北征乌桓归来之后，曹操遇到的事一个接一个，送走了郭嘉、仓舒，杀了华佗，接回了蔡文姬，办完这些事，他总算可以吁一口气了。
他还有大事要办，这件大事就是南征。
早在这一年正月里，也就是他刚刚北征返回邺县城的时候，就下令在邺县修筑一个人工湖，叫做玄武池，用来训练水军。
只为了征讨襄阳的刘表，似乎还用不着太多的水军，看来此番曹操是想连江东的孙权一块办了。
那可是一个浩大的工程，可惜当时的曹操正沉浸在北征胜利的喜悦中，对此认识并不够。
曹操是这一年六月当上丞相的，次月他便下令南征。
北征乌桓历时近一年，准备工作做了不止三年。此次南征的对手如果把刘表和孙权一块算上，实力将何止是乌桓人的十倍以上，他却只准备了半年，这是一个不太好的征兆。
郭嘉已死，曹操身边首席谋士的位置暂时还没有人能够补上。尽管有人看出了问题，但在这样重大决策上都感到吃不准，也不敢轻易谏言。
据《三国志荀传》记载，曹操跟荀商量南征的方案，荀建议：“现在北方已经平定，荆州肯定会备感压力，也会有所防备。可以在宛县、叶县一线大张旗鼓地进军，速度不宜太快，同时从另外的小路秘密疾进，以出其不意。”曹操认为有理。
由此可见，荀也是赞成曹操南征的。
曹操于是亲自率主力由邺县南下，直指襄阳的刘表。
这一趟南下应该路过了许县，曹操在这里作短暂停留，由于在这里有过不愉快的经历，曹操不想去拜见献帝刘协。根据朝廷的制度，作为朝廷重臣的他带兵在外打仗，在向天子辞行的时候要享受一次“交戟而行”的待遇，也就是由天子的卫士用铁戟叉在脖子上推着到天子面前，以示没有异心。
当年他南征张绣前曾经历过这令人恐惧的一幕，吓得他脊背上立刻冒出了冷汗。不过，那只是例行了一次公事，他没有遇到危险。
现在就很难说了，曹操不敢保证刘协一定不会借此向他下黑手。董承事件之后，他与天子的关系就相当冷淡，并且据他的情报显示，天子经常跟身边几个人嘀嘀咕咕的，虽然大多数情况下是研究学问，但谁知道他在谈经论道之余会不会有什么图谋。
根据报告，跟天子最谈得来的有两个人，一个是荀悦，他是荀的堂兄，此时担任天子的高级秘书（侍中），他是个书呆子，跟天子所谈的话题主要集中在经学和本朝历史上，他曾经受天子之命撰写了一部本朝的史书，名叫《汉纪》。
另一个人是孔融，此时担任皇家事务部部长（少府卿），这个人让曹操越来越感到讨厌，他跟天子也很谈得来，他们谈的可不都是学术话题。
郗虑原来担任光禄勋卿，跟孔融平起平坐，曹操废三公之制后，任命郗虑为御史大夫，成为三公之一，是孔融的上级。孔融对此不加掩饰地表示了不满。
曹操常驻邺县，许县的一举一动就交给郗虑来监控，重点就是像孔融这样跟天子走得比较近的人。曹操路过许县，自然要把郗虑秘密召来问问情况，郗虑刚受到孔融的嘲讽，正要报复一下，于是说了孔融一堆坏话。
这把曹操长期以来对孔融的不满全部勾了出来，曹操让郗虑整理一下孔融的材料报上来，等候处理。
郗虑马上把举报信整了出来，他不愧是郑玄的高足，把孔融所谓的劣迹整理得很到位，但凡能给孔融判上十年八年的地方，他一个没漏，中间还添油加醋、煽风点火，欲置孔融于死地。
《后汉书孔融传》引述了郗虑整出来的黑材料，归纳起来其中列举了孔融的四条罪状：
第一条：“少府孔融，过去在北海国，看到天子遇难，就招募徒众，意欲不轨，他曾经说：‘我是圣人之后，即使君临天下也没有什么不可以的，何必卯金刀？’”“卯金刀”是繁体的“刘”字，说孔融早在北海国当国相的时候就有造反的意思，这一条估计没有多少人会相信，孔融没有那么大的抱负，他连北海国相都当不好，哪敢谋反？
