明朝的都察院大致相当于后世的最高检察院，刑部相当于公安部，大理寺相当于最高法院，乃是明朝中央朝廷的司法三大部门。当然，与后世这几个部门的职能还是有些出入的，但大致相当。
都察院最高长官为左、右都御史，刑部最高长官为刑部尚书，都是从一品的大员。大理寺最高长官为大理寺卿，因为只有死刑复核才会需要大理寺，大理寺卿的重要性就不是那么高，所以大理寺卿的级别要低一些，职级为正三品。
五月初五下午，端午节还没过去，杨毅就迫不及待地在乾清宫召见了南京刑部尚书张慎言，都察院左都御史刘宗周，大理寺卿饶运霖等南京三法司最高官员。（都察院右都御史暂缺）
除了三法司最高主官外，应天府尹凌义渠也被一起召见。
几人不知道皇上召见他们有何事情，行过礼后，就站在那里等待皇上说话。
杨毅首先对凌义渠问道：“凌义渠，今天朕出宫私巡，得知应天府范围内有不法商人囤积粮食，趁机抬价，导致粮价暴涨。此事你可知道？”
见皇上开口就问这个问题，凌义渠心里一凛，知道应天府各大粮商联合囤积居奇、大发国难财的事情被皇上知道了。
要说此事，凌义渠并非一无所知，而是因为这些大粮商的领头人钱谦礼的身份，让凌义渠有所顾忌。
钱谦礼的堂兄乃东林党领袖之一钱谦益，正经是南京吏部尚书，一品大员。虽然因为南京只是陪都，这儿的礼部尚书实权不大，但品级却比凌义渠高了不止一个等级。无论如何，凌义渠不愿意去开罪钱谦益。
倒不是说凌义渠怕了钱谦益，而是没那个必要。在凌义渠心目中，商人本就是干的低买高卖的勾当，不然人家怎么赚钱呢？他对钱谦礼带头将粮食囤积起来，涨价出售的事情，看得并不如何重要，他认为这不是什么大事。
因此，凌义渠并没有仔细过问此事，他的心里根本就没有粮价暴涨会导致民变这根弦。
现在，一听皇上开口就问起这事，凌义渠就知道自己对此事重视不够，前面的处理方式错了。不过，皇上既然过问起此事，恐怕要拿一些人的乌纱帽来交代了，自己得将自己摘出来。
于是，凌义渠避重就轻地答道：“回陛下，此事微臣略知一二，但具体情形如何，却不甚了解。”
“哼！”杨毅一拍龙案，怒声道：“身为应天府最高长官，南京及周边城市粮价暴涨，你居然只是略知一二，却不甚了解？你可知此事有多严重？”
凌义渠连忙下跪请罪道：“是微臣失职，对此事重视不够，请皇上治罪！”
听到凌义渠看似自请处罚，实际上却在淡化自己渎职的责任，杨毅冷冷地望着他，心里思量着如何处置他。
当了一段时间的皇帝，杨毅慢慢适应了皇帝的身份，渐渐的也会从皇帝的角度去考虑问题了。
南京朝廷本来就配置不全，中央各部署到处都差人。吏部尚书王铎为了给各部署配备工作人员，这段时间已经忙得焦头烂额。如果自己将凌义渠革职查办，连带的，应天府衙门内也有很多凌义渠的亲信要清除，这将会给吏部本就艰难的工作雪上加霜。
根据杨毅查询得知，此人的百科资料上说他在明亡后没有投降任何一个敌对势力，而是悬梁自尽了。如此看来，凌义渠也算是对大明朝廷忠心耿耿的一个大臣了。
只是，可能处于历史局限性的原因，他没有从一个历史的高度去看待应天府范围内粮价暴涨的事情。对粮价暴涨的事情，他没有杨毅看得那么重，没有察觉其中的危险性。加上钱谦礼的身份背景，就对此事睁一只眼闭一只眼，不闻不问了。
现在皇帝过问起来，他也没有勇于承担责任的担当，而是百般推脱，试图降低自己的罪责。
杨毅对这一点有些不满，却又下不了决心就此将他革职查办。撤掉凌义渠容易，但继任者难道就会比他做得更好吗？
杨毅考虑了一下，觉得凌义渠对应天府的所有事情都很熟悉。从利于工作的角度来说，现在应天府的工作还是要靠凌义渠来维持，杨毅没必要大动干戈。
于是，杨毅对跪着的凌义渠说道：“你不仅是失职，而是在纵容犯罪。你可知道粮价暴涨会带来什么后果？老百姓会因此吃不起饭，会落草为寇，会当土匪、造反。今天我不治你的罪，给你一个戴罪立功的机会，但你必须配合三法司将此事调查清楚，给我一个交代。”
凌义渠本性不坏，听到粮价暴涨竟然有可能引发老百姓造反后，才猛然惊醒，知道自己纵容钱谦礼等人操控粮价犯了一个大错。然后又听到皇上不治自己的罪，让自己戴罪立功，自然马上答道：“微臣遵命，一定会配合三法司，将此事调查清楚。”
至于钱谦益，这时已经被他抛到九霄云外去了。只要自己的官位能保住，即使与钱谦益结仇也顾不得了。哪怕现在南京成了临时首都，礼部尚书实权大增，却也威胁不到作为应天府尹的凌义渠。此时此景，他只想先应付了皇帝再说。
杨毅点了点头，凌义渠还是很识时务的，没有任何迟疑，让他比较满意。
吩咐完凌义渠，杨毅再转头对张慎言、刘宗周等人问道：“此事大家已经知道，你们看应该怎么办？拿出一个章程来。”
几人互相望了一眼，刑部尚书张慎言道：“回陛下，此事我们尚不清楚具体情形，不便下结论。微臣建议，先由都察院带头，刑部、大理寺、应天府配合，将应天府范围内的粮价涨到何种程度，有哪些粮商参与，都有些什么关系背景调查出来，再谈下一步的处理。”
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