两江总督，正式官衔为总督两江等处地方提督军务、粮饷、操江，统辖南河事务，是清朝最高级的封疆大臣。清朝初年，该总督管辖江南、江西两省的军民政务，由此得了两江总督这个称号。后因江南省人多物阜，遂分为江苏、安徽两省，分别取名于境内之重城江宁、苏州和安庆、徽州的第一个字。此后，两江总督总管江西、安徽、江苏三省以及江宁布政使司所属的苏北地区，总督衙门一直设在江宁。
两江历来是人文荟萃之地，也是朝廷的财赋重地，“国家财富，悉出两江”。两江总督封疆三省，清朝最主要的赋税基本上都是来自两江总督下辖的地区。因此在当时的八大总督（直隶、两江、陕甘、闽浙、湖广、两广、四川、云贵）中，两江总督是最肥的差使。在太平天国之前，两江总督大多由满洲贵族担任，很少轮到汉人头上。直到太平天国后，清朝廷才不得不重用汉人，而靠湘军一手发家的曾国藩想得到这个位子想了很多年。
咸丰七年（1857）春，曾国藩以父丧为名，擅自离军回乡，并上了一个《历陈办事艰难仍恳终制折》，一方面诉说自己报国事君之诚，一方面抱怨自己官职太低，只是个在籍侍郎，没有兵权、财权和文武黜陟之权，所以办事艰难。曾国藩原是想借此要挟朝廷，索取两江总督实权。不料咸丰皇帝本来就是想利用湘军消耗太平天国的有生力量，让满洲贵族统率的江南、江北大营坐收渔利。加上当时汉人军机大臣祁隽藻认为曾国藩“以侍郎在籍，犹匹夫耳”，不过一书生，却能在短时间内迅速组建起湘军，不由深为忌惮，向咸丰皇帝上奏说“恐非国家之福”。咸丰皇帝趁机顺水推舟，批准曾国藩回乡奔丧不说，还借机将他湘军的统率权一并夺走。曾国藩的政敌何桂清则被擢升为两江总督。
曾国藩偷鸡不成反蚀一把米。失去了湘军，他就失去了在朝中保家立命的根本。追悔莫及之下，只得再上奏折，表示军务未定，粤匪未平，自回乡以后，日夜忧虑，惶悚不安，请求重新统率湘军，再为朝廷效力。咸丰皇帝素来忌惮汉人，对曾国藩也没什么好印象，照旧置之不理。然而，局势很快就逼迫他不得不以皇帝之尊向曾国藩“匹夫”屈服。
湘军自建立之初，便是依据明代抗倭名将戚继光所创的“戚家军”模式，以家族、同乡、师生等关系为纽带，依托于一张强大的私人关系网。整个湘军从上至下采取层层相依、各对其上级负责的办法，由曾国藩指定统领，统领自选营官，营官自选哨官，哨官则自行招募什长。各营编列番号，互不统属，直接受曾国藩指挥。这一套系统，开近代军阀制度“兵为将有”之先河，成为清代兵制一大变革。最直接的后果，就是导致湘军具有很强的排他性，除了曾国藩外，旁人很难指挥得动。曾国藩坐了一年多冷板凳后，战局恶化，湘军将领完全不服清廷调遣，咸丰皇帝才不得不再次起用曾国藩，但仍然对他心存顾忌，未把他所希望得到的两江总督位子给他。
直到咸丰十年（1860），清廷用来围困太平天国京师天京的江南、江北大营彻底瓦解，已经到了无兵可战、无饷可发的绝境，咸丰皇帝才被迫让步，不得不将镇压太平天国的希望完全放到曾国藩等汉人大臣身上。他这一生中，最不能放心的有两个人，第一个是他的弟弟奕？，第二个便是曾国藩。要说不放心的程度，曾国藩尚排在奕？之上。可是皇帝现在却要倚靠一个他最不能放心的人来挽救清朝统治，这实在是历史绝大的讽刺。
咸丰十年（1860），在御前大臣肃顺（清朝宗室，镶蓝旗人，郑亲王乌尔恭阿第六子，郑亲王端华之弟）的倾力推荐下，曾国藩终于如愿以偿，被任命为两江总督，统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，巡抚、提督以下悉归节制，从此集军、政、财权于一身，成为清军镇压太平天国的最高统帅。
具有讽刺意义的是，恰好就是在这一年，英法联军进犯北京，闯入圆明园，大肆抢掠之后，将这座中外驰名、精美绝伦的“万园之园”付之一炬。圆明园的命运浸透着那个时代的风雨烟尘。最美好的东西，却被以最粗暴的方式毁灭——在战乱岁月，中国的人和物的命运常常如此。不过，最具有讽刺意义的是，当外国强盗们将圆明园烧成残垣断壁的时候，在中原腹地两江，号称大清中兴第一名臣的曾国藩却正在倾尽全力围剿太平天国。
