先金后厦，还是先厦后金？叶飞颇费思量。重兵守厦门，蒋介石企图最后一搏。蒋经国说：美国的白皮书，是宣布政府的死亡证明书，并暗示如何料理后事。张发奎劝李宗仁做张学良、杨虎城第二。李宗仁忍无可忍，以“国家元首”的身份严辞训蒋。叶飞说：我一生打仗走过两步险棋，攻打厦门算一回。汤恩伯本是瓮中之鳖，但侥幸从海上逃脱。
福州解放后的第三天，即1949年8月25日，经中央军委批准，福建军区成立。第三野战军第十兵团领导机关兼福建军区领导机关，叶飞兼任司令员，张鼎丞兼任政治委员，成钧兼任副司令员，刘培善兼任政治部主任，陈铁君兼任副参谋长。下辖8个军分区，分别为：建阳军分区（司令员闻盛森、政治委员陈桂芳）、南平军分区（司令员郭廷万、政治委员贾良民）、福建军分区（司令员陈挺，政治委员王毅之）、闽侯军分区（司令员黄永山、政治委员郝可明）、晋江军分区（司令员叶克守、政治委员张慧如）、龙溪军分区（司令员李成尧、政治委员卢叨）、永安军分区（司令员林乃清、政治委员王敬群）、龙岩军分区（司令员王胜、政治委员范元辉）。
与福建军区建立的同时，福州市成立了军管会，第十兵团政委韦国清担任军管会主任，负责接管福州工作。叶飞则率十兵团主力继续南下，肃清闽南漳泉地区之敌，尔后再向厦门，金门两岛进击。
福州失守后，蒋介石急忙重新调整了指挥系统，撤销了福州绥署和第六兵团建制，由汤恩伯接任福建省主席兼东南军政长官公署厦门分署主任，统一指挥刘汝明八兵团、胡琏十二兵团和李良荣的二十二兵团，并将兵力收缩防守厦门、金门、漳州和潮汕等几个大据点。蒋介石如此部署兵力，目的是希望凭借厦门海岛的有利地形和要塞原有的永久性工事来抵抗共军的进攻。
福州战役结束后，第十兵团主力即位于福州、福清地区进行短期休整。
同时第十兵团司令叶飞令第二十八军一个师渡过闽江，向甫推进。在闽中游击队的配合下，至9月中旬，先后解放了惠安、泉州、蒲田、安海、围头、莲河、平漳、南目等广大地区，为十兵团主力南下开辟了道路。
为了贯彻解放福建全省的既定决心，第十兵团部决定迅速率主力南下组织漳厦金战役。
依据闽南地理位置和地形特点，第十兵团司令部决定漳厦金战役分两个阶段进行：第一阶段歼灭以漳州为中心的厦门、金门两岛外围陆上残敌；第二阶段歼灭厦门、金门等岛上残兵。
具体部署为：第三十一军及第二十九军一部执行第一阶段作战任务。第三十一军进至南安、安溪地区集结后，分往同安、长泰，直趋漳州，横扫该地及厦门以西、以南陆上各点守敌，不使其逃入岛上；第二十九军一部由泉州以南地区出发，攻歼厦门以北澳头、集美等地守敌，以配合第三十一军肃清大陆残敌。第二阶段作战任务区分为：第三十一军及第二十九军主力会攻厦门，第二十八军、第二十九军各以一部而以二十八军为主攻击金门，并争取同时击破两岛。另为扫除我军南下作战的海上障碍，并为金厦作战准备船只，决定以第二十八军主力及第二十九军一部于战役发起前攻下平潭岛。
部队在休整期间，依据新的作战任务和福州战役的经验进行了思想上、政治上的深入动员，使全体官兵进一步树立“解放全福州、建设新福建”的决心和信心，迅速整顿了战斗组织，安置了伤病员。
9月10日前后，第十兵团主力陆续在叶飞司令员率领下从集结地出发。
为了锻炼部队适应海上作战，南下时叶飞特命令第二十八军两个师沿海南下。
第一阶段作战十分顺利。
第二十八军主力经过约半个月的渡海准备后，9月14日攻占了大陈岛；16日攻占了平潭岛，俘敌第七十四、第七十三军六七千人；17日又攻下了大小库岛、塘屿等地，完成了预定作战任务。
与此同时，第二十九军也不甘落后，9月11日攻占湄州岛，16日攻下南日岛，随后主力南下。18日，二十九军一部由泉州以南向澳头、集美地区攻击前进。19日，进占马巷，守敌西逃，二十九军继续跟追，各路追击部队与逃敌战至25日，先后攻克海澄、港尾、嵩屿、集美等要点，歼敌第六十八军等大部，共约1. 7万余人。
当二十八军、二十九军顺利进军之际，第三十一军按照部署9月18日由南安、安溪地区，分两路向漳州攻击前进。19日，攻占同安、角尾、长泰、南靖等地。守敌惧歼，仓皇逃跑。22日，三十一军渡过九龙江攻占海澄、浮宫，25日漳州解放。至此，三十一军先后攻克岛美、嵩屿、高埔一线厦门外围阵地。
