人展现。
“哥哥竟然反应这么快，又这么懂得宣传，我真是望尘莫及。”
小一郎一边想一边为自己能追随如此有能力的主君而深觉庆幸……。