解决了朝廷的人事安排问题，暂时平息了袁绍的不满，曹操还有一系列挑战需要面对，最突出的问题来自于经济方面。
曹操离开兖州大本营，出于战略考虑将新首都定在许县，在后勤保障方面就要承担很大的压力。近一两年来，曹操采纳毛等人的建议，在兖州一带积极发展生产，基本保障了自身的粮食供应问题，从而让自己处处居于主动。
但是，曹操在许县一带基础还不很扎实，许县以及周边的颖川郡、汝南郡虽然曾经是重要的农业区，但这些年来遭受战争的影响也最深，黄巾军在这里势力很大，有大量人口流失到了南面的荆州地区。
朝廷正常运转需要大量粮食、布匹等物资，军队也需要后勤保障，这些物资如果都依赖兖州供应，浪费会很大，兖州那边也难以为继。
拿军粮运输来说，就是个很难解决的问题，从兖州运到许县来必须组织大量人力参与运输，还要考虑运输队伍途中的物资消耗，往往运一车粮食，至少还得再准备一车粮食供人们路上吃，另外，沿途安全又难以保证，这个办法基本上不可行。
许县的粮食供应问题必须立足于就地解决。曾在东郡任东阿县令的枣祗和夏侯的副将韩浩同时向曹操建议，通过在许县周边一带进行屯田的措施解决目前的燃眉之急。
枣祗是颖川郡本地人，家住阳翟县，跟郭嘉同县。曹操在东郡时，枣祗在东郡下面的东阿当县令，张邈、陈宫之叛，兖州近八十个县里只有枣祗的东阿县等三个县没有叛变，为曹操反败为胜立下了大功。枣祗这时也随曹操来到许县，有的史料称他此时担任献帝近卫部队的指挥官（羽林监）。
韩浩一直担任夏侯的副手，当年夏侯被人劫持，韩浩临危不乱，将夏侯解救出来，曹操事后对他进行了表扬。
枣祗、韩浩建议曹操效仿汉初以来的经验，把流民组织起来，开展农业生产，开展大规模的屯田。
屯田作为制度其起源可考的是汉文帝时期。据《汉书晁错传》记载，著名改革家晁错分析了秦朝守塞北失败的教训，认为单纯以戍卒守边的制度有很大毛病，必须实行“且屯且守”的制度，把屯田与戍边结合起来。于是前元十一年（公元前169年），汉文帝下令在边郡屯田，这比汉武帝时经济专家桑弘羊建议屯田西域还要早得多。
不过，晁错和桑弘羊所推行的屯田都与国防建设有关，属于半军半民性质，许县的情况与那时有很大不同，能不能参照前人的办法推行，在当时还存在着争论。
反对屯田的人也不少，据《三国志司马朗传》等史籍记载，对于曹军收复的大量无主土地，有相当一部分人认为应该赏给有功之人，有人甚至提出恢复古代的井田制，大力推行土地私有化。实行屯田实际上就是土地“国有化”，由于反对的人不少，曹操也不得不有所考虑。曹操让枣祗找荀等人商议，荀支持屯田。在当时特殊的情况下，只有实行特殊的经济政策，才能度过危机。
经过内部讨论并逐步统一了思想后，建安元年（196年）曹操颁布《置屯田令》，从定国安邦的战略高度，充分肯定了秦皇汉武奖励耕战，实行屯田的历史经验，阐述了屯田积谷的重要意义，下令开始屯田，标志着这项“战时经济政策”正式实施。
从建安元年到魏元帝咸熙元年（264年），这项制度推行了七十年，可以说它伴随着曹魏帝国的兴衰始终，成为曹魏势力崛起的经济基础。
屯田首先在许县附近试点，具体做法是，把已经找不到主人的土地收归国有，然后把丧失土地的流民组织起来，由国家提供耕牛、农具、种子，收成由国家和农民按比例分成。
当时能集中起来的土地很多，流民也很多，土地资源和人力资源都不发愁，屯田很容易就搞了起来。
农业工作本应由九卿之一的大司农卿管理，为了加大推行力度，曹操决定亲自抓这件事。在许县试点期间，他任命枣祗为屯田都尉，任命自己的堂妹夫任峻为典农中郎将，管理具体的屯田事务，直接向自己负责。