第一阶段作战，十兵团共歼敌2.3万余人，完全控制了厦门外围大陆沿海的阵地，形成了对厦金两岛三面包围的态势。
第三十一军先头部队越过九龙江后，在南靖西北与坚持敌后斗争的闽粤赣边区纵队第八支队胜利会师，率队前来会师的是边区纵队参谋主任王汉杰。其时，边纵司令刘永生已率领一、二、七团西去江西会昌，与南下的四野大军会师。在此之前，边纵在闽西的部队已解放了武平、连城、清流、丰顺、龙岩、安溪、永清、漳平等县。会师后，边纵积极配合第十兵团解放了平和、漳浦、云霄、沼安等县城。
闽粤赣边区纵队在敌后坚持武装斗争长达30余年，到漳厦战役发起时，队伍已发展为2000余人。司令员为刘永生、政委魏金水、副司令员铁坚、副政委朱曼平。与三野会师以后，边纵分别受福建军区和广东军区领导。
边纵司令刘永生，福建上杭人，因长期坚持地下斗争，成了一个传奇人物，在闽粤赣边区，他的大名妇孺皆知，群众给他编了不少故事，而且越传越奇。早在1927年，刘永生就参加了闽西农民运动。1928年他光荣加入中国共产党。曾领导参与著名的金砂暴动。之后，他担任永新县革命委员会军事部长兼县赤卫大队大队长、独立团团长、独立八团团长、永东游击司令员，打了3年游击战争。抗日战争时期，留在闽西南继续坚持斗争，担任闽西南武装经济工作总队总队长、王涛支队支队长。解放战争时期，担任粤东游击支队支队长、闽粤赣边总队总队长、闽粤赣边纵队司令员。会师以后，刘永生调任兵团兼福建军区副司令员。
第十兵团在结束了第一阶段作战任务后，开始准备实施漳厦战役中更艰巨更关键的第二阶段作战：攻打厦门、金门二岛。
厦门为福建南部的重要军港和商埠，当时人口约17万，靠大陆较近，海峡最窄处约1公里。该岛长13公里，宽11公里，分南北两半部。市区位于南半部的西南岛，岛上地势西南高，东北低，大部分岛岸场可登陆，东岸和北岸登陆较易，并利于向纵深发展。岛上交通便利，铺有网状公路。厦门岛的西南是鼓浪屿，那是座风景秀丽的孤屿，岛小崖陡，面积仅有1.09平方公里，距厦门岛约700余米，距大陆最近处约1100米。由于四周多是礁石陡壁，能登陆地段不多。厦门和鼓浪屿均有一些永久性的要塞工事。在易于登陆的地段，蒋军又新修了一些土木工事，设置了一些障碍物。
金门岛位于厦门岛以东10公里，北距大陆约9公里，分为大小金门两岛，在军事上向来金厦并称，相邻并列，唇齿相依，所以十兵团原计划金厦一起攻取。后因情况变化，才决定先打厦门。关于这些情况后有详述。
据史书记载，宋嘉佑三年（公元1058年）就在名叫鹭屿的海岛上筑塞设防。明洪武二十年（公元1387年），为了抵抗倭寇侵扰，江夏侯周德兴奉命在鹭屿建造城堡，命名厦门城，取大陆如华厦，鹭屿即门户，坚守门户保大厦之意。同时，在鹭屿东面的浯州屿筑城，命名金门城，取金汤永固、雄镇海门的意思。从此就称为厦门、金门两岛。明清两代都有重兵驻守，戚继光、俞大猷等名将都在这里战斗过，明末清初，公元1646年，郑成功起兵于浯州、南澳抗清，并于公元1661年，以厦门、金门和漳州部分沿海地带为寨，发战舰数百艘东征，收复台湾。鸦片战争时期，英国侵略军始终把厦门岛作为重点进攻目标，先后两次进犯。抗日战争时期，日本侵略军为大举入侵东南内陆，早在1938年5月就占领厦金两岛，直至被迫投降之时，才由当时的中国政府收回。
厦金两岛的重要性，国民党是十分清楚的。当时国民党的喉舌《中央日报》说得很清楚：“金厦的得失，对台湾国军进守之势，均有莫大的影响”，“本省（指台湾）应该尽一切的力量，来支援金厦战事，以保全这一个重要的反攻基地。”
蒋介石的确是拼凑了当时所能收罗到的“一切力量”投向金厦。
厦门守敌为汤恩伯集团五十五军全部、一六六师及六十八军从漳州方向逃来的余部，总兵力近3万余人。具体部署是：以装备充足的七十四师3 个团守厦门北半岛；以一八一师守东南面；以二十九师1 个团和要塞守各总队，六十八军残部等守厦门市区；以二十九师两个团守鼓浪屿。在阵地编成上，分有前沿阵地、主抗阵地和纵深核心阵地，阵地内的工事大部分为钢筋水泥结构。前沿阵地敷设雷区、铁丝网、鹿砦、外壕，构成要塞环形防御体系。