曾国藩在两江总督的位子上一坐就是五年。这期间，湘军已经攻破天京，曾国藩被封为一等勇毅侯，成为清代以文人封武侯的第一人。他随即被任命为钦差大臣，调去围剿捻军，由李鸿章接替他做了两江总督。不过，李鸿章两江总督的位子还没坐热，曾国藩因围剿捻军无功，被免去钦差大臣职务，改由李鸿章接任，曾国藩又重新回来做了两江总督。
“捻”本为淮北方言，意为一股、一伙。捻子（又称捻党）则为明末清初兴起于淮河流域的一个秘密民间组织，后逐渐扩大到山东、河南、苏北等地，成员主要为贫苦农民、小手工业者、盐贩、渔贩、游民等。一股少则数十人，多则数百人，称为一捻，首领称为“捻头”或是“趟主”。各捻之间互不统属，也无统一纲领、旗帜等。太平天国兴起后，各地掀起反清起义高潮，河南、安徽等地的捻子也群起响应。其中以安徽亳州（今安徽亳县）捻头张乐行势力最大，并开始有“捻军”之称。各地捻军起义后，均是各自为战，很少联系。但随着时局的深入发展，各捻首领开始感到有必要联合起来共同御敌。咸丰五年（1855）秋，各路捻军会盟于安徽蒙城雉河集（今安徽涡阳），公推张乐行为盟主。从此，捻军声威大震，由分散渐趋统一，成为北方的抗清主力，也成为太平天国的北方屏障。咸丰七年（1857）二月，太平军李秀成部与捻军龚得树、苏天福等部会师于霍邱。张乐行力排众议，率领捻军加入太平天国，正式接受太平天国的领导。捻军将士开始蓄长发，军中也以太平军旗帜代替原来的五色旗，各部将领接受太平天国封号、印信。两军联合以后，捻军势力更为壮大，不仅在淮河流域牵制了部分清军主力，减轻了天京的压力，并且与太平军配合进行过多次重大战役，有力地支持了太平天国。不过，捻军参加太平天国是有条件的，即所谓“听封而不能听调用”。与太平军有事则联合作战，无事则各自行动，依然保持着某种独立状态。同治元年（1862），太平天国英王陈玉成败死，太平军皖北根据地完全丧失，军事形势急剧恶化。同治二年（1863），清科尔沁亲王僧格林沁率军大肆围攻捻军，张乐行连战不敌，连根本之地雉河集也落入清军之手，张乐行仅率二十余人突围。张乐行与子张喜、义子王宛儿藏匿于乡民李勤邦家，结果被李勤邦祖侄李家英出卖，被清兵俘获后凌迟处死。捻军将领张宗禹、任化邦等率领捻军余部在河南南部与太平军赖文光部会合后，奉赖文光为新的领袖。赖文光随即将捻军按太平军军制进行大规模整编，改建成一支战斗力很强的新军。同治四年（1865），赖文光率捻军一举全歼了僧格林沁的蒙古马队。僧格林沁本人逃入麦田之中，结果被十三岁的捻童张皮绠搜到，一刀刺死。僧格林沁一直是清廷倚重的猛将重臣，他的败亡对清朝造成了巨大的震撼，清朝急调曾国藩为钦差大臣督师剿捻。曾国藩采取挖壕设防、坚壁清野之策，力图围困捻军。捻军首领赖文光为了保存实力，决定将主力分为两支：由遵王赖文光、鲁王任化邦、首王范汝增、魏王李蕴泰等率东捻军转战于河南、山东、湖北等地；梁王张宗禹、幼沃王张禹爵（张乐行侄）、怀王邱远才等率西捻军进军陕、甘地区，与西北回民起义军联络。自此，捻军分为东、西两支，互相配合作战，曾国藩也因为剿捻无功被撤换。同治六年（1867），东捻军经过赣榆、寿光两次大战，主力损失殆尽。当年十二月初八，遵王赖文光抢渡六塘河，率两千余人突破重围，沿运河东岸南下多次，力图渡过运河，均遭挫败。不久，赖文光在扬州瓦窑铺因坐骑为清军击毙而被俘，被押到扬州处死。东捻军失败。起初，西捻军得知东捻军被围消息后，立即东进救援，计划直接进攻北京，以吸引清军主力，解东捻军之围。并于同治六年（1867）一月二十二日突破了清军的黄河防线，经山西、河南进入直隶。同治七年（1868）一月，西捻军直逼北京西南卢沟桥，京师大震。清廷急命恭亲王奕？会同神机营王大臣办理巡防事宜，又命钦差大臣左宗棠总统直隶境内各路清军防堵西捻军。西捻军因孤军深入，陷入清军重围，因寡不敌众，损失惨重。最终被围困于黄河、运河、徒骇河之间。六月二十八日平南镇一战，西捻军全军覆没，仅梁王张宗禹率十八骑冲出重围，不知所终。至此，长达十六年、纵横八省的捻军起义失败。众所周知，湘军因曾国藩而崛起，之后湖南名人层出不穷，湖南一省开始在中国近代史上以强者的姿态出现，甚至出现了“中国不可一日无湖南”的说法，成为晚清历史上显赫的一页。