第二条：“后来又与孙权的使者暗中来往，对朝廷进行诽谤。”从官渡之战后到赤壁之战前，孙权一直表面臣服于朝廷，经常派使者到许县来，孔融倒是有很多机会跟孙权的使者接触，但有没有上述问题，这谁也说不清。
第三条：“孔融身为朝廷部长级官员（身为九列），不遵照朝廷礼仪，经常戴个秃巾，穿着很随便的衣服在宫廷里走来走去（秃巾微行，唐突宫掖）。”孔融有大名士的作派，别人开会穿正装打领带，他偏偏爱穿穿夹克和牛仔裤，这种情况完全可能。
第四条：“跟狂士祢衡在一块胡说八道（跌荡于言），说什么‘父之于子，有什么亲情可言？只不过是情欲的产物而已；子之于母，也是一样，就像一件东西被放在筐里，拿出来以后就没有关系了’。他与祢衡互相吹捧，祢衡说孔融是‘仲尼不死’，孔融吹祢衡为‘颜回复生’。”孔融跟祢衡的关系尽人皆知，曹操不喜欢祢衡，但并没有治他的罪，孔融跟他交往应该是没有问题的，至于人家喜欢互相表扬一下，似乎也不关别人的事。
上面这四条罪状里，第一条根本已无从查证，推断起来恐怕是子虚乌有；第二条含含糊糊，似有似无；第三条可能属实，但属于小问题，批评教育即可，用不着大做文章；第四条倒是一把杀人的刀，因为它涉及伦理，这是可大可小的事，上升到朝廷律法上来判断，既可以批评教育、下不为例，也可以罚工资、扣奖金，也可以判个三年五年，甚至十年八年，但不幸的是，也可以判处死刑。
朝廷的律法就是这样，遇到模糊的东西就有模糊的处理办法，司法的量裁区间大得要命，就看你怎么认识了。
也就是说，孔融如果犯了上面所列的部分错误，处理起来既可以给他来个诫免谈话，让他以后注意；也可以直接砍他的头，让他以后想注意也没有机会了。
在郗虑看来，孔融的上述种种罪状实在罪大恶极，他建议将其判处重刑，立即诛杀（宜极重诛）。
曹操正忙着南下，没有功夫细看细审，直接替献帝做主，进行了批示：判处孔融死刑，立即执行。
建安十三年（208年）八月，孔子的第二十世孙、名动天下的大名士、朝廷九卿之一的少府卿孔融因郗虑的告发而下狱，随即被杀，死时五十五岁。
其实，曹操早就想杀孔融，因为孔融得罪他不是一天两天了。另一方面，孔融对曹操也早就心生不满，有意跟他对着干。
一个是大权在握，碍于对方的名望一忍再忍；一个是大名远扬，仗着自己人气很高无所顾忌。
曹操曾颁布过《禁酒令》，目的是节约有限的粮食，保证战争所需。孔融给曹操写信非要争论一番，他从尧舜到先贤，到他的祖上孔子，再到刘邦、樊哙、袁盎引了一大堆古人，其中不乏有名的酒鬼，说明饮酒的必要性和重要性，纯粹是想搅局。
他是大名士，曹操还不能不回答，曹操耐着性子给孔先生回了封信，阐明禁酒的现实意义，哪知孔融不让理，一连给曹操回了好几封信，语气越来越不友好（频书争之，多侮慢之辞）。
曹操与袁绍相争于官渡，孔融不出来帮忙也就算了，他还说风凉话，大谈什么和平主义，劝曹操不要兴兵。
前面提到，曹操想恢复古代的九州制，孔融马上对着干，提出要恢复古制就一块恢复，比如古制中的王畿之制，以天子为中心，千里之内应由天子直接管理，不能封给别人，导致九州制泡汤，曹操的不满可想而知。