为了给厦门守军壮胆打气，国民党军政首脑接二连三地从台湾来厦门“巡视”，还由台湾派来劳军慰问。汤恩伯、刘汝明、毛森等吹嘘厦门防御“固若金汤”，“守三五年没有问题”。
对于厦门，蒋介石一向是看重的。自8月17日他一再下令死守的福州没有几天就被共军不费吹灰之力拿下以后，蒋介石就在忧虑厦门的防守问题。
早在上海战役期间，蒋介石就曾对汤恩伯说过：“台湾为民族复兴的基地，舟山、马祖、金（门）、厦（门）等地至为重要，必要时应增加其守备。”
之后，蒋介石一再督促汤恩伯加固厦门的工事，作好固守厦门的计划。
1949年9月13日，蒋介石再次致电汤思伯等：“闽浙诸匪如要攻我海岛根据地，其时期必在每月潮落之时，即阴历初十与二十日之十日间，下月即为阴历八月大潮汛，我军务须特别加紧准备。海空军尤应切实负责，朝夕不断搜索匪船，凡可通海口各内河之上游100 海里之内大小船泊，必须彻底肃清，空军更须低空侦察，勿使伪装之船舶所欺惑，以贻误大局。只要沿海与沿河离我前哨岛屿100海里内不使其船只躲藏与集结，则其即无法袭取我海岛；对于其舰船之伪装，尤应特别防制，千万勿忽。如果我舟山群岛与闽厦沿海各岛之基地，万一被偷袭或攻陷，则该区内陆海空军负责之各主官，必以失职误国之罪惩治，决不宽贷也。”
1949年8月，厦门危在旦夕已令蒋介石坐卧不安，然而更令他焦虑的是，在这个危难之际，他的美国主子公开指责国民党政府腐败、无能，并且宣称要从中国内战中“脱身”出去。
1949年8月5日，美国国务院为了反对蒋介石一再掣时李宗仁，提前发表了一本在全世界引起反响的白皮书，此书全名为《美国与中国关系——着重于1944年至1949年时期》。在美国简称为《中国白皮书》，在中国一般称为《美中关系白皮书》。在发表白皮书的同一天，艾奇逊发表了一项题为《美国对远东政策的基本原则》的声明，白皮书连同艾奇逊声明的发表，目的就是为美国对华政策的失败作全面的辩护，并为美国从中国内战中“脱身”做舆论准备。用哥伦比亚大学教授裴裴的话说：“在中国这场内战中，国务院没有失败，美国没有失败，失败的是别的什么人，我们无能为力，是我们之外的，非我们所能及的一种事物作出的裁决。”白皮书的结论是国民党政权在大陆的失败，“不是因为美援不足而造成的”，而是咎由自取。蒋经国对这份白皮书的评价是：“说得难听一点，无异是宣布我政府的死亡证明书，同时暗示如何办理后事。”
在白皮书中美国对中共伸出了橄榄枝，表示如果中共政权不倒向苏联一边，美国将会尊重同中国人民的友谊，尊重中国领土主权的完整。同时美国也表明，如果中共威胁到美洲安全，美国将不能坐视。
已经摸清了美国脉搏的中共断然对此不予理睬。毛泽东在北平连续执笔，写了《丢掉幻想，准备斗争》等文章予以批驳。毛泽东指出：白皮书是一部反革命的书，它公开地表示美帝国主义对于中国的干涉。就这一点来说，表现了帝国主义已经脱出了常轨。伟大的胜利的中国革命，已经迫使美帝国主义集团内部的一个方面、一个派别，要用公开发表自己反对中国人民的若干真实材料，并作出反动的结论。去答复另一个方面、另一个派别的攻击，否则他们就混不下去了。公开暴露代替了遮藏掩盖，这就是帝国主义脱出常轨的表现。
白皮书的发表，对蒋介石不啻是雪上加霜，他深怨美国“自断其臂”。他以美国的左膀右臂自居，甘愿为美国的霸权效力，怎奈美国主子嫌他无用，把他一脚踢开。他哀叹道：“甚叹我国处境，一面受俄国之侵略，一面美国对我又如此轻率，若不求自强，何以为人？何以立国？而今实为中国最大之国耻，亦深信其为最后之国耻，既可由我受之，亦可由我湔雪也。”
白皮书的发表，也引起了国民党内部强烈的不满，他们纷纷要求蒋介石批判白皮书。蒋介石深知保台湾还要依靠美国，因而他只好采取打落门牙吞下肚的办法，回答说：“不必了。”同一日晚上，蒋介石在日记上写道：“耶稣被审判的时候，他是冤枉的，但是他一句话也不说。”
其实，蒋介石对美国的白皮书一直未曾忘怀。8月10日，蒋介石在日记中，再次指责马歇尔和艾奇逊的对华政策。他写道：“马歇尔、艾奇逊因欲掩饰其对华政策之错误与失败，不惜毁灭中美两国传统友谊，以遂其心，而亦不知其国家之信义与外交上应守之规范；其领导世界之美国总统杜鲁门竟准其发表失信于世之《中美关系白皮书》，为美国历史上，留下莫大之污点。此不仅为美国悲，而更为世界前途悲矣。”
