双方的文职官员发言后，也刚气氛缓和了不少。双方也都同意，先协商成立联合指挥部的事情，毕竟只有联合指挥部成立以后，才好俱体讨论战术问题，这次协商也不是开军事会议，否则刚才将军们谈得唾沫乱飞，两位文官却插不上话去。
日本提出的方案是联合指挥部将以日本为主，华东政府可以派一名高级军官参与，下设的参谋人员按照双方投入的兵力比例分配，如果是各自的军队单独执行作战任务，具体的战术由各自的军队自行制定，如果是双方联合行动，则应以日方为主制定战术，华东政府的人员也可以参与建议，但最后的决定权还是在日方。
然后日方又进一步解释，由于战争的关系重大，应当有当权决断的人来主导，而日本投入的兵力要远多于华东政府，自然应该成为主导的一方，这也是为了顺利的击败俄国。不过说穿了日本还是希望在未来真的成立了联合指挥部时，取得主导权。
这个方案当然不能被华东政府接受，因此华东政府一面反驳，一面也提出了自己的方案，战争需要当权决断是不假，但也需要集思广议，不然成立参谋总部就没有意义了华东政府只能出一名军官，显然是不合适的；而且以投入的兵力比例分配参谋人员更是不妥，不能体现双方公平合作的原则，华东政府投入的军队是逐次增加的，岂不是人员随时都会变化，如果华东政府最终投入的军队超过了日本，那么是不是应该由华东政府来主导呢另外后勤部队又算不算在军队数量里，投入的民役人员又该怎么算
华东政府的方案是首先承认日本首先投入的兵力人力物力，确实在华东政府之上，因此同意由日本方面出任联合指挥部的最高指挥官员，但双方的人员必须对等，其实指挥部的核心也没几个人，5、6个就够了，而下设的参谋人员可以按4:6的比例分配；而战争的计划决策也应由双方共同协商来确定，这样即能体现日本的主导地位，又照应双方的公平合作原则。
应该说华东政府的方案更为公正一些，但这样一来日本就不可能主导联合指挥部了，因此儿玉源太郎、山本权兵卫都立刻反对。而华东政府自然是据理力争，双方立刻又争执了起来。
见双方又要谈僵了，小村寿太郎和李三杰赶忙又打圆场，认为今天只是双方互相表明自己的态度，具体的方案可以改天再谈，干脆就把双方组成联合管理占领区的方案也都互相通报。
日本的方案和联合指挥部差不多，都是管理层由日本主导，华东政府还是派一个人参与，但只有建议权，决策权仍归日方，而基层的管理者由双方共同负责。简单说日本还是不想放弃主导权，又希望借助华东政府的力量维持好地方秩序。
而华东政府的方案是管理层由双方共同负责，可以由日方为主，但决策必须由双方共同商议决定，而基层的管理者最好是由华东政府来负责，毕竟基层管理者是直接面对民众，华东政府的工作人员在语言、文化、风俗习惯都和民众相通，自然方便管理，而日方的人员显然没有这方面的条件。
不过日方显然不能接受这个建议，因为这不是等于把日本给架空了吗日本好不容易打下来的地方，岂不是就全交给华东政府了。
李三杰见气氛又紧张起来，于是立刻建议，暂时休会，双方也都对各自的方案再研究研究，改天再接着协商。小村寿太郎一听，也马上就答应了下来。于是这次协商就这样结束。
协商的内容立刻传到了东京，伊藤博文、山县有朋、桂太郎等人看完了之后，也马上展开了讨论，众人首先都一致认为，华东政府的条件虽然开得高，但并不是在漫天要价，基本都在合理的基础上为自己争取利益的范围，毕竞这也是无可厚非的，而且这也说明华东政府确实是有合作的诚意。如果华东政府胡乱的一味开高价，或者是对日本提出的方案全盘接收，反到有问题了。因此日本到是可以放心一些。
至于双方的合作方案怎么谈，伊藤博文只提了一个问题，即日本需不需要华东政府的军事帮助，只靠日本能不能独立战胜俄国，如果可以，则可以对华东政府寸步不让，如果不行，则赶紧在一些地方让步，早日谈成，敦促华东政府尽快出兵，如果还需要观望，则最好有一个时间节点，以免我们在不利的局面下和华东政府再协商，这样损失更大，要求陆军部、海军部客观的回答这个问题，并且给了陆军部、海军部一天的讨论时间。
