自从信长从长岛撤兵后，横山城的藤吉郎便转战于江州各地。
暴乱的火苗处理起来相当棘手。灭了这里，那里又会燃烧起来。奔向那边，后方又会再次燃起。就连英勇的信长，亲身讨伐长岛，了解当地的实际情况之后，也立即引兵而去。他感叹道：“攻打长岛实乃愚蠢之举。就像没有找到真正的火源，却朝着远处映出火光的墙上浇水一般。”此后，对于各地的暴乱，他不再采用逐一剿灭的救火型打法了。
藤吉郎也收到了同样的命令，他观察信长的心思，想：“主公果然贤明，他是想让我在这个夏天好好休息，放松一下吧。”
他立即返回横山城，犒劳将士，在江北的山城里度过了一个轻松凉爽的夏天。
然而，也有士兵认为：武士的休养，要比上战场还辛苦。每天，不能停止训练。休养的时间大约持续了一百天。到了九月，出阵命令来了。山城的城门被打开。士兵们走下横山，来到湖岸边，但并不知道战场在哪里。
湖畔停着三艘大船。战马和士兵都噔噔地走了上去，士兵们这才明白这次的战场不在石山而在比睿山。
兵船都带着一种新造的木头的清香。这些是今年正月以来，丹羽长秀负责造出来的船只。
渡过秋天的大湖，来到对岸的坂本。信长以下的佐佐、柴田、佐久间、明智、丹羽等各大将已经先行抵达了。织田军近逼比睿山的山麓。
“什么时候来的？”就连己方的士兵也对他们迅速的行动惊奇不已。去年冬天，信长解开这里的包围，向岐阜城撤军时，命令丹羽五郎左卫门长秀准备好大船，要求随时可以横渡大湖。众人将当时的事情和现在的结果联系起来，才明白这是信长的深谋远虑。
同时想起来的，还有下令停止进攻长岛时，信长所说的话。信长看着各处的暴乱和骚动的火苗，他一定认为这些只是映在墙上的火光而已，而真正的祸根就在这比睿山上。
今日信长再次大举出兵，试图夺下此山。他的眉毛里露出一种前所未有的决绝和勇猛。不知是不是这个原因，他的声音也显得特别激昂，远远地传到营外，听上去像是在战场上大声激励将士一样。
“什么？你们说放火烧山可能会烧掉山上的寺院，所以不想采用火计？一派胡言！战斗是什么？我又为何而战？你们都是统领一方的将军，作战多年，居然连这都没弄清楚！”
里面传来信长的声音。
信长所坐的折椅旁，围着佐久间信盛、武井夕庵、明智十兵卫光秀等骁将，众人都低着头。看上去极像是儿子们向父母提意见的场面。
虽然是主公，但说得未免太过分。佐久间信盛、武井夕庵和明智十兵卫光秀这样想着，都愤愤地抬起了头，直视着信长的眼睛。
为何而战？正因为想到这些，正因为感到担忧，他们才会冒犯君颜，提出劝谏的。
“主公所言极是。我等并非不知道这些常识，然而，要将数百年来庇佑国家的圣地比睿山付之一炬的粗暴命令，我等为臣之人，或者说正因为是为臣之人，才无法遵从您的旨意啊！”信盛的眉宇之间可以看出决死的气概。如果他不是做好了从容赴死的准备，在信长面前应该不会说出这番话来。
平日里，这位主公就不易接受直言劝谏，但今天的模样，却宛如斩魔利剑或者是怒火烈焰一般，根本无法说动。
“住嘴，住嘴！”信长直接制止了准备向他进谏的夕庵和光秀等人。
“各国的僧人们误传教化之道，煽动民众，聚敛财富，储积兵器，走出寺门便妖言惑众，扰乱朝纲，利用宗教势力获取私权……种种无法忍受的丑态，以及四处爆发的暴乱，你们平时是如何痛骂的？”
“这些我们也实在是无法坐视，对于清除这些弊害，也毫无异议，但要改革这些得到众人信仰，并且具有特殊职能的宗教团体，并非一朝一夕之事。”