也就是说，曹魏早期的屯田工作由司空府直接主导，由下面特设的屯田官来具体负责。这种制度一直保持了很多年。到曹魏时期，随着屯田规模越来越大，这项工作转到了尚书台管理，屯田官的职务和品级也逐渐固定下来，成为与地方行政官员并行的一个系列。
屯田刚开始推行的时候也遇到过一些挫折，据《三国志袁涣传》记载，屯田刚开，被组织起来的农民还不太适应，他们经常逃亡。对此，袁涣建议曹操，农民都有安土重迁的传统，不能一下子改变，必须因势利导，要让他们自愿，不能强迫他们在土地上耕种（宜顺其意，乐之乃取）。曹操采纳了他的建议，情况这才有了好转。
这么好的政策为什么农民不愿意接受呢？原因是租税太重。
过去农民给地主扛长活，交租的标准一般是收成的一半，即五五分成。曹魏搞屯田，政府扮演了地主的角色，收租也按这个比例。如果农民连耕牛一块租，交租的比例就要提高到百分之六十。如此一来，大家的积极性自然不高。
汉代农业税的比例大部分时候是三十税一，即百分之三点三，现在屯田农民的税务负担是此前朝廷标准的十来倍。在农业生产技术落后、生产效率不高的情况下，这么重的税率，农民生活之艰辛可想而知。
但不这样又不行，军事斗争每天都需要巨大的开支保障，曹魏所能聚集的财富十分有限，屯田这一块相对较有保障，课以重税既是循前朝惯例，也有不得已之处。
不过，曹操还是尽可能予以改进，包括合理安置劳力、分配生产资料、取消屯田户的徭役等，保证屯田制的健康发展。对于屯田以外的普通农户，曹操下令重新清查户籍和财产，据此确定缴纳赋税的额度。
这有点像划分成分，又像是核定收入申报纳税。据《魏略》记载，这项工作在“曹统区”全面铺开，包括曹操本人在内都要评定“成分”，然后决定纳税标准。曹操家乡的谯县令给曹操、曹洪二人评为同一等级，曹操还说：“我家哪里有子廉（曹洪的字）家富有呀！”
建安元年许县屯田开始试点，次年就获得了好收成，积余粮达百万斛。取得这样的大丰收，除了新的农业政策发挥作用之外，据《齐民要术》一书介绍，还跟一种粮食品种的大面积推广分不开。这不是新品种，它的名字叫“稗谷”，其实就是一种杂草，它不怕旱涝，容易生长，在《齐民要术》和《汜胜之书》这两部古代最有名的农业著作里，对它都有详细介绍。
这种杂草也结穗，只是穗比较小，一般的作物出粮率可能在百分之六七十，这种作物只有百分之三四十，而且吃起来味道也不怎么样。但是这种作物有一个明显优势，那就是产量特别高。
一般粮食作物亩产约为七斛，按照百分之六七十的出粮率，实得粮食大约四斛左右；种稗谷一亩可收获二三十斛，即使按照百分之三四十的出粮率，实得粮食也达到近十斛。
据《齐民要术》记载，曹操下令种植这种作物，“顷收二千斛”，即一百亩地收获二千斛稗谷，粮食单产大增。《汜胜之书》还说，用粪便拌种子产量还会更高，不知道曹操让人试过没有。这种粮食口味虽然不佳，但作为战马的饲料应该没有问题。种这种粮食，洒把种子在地里就能长，不用管浇水除虫的事，不耽误军事训练，确实不错。
曹魏屯田的规模很大，“曹统区”最兴盛的时候曾控制或部分控制了十二个州，有九十一个郡国，大约七百三十个县，而留下屯田记载的州就有十一个，郡国有二十八个。当然，实际情况肯定比这个还要多。
除了早期的民屯，建安末年又发展出军屯，在“曹统区”的腹地以民屯为主，在与敌人接壤的地区大兴军屯，平时耕作，战时打仗，亦兵亦民，在发展经济、守土护边方面成效显著。曹操实行优先发展农业的政策，也培养了一批“农业干部”，先后在曹魏“农业系统”担任各级领导职务的有枣、任峻、国渊、袁涣、韩浩、裴潜、杜畿、吕虔、卫觊、苏则、张既、郑浑、徐邈、卢毓、严匡、杜松、弁揖、王、毛曾、仓慈、李胜、石苞等人，可以说灿若星河。“伤残军人”盲夏侯是这项工作的积极倡导者，多年后，他在淮南一带搞军屯，组织军民修水库，还亲自参加劳动，担土修坝。