在扶余文思的帮助下，苏定方的手下已经顺利爬上了城墙，竖起了了无数大唐的旗帜，扶余泰无计可施，只能开门投降。不久后，百济国王扶余义慈和太子扶余隆也出城投降了。李治头疼病好些了，不过还是有些头晕眼花，他带病亲自接见了俘虏，学着爸爸的样子，赦免了所有人的罪过，只将扶余义慈留在朝廷。
百济大臣、将领九十三人，以及百姓一万两千人被安放在了唐朝。百济土地被划分成了熊津、马韩、东明、金涟、德安五个都督府。五都督府分统三十七郡，二百城，七十六万户，以原来的酋长为刺史和都督。和贺鲁一样，义慈一时受不了这么大的打击，被李治授予光禄卿后不久，跟贺鲁一样，抑郁而死。
百济的灭亡，有两个更直接的作用：第一，唐朝更加淡定；第二，高丽更加疯狂。
高丽很崩溃，因为薛仁贵。这家伙最近特别忙，用少得可怜的兵马对高丽进行骚扰，可正是这少量兵马，也给高丽造成了非常大的困扰。如今，朝廷采纳先海路攻取百济，然后以百济为根据地，南、北两侧夹击高丽的策略，计划成功了一半。为了不给高丽留任何喘息的机会，李治（头疼了一个月，现在好了）让有司做好了详细的部署：左武卫大将军苏定方，辽东道行军大总管；左骁卫大将军契苾何力，浿江道行军大总管；左骁卫将军刘伯英，平壤道行军大总管；蒲州刺史程名振，镂方道总管。
出征高丽，势必一举成功，兵马未动，粮草先行！
负责督运粮食的官员，需要提前从青州（山东半岛）走海路去百济，等待大军到来。青州刺史刘仁轨担任起了这样一个不起眼的任务，他是被逼的。分析一下就知道，督运粮食，做好了那是分内的事，绝不会有任何赏赐；做不好那是你的失职，轻一点贬官，重一点杀头。所以，人宁愿待在清水衙门，也不愿督运粮草，这实在是件出力不讨好的事情。
可刘仁轨却心甘情愿地认真执行起来。
刘仁轨，字正则，601年生人，汴州尉氏（河南省尉氏县）人。
他出身卑微，却饱读诗书，年少时穷得叮当响，长大了穷得响叮当。史料记载，我们的刘仁轨同学是很热爱学习的，每有会意，便欣然忘饿（他还没资格忘食）。是的，他没资格，因为多数时候他都吃不上饭。杨广修运河那会儿，刘仁轨还只是个十岁的孩子，他躲在家里学习，因没有纸张和笔墨，他只能在地上写字。上山砍柴，但凡得空，他一定手持树杈，涂抹人生。
因用功读书，又极有天分，到了武德元年，李渊建立大唐，刘仁轨的机会来了。李渊肯接受谏言，他让官员每人写一篇文章。河南道大使、管国公任瑰写完后，交给了秘书刘仁轨。刘仁轨看罢，提笔修改几字。任瑰再看，拍案惊奇！
任瑰立刻意识到，这个名叫刘仁轨的普通人，不仅仅可以当小小的秘书。
任瑰是对的，但他还是太保守了。在他的推荐下，刘仁轨授补息州参军，接连转任陈仓县尉。在任上，刘仁轨法办恶霸，惩治县里头的折冲都尉鲁宁，引起了全国性的轰动。鲁宁是四品的都尉，而刘仁轨，仅仅是个县尉。一个县尉法办一个都尉，在当时人眼里是不敢想象的。
财大气粗的鲁宁因作恶多端，被刘仁轨扔进监狱，在监狱里，鲁宁辱骂刘仁轨全家，被刘仁轨拖出来乱棍伺候。
可怜、可恶的鲁宁，本是朝廷要官，却被刘仁轨活活给打死了。
岐州官员知道大事不好，上奏朝廷，引起了李世民的震怒。李世民反问：“什么县尉，敢杀我的折冲（是何县尉，辄杀吾折冲）！”
李世民把刘仁轨叫到朝廷，厉声责问。可刘仁轨似乎根本不怕这位帝王，等李世民发火完，他慢吞吞地说：“臣真的是错了。鲁宁残害百姓不假，可臣杀他，也的确是出于一时愤怒。”李世民点了点头，认为刘仁轨敢于承认错误，这一点非常好。但擅杀朝廷官员，必定是死罪。
魏征救了刘仁轨一命，“隋末那些官吏，也就跟鲁宁差不多！”
李世民紧张的脸忽然放松，他愕然地瞧着魏征，空气凝住几秒后，李世民转怒为喜，并任命刘仁轨为栎阳（今陕西临潼北）县丞。凭着出色的表现，刘仁轨一升再升，直到最后，他当上了门下高官——给事中。应该对身为给事中的刘仁轨有印象，是他查办了李义府。所以，正义的李义府对邪恶的刘仁轨深恶痛绝，凡有难办的事情，李义府不会忘了让刘仁轨去办。
刘仁轨从中央调到青州，再从青州刺史成为海运监督，都是李义府同志的功劳。
李义府是个铁面无私的人，对这次军事行动十分重视。
这日，刘仁轨上报：“根据天象观测，昨日风和日丽，今日风和日丽，今晚天气突变，明日必然有强风，海运路途不远，大军开拔尚早，请求后天起程。”李义府批复：“因军情紧急，严令今日出海，否则便是贻误军机！”