“这些谁都明白。八百年来，正因为有这些常识，所以虽然早就有人慨叹佛家的腐败堕落，但却无人能将其改革一新。就连白河法皇也曾说过：‘不遂朕心者，唯双六骰子与贺茂川之河水。’史书上记载：山上的法师们，抬着日吉神轿来的时候，就连朝廷的威严也暗淡无光了。源平骚乱，以及后来的乱世中，这座山有哪点尽到了庇佑国家的职责？谈何为民众带来了心灵的慰藉？”
信长说完，突然将右手使劲横着挥了一下，接着说道：“就像现在的社会一样，数百年来，无论国家遇到什么样的大难，他们都只知道拼命维护自己的特权。利用愚民献上来的财富，建造着如同城池一样的石墙和山门，里面积聚着枪支弹药，而且平日的行为更是骄奢淫逸，所作所为令人不齿。他们岂止荒废了法灯修学，简直可以说是破戒乱行的末代景象了。焚毁这样的东西，有何可惜？你们作色进谏，反倒让我不解。休要阻拦，我信长定要说到做到！”
“主公所言，句句在理，但我等三人定要劝阻大人。死也不会起身！”信盛、夕庵和光秀三人同时俯身围住主公。
比睿山的门派为天台宗，石山的门派为净土真宗，两者虽派别不同，但都同为佛教徒。在教义上，他们互相称对方为其他门派，但在对抗信长这点上，达成了完全的一致，态度完全相同。
他们联合浅井、朝仓，利用将军家为各地残党提供便利，向越后及甲斐等地派遣密使，此外还以信长的领地为中心，四处策划暴乱，意图让信长疲于奔命。这一切都是住在灵山大堂的僧人们的策略。
这个特殊的世界，被认为是不可抗拒的力量。三位将军也深知，如果不清扫法城，织田军的行动将无法自由，信长的理想也无法实现。然而，信长抵达这里后，便下令：“包围全山，山五二十一社及山上的中堂、寺庙堂塔等，一切房屋、经书及佛像，一律烧毁！”
他的话本来已经十分过激，而且说到火攻的时候，他还补充说道：“所有僧人，无论其人如何，不分高僧与仆人，凡是僧人打扮的，不可放过一人。即使是儿童和女人也不得饶恕。俗人打扮的，藏在山中，见到火光而逃出的人，视为敌人亦无妨。所有人等，一概杀光，要将这座山烧得片甲不存！”
便是罗刹，也做不到如此残忍之举。接到命令的众将都战栗不已。
“主公是不是疯了？”听到武井夕庵在嘟囔，佐久间信盛和明智光秀，以及其余将领也表示反对，但只有三人走上前去劝谏。他们对其他将领说：“我等如果冒犯主公，最终切腹自尽，你们也要一个个地死在主公面前，绝不能让他实行这鲁莽至极的计划。”
攻打比睿山，占领比睿山都是非常正常的，但放火烧山，而且还进行这样的杀戮，根本没有必要。如果执意采取如此暴举，天下人心必然远离信长。
遍布各地的反信长阵营，肯定会抓住各种机会来利用这一事件，诋毁信长。最终，信长将承受几百年来人人避之唯恐不及的恶名。
代表众将的三人说道：“我们不参加误主的战争。”
当然，为了传达自己的意见，他们声泪俱下地表明真心，但信长心意已决，对于三人缕缕千言，没有表现出一点重新考虑的意思，甚至可以说他坚定的意志变得更加不可动摇了。
“退下，休要再提此事，我不想再听了。你们如果不接受命令，那我就命其他人去。其他将士也不从的话，我信长一人也要办到。此事必须完成！”
“只为了攻下这一座山，为何要做出如此暴虐的举动呢？臣以为兵不血刃，不战而屈人之兵，才是真正的兵家，才是真正的兵法。”
“不要再举这些看似机巧的常识！它是生长了八百年的毒草，如果不连根一起烧掉，又会冒出新芽……你们说这只是一座山，但我信长并非为这一座山而勃然大怒，烧掉这座山，便可拯救其他山上的寺庙。杀光这一山的僧俗，各国的反对者就会醒悟过来，从而获救。眼前的惨叫，在我看来什么也算不上。除了我信长，还有谁能做到这一步？上天让我信长来到人世，就是为了让我完成今天的使命。”