这之后，坏消息一个接一个传来，蒋介石的心情也愈来愈沉重。首先是他关心的东南沿海局势越来越糟，共军已发起漳厦战役外围之战，而且进展神速，9月底已抵厦门城下。其次西北战场一败再败，8月26日，解放军消灭了马步芳和马鸿奎的主力部队，解放了兰州。9月19日，绥远省主席董其武等39人宣布脱离国民党，绥远和平解放。不久，新疆省主席鲍尔汉、新疆警备总司令陶峙岳等，于9月26日通电脱离国民党，新疆和平解放。“至此整个大西北军政局面，全部顿告瓦解。”而华中、华南战场更令蒋介石不堪回首。8月4日，湖南省主席程潜，华中“剿总”副总司令、一兵团司令陈明仁在长沙通电起义，长沙和平解放。共军第四野战军长驱直入，直抵华南，广州这个临时国都岌岌可危，这使得桂系首领李宗仁代总统对他痛恨达到极点。
李宗仁怨恨蒋介石不无道理。自蒋介石在内外交困时把一堆烂摊子丢给李宗仁后，他一刻也没有放弃过对李代总统施政的干扰。和谈问题、江防问题等等都因蒋介石的插手而使李宗仁下不了台。李宗仁深感，只要蒋介石一日不放权，他一日就不能有所作为。南京失守后，为了表示抗议，李代总统决心撤手不管，以飞广州的名义折回桂林，不理朝政。
当时的蒋介石见李宗仁真的动了气，而自己亲自赴穗主政又名不正言不顺，于是策动国民党元老居正、阎锡山、李文范3人随白崇禧赴桂林促驾，并带去一封亲笔信，信中首先指责李说：“现在党国处在危急存亡的最后关头，你身为代理总统，对党国、对人民负有不可旁贷的责任，岂能儿戏视之一走了事？”接着说：“我是国民党的总裁，就我的处境和地位来说，义应党存与存、你存我存。只有党存在，你存在，我才能存在。也只有你有前途，我自己才有前途，此外别无任何出路，决没有不全力支持你的道理。”最后表示只要李到广州来负责，除了出国一事“殊有重加商榷之必要”外，从今以后“对于政治一切不复问闻”，一切军、政、财权均可由李掌握，一定使李要钱有钱，要人有人，要军队有军队。
蒋介石的话说得十分诚恳，保证也作得十分郑重，李宗仁不由得再次动心，决定5月7日飞抵广州，去为“党国”作最后5 分钟的努力。
对于李宗仁的幼稚，刘斐曾当面讥讽说：“你像那个童话故事里的那只猴子。有只猴子蹲在树上，有个捉猴人想把它捉住，但没有办法捉到手。后来他想了个主意，从怀中取出一只苹果来，向猴子再三诱惑，示意要把苹果给它，那猴子看见了苹果，果然垂涎三尺，跳来跳去，终于经不起诱惑，下树来取那只苹果，刚想把苹果抓上，却被捉猴人一把抓住，套上了锁链。”
果然李宗仁赴穗主政后，蒋介石自食其言，仍以国民党总裁名义在马公岛遥控军政大权。更有甚者，7月14日蒋介石率领大批随员抵达广州，命令政府成立一个超宪法机构的“中央非常委员会”。蒋介石的愿望很快实现。
16日，“非常委员会”成立，蒋介石亲任主席，李宗仁为副主席。此时蒋介石已由幕后走向台前，再次集军、政、财权于一身。之后，他就积极策划牺牲华南确保东南的阴谋。
对于蒋介石的为人和险恶的用心，桂系和粤系的许多重要人物是看得很清楚的，他们纷纷要求李宗仁扣留蒋介石。其中呼吁最激烈的当属张发奎。
张发奎作为粤系人物的名将和汪精卫的旧部下，对蒋介石一向深怀戒心。凭着他对蒋介石的了解，深感蒋介石决不会允许李宗仁独立支撑两广局面与他分庭抗礼，而要想保卫两广必须去掉蒋介石从背后的掣时，最好的办法是将蒋介石扣留于广州。
程潜起义后，广东已岌岌可危，张发奎再度向李宗仁建议：“把蒋介石扣起来，一如当年张学良、杨虎城之所为。你是代总统，居于合法地位，而蒋介石正处于兵败如山倒之际，他的旧部未必还那么尽忠于他。这是挽救广东危局的最后办法。”
可是李宗仁反对，他说：“这是徒招恶名，无朴实际的莽事。”
张发奎大失所望，一连说了几句：“德公，你太胆小，太胆小了！”
李宗仁苦笑说：“你不在其位，可以幻想。你如在我的位置，你也不会干的。”
接着李宗仁解释说：“今日之下，我们所需要的，第一是兵，第二是钱。蒋先生把兵调走，把钱存在台湾，我们纵然把蒋扣起来，第一不能把兵调回，第二不能把钱取出，则扣蒋又有何用？固然，蒋先生一连串拖垮两广局面的毒计是罪无可道，把他扣起来宣其罪状于天下，可以泄一时之愤，但我觉得处理国家大事，应以国计民生为出发点，不可徒为泄一时之愤。现在失败的大局已定，不必于败亡前夕作无补于大局之事，为天下人笑！”