从在朝廷中的势力而言，湘军最盛之时，湘军将领担任“总督、巡抚，其他专阃、监司，以勋伐昭著于时者，不可胜数”。同治初期，八大总督之席位，湘淮系常占五位；十六个巡抚席位，湘淮系经常保持在十一位以上。整个湘军系统中位至总督者十五人，位至巡抚者十四人，其他大小文武官员不计其数。湘军将领及其幕僚已经成为当时中国政治、军事舞台的绝对主角。胡林翼、左宗棠、李续宾、刘长佑、蒋益澧、曾国荃、彭玉麟、杨岳斌、刘锦棠、刘坤一、杨昌濬、李续宜都是从湘军中成长起来的大名鼎鼎的人才。而重臣中与湘军有很深渊源的也不在少数，知名者如沈葆桢、李鸿章、严树森、李瀚章、李宗羲、阎敬铭、许振韦等等。其中李鸿章作为曾国藩的学生又创立了淮军，淮军一系陆续产生了张树声、刘铭传、潘鼎新、刘秉璋、钱鼎铭、郭柏荫、王凯泰、刘郇膏、丁日昌、周馥等名将，势力更盛。用王闿运的话说，湘淮两军，“偏、裨皆可督抚”。湘军气焰之嚣张，由此可见一斑。
从人才而言，曾国藩幕下可谓“极一时之盛”。当时天下人听说曾国藩礼贤下士，跟随他功名利禄唾手可得，于是争相从四面八方赶来投奔。这其中，除了文学之士外，还包括一批卓越的工程师、科学家等。同治二年（1863），留美学生容闳到安庆拜访曾国藩，如实记录了所看到的景象：“当时各处军官（应为官员，原文为officials）聚于曾文正之大营中者，不下二百人。大半皆怀其目的而来。总督幕府中亦有百人左右。幕府外更有候补之官员、怀才之士子。凡法律、算学、天文、机器等等专门家，无不毕集，几乎举全国人才之精华，汇集于此。此皆曾文正一人之声望道德，及其所成就之功业，足以吸引之罗致之也。”（《西学东渐记》）周遭兵祸，唯安庆一隅人才济济，以容闳之见多识广，对此尚感到惊异和赞叹，可见当时曾国藩的幕府是何等恢张，隐隐然有成为天下重地之意。
容闳，字达萌，号纯甫。安徽安庆人，迁居广东香山（今属珠海）。少年入澳门马礼逊学校（后迁香港）学习。道光二十七年（1847）初赴美留学，进入麻省芒松学校学习。与其同行的有黄宽等人。三年后，黄宽赴英国苏格兰爱丁堡大学学习医学，获医学博士学位，是中国第一个赴欧美学习西医之人。容闳则考入耶鲁大学，咸丰四年（1854）以优异成绩毕业，成为毕业于美国大学的第一个中国留学生。不久后回国，先后担任香港英府高等审判厅翻译、上海英商丝茶公司书记等职务。容闳一度对太平天国持支持态度，曾于咸丰十年（1860）到太平天国首都天京，向当时主持朝政的干王洪仁玕（洪秀全族弟）提出组织良好军队、设立武备学校及海军学校、建立有效能的政府、颁定教育制度等七条新政建议。但这一趟容闳也看出了太平天国的种种问题，不敢相信其能成大事，因此没有接受太平天国的任职。同治二年（1863），容闳受曾国藩委派，为筹建江南制造局赴美采购机器，从此投身师夷自强的洋务运动。容闳曾通过江苏巡抚丁日昌向清廷条陈，其中有一条便是选派青少年出洋留学。李鸿章很赞同容闳的建议，也一再上奏。恭亲王奕？更有远见，反对李鸿章派遣二十岁青年留学的主张，力主选送十六岁以下少年。当时中国人还是老观点，认为外国是“蛮夷之邦”，而且报名留学者要由父母写下保证书，申明子女在外生死由命，所以家庭均不愿意将自家孩子送出去留学。同治十一年（1872），容闳、陈兰彬率领好不容易凑齐的三十名少年从上海启程，赴美留学。这其中就有詹天佑、梁敦彦、黄开甲。到光绪元年（1875）九月为止，前后派出四批少年留学生，共一百二十名。身穿马褂、头戴瓜皮帽的少年到达美国时，围观者云集。有美国人见到他们脑后的辫子，大喊“中国女孩子”。自此，少年以留辫子为耻。后吴嘉善接替陈兰彬任留学生监督，到美国后发现留美少年穿洋装、入西教，甚至剪发辫，且不向他跪拜，勃然大怒，立即上奏朝廷说少年书没读好，倒沾染了不少恶习，请求撤回留学少年。恭亲王奕？最终决定召回了留学生。近代中国第一次官派留学的尝试遂告失败。