最让曹操不能容忍的是孔融也搞人身攻击，曹操娶儿媳妇孔融也不放过，要嘲讽一番。据《后汉书孔融传》记载，建安九年（204年）曹操攻下邺县后，十八岁的曹丕看上了二十三岁的甄宓，把她娶回家。孔融听说后给曹操写来一封信，却不是来贺喜的。
孔融在信里阴阳怪气，说了一句话叫“武王伐纣，以妲己赐周公”，这一句出自何典、又是何意，连饱读诗书的曹操也一头雾水。后来曹操见到孔融，当面请教这出自哪个典故，孔融回答说：“是根据当时的事情，顺手现编的（以今度之，想当然耳）。”
周公是武王的弟弟，妲己是殷纣王的爱妾，武王并没有把妲己赐给周公，所以曹操翻遍史书也找不出来这是什么典故，竟然是孔融这小子现编的，把曹操比做武王，曹丕比做周公，甄宓比做妲己。
武王跟周公是兄弟，曹操跟曹丕却是父子，这里面似乎隐含着曲曲折折的暧昧之意，似乎暗示着甄宓原是曹操所爱，后来给了儿子。在这件事上曹操和曹丕父子不像父子，兄弟不是兄弟。
而妲己更不是什么好女人，早已恶名远扬，用她来比甄宓，这种话也只有孔融一个人敢说。
孔融确实敢说敢干，自始自终都是一个标准的老“愤青”，他终于为此付出了惨重的代价。
跟孔融一块被杀的，还有他的妻子和子女。孔融有两个孩子，儿子九岁，女儿七岁。据《后汉书孔融传》记载，孔融被杀的消息传来，他的儿子、女儿正在玩下棋，听说父亲被害的消息，这两个孩子表现出了成人都少有的风度：一动不动，继续下棋，就好像没有这件事一样。
别人急了，说这两个傻孩子，你们的老爸都被杀了，你们还不赶快跑？这两个孩子说了一句很有名的话：“鸟巢都毁了，鸟蛋哪有不破的呢（安有巢毁而卵不破乎）？”
他们当时在别人家玩，那家人家里有肉汤，哥哥想喝，妹妹说：“有今日之祸，还能多活多久，还能知道肉味吗？”临死之前，妹妹对哥哥说：“如果死后有知，我们就能马上见到父母了，这岂不是我们所愿！”
兄妹二人从容就刑，面不改色心不跳。
也有史书记载说，曹操本不想把事做得那么绝，想免这两个孩子不死。后来听人报告说这两个孩子在家里突遭大难的情况下如何镇定自如，又说出了“安有巢毁而卵不破乎”这样的话，曹操觉得太可怕了，还是把他们杀了。
孔融被判的是“弃市”，就是在市场人多的地方公开处斩，之后尸体进行展览，不许收尸，不许悼念。
这时有个人跑来抱着孔融的尸体大哭，一边哭一边说：“文举你舍我而去，我活着还有什么意思？”样子十分悲痛。
这个人是孔融的好朋友脂习，此时担任太医令。脂习与孔融素来关系很好，他看孔融越来越跟曹操对着干，曾劝他收敛一些，但孔融不听，终于被杀。
曹操大怒，把脂习关了起来，但过了两天怒气就消了，觉得脂习很讲义气，说明他为人正直。曹操一向欣赏这样的人，于是原谅了他，不过罢了他的官，让他迁到许县东土桥一带居住，算是惩罚。
脂习后来还见过曹操，曹操称他为慷慨之士，询问他的生活情况，当得知脂习生活困难时，吩咐给他安排新的住所，还进行了赏赐。曹丕称帝后，给了他一个中散大夫的闲职，让他在家休养，八十多岁时死去。
杀了孔融，曹操总算出了一口气，这时候他已经率大军逼近了荆州。
荆州的刘表、刘备在干什么？他们会投降还是会拼命抵抗？曹操不知道，但他已志在必得，既然来了这一趟，就不能空着手回去。
这一年他五十四岁，虽然还没有到“烈士暮年”，但也正在一天天接近了。因此，他没有太多的时间等下去，他要荡平荆州，继而江东、益州，他要统一整个国家。
这件事秦始皇干过，汉高祖干过，光武皇帝干过，下一个就是他：这是一项伟大的事业！历史给了我这样的机会！
荆州，你能成全我吗？