张叹息不止，无可奈何他说：“德公，你虽有宁人负我，我不负人之德，可人家未必领你的情。当断不断，反受其害！”
李宗仁无奈他说：“终归是要失败，最后维持一点失败的光荣不是很好吗？”
李宗仁虽有宋襄公之仁，却感动不了蒋先生。正因他的一意孤行，弄到广州指日可下的局面。蒋先生的“江山宁让共产党坐，也决不留给桂系”的计谋快要得逞了。
面对蒋先生的欺人太甚，李宗仁已忍无可忍。广州失守前，李宗仁专门约见了蒋介石。他已决定要严厉地教训蒋介石一顿，以稍纾胸中积愤。
谈话地点安排在梅花村蒋的行馆，时间是9月中旬。
二人坐定后，李宗仁的第一句话便令蒋介石异常刺耳。李一字一顿他说：“今天我是以国家元首的地位来对你谈话。”
李宗仁的严肃使蒋介石感觉今天的谈话非比寻常，李氏一扫昔日的卑恭、奉承，蒋介石不由紧闭双唇。
李宗仁说：“因为国事已至不可收拾的地步，不得不畅所欲”接着李宗仁数说了蒋氏的罪状：“你过去每把事弄糟了，总是把责任和过失推到别人身上。例如东北剿共的失败，徐蚌会战的全军覆没，你说是军队不听你指挥；又如发行金圆券，引起全国经济恐慌，人民破产，自杀成群，你不躬自反省，反责备人民不拥护你的经济政策；再如你纵容特务，滥捕学生及爱国人士，引起舆论指责，你不自疚，反说是本党同志不听你的话所然……凡此种种，真不胜枚举！”
李宗仁越说越激愤：“你主政20年，贪赃枉法之风甚于北洋政府时代。舆论曾讥评我们为‘军事北伐，政治南伐’。其实，此种评论尚是恕辞，因北洋官僚政客对舆论抨击尚有所畏忌，而我国民政府则以革命旗帜为护符，凡讥评时政的，即诬为‘反动分子’，以致人人钳口，不敢因片言惹祸。你对此情形竟亦熟视无睹，明知故纵！”
“记得在南京时，魏德迈特使曾在国府饯行席上痛诋中国官员贪污无能。他以一外国官员公开侮辱我政府，实在不成体统，当时与会众人中，竟有当场掉泪的，可你无动于衷，你究竟作何感想？”
说到蒋介石下野后的幕后掣时，李宗仁更加激愤：“你此番已是第三次引退，你当时曾对张治中、居正、阎锡山、吴忠信等人一再声明，5 年之内决不过问政治。此话无非暗示我可放手去做，改弦更张，不受你的牵制。可事实上，你的所作所为都完全相反。不仅在溪口架设7座无线电台，擅自指挥军队，且密令逮捕浙江省主席陈仪，撤换福建省主席朱绍良，这些都是自毁诺言、目无政府的荒唐行为！”
李宗仁急急地数落了蒋介石一通后，本以为蒋介石会暴跳如雷、咆哮辩驳的，可蒋介石出人意料地自始至终未发一言，唯唯而听。李宗仁见蒋介石面色紧张尴尬，不置一词，他获得了心理上从未有过的满足，仿佛过去所受的一切窝囊气与遭到的挫折都从蒋介石的深默中得到了补偿，于是气势渐消，冷冷地起身告辞。
李宗仁劈头盖脑的一番指责让蒋介石难受了好一阵，因为这毕竟是他生平第一次听任别人训斥。
进入10月，蒋介石的处境更加艰难。10月1 日，他的老对手毛泽东在天安门城楼向全世界宣布：中华人民共和国成立了。尽管他的老朋友美国宣布仍然承认“中华民国政府”。但第二天，苏联宣布承认中华人民共和国。
对此蒋介石非常担忧。当天蒋介石写下如下日记：“俄帝之承认匪伪政权，实乃既定事实，且为必有之事；而其所以如此急速，盖以我在联大控俄案通过，彼乃不能不出此一着，以作报复之行动耳。今后俄帝必与共党建立空军与海军，则我为势更劣，处境更艰，此为最大之顾虑。”的确是“最大顾虑”，一旦中共拥有海军和空军，蒋介石的弹丸之地台湾如何能保？
10月7日，蒋介石乘船抵达形势已十分危急的厦门，随即马上召见了团长以上的将校训话，内容不外乎鼓气和督促守军精诚团结，尽忠尽力，不成功便成仁的老一套。训话结束后，蒋介石特意接见了汤恩伯，令汤死守厦门，巩固金门，“为公私争气”。事实上，蒋介石对能否守住金厦心中并没有底。为防备解放军随时都可能发起的进攻，他连有重兵把守的厦门都未敢进，只留在座舰上召见、宴请军官。
就在蒋介石、汤恩伯为如何守住厦门、金门精心策划之时，人民解放军第十兵团司令叶飞也正在为如何打下厦门绞尽脑汁。