容闳回国后，发现洋务运动并没有改变中国落后的现状，对洋务派的无所作为深感失望之下，参加了戊戌变法活动，失败后被清廷通缉，不得不逃出了北京。容闳强国的梦想并未就此熄灭，于辗转流亡中，又开始支持孙中山进行的革命活动。民国元年（1912）一月，容闳致函祝贺孙中山就任中华民国临时大总统，四月即病逝于美国。从容闳坎坷的一生中，可以清晰地感受到在屈辱的晚清时期一个有才华有思想的中国人报国无门的痛苦和悲愤。他总是在希望中失望，又在失望中重新燃起希望，希望却总是再一次地破灭，如此反反复复，最终还是壮志难酬。从时局而言，从咸丰一朝到同治一朝，再到光绪一朝，除了三个皇帝外，还曾经有三个被公认为有潜力君临天下的人物——这便是太平天国的最高领导人天王洪秀全、恭亲王奕？以及湘军主帅曾国藩。曾国藩得以与洪秀全和奕？相提并论，可见其实力不容小觑。正因为曾国藩有如此声势，是以清廷虽然深为猜忌，也绝不敢轻易动他。
奕？，道光皇帝第六子，咸丰皇帝奕异母弟。奕生母钮祜禄氏为道光皇帝孝全成皇后，但钮祜禄氏早死，奕改由静贵妃博尔济吉特氏抚养，静贵妃即为奕？生母。奕、奕？年纪相仿，且由一母养大，关系异常密切，比亲兄弟还要亲。然而，两兄弟长大成人后，均成为皇储的有力人选，猜忌由此而生。奕？才智见识过人，远在奕等其他皇子之上，道光皇帝最为钟爱，一度有意立为太子。有一天，道光皇帝召皇四子奕和皇六子奕？入对，将藉以决定储位。两位皇子都向自己的师傅请教对策。奕？的师傅卓秉恬对奕？素来有信心，告诉他说：“皇父如有垂询，当知无不言，言无不尽。”奕的师傅杜受田则说：“阿哥如条陈时政，知识不敌六阿哥。唯有一策：皇上若自言老病，将不久于此位，阿哥就伏地流涕，以表孺慕之诚而已。”即所谓的“藏拙示仁”之计。两兄弟都照着自己师傅说的做了。道光皇帝晚年身体多病，昏聩不堪，果然如杜受田所料，对奕更为满意，谓皇四子仁孝，储位由此而定。但道光心中还是喜爱奕？，死前留有亲笔书写的“朱谕”——即于道光二十六年（1846）六月十六日藏在乾清宫“正大光明”匾额后的立储御书——上面写着：“皇六子奕？封为亲王，皇四子奕立为皇太子。”（此谕旨现珍藏在中国第一历史档案馆）在后一行汉字的旁边，还另写有“皇四子奕立为皇太子”的满文。道光皇帝特意在立储御上封皇六子奕？为恭亲王，本意其实是为了防止奕压制奕？奕即位为咸丰皇帝后，起初尚能顾念手足之情，对待奕？友善，封其为亲王，还封养母静贵妃为贵太妃。咸丰五年（1855），贵太妃病重，咸丰皇帝和奕？时常去探望。某一个夏日，咸丰皇帝前去给贵太妃请安。迷迷糊糊的贵太妃刚刚睡醒，以为来人是自己的亲生儿子奕？，很不高兴地说：“你怎么又来了？能给你的，我都给了。他（指咸丰皇帝）性情不测，莫生嫌疑就好。”咸丰皇帝知道她说错了话，便叫了声：“额娘。”贵太妃这才发现来的人是皇帝，而不是奕？，于是转身装睡，一言不发。自此，咸丰皇帝对养母和奕？都生了嫌疑。过了几天，咸丰皇帝再去向贵太妃请安时，刚好遇到奕？出来，咸丰皇帝问起贵太妃病情如何。奕？哭着跪下说：“怕是没治了，就等着上皇太后封号，方能瞑目。”咸丰皇帝只是淡淡“哦”了一声，再没表示。不料奕？以为皇帝答应了要给生母加“皇太后”封号，便立即赶到军机处，命人准备册封典礼。咸丰皇帝得知后十分气愤，但木已成舟，不便拒绝，最后还是勉强同意，尊皇贵太妃为康慈皇太后。不久，康慈皇太后去世。咸丰皇帝不但下令减损皇太后的丧仪，还立即将奕？的军机处职务罢免，命其回上书房读书。奕？自此在咸丰一朝备受压抑和打击，兄弟二人自此连表面的和睦都没有了。回想两兄弟小时候两小无猜的手足情谊，不由得令人感叹世上对人改变之大者，无过于权势。然而，形势变化远比人想象的要快。同治七年（1868）七月二十七日，曾国藩接到谕旨：“曾国藩著调补直隶总督，两江总督著马新贻调补。”直隶总督和两江总督各自关系北南大局，且直隶总督系疆臣之首，肩负拱卫京师、就近顾问之责，排位尚在两江总督之上，看起来曾国藩是升了，但实际上却大有分别——两江是曾国藩的老巢，如鱼得水；直隶地处京畿，王宫贵族云集，再有能耐的大臣到此，也是龙游浅滩。
