和珅的腐败导致清王朝上下官员贪污成风，几个清廉的官吏都寄情于诗文书画，明哲保身，百姓怨声载道，一些反抗残酷剥削和压迫的社会组织在民间兴起。在湖北和河南一带，兴起了白莲教。
最初是一个叫刘松的安徽人，到河南传教，利用给百姓治病的机会，劝人入教，后来被官府发现抓获并将他流放到了甘肃。刘松的徒弟刘之协和宋之清逃到湖北，继续传教。他们向人们宣传说：清朝快要灭亡了，将会出现新的世界，入教的人都可以分到属于自己的土地。贫苦的农民听了这个宣传，纷纷参加了白莲教。
参加白莲的人越来越多，震惊了乾隆帝。乾隆帝命令官府捉拿教徒。一些官吏本来是敲诈勒索的老手，趁机派出差役，挨家挨户地查问，不管你是不是教徒，都得拿出一笔钱来“孝敬”他们，有钱的出钱买命，没钱的便被抓到监狱里严刑拷打，甚至送了命。武昌有个官员向百姓敲诈勒索不成，竟然罗织罪名，加害百姓几千人。为此，白莲教首领刘之协在襄阳召集教徒开会商量应对之策。大家纷纷说：
“这个世道真是官逼民反了，我们不如索性起来造反吧。”经过一番商议，他们决定用“官逼民反”的口号，发动群众起义，并且派出教徒分头到各地去联络。1796年，也就是嘉庆帝继位那年，白莲教徒在湖北宜都、枝江等地举行起义。襄阳地方有个白莲教首领齐林，原定在元宵节起义，不料走漏了消息，遭到官府的袭击，齐林和一百多个同伴被杀害。
齐林年轻的妻子王聪儿，是个江湖卖艺的女子，从小练得一身武艺，她十六岁与齐林成亲，丈夫死后，她决心给丈夫和起义的同伴们报仇，于是她和齐林的徒弟姚之富一起，重新整顿起义队伍，不到一个月，组织了一支四五万人的起义军，他们到处打击官府，惩办贪官污吏。
当王聪儿在湖北起义的时候，四川、陕西的白莲教也起兵响应。起义的怒火在三省广大地区蔓延开来。嘉庆帝见此，连忙命令各地的总督、巡抚、将军、总兵等大小官员，派出大批人马镇压起义军。王聪儿的起义军在湖北、河南、陕西流动作战，打破了清军的围剿。1798年，起义队伍到了四川，与当地的起义军会师。
清军有个将领明亮向嘉庆帝献了一条“坚壁清野”的计策，要各地组织武装民团，修筑碉堡，起义军一来就把百姓赶到碉堡里去，叫起义军得不到粮草供应与人员支持。嘉庆采纳了他的计策，下令各地全都采用这种计策，起义军的处境果然越来越困难。
嘉庆三年（1798）初，清军在川北一带围攻王聪儿，王聪儿摆脱清军围攻，带领两万人攻打西安，不料在西安打了败仗，再打回湖北的时候，明亮率领官军紧紧追击。起义军后有官军，前有武装民团的拦截，在勋西（今湖北省内）的三岔河地方陷入敌人的包围圈，王聪儿指挥起义军退到茅山的森林里，准备组织突围，又被官军密密麻麻地围住山头，大举进攻。最后终因敌我力量相差悬殊而归于失败，王聪儿和姚之富等跳崖身亡。
此后，各地起义军继续进行反抗官府的斗争。清王朝共花了九年工夫，才把白莲教起义镇压下去。白莲教起义虽然失败，却唤醒了更多的人起来反抗，仅十多年的时间，又爆发了李文 成领导的天理教农民起义。
李文成出生于河南滑县谢家庄一贫苦农民家里，早年他家就与官府结下了深仇大恨。其大哥李文山给官衙修建花园，完工后，衙役监工不但不给工钱，反而诬陷他偷东西，他大哥因此被捕入狱，受尽折磨，奄奄一息时被放出狱，不久后死去。二哥李文林，因带头拒缴官税，被活活打死于狱中。李文成十多岁时，曾念过几天私塾，因为反对宣传孔孟之道，以对孔孟不尊之罪名，被赶出了学校。为了谋生，他年纪轻轻便做起了木工、泥瓦匠。
有一次，他被县署招去修建寺庙，工钱皆被衙役毛天庆私自侵吞，他站出来替几位穷苦工人说话，据理力争讨要工钱，毛天庆反诬他惑众闹事，煽动罢工，于是县官判了他企图谋反罪，关进了大牢，后为乡亲们多方营救而获释。
后来河南、河北、山东各省连年灾荒，饿殍遍野，想造反的人很多。于是李文 成抓住时机，串联组织了天理教。其教义是：平民百姓要想不受官府欺压，除非改朝换代。李文成以为人看病、算卦为掩护，在百姓中间传播天理教。他先与勇于造反的牛亮臣结为盟兄弟，接着又与天理教首领黄兴宰兄弟商议谋划如何发动民众起义。李文成、牛亮臣和直隶天理教首领林清、山东天理教首领冯克善商定，林清在河北、冯克善在山东、李文成在河南，三处在同一时间举行起义，起义成功后，并建立政权统归李文成领导。
嘉庆十七年（1812）正月，李文成、林清在滑县道口镇召集众人召开天理教大会，制定起义军纲领和各项纪律。起义军的纲领是：“反清复明，替天行道，杀富济贫，平分土地。”纪律是：“违反纲领者杀，泄露机密者杀，打骂百姓者杀，调戏妇女者杀，掠夺民财者杀。”老百姓见此，说李文成是“李自成”转世，纷纷要求参加天理教。同年十月，各路起义军首领商定，在嘉庆十八年（1813）九月十五，三省同时起义。
不料，距起义还有一个月的时候，起义机密被泄，李文成、牛亮臣被捕。于是天理教首领召集紧急会议，决定在九月初七提前起义，到了这天，起义军大队人马攻破滑县县城，救出了李文成、牛亮臣等人，并杀死了县令强克捷和巡检刘斌。随后，李文成同众首领议定建立农民政权，任命牛亮臣为军师，宋元成为大元帅。义军严惩贪官污吏、恶霸地主，开仓济贫，受到民众的热烈拥护和响应，民众纷纷投奔起义军，队伍不断壮大。
但林清领导的河北起义军，因不知山东、河南提前起义的消息，仍按原定时间起义攻打紫禁城，由于没有援军协助而失败。后来，李文成所率领的起义军又陷入清军和地主武装的重重包围之中，最后寡不敌众，也很快失败了。
嘉庆帝在平定了白莲教和天理教起义后，虽然意识到了“玉杯饮尽千家血，银烛烧残百姓膏。天泪落时人泪落，歌声高处哭声高”，表现出了儒家仁君爱民的态度，并采取了一些措施缓和激烈的社会矛盾。但是，他把这一系列危机事件仅仅作为个案看待，认为天下的问题都是由于和珅不好、百官不好造成的，没有也不可能从制度上去寻找滋生百官腐败的根源，并加以解决。他胸中没有大格局，掌上没有大手笔，因此他虽然一件一件地解决了乾隆盛世留下的危机，却又一步一步地陷入更深的危机，到他的接班人道光皇帝时，清王朝已陷入内外交困、四面楚歌的境地。