尽管漳厦战役的前期作战，第十兵团进展十分顺利，但是第十兵团对于攻取厦门这个要塞还是十分认真对待，进行充分准备的。这不仅因为厦门日本人构筑的工事十分隐蔽，与海礁、岩石颜色差不多，不易发现，而厦门岛离台湾又很近，敌人有海空军支援，而且也因为我十兵团完全没有渡海登陆作战的经验，又没有海空军的掩护。
第十兵团攻打厦门的作战准备主要是征集船只。大军渡海登陆，需要船只数量很大，筹集不易。第二十八军原本收罗了一些船，不料在平潭岛吹散了大部分，不得已只好继续在泉州湾搜集补充。第二十九军也在泉州湾征集船只，收获不大。第三十一军则在九龙江证船，得到的全是江船，江船平底，出海困难。由于船只不够，第十兵团司令叶飞不得不把攻击厦门、金门的时间推迟了三次。
要攻打厦门、金门，对于毫无渡海作战经验的十兵团广大干部战士来说，还必须学习气象知识。八九月份正是台风侵袭福建、浙江沿海的季节。由于不懂气象，在解放平潭时，第十兵团已领教了台风的厉害。当时部队登陆刚两个团，突然台风降临，刮了一整天，船只都被台风吹散。敌人的船只也被刮得稀烂，双方都未能增援。攻打厦门可不能再冒平潭之险了。众所周知，公元1281年，忽必烈出动10万大军攻打日本，因为遇上台风，这支所向无敌的骠悍大军全军覆没了。1944年12月，美国海军第三舰队占领菲律宾的明多罗，也由于强台风袭击，险遭全军覆没，损失仅次于珍珠港事件。由于有了平潭教训。叶飞命令十兵团干部战士虚心向老渔民学习，记住渔民所教的已传了一辈又一辈的谚语：“断虹现，天要变”：“马尾云，吹烂船”；“静海起浪头，渔船快回头”：“东吼叫，西吼叫，台风来到鼻梁梢”：“海水发烫，船莫出港”：“海水发臭，台风随到”……
十兵团原定攻打厦、金两岛的作战有三个预案，即：“金厦并举”或“先金后厦”或“先厦后金”。这是9月26日在泉州召开的作战会议所确定的。
十兵团为了解放福建全省，争取迅速肃清厦金两岛的残敌，初拟第二十九军和第三十一军攻占厦门，同时第二十八军攻占金门。“金厦并举”完全是从军事角度考虑。因为从来在军事上金厦并称，金门厦门唇齿相依，相邻并列，扼台湾与大陆海上交通要冲，紧紧拱卫闽南大陆。这个方案的优点在于：可以造成国民党指挥及兵力火力的分散，使其顾此失彼，可求全歼。后来这个方案没有实行的主要原因是铅只不够，渡海登岛作战最关键的是船运问题。第十兵团不仅没有可用军舰，连渡长江时的木船也很难征集到。由于很难筹集到足够的船只，又考虑到再也不能延误战机了，所以只得放弃“金厦并举”的作战方案，改成“先金后厦”或“先厦后金”。当时兵团研究判断：如果先攻打金门，后攻打厦门，优点在于可以形成对厦门的完全包围，暴露厦门的侧背防御弱点，便于乘隙攻击，但缺点是厦门之敌势必成惊弓之鸟，未等我军转手攻厦，厦门蒋军就可能从海上逃跑，不能全歼。当然，如果“先厦后金”，金门之敌亦同样因惧歼而仓皇逃跑，攻下厦门后仓促决定进攻金门，就有这方面的考虑，但是先打厦门，敌情清楚，距离近，便于准备，攻击比较易于奏效。而且厦门的政治、经济、军事地位显然要比金门重要。
叶飞权衡再三，从情报中得知：厦门守军虽然在拼命作顽强固守的准备，但也显露出恐慌动摇之态。汤恩伯总部后方和厦门补给司令部移到小金门，巡防处也从厦门移到金门总部；军级以上指挥机关移至军舰上办公；技术兵团等撤往台湾。种种迹象表明，汤恩伯并没有坚守厦门的决心。叶飞认为，应该趁敌军士气瓦解之际，拿下厦门。
10月7日，叶飞把“先厦后金”方案电报第三野战军司令部。10月11日，第十兵团接到第三野司首长指示：“同意你们来电部署。依战役及战术要求，最好是按来电同时攻歼金厦两地之敌。如以5个师攻厦门（有把握），同时以两个师攻金门是否完全有把握？如考虑条件比较成熟则可同时发起攻击，否则是否以一部兵力（主要加强炮火封锁敌船阻援和截逃），箝制金门之敌，遂之攻歼厦门之敌。此案比较妥当，但有使金门之敌逃跑之最大坏处。究竟如何请你们依实情自行决定之，总之以充分准备有把握的发起战斗为宜。”兵团遵此指示，又鉴于船只不够，其时海上风向也不利于同时攻击金厦两岛，故决定首先以第三十一军及第二十九军主力共5个师攻歼厦门守敌，尔后再转移船只和兵力攻取金门。