正因为如此，曾国藩很不高兴。马新贻确有才干，但并无殊勋，又与湘军、淮军毫无渊源。由资历尚浅的马新贻来接任位高权重的两江总督，在精于权术和深谙官场之道的曾国藩看来，这是朝廷对他本人的有意贬低。
且看曾国藩本人在七月二十七日这一天日记中的记录：“早饭后清理文件，习字一纸。坐见之客一次。”一切都很平静，但接下来“接奉谕旨，余调补直隶总督，马新贻调两江总督”后就完全不一样了，先是“围棋二局”，但在这样的大事面前，心性终究无法平静，于是开始“与家人论南北行止事宜”，然后是“坐见之客三次。改复丁雨生、李筱泉两信稿，约改四百字”。
丁雨生即丁日昌，时任江苏巡抚，为曾国藩亲信。李筱泉即李瀚章，李鸿章亲兄长，与曾国藩同为道光十八年（1838）进士，长期为湘军综理粮秣、担任后勤，其人与曾国藩之私人关系比其弟李鸿章还要更亲近一层。曾国藩给这二人写信，很有深意，但他心烦意乱下，改两封信竟然也未能完成。
之后曾国藩“中饭后阅本日文件。周缦云（曾国藩心腹幕僚）来久谈。小睡片刻。申刻写丁（日昌）、李（瀚章）二人信，各添二叶（页）。酉刻课儿甥辈背文。傍夕至后园一览。小睡良久。夜核批稿各簿毕。至纪鸿（曾国藩次子）房中，见桌有穀牌，而身在他处下棋，天分本低，又不能立志苦学，深为忧虑，闷坐良久，不能治事。二更三点睡”。
纪鸿即为曾国藩次子曾纪鸿，时年二十岁。他后来成为了一名数学家，并非曾国藩所说的“天分本低”。可见这里曾国藩“深为忧虑”的并非次子不能“立志苦学”一事，而是即将离任两江总督。
之后两日，曾国藩先后与丁汝昌（字禹廷，亦作雨亭，号次章，安徽庐江人。先参加太平军，后投降加入湘军、淮军，由战功升任总兵，加提督衔，赐协勇巴图鲁勇号）、吴廷栋（字彦甫，号竹如，安徽霍山人。清道光五年拔贡，任职刑部，累官至刑部侍郎。曾国藩挚友）、魁时若、李小湖、钱子密、黎莼斋、惠甫、何廉昉、莫子偲秘密久谈，并再次在日记中提到“倦甚，不能复治事”。
自咸丰二年（1852）离开北京后，曾国藩已经有十六年未能目睹天颜。这次调任直隶总督，他必然要入京陛见，而是福是祸，着实难以预料。尽管他刻意在日记中掩盖心情，尽量在文字中不露痕迹，但还是表现出了忐忑不安、心力交瘁的烦躁，显然对朝廷调他任直隶总督无法自安。
据说最初慈禧太后属意两江总督的人选并非马新贻，而是时任湖广总督的李鸿章。李鸿章为淮军首领，曾国藩为湘军首领，在朝廷看来，以淮制湘，未必不是一招好棋。分而治之，历来是慈禧太后所擅长的权术。
然而，李鸿章的淮军与曾国藩的湘军虽然一直暗中相互竞争较劲，但二人的关系却是错综复杂且藕断丝连。李鸿章有三个原因，必须要推掉两江总督的任命。
一是他出自曾国藩门下，素来对曾国藩有感激知遇之恩之心。当初曾国荃久攻天京不下，清廷多次命李鸿章率领淮军前去会攻。李鸿章却知道湘军历来私心极重，既要占破城首功，又要独吞城内财富，他不愿意为了眼前的小利益去破坏已经存在的某种秩序和关系，因此找各种借口拒命不前，有意不与曾国荃争功。此处关节，曾国藩心知肚明，也十分感激，在给曾国荃的信中特意提到李鸿章此举是“深知弟军之千辛万苦，不欲分此垂成之功”；二是李鸿章非常清楚朝廷调曾国藩离开两江是想有意压制湘军，但他自己一旦坐上了两江总督的位子，难保不会步曾国藩后尘成为朝廷下一个猜忌的目标。换句话说，清廷从来就没有真正信任过汉人大臣；三则是李鸿章深知湘军底细，他知道湘军散兵游勇在两江多有不法之事，一旦赴任，淮军必将与湘军起冲突。朝廷对湘军一向不满，万一处理不好还要把他自己的淮军也搭进去。因此，他不愿意去碰这个钉子。这是李鸿章的一点私心，正因为他一直对他的淮军势力保护得很好，在曾国藩死后的二十多年中，他在清朝廷中始终居于举足轻重的地位。
对两江总督的人选，李鸿章也有自己的看法，说：“湘人习气之重，他人视为棘手，……选州必于湘人，朝廷亦深顾虑。”（李鸿章撰/吴汝纶编：《李文忠公全书朋僚函稿卷十》）此见解极为深刻，李鸿章已经料到非湘军嫡系无法坐镇两江。他虽然也出自曾国藩门下，但由于另立山头创建淮军，早已经被排斥在湘军嫡系圈外。