信长的英才和伟略，他所有的伟大之处，三名将领比任何人都清楚，但现在信长自己说出“除了我信长，还有谁能做到这一步”这种话，让三名将领觉得很是悲伤，他们感觉信长已经中邪了。
武井夕庵也随着信盛，伏在主公的折椅边，说道：“无论您如何说，我等为臣之人，也只能加以劝助。将桓武天皇时代起，传教以来的灵地付之一炬，这也……”
“多嘴！你还不闭嘴吗？信长是奉桓武天皇的勅谕才烧山的。信长心中带着传教大师的大慈大悲向你们下达杀戮的命令，你们不明白吗？”
“不明白！”
“不明白就一边去，不要妨碍我！”
“除非意见统一，否则我们将一直进谏。”
“顽固不化的家伙！站起来！”
“我为何要站起来？与其活着看到大人的狂态，任主家自取灭亡，不如以死相阻。从古至今，以入道清盛为首，众多的例子足以说明，烧毁佛舍灵阁，杀戮僧人之人，是没有得到好下场的。”
“清盛所为是出于一己之怒，只是为了保护自己一族人，而我信长则不同。我不是为了在世上实现缥缈虚幻的美梦而放火杀人。信长不为自己一人而战。我的战斗，都是为了破除各种旧弊，并让人们创建新的世界。不论是神是人，还是世间，一切都为自己所承担的使命而战。你们气度太小，眼界狭窄，你们的哀叹，不过是小人的悲伤。你们所说的利害，并没有跳出信长一人的圈子。比睿山之流，即使是化为灰烬，在无边的国土和无数民众的未来面前，算得了什么呢？”
“您虽然有此大志，但民心所见，却是恶魔所为。常常是小爱之仁得到民众拥戴，但过于严厉和苛刻，却往往不得人心，即使是出于我主的大爱。”
“如此患得患失，在当今之时，能成何事？古代的英雄们，都畏惧一时的人心，才贻祸至今，但我信长定要斩草除根。既然要做，便放手去做。如若不然，我出兵中原也就没有意义了。”怒涛终有平息的片刻。信长的声音也变得稍稍平静了一些。也许是三名将领几乎没有话再进行抗辩，只是低头不语的缘故。
藤吉郎恰好在那天中午时分，渡湖前来此处。他准备来中军寒暄一番，见此情景，便一直站在外面，这时他便从军帐的开口处探出头，向里面问道：“现在方面吗？在下木下藤吉郎……可以进来吗？”
见到藤吉郎，怒气冲冲的信长也顿时冷静下来，而三名以死劝谏的将领，如同获救一般，脸色缓和了起来。
“船刚刚到，湖上的秋景别有特色，竹生岛等处的树叶已经变红了，完全不是奔赴战场的心情。我还在船上写了首拙劣的和歌……等战争结束了，我就给各位展示一下吧。”进来之后，藤吉郎便自顾自地聊了起来，他的脸上完全没有严肃的感觉，也不见一丝担忧的神情。
“……各位是怎么了？”藤吉郎吃了一惊，看着一言不发的君臣们，只有自己一人说道，“哈哈，我刚才在军帐外听到了，原来大家是为此事沉默啊。臣下为了主君，以死进谏，而主君也不是那种虽然明白臣下的衷肠，却仍要执意实现自己的想法、即使处死手下也在所不惜的暴君……确实是让人为难啊，哪一方都不能说是对，哪一方都不能说是错啊。”
信长猛地转过头说道：“藤吉郎，你来的正是时候，你既然听到大致内容了，那么应该也知道我的想法以及这三位所说的了吧？”
“这个我明白。”
“你是否愿意接受我的命令，还是说你也认为信长的命令是错误的？”
“我不认为错，我愿意听从主公差遣，不过请稍等一下。您所下的命令，本来应该是我藤吉郎发函向大人所献之计，主公的决断应该是来自在下所荐吧？”
“什么？你什么时候献过这样的计策？”