厦门之战是解放战争一次成功的渡海登陆作战，是在不宜于航海的台风季节里，进攻有重点防守并有永久性工事的要塞岛屿。
进攻厦门之前，我攻厦部队依据作战计划，进行了紧张的渡海登陆战的准备工作。在人民解放军的作战史上，这是第一次渡海登岛作战。对此，从兵团到连队都不敢轻率从事，除陆续收集足够的航海船只，增加对气象知识的了解外，对渡海航行的情况及岛上敌情、地形、都进行了调查研究，选择确定最合适的起渡时间、航行线路和登陆地段，部队普遍进行了渡海作战的动员教育。第一梯队还进行了必要的海上训练。
10月10日，第二十八军一部在第二十九军一个团的配合下，冒着急风暴雨向大嶝岛发起攻击。我攻击部队乘海水落潮，奋力涉过三四里远潮水过膝的海滩，突上大嶝岛，与岛上守敌展开了激战。经过反复冲杀，直至10日24时，全歼守敌二十五军四十五师一三四团全部、一三五团大部及第十八军十一师三十一团，胜利解放大嶝岛。战斗中，我二十八军八十五师二五一团五连作战英勇顽强，首先突破崎口下登陆点，又连续奋战击溃数倍于我之敌的20余次反击，在连队伤亡大，全连仅剩30多人的情况下，以大无畏的英雄气概，浴血奋战，勇猛插入敌侧后，断敌退路，为配合兄弟部队全歼该岛守敌，保证战斗胜利，做出了贡献。二十八军党委在战后召开的第三届英模大会上，特授予该团五连为“大嶝岛战斗模范连”。11月晚，该团由大嶝岛乘胜攻击小嶝岛，全歼守敌第二十五军四十五师一三五团三营。 15日，我军另一团攻占离金门最近的小岛——角屿，歼敌3个连。至此，金厦外围之敌全部肃清。
15日黄昏，我军发起攻取厦门的战斗。
如何攻取厦门？
叶飞断定敌人反击部队集中在厦门岛腰部。因此决定：首先渡海登陆强攻鼓浪屿，造成敌人错觉，调动敌人纵深机动部队南援，这是佯攻方向；主攻方向则放在厦门岛北部高崎。
首先渡海登陆佯攻鼓浪屿，这是调动敌人很重要的一着棋。35年后，叶飞谈起厦门之战时说：“这是我又一次采取鲁南突围时使用一个师首先东进以调动敌人，然后主力突然向西突围的战法。当然，这是险着，我一生就用过这两次。”
攻击厦门的具体部署是：三十一军的九十一师及九十三师一个加强团，担任佯攻鼓浪屿任务；二十九军八十五师、八十六师和三十一军九十二师，在集美强大炮兵群的火力支援下，从西、北、东北登船，采取多箭头，在厦门北部高崎两侧30里的正面登陆突破，夺取高崎滩头阵地，然后向厦门继续攻击。同时，把二十八军配置在大小嶝岛、莲河、围头沿海阵地，监视金门国民党军，并以炮火压制金门进行牵制。
10月15日，进攻厦门的战斗从鼓浪屿拉开序幕。
下午4时30分，天气由晴转阴，东北风渐起，炮兵依原令提早30分钟开始进行破坏射击，但命中率不高。
18时，三十一军两个主攻团，即九十一师二七一团（济南第二团）和九十三师二七七团4个一梯队营，扬帆鼓桨，从海沧湾、沙坛湾，鱼贯而出，逆风行舟，分别驶向鼓浪屿。由于东北风越刮越猛，第三十一军突击船队遇风受阻，航行不利。当船队行至距岸200米左右时，鼓浪屿国民党守军开始以猛烈的火力拦阻。21时30分后，突击船队开始单船零星抵滩登陆。由于风浪大，部分船只被风漂回，大部分船只没能在预定的突破口抵滩，整个登陆部队在滩头遭到重大损伤。23时后，九十一师组织3个二梯队营起渡，也因风浪太大，大部分被吹回，只有两个排登陆上岸。尽管情况严重，突击部队干部战士仍奋力拼搏。在济南战役中荣获“青年战斗模范班”称号的二七一团一连八班，抵滩时遭敌火力严重杀伤，班长丛华滋高喊口号，带领全班勇猛突击上陆。副团长田军带领二连一个排单独于鼓浪屿西南面岩石下登陆后，连续炸开鹿砦、铁丝网，突入滩头地堡。九十一师炮兵二连政治指导员赵世堂在抵滩时，船只被击沉，他率领10余名战士强行涉水登陆，突入前沿阵地，直插日光岩西侧制高点，最后只剩下他一人，仍然坚持战斗。
三十一军的英勇顽强，造成了汤恩伯判断错误，他误以为鼓浪屿是共军主攻方向，立即将预备队一个师投入鼓浪屿，并将其控制于厦门腰部的机动部队南调，这就造成了我军从厦门北部登陆的有利时机。鼓浪屿由于敌方的增援，战斗更加激烈了。登陆的战士英勇顽强，面对强敌，毫不畏惧，直至全部壮烈捐躯，终于牵制了敌人，威慑了敌胆。战士们洒满鲜血的阵地，战后命名为“英雄烈士山”。