不过，李鸿章的看法是一回事，清廷的实际决策人慈禧太后的看法则是另外一回事。慈禧太后以秀女身份入宫，起初没有任何学问见识，后来协助咸丰皇帝批阅奏章，阅历才逐渐增多。她利用自己为同治皇帝生母的天时地利，先后在与肃顺和恭亲王奕？的争权夺利中占尽了上风，便自以为权术手段高明，能够翻手为云，覆手为雨，岂不知自己的才识根基仍是相当浅薄。同治四年（1865），慈禧太后与恭亲王奕？发生争执，慈禧责备奕？议政尽用汉人，奕？很不以为然。慈禧太后怒气冲冲地威胁说：“我要革了你。”奕？毫不相让，说：“太后革得了臣的官职，却革不掉臣的皇子身份。”慈禧太后勃然大怒，亲笔诏书责备奕？诏书中错别字连篇，词句多有不通顺之处，令人瞠目结舌。这样一个只擅长玩弄后宫阴谋的女人，当然也没有李鸿章在两江总督人选上的这番远见。她只是一心想要将曾国藩这颗眼中钉调离老巢，令其不能有所作为。既然李鸿章推辞不就，慈禧太后只好另外选人。李鸿章之回避两江总督，就直接造成了他的同科马新贻脱颖而出的大好机会，也为日后刺马案的发生埋下了祸根。
同治七年（1868）七月二十七日，李鸿章也收到京信，正式得知马新贻调任两江总督，而曾国藩则调任直隶总督。当天，他即提笔给马新贻写了一封信。信中说：“畿疆拱卫，非老成硕望不足挽回颓波；江海要冲，非盘错大才不足坐镇雅俗，岂唯皖士重庇福星！欣跃不可言喻。”（《李文忠公全书》）大概意思是说曾国藩老成硕望，马新贻盘错大才，二人分掌直隶和两江，各得其所。以李鸿章肱股重臣的身份，如此吹捧马新贻这样的后起之秀，实在是很令人费解。
不过在信中，李鸿章也表示了担心，认为“侯相恐将乞退，处斯时地，似不可行，容专缄劝驾”，意思是担心曾国藩恐怕不会在这样的情况下赴任直隶总督，很可能会退休。言下之意不言而喻，他也认为朝廷调曾国藩任直隶总督有贬斥之意，是典型的明升暗降的伎俩。
就在同一天，李鸿章也给曾国藩写了一封信，大力强调直隶总督位置的重要性——“欲借老成重望拱卫神京，即备就近顾问，亲政赞襄之”，显然有宽慰曾国藩的意思。但在信末却话锋一转，说：“谷山（马新贻的字）素极谦谨，一切必守萧规。但威望过轻，长江从此多故矣。”一句“威望过轻”，一句“从此多故”，似乎已经预料到了马新贻日后的悲剧结局。
显然，李鸿章给曾国藩的信才能代表他对马新贻的真实看法，他为什么又要玩弄两面三刀的权术，在给马新贻的信中肉麻地吹捧对方呢？这要从后来李鸿章请求马新贻助淮军军饷的事情中去寻找答案。实际上，在曾国藩与马新贻的两江总督之争中，李鸿章始终是一个坐山观虎斗的旁观者。这是后话。
那么，这个令慈禧、李鸿章等另眼相看的马新贻，到底是什么来头呢？
马新贻，字谷山，号燕门，别号铁舫，山东菏泽人，为回教徒。他是道光二十七年（1847）的进士，跟李鸿章、郭嵩焘同榜。二十六岁的马新贻中进士后步入仕途，没有点翰林，也不曾补京官，榜下即用，分发到安徽当知县，从此一直在安徽做官，历任安徽建平、合肥等县知县，庐州府知府，以勤明称。从咸丰三年（1853）开始在安徽境内与太平军作战，因战功累迁安徽藩司（布政使）。
郭嵩焘，字筠仙，湖南湘阴人。跟随曾国藩组建湘军起家，号称曾国藩的第一高参。曾国藩也将自己的第四女许配给郭嵩焘之子郭刚基，又帮助郭嵩焘进京入南书房，成为“天子近臣”。光绪三年（1877）起，郭嵩焘出任清朝驻英法公使，是中国第一位驻外外交官。抵达伦敦后，郭嵩焘应邀访问伦敦附近的电力厂，并参观了刚刚发明不久的电话。这是中国人第一次接触到电话。欧洲之旅对郭嵩焘影响很大，他开始不遗余力地向清朝廷介绍外国先进的管理概念和政治措施，由此引来朝中保守派的仇视，次年便被召回国。郭嵩焘将途中见闻写成《使西纪程》，希望对清朝能有所借鉴，结果再次受到猛烈攻击，被诬蔑为“勾结洋人”，从此闲居，再未起用。马新贻精明能干，有“能员”之称，历任巡抚都很赏识他，这也令他的官场大道走得一帆风顺。这当然与他本人的才干有关，但更重要的是，在大动荡的时局下，他遇到了一系列千载难逢的机会。