“献过。也许您已经忘了，那还是今年春天的事情。明智大人以及武井和佐久间二位从刚才起便忠心进谏，为臣之心，令人感动，我在后面听着，也不觉热泪盈眶……不过，各位所担心的，简言之也就是：如果火烧比睿山，那么人心就会远离主公，所以为了主公的事业，才下定决心以死相劝。”
“这还用说，如果做出主公所说的暴举，则上下生怨，各方敌人乘势而起，主公将会永远无法洗去骂名。”
“不对，这里有点问题。如果要解决比睿山，就一定要彻底，不可留有后患，这是我藤吉郎的献计，并非主公自己的想法。如此一来，再大的恶名和诅咒，也应由藤吉郎来背负。而且，我也下定了决心。”
“你这是越权了，为何世人会谴责你区区一个藤吉郎？织田军所为之事，全部都会归结到大人名下。”有人反驳道。
“这是当然，但你们为何不支持我藤吉郎？你们三位将领和藤吉郎一样，既然接到主公的命令，便骑虎难下，只能努力完成主命，即使触犯众怒，又能如何？虽然人们都说大忠之人应当以死相谏，但在我看来，即便因忠谏而死，也只能说明未能尽到忠义之实。不如活下来，代替大人承担一切恶名、唾骂、迫害和失势……大家还有异议吗？”
信长既没有点头，也没有反对，只是静静地听着。
于是，武井夕庵也开口说话了：“藤吉郎，我同意你所说的……我是同意了，不过……”
他环顾另外两人。明智和佐久间也表明并无异议。将信长的命令当作非常时期的特别行动，准备彻底地来一场火烧比睿山。如此一来，信长的决定能够得以执行，以死相谏的三名将领也可尽为臣之道，这便是藤吉郎的提案。
“好办法！”夕庵用一种感叹的语调，对藤吉郎的机智表示了赞赏，而信长则毫无喜悦的表情。或者，他甚至觉得藤吉郎这是多此一举。
光秀的脸上，也有这种表情。光秀内心也对藤吉郎的说辞很有感触，但又觉得自己三人真诚地劝谏主公，功劳却被他的一句话夺走，心底涌出一种莫名的嫉妒。然而，光秀是个机敏之人，他觉察到自己在这种场合还存有私心，是一种可耻的行为。
“我是以死劝谏主公之人，怎么能有如此浅薄的想法？”他进行了深刻的反省，并告诫自己不可有此念头。
三人接受了信长的命令，而信长对藤吉郎的话语似乎全不在意，看上去丝毫没有改变自己的初衷。信长下令将各队将校唤至折椅前，说道：“今晚，以本阵的螺声为号，一齐攻山！”他将刚才对三位将领所说的话，亲自传达了一遍。
众将中似乎还有很多人和武井、明智以及佐久间三位将领一样的想法，但这三人已经服从，其他人也再无二话，直接领命而去。
中军的传令兵策马前往稍远的部队传达军令，随后，传令兵接二连三地被派往前线的山麓地带。后面的传令内容为作战行动的具体指令。四明岳的后面映着璀璨的晚霞，太阳正在东山。湖面上闪现出彩虹般的万丈光芒，波浪涌动。
“看！”
信长站在山坡上，看着比睿山之上成团的云层，对着身边的人说道：“上天也在鼓励我信长，风变大了，这种天气，最适宜使用火计。”
正这样说着，秋天的晚风冷冷地吹了过来，风声越来越响，翻动着众人的外褂。
信长身边只有五六个人。这时，暮风吹拂下，远处阵幕边，有名武士四处张望着，似乎在寻找谁。
武井夕庵大声喊道：“有什么事？主公在这边。”结果，那名武士冲了过来，远远地跪在地上说道：“我不是向主公禀报事情的，我是来找木下大人的。”
藤吉郎从人群中走了出来，问找他有何事。
武士说道：“刚刚有位您的部下，叫渡边天藏，僧人打扮，说他刚从甲州回来，想要立即拜见您，现在正在山丘下面等候。似乎有什么十万火急的大事，他一再催促我，不知您是否还要过会儿再归阵？”
信长虽然离得较远，但他突然问道：“藤吉郎，这个从甲州回来的人，是你的手下吗？”