就在第三十一军一部强攻鼓浪屿之后，担任主攻厦门的第二十九军两个师，第三十一军一个师的先头部队，于当晚12时，分别由北、西、东北登船起航。东北风对攻厦部队十分有利，船队顺着强劲的东风，在茫茫夜色中箭似地驶向各自的预定登陆突破点，对高崎发起全线攻击。
对高崎滩头进攻，叶飞分三段进行。
在西段，三十一军九十二师两个营率先抵达预定登陆点石湖山、寨上。由于这是一片宽约1000米的淤泥滩，又正逢落潮，淤泥陷没膝盖。国民党守军发觉后，用密集的火力封锁。二七四团三营八连三排八班长崔金安在副连长、排长和七、九班长负伤的紧要关头，挺身而出，指挥全排剩下的12名战士，攻下山腰地堡，坚守阵地。苦战4小时，打退敌军5次反扑，在兄弟连队策应下，夺取了山头。战后被授予“厦门登陆先锋排”光荣称号。至19日晨，九十二师有4个营胜利突破了石湖山、寨上一线，占领了前沿阵地。
在中段，二十九军八十五师从高崎和神山两处同时撕开口子。高崎是扼守厦门岛北部的重要卡口，国民党军在这里重兵把守，自吹是“海上堡垒”。但是，当二十九军主攻部队的船队趁夜秘密地在高崎东侧的白莲尾、湖莲一线抵滩，先头班越过堑壕时，国民党守军才从酣睡中清醒过来。经激战，16日晨6时，“海上堡垒”土崩瓦解了。同时，另一主攻团也在高崎西侧的神山前沿抵滩，随即攻克神山。
在东段，八十六师在钟宅、下马一线上陆。这里多陡壁，经人工削修，高达三四丈。我两个营在夜色掩护下，顺利登上陡壁时，国民党守军还以为是自己人。国民党军发现上当后，随即以坦克、装甲车为前导进行反扑，苦战数小时，二五八团二营只剩50余人，仍坚守海滩阵地。
16日拂晓，十兵团突击部队在20多里的进攻正面上，全线突破了国民党军在厦门北半岛前沿一线的防御，并迅速地向周围扩张，沿岸建立了稳固的登陆场。上午11时，汤恩伯慌忙把已南调的机动部队北调向高崎反击，被我军一举击溃。我军即由高崎向厦门本岛追击，向纵深发展。战后，被俘的国民党军七十四师中将师长李益智说：“没有想到你们从石湖山攻下来，从来没有想到你们这样打厦门。”的确，解放军选择钟宅至石湖山多泥滩多陡岸地段作为主攻方向，太出乎他们意料了。
16日下午，我登陆部队基本上控制了厦门岛北部，并且把进攻线推到了岛腰仙洞山、松柏山、园山和薛岭山一线。
这一线山头是厦门南北半岛的天然屏障。抢占这一线山头，就控制了整个北半岛，并可以此作依托，向南推进。
位于中段的松柏山，是卡住厦门南北交通的咽喉。午后至黄昏，汤恩伯调集一个师的兵力，向我反扑，很快被我军击溃。特务头子、厦门警备司令毛森见势不妙，即用卡车运来他的特务营，刚到山口，就被截住，未等他们跳下卡车，即将其全歼。
19日黄昏，被击溃的国民党军慌乱南撤，大部缩集于东南海岸曾厝安、黄厝一线，纷纷向舰艇呼救。兵团接到报告后，当即令各部勇猛追击，排除当面小股敌人的阻挠，坚决向退集海岸待运之敌猛插猛扑，务求全歼。这时，新任福建省“主席”，坐镇厦门指挥的汤恩伯，本已成为瓮中之鳖，但可惜的是却让他侥幸从海上逃跑了。当时，汤恩伯见大势已去，带了一部分人马，一边向海边跑，一边用报话机直接呼叫停泊在海中的军舰放下小艇接应。其时，天已黑，潮已退，小艇抵不了岸，急欲靠岸搭救也无可奈何。汤恩伯在海滩上急得团团转，一个劲地向军舰呼救。我十兵团司令叶飞接到司令部报告说，他们从监听报话机里清清楚楚听见汤恩伯的呼救声。叶飞急命先头部队尽速追击，务必活捉汤恩伯。可是前线部队只顾追击当面敌人，却忽略了同后方联系，连报话机都未打开，任凭兵团司令部怎样呼叫，也无回音。汤恩伯在海滩上足足滞留一个多小时，恰逢海潮又复上涨，敌小艇急速靠岸，汤恩伯跳上小艇急急逃掉。事后，追击部队得知因忽视联络而致使汤恩伯侥幸逃脱并已到金门，一时引为憾事。
汤恩伯逃跑的同时，并非蒋介石嫡系的八兵团五十五军也作鸟兽散。其头目刘汝明急令所部下海逃台，但我紧追不舍，敌八兵团厦门守军大部被俘，只有4000余人上船逃跑。
10月17日，厦门和鼓浪屿全部解放。至此，我十兵团矛头所向，直指金门。
漳厦战役自9月16日解放平潭岛开始，至厦门解放，计一个月整，共歼敌1个兵团部、1个要塞司令部、2个军部、7个师及其它部队，共5.1万余人。