而就在这时，战场上的意外事件，改变了这次协商的走向。
4月11日下午五点，联合舰队再次从仁川港出发，执行秋山真之制定的在第三次闭塞作战之前，诱敌计划。
4月12日夜间10点，联合舰队首先派出第4驱逐舰队带两艘布雷舰在旅顺港外布施。4月13日凌晨4点，日本舰队布下了44颗，但在撤退的时候，被俄国的巡逻舰队发现，双方在旅顺港外展开了战斗。
在激战中俄舰斯特拉希涅号被日舰的鱼舰击中沉没，太平洋舰队的巡洋舰巴扬号、狄安娜号又出港接应，遭遇联合舰队第3战队的4防护巡洋舰、第2战队的2艘装甲巡洋舰，双方开始相互炮击，紧接着巡洋舰阿斯科利德号、诺维克号又出港增援。
4月13日早上7点15分，马卡洛夫坐镇旗舰彼得巴甫洛夫斯克号，战列舰波尔塔瓦号、胜利号出港迎战日舰，而看到俄军的战列舰出动，深知不是对手的日本巡洋舰很快掉头逃逸，马卡洛夫下令追击，但俄舰队追了没多远，发现远远的海面上又出现了日本第1战队的6艘战列舰，马卡洛夫明白日本是打算将自己诱出岸炮的射程再交战，而马卡洛夫也想将联合舰队诱入岸炮射程，于是下令舰队返航。
不过在联合舰队旗舰三笠号上，东乡平八郎、秋山真之发现彼得罗巴甫洛夫斯克号的航向正是敷设的阵方位，因此东乡平八郎下令舰队停止前进，观望俄舰。
上午9点45分，在老虎尾灯塔东方约2海里处，彼得罗巴甫洛夫斯克号撞上了，舰首首先触雷，随着巨大的爆炸声，舰首升起了一大团黑烟，而爆炸又引爆了吃水线下的仓库，接着引爆了舰首12英寸炮弹库，最后气缸爆炸，甲板上几乎所有的东西都飞上了天，前主炮甚至飞到了数百米的高空。等浓烟退去之后，彼得罗巴甫洛夫斯克号己有大半沉入水中，只有舰尾还翘在水上，螺旋桨兀自在旋转着，两分钟后，整艘军舰完全沉入海中。
虽然这时日本舰队只是远远的看见一团黑烟升起，随后烟火渐消，俄国舰队的首舰己不见了，各舰顿时爆发出欢呼声，就连东乡平八郎也露出了一丝笑容，不管怎么说，算是击沉了一艘敌方的战列舰，这可是开战以来联合舰队最大的战果。于是下令舰队转航回去。
而彼得罗巴甫洛夫斯克号沉没以后，俄国其他各舰上都紧急放下救生艇，去抢救幸存者，彼得罗巴甫洛夫斯克号上共有773人，包括舰长亚麻列夫上校在内，总共只有129人被救起，但其中并没有马卡洛夫，只是找到了马卡洛夫的一件外套。
但俄国的霉运还没有结束，10点10分，胜利号又触雷了，右舷舰首附近被炸开了一个口子，好在是引擎和舵机并未受损，因此还能保持行动。而其他的俄舰也都成了惊弓之鸟，赶忙都逃回到内港里躲起来。
日本是在当天下午5点的时候得到了确切的消息，知道马卡洛夫中将阵亡，而整个联合舰队上下都欣喜若狂，尽管马卡洛夫只上任了36天，但给太平洋舰队带来了耳目一新的改观，也给联合舰队带来了巨大的压力，现在马卡洛夫竟然这样阵亡了，不少人都认为日本是得到了上天的庇佑。第二天立刻以海军大胜，击沉敌旗舰的报导公布于众。
而马卡洛夫的阵亡，也让日本海陆军的压力大减，一致认为在这个时候还不需要华东政府的军事力量，不过这个时候海陆军的首脑也还都保持着清醒的头脑，知道这个胜利实在是太偶然了，并不表示日本就己经胜券在握，马卡洛夫的阵亡对俄国的影响到底有多大还不得而知，因此现在还不能完全拒绝华东政府的军事帮助。
于是在接下来的协商中，日本也有意采取强硬的态度，拒绝在合作方案上让步，使得协商进入了僵局，而小村寿太郎顺势提议，这一次协商不如就到这一步，双方可以回去以后慢慢的考虑各自的方案，而且华东政府也不妨加强准备，预计在6月份时再进行下一轮的协商，因为到了6月份，华东政府的登陆作战也应该差不多准备好了，这个时候再协商，也更好一些。
华东政府的代表团也接受了小村寿太郎的提议，于5月15日返回青岛，当然日本的礼数还是相当周到的，举行了隆重的欢送仪式，并且还派两艘军舰随行一直护送出50多公里。