“我想大人您可能也知道的，他就是蜂须贺彦右卫门的外甥，渡边天藏。”
“……嗯，那个天藏啊，那么又会带来什么新的消息吧。把他叫到这儿来，我也一起听听。”
一名武士冲到山丘下，不一会儿便带着一名行脚僧一道回来了，他便是天藏。
天藏到了之后，便向主人藤吉郎和信长仔细汇报了甲州的见闻。这当中最为重要的事项便是他潜入惠林寺，亲耳听到甲军出兵的机密信息。
“嗯……”信长哼了一声。织田家现在依然存在后方不稳定的因素。与去年攻打比睿山的时候相比，这种危险和不安完全没有一点好转，甚至可以说与武田家的关系，以及长岛方面的状况都愈发恶化了。
只是，去年对阵时，浅井和朝仓的大军登上了比睿山对其进行协助，而这次没有给敌人转移的时间，所以正面的敌人并没有那样庞大，但是背后的危险依旧存在。
“武田家应该也已经早早向比睿山方面传达了这一信息吧……这些和尚肯定又在期待看我信长慌忙退兵的样子。”
信长慰劳了一下天藏后，让他下了山丘。
“此乃天助我也。”信长看着藤吉郎和夕庵等人，露出了会心一笑。
“武田军翻过甲山，逼近尾浓；织田军则粉碎比睿山，席卷京都摄津后再返回，就看哪一方更快了。这给了我们信心和鼓励，还有殊死的信念……各自速去部署，星星已经出来了。”
信长进了军帐。山丘上下，围绕着比睿山山麓的各处阵地上，炊烟袅袅升起。
入夜后，风愈发强烈了，平时可以听到的三井寺的钟声也没了动静。然而，不多时，中军的山丘上传来了呜呜作响的海螺声。各处阵地上喊杀声四起。
当天晚上到九月十三日清晨，战斗极为激烈。僧兵们在中腹和山上的十几处险要处修建了防御工事。这些工事全部被攻破了，织田军的士兵遍布全山，他们到处放火，在狂风中拼命呼喊着。
黑烟填满了山谷，火焰吞没了整座山。从山下仰望，巨大的火柱从比睿山各处升起。湖水都被映红了。
从那巨大火柱的位置来看，根本中堂、山王七社都烧着了。此外，山上的大讲堂、钟楼、法藏、房屋、宝塔、高塔，以及分散在各山峰的偏院都尽数烧毁，片瓦无存。
心中供奉桓武天皇的勅谕，胸中遵循开山传教大师的教诲，烧掉这座山！众将领带着一种莫名的担忧仰望着火光，这时，他们就会在心中默诵说过的这句话，以激励自己。
将军的信念，传递到士兵心中。攻城的士兵们穿过火海，冲进黑烟，毫无保留地执行了信长的信念。
八千僧人无一幸存。惨叫声在山谷中回响不绝。爬下山谷，藏身于山洞中，以及爬到树上的人，如同稻谷的害虫一样，一一被杀。
信长的果断决策与部下的奋战，联手制造了这前所未有的情景。当天夜里半夜时分，信长亲自上到山顶，查看了现场的情况。
比睿山方面对形势判断失误了。他们在当天傍晚，看到信长的大军出现在山下时，心想这不过是虚张声势，对此并未有充分估计，并且泰然自若地认为信长军过不了多久就会匆忙全军撤退，届时再加以追击便可大获全胜。
至于为什么他们会有此心理，这是因为从离比睿山不远的京都，频频接到让他们放心的信息。说到京都，不必说便是指在京都的将军义昭。比睿山对于各国的僧侣及信徒而言，是最重要的反信长大本营。背后给比睿山输送军粮、给予武器并且不间断地对其进行煽动和督战的，便是义昭本人。
将军家府上，早早便收到甲州方面的信息——信玄即将行动！于是他们便充满期待地将这一意向转告于比睿山，于是比睿山军理所当然地想：“甲州兵力马上就要冲击信长背后，这样一来，信长会重蹈长岛的覆辙吧。”他们只顾着依靠一些捕风捉影的东西来理解形势。