刘仁轨出海了，半岛上果然刮起了强风，将粮船掀翻。李义府听到消息，脸色一变，他暴跳如雷，“刘仁轨把粮食都弄丢了，你让前方将士怎么活？！”一定要严办，一定要严办，李义府严肃地找到李治，要求派出一名使者去问刘仁轨的罪。李治很信任李义府，让李义府推荐一下。
李义府说：“最合适的人，肯定是御史袁异式。”
袁异式，男，御史中胆量最小的，原跟李义府无瓜葛。但那日，李义府找到他，对他说了这么一句话：“袁君，你要是能把这事儿办好，回来不愁没有官做！（君能办事，不忧无官！）”袁异式激动地看着李义府，毅然决然踏上了去青州的道路。他风尘仆仆来到青州，见刘仁轨正一言不发地坐在那里自责，袁异式也不行礼，而是好心地问：“刘君，你这是跟何人结了仇？你得提前做好打算啊！”
他上前一步，“您跟朝中掌权的有仇吧？你怎么不死去？”
刘仁轨不示弱，“仁轨犯罪，自当承受国法，袁公依法办事，我绝不逃命！如果我就这样自绝，岂不让小人痛快？请给我一次机会！”
言罢，他转身走向卧室。
片刻之后，刘仁轨穿着一身白布裹成的衣裳出来，连脸都只留下眼、鼻、口三处。袁异式惊异地瞧着他。
“我不能因你让我去死我就去死，我刘仁轨已经死了，但我身躯还要为国战斗！”刘仁轨的话，掷地有声，铿锵有力，把袁异式气得哭笑不得。
袁异式赧然走了，回到朝廷，先不去复命，而是去找李义府商量。
“办完了？”
“他不肯自杀！”
“啧，怎么？”
“他素衣从军去了！”
“哟嗬，还真是个人才……”
“怎么办？我尽力了。”
“你先去吧，我自有分寸。”
李治、百官。
刘仁轨颠覆青州海运粮食，如何惩办？
……
“义府，你说说。”
“臣有罪！”
“你有什么罪？”
“臣身为推荐者，却推荐了这样一个不负责任的人，臣有罪！”
“爱卿快别说了。”
“臣以为，不杀刘仁轨，无以谢天下百姓！”
“海风暴起，非人力所及，不该把罪过推到仁轨一人头上。”（中书舍人源直心）
“爱卿所言极是。”
李治认可了刘仁轨的做法，只将他免职，以白衣从军自效。
有的人总不明白，陷害一个人非常容易，但每陷害一人，自己就离惨死更近一步。
大军出征那天，辉煌的列阵中，多了一个普通士卒，他原本是青州的刺史。他遭小人陷害，却能承受所有侮辱，出现在战斗的最前线。人，不可以窝囊地死去，就算死，也要死在冲锋的路上！
刘仁轨，去吧，活出生命的尊严！
龙朔元年（公元661年）正月十九日，黄河南、北两岸，淮河南岸六十七州的府库军，共计四万四千余人从征。正月二十二日，鸿胪卿萧嗣业任扶余道行军总管，率领大军奔赴平壤。在此之前，从海路过去的部队已经换了领导。因苏定方回朝，只留下刘仁愿的小股部队驻守。
首先说明一下，刘仁轨本是个文官，刘仁愿本是个武将，刘仁愿是在百济驻扎的副将。刘仁轨和刘仁愿的关系，就好比张自忠和张治中的关系，如果不从军，他们最大的关系就是没有关系。
百济出现了一个比较麻烦的问题。
因苏定方一走，人手立刻不足，为了给军队增添点儿活力，李治决定给刘仁愿安排个副手。他叫王文度，挂名熊津都督，安抚百济余众。有人非常疑惑，王文度不是死了么，怎么还还阳了？我们的回答是，李治想要学习老爸饶恕有功之臣的做法，竟然饶恕了王文度的死罪，还让他当上了左卫中郎将。从这一点看，李治对待战将，多是采取宽容的态度，是很值得赞赏的。
身在百济都城的刘仁愿一直希望朝廷赶紧派人手驻守熊津，他怕一旦闹乱子，自己一个人根本收拾不了。刘仁愿多心了，此时，王文度正在海上飘着，很快就能到江口。世界上最悲催的事情，莫过于你满含洗刷前耻的激情，但却病死半路，而且还没人给你发丧。
然而，更悲催的事情还在后头。百济余众见驻守都城的唐兵手少得可怜，便组织起来，企图夺回都城，杀死刘仁愿。大军开始猛烈轰击都城，刘仁愿即将支持不住。李治闻讯大惊（早该想到会有这出了），这战报就好比一张催款单，让在其他战场布置满满当当兵马的李治瞬间难受起来。
是的，所有排得上号的大将都在别处，想要立刻奔赴百济，除非坐飞机，但那是不可能的。有人提议，最好能让身在百济的人接替王文度的位置，真的别无他法。
李治恍然。
这天，刘仁轨接到一纸命令。
他从一介草民变成了检校带方州刺史，从征讨高丽的战场上的一名小卒直接成为了镇守百济的统军。迎接他的，将是中国历史上最为有名的战争之一。刘仁轨的名字，也因此熠熠生辉。