同治三年（1864），太平天国平定，曾国藩受到朝廷猜忌，尤其是其弟曾国荃因为卷入夺取太平天国巨额财富一事而成为众矢之的，为避免兔死狗烹的下场，他主动上书请求裁撤湘军，力推李鸿章出面主持大局，打算以淮代湘。一时之间，李鸿章风头无二，俨然有曾国藩衣钵继承人的姿态。当然，他还需要一些帮手，而且，最好不是湘军一系的人，这样，同年进士马新贻就进入了他的视线。很快，马新贻受到李鸿章的暗中推荐，接替开缺回籍的曾国荃，升为浙江巡抚，从此步入封疆大吏的行列。
在这之前，浙江巡抚名义上为曾国荃，浙江军务也归两江总督曾国藩管辖，但其实浙江本是左宗棠的地盘，此时左宗棠正任闽浙总督。马新贻到杭州上任浙江巡抚后，表面上还是相当尊敬曾国藩，曾专程到江宁向曾国藩问计，给曾国藩留下了相当精明强干的印象。马新贻与左宗棠的关系也很好，曾上书力赞昔日左宗棠在浙江的治迹。
这里要专门讲一下总督与巡抚之间的关系。按照清朝官制，总督和巡抚都是封疆大吏，不相统属。按照职责而言，总督主管军事，节制省内绿营提督、总兵各官，且自辖“督标”三至五营；巡抚则主管民事，总管省内政务监察，也自辖“抚标”二营，用兵时也须负责粮饷。一般来说，总督、巡抚选用文人，极少用武人。这是因为武人知兵，不能轻与事权，而文人不习兵事，不妨假以重任，平时以文制武，战时由朝廷另外特简经略大臣等专事征伐。另外，一省的民政财政和司法则分别由布政使和按察使主管，只听命于户部和刑部，也不属于总督、巡抚管辖。
不过，自曾国藩凭借湘军以文武双重身份崛起后，情况开始改变。他受任两江总督之初，还兼有钦差大臣的身份，有权统辖江、皖、赣、浙四省军务大权。这样，原本不属于他节制的江苏、安徽、江西、浙江四省巡抚以及各省布政使、按察使均成了他的下属。在清朝，这可是前所未有的大事。按照清朝制度，总督对文职道府以下、武职副将以下官员有奏请升调免黜的权力，正是在这样的便宜之下，大批湘军将领倚靠曾国藩进入政权机构，得任地方实职，由此掌握了一方的军事、财政大权。即便到后来曾国藩主动裁撤湘军、湘军为淮军所取代时，湘军一系羽翼已成，不但军事力量雄厚，“七八省政权，皆在掌握”，且五脏俱全，成长为完全有实力分权割据的力量。尤其是曾国藩所管辖的两江富甲全国，形成了“重地方、轻中央”的政治格局。在这样的局面下，以慈禧太后为首的清廷惶惶不可终日，视曾国藩为眼中钉、肉中刺，也就不足为奇了。马新贻升任浙江巡抚，已经是清廷要将曾国藩调离两江的前兆。
马新贻任浙江巡抚期间，讲究政通人和，积极兴修水利，修筑海塘，并奏请豁减杭嘉湖等七府浮收钱和漕米，减轻百姓负担，复兴各府书院等，在当地很有名望，颇受百姓爱戴。正因为马新贻政绩突出，次年左宗棠西征之时，便由他接任了闽浙总督。升迁速度之快，令人大跌眼镜。
此时的马新贻，尽管实力上远远不及，但在声势上已经如同前任左宗棠一般，隐隐然有与两江总督曾国藩相抗之意。不久，东、西捻军先后平定，清廷长松了一口气，急不可待地开始考虑督抚的调动问题，其实最首要考虑的就是如何让令朝廷寝食难安的两江总督曾国藩离开两江。经过一番商讨后，由恭亲王奕？出面，力荐马新贻接任两江总督兼南洋通商大臣，理由是：“马新贻精明强干，操守亦好。他在安徽服官多年，对两江地方最熟悉。剿捻的大功告成，淮军裁遣回籍，非得要马新贻这样的人，才能把那些骄兵悍将妥为安置。”原两江总督曾国藩则调任直隶总督。
当时的八大总督中，以直隶总督地位最尊，其次是两江总督。但论实权，两江总督却要排在第一。而直隶总督虽位列各地总督之首，但地近京畿，上有朝廷，下有顺天府尹，位尊而权轻。加上同时兼任北洋大臣，须常驻天津办理洋务，并不是一桩轻松的好差事。