除此之外，他们在八百年来安享特权的庇护之下，时至今日，仍未看透时代的变迁，这一错误相当致命。他们将佛法灵地变得比俗世还要世俗，利用国家给予的特别待遇大行腐败之道，又随意践踏人们的信仰，即使如此，他们还信心十足地以为：靠着金色大日如来的佛像，即使是再勇猛的士兵，也不会冲进这特权与信仰的堡垒，不会蹂躏宝塔寺院。
然而，信长的果敢，完全出乎他们的想象。全山放火，僧俗一律格杀勿论，人间地狱般的氛围，在半夜时分，如同狂风一般包围了整座比睿山。
到了半夜火势正旺的时候，比睿山的首领从恐怖与慌乱中清醒过来，向信长的阵上派遣了使者。
“再多的赔款我们都愿意出，无论何种条件我们都一定会服从。”他们前来和谈，但信长只是报之一笑。
“无须回答，这些僧人也拖出去斩了！”信长对左右说道，如同给老鹰喂食一般。
僧兵的使者，来了两次，第二次的使者，拜倒在信长面前，一边叫喊着“大人发发慈悲吧”，一边合掌求饶。
信长摇头拒绝，当场又命人将使者斩杀。
天亮了，整座比睿山笼罩在烟雾、余烬、黑色的枯树，以及各种形状的尸体之中。
“这当中，应该有学识渊博的大家、智者以及前途光明的年轻僧人吧。”明智光秀昨夜充当这场杀戮的先锋，翌日清晨站在余烟之中，双手覆面，心中感到一阵痛楚。
当天，光秀接到信长的恩准：“志贺一郡赏赐于你，今后你便住在山脚下的坂本城吧。”
一天后，信长下山进入京都。那时，比睿山还冒着黑烟，从前天留下的残火还未熄灭。
有不少僧俗人等，从那天的大屠杀中逃出来，躲进了京都。这些人将信长称为“活阎罗”、“地狱使者”或是“暴戾的破坏者”等等，充满了极度的恐惧。京都的民众，眼见着比睿山和四明岳的大红莲地狱，耳中听着当夜的各种惨叫，这次听说信长领兵下山进京，个个都震惊不已，心想：“这次是不是要轮到京都了？室町将军的宅第怕是逃不了被火烧的命运了！”很多人白昼里也大门紧闭，或者收拾行李准备逃跑。
然而，信长将军队驻守在加茂川的河畔，正是这个魔王，亲自下令禁止军队进入市内。他仅带着少数将领进入了一所寺院。在那里，他们卸下甲胄，吃完泡饭，换上一套优雅的衣裳后，便走了出来。
信长的坐骑也换成了配备华丽马鞍的月毛，仅有个别将领还身着铠甲。信长领着十四五名随从，沿着大路缓缓走来。
魔王的身姿未免太过平和。他的表情和眼神在那天显得尤其和蔼可亲。
“看来没什么情况嘛。”市民们站满了路口，纷纷拜见信长。这种放心的感觉引发了一阵阵欢呼。
这时，路口边突然传来一声火枪的响声。弹丸擦过信长身边，信长一副若无其事的样子，只是朝着声音的方向看了一眼而已。
不用说，周围的将领们跳下马，前去抓捕行凶者。市民们更是怒气冲天，团结一致地叫道：“抓住这个蠢货！”
行凶者以为市民是自己的帮手，结果发现事与愿违，顿时失去了逃身之处，立即被抓住了。这位号称山门第一勇僧的法师，虽然被抓，但却不停地骂着信长：“佛敌！魔王！”
信长丝毫不为所动，他按照计划前进，不久便到达皇宫附近，翻身下马。
他在神泉处洗手后，静静地走到御所的门前，坐在了那里。
“前夜的大火，想必大内之中也相当惊诧吧。臣惊扰圣心，还请恕罪。”信长仿佛发自内心一般地道歉，长跪不起。过了一会儿，他抬头看着新的城门和院墙，说道：“皇宫看来差不多已经竣工了啊。”说完，他满意地看了看左右众将。
接着，他们列队站在门边，按照传统仪式请求转交奏折，然后又静静地离开了。
信长在市内各处立下了这样的约法三章之后，便退回了岐阜城。将军义昭一度被吓得魂不附体，深挖壕沟，储积火枪，准备应对信长的火攻，但终究没能和信长见面。他在室町御所里战战兢兢地目送信长归去了。