第二阶段是查私的主战役阶段，时间一直延续到春节前夕。
这阶段的工作异常艰辛，查私组人员最多时增加到106人。全体人员不分昼夜核实单证，落实走私证据。办案人员到10余个进出口管理部门查阅，调取了大量的档案、单证、票据，查阅了数百万条的电脑数据，先后对200余家涉嫌走私和购买私货的企业进行调查，搜寻走私证据，140多人次赴外地取证，足迹遍及全国10多个省市，获取数百卷的笔录和书证材料。
在此阶段内，植物油、成品油、西药、香烟走私案查结移交审理组，查实的走私案值已达230亿元人民币，查明的厦门地区走私案值已逾400亿元人民币。“查明”走私情况和“查实”走私情况要求的内容完全不一样。湛江走私大案查明的走私案值高达110亿元人民币，但在法庭审判中依据查实的走私罪追究刑事责任，公布的数字是29亿走私案值。因为走私犯罪情况复杂。“查明”的要求是，只要认定进出口货物逃避了海关监管，就可基本判定这就是走私，但是“查实”的要求就严格多了：必须搞清谁走私，走私什么，数量多少，价值多大，怎样走私，走私的结果怎样，走私货物的走向，赢利多少等等。不然，你跟谁去算法律账？怎样认定他有罪，且罪行大小？
查案过程中，建议专案组并按法律程序对32人采取“两规”措施，对18人采取刑事拘留措施，对21人采取监视居住措施，对23人采取取保候审措施。赖昌星集团的走私网络和相互交织的人际关系被查清。随着专案查处工作不断向前推进，抓捕案犯的任务越来越重。侦捕组的职能范围不断扩大，通缉、边（境）（布）控、抓捕、技侦、协查、预审等等工作，所需人员越来越多。侦捕组最多时有89人。由查私组、内查组提请抓捕对象最多时竟达数百人之众。被抓捕归案的先后有215人，捕获率达52％，也算创下了该项记录。
到案人员越来越多，只进不出，给专案组造成巨大压力。
为此，1999年10月17日由缉私警为主体的审理组组建起来，其职能是将查私组移送的案件和嫌疑人，认真取证、准确定性、扩大战果，成熟时移送检察院起诉，直至送上法庭判罪。
所以，审理组的工作十分繁杂，他们工作的最终目标是要诉罪到人。该组先后从全国各地海关42个走私犯罪侦查分局抽调了123个缉私警察，从全国19个公安机关抽调公安办案民警37人，组成了11个办案小组。缉私警察利用刑事执法权自己抓获犯罪嫌疑人200余人，先后审理了500余个嫌疑犯，将其中的319人采取强制措施。
对植物油案，专案组咬紧开元公司这个目标毫不放松，穷追猛打。查私组于1999年10月基本查清走私事实，将书证材料19卷、笔录材料12卷移交审理组去进行第二个环节的工作。这是“4·20”专案第一个查结移交的大案，其时已固定案值19个亿、确认偷逃税款12个亿。
审理组接案后，在定罪到人方面做了大量工作。查私且随案移交犯罪嫌疑人24人，经补充取证、固定证据，移送检察院起诉时，以法人走私起诉开元外贸，以走私普通货物罪起诉到案罪犯10人。这10人中包括了开元公司的领导层中的副总经理陈黎岗、党支部书记蒋均生、总经理助理兼业务5部经理李瑛、财务部经理李卫华，以及保税部、子公司的经理和具体责任人员。可以说，开元外贸“一班人”被一网打尽。