马新贻升官速度快得匪夷所思，在不到两年的时间内就由二品官升到了疆臣中最有实力的两江总督，实在令人吃惊。当时他才四十七岁，是最年轻的总督。这其中，固然有马新贻自己个人才干的因素，但可遇不可求的机遇远比才华更为重要。当时，太平天国已经平定，曾国藩兄弟名盖天下，但流言也与功名一样多。多年以来，中外纷传曾国藩有谋取帝位的野心。清朝因曾国藩军功封其为一等侯时，曾国藩幼女曾纪芬说，曾家人听到后都说：“侯爵太细。”意思是嫌侯爵的官职太小，不满之情溢于言表。曾国藩势大如猛虎，让这样一个人在江南坐大，真是让慈禧太后坐卧不宁，因此考虑将曾国藩调离江宁成为必然的选择。只是由马新贻来接任两江总督，不仅天下人惊讶，整个湘军系统的人惊讶，曾国藩惊讶，就连马新贻自己也相当惊讶。朝野对此议论颇多，舆论普遍认为马新贻资历尚浅，德不高望不重，让他接替曾国藩的两江总督，太过破格。
在曾国藩接到调任直隶总督的谕旨前，马新贻早已知道自己即将接任两江总督。他的心情，应该是且喜且忧：喜的是他现在是大清朝最让人眼红的大红人，以朝廷心腹的身份当上了两江总督，受圣眷之隆，一时无二；忧的是两江素来是湘军的地盘，他们在那里经营了多年，岂能轻易让给他这个外人？
同治七年（1868）五月十六日，时任闽浙总督的马新贻从杭州坐轮船到达天津，次日到达北京。应该是这个时候，他已经知道慈禧太后的心意。五月二十六日，马新贻被召进宫中，很久才出来，出来时大汗淋漓，神态极为反常。这之后，他突然请了二十天假，回到山东菏泽老家探亲扫墓。离家时，马新贻突然将二位兄长和儿子召到身边，秘密嘱咐说：“我此去吉凶难料，万一有什么不测，千万不要到京告状。一定要忍气吞声，方能自保。”
此时，正式任命他为两江总督的谕旨尚未下达，他却已经在交代身后事，难免令家人大为吃惊。这也就是马新贻临死前交代儿子马毓桢“别忘了当日为父在菏泽交代你们的话”的由来。
显然，马新贻在一开始就已经预料到：他孑然一身赴江宁，既没有自己的军事力量，还需完成朝廷交代的公开和秘密的双重使命，无异于孤身入龙潭虎穴。但是，他不想就此服输。
未到江宁前，马新贻曾致信给曾国藩，商议交卸等公事。曾国藩除了按礼节回信外，还给马新贻送去“巡捕郑兴仪一员，戈什哈四名，聊供驱使”。尚未交接，便送去几名保镖，这份见面礼，着实耐人寻味。在这之前，天下人盛传将来继任曾国藩两江总督的人选是其弟曾国荃，就连曾国荃自己也一直认为总督是自己囊中之物。也许曾国藩也如同李鸿章那样，担心马新贻“威望过轻”，湘军由此愤愤不平，“长江从此多故”？
曾国藩有一幕僚名邵顺国，邵之妹夫名郑兴仪，一向被曾国藩尊称为“郑世兄”，似乎私人关系非同一般。未及考证曾国藩所送巡捕即是此人。当年九月二十日，马新贻到达江宁。九月二十六日，曾国藩向马新贻交卸关防印信。这期间，江苏巡抚丁日昌和湖广总督李鸿章先后赶到南京，面见曾国藩。曾国藩为此奏请“会商公事，暂缓启程”。
十一月初四，曾国藩终于乘船离开江宁，据说“金陵士民焚香酌酒以饯送者，填咽街巷”。如此情形，想来马新贻心中也不是个滋味。
马新贻到两江上任后，立即着手为百姓做了一些好事，比如奏请以宽免钱粮来劝垦招领江南荒废田地，使得编民早得复业。这些措施确实为他赢得了一定民心，他一度很受鼓舞，又提出了“应办最要者六条”，即：培养民生以筹办善后；修筑运堤以宣防河务；清查官亏以讲求吏治；选择将才以整顿绿营；酌留水师以联络江防；恪守条约以办理洋务。当然，他自己心中最清楚，这六条中，“清查官亏以讲求吏治”、“选择将才以整顿绿营”、“酌留水师以联络江防”三条，其实都是有计划地针对湘军的。
为了有效地制衡湘军，马新贻还与手中握有淮军的李鸿章暗中结成了联盟。当时，湘军和淮军的军饷主要来源于两江地区，李鸿章为了保留自己的淮军精锐，主动向马新贻求助军饷。马新贻爽快地答应了，大大增加了淮军的军饷，此长彼消，湘军的军饷自然被相应的削减。如此一来，不提马新贻所谓追查太平天国宝藏下落的秘密使命，单是此一项，便是公然得罪了曾国藩和湘军。军饷减少涉及最切身的利益，湘军中大大小小的人物无不因此对马新贻切齿痛恨，甚至包括那些已经退伍的湘军。湘军戾气本重，最终形成了湘军暗斗马新贻和淮军的局面。淮军尚有旧情可念，马新贻则是有怨无恩，首当其冲。
然而，尽管马新贻采取了种种措施来抑制湘军，但他很快就发现他自己确实是过于乐观了。湘军势力根深蒂固，从军队到后勤自成体系，地方割据局面已经形成，别说他马新贻，就是中央朝廷也绝难撼动。虽然他与李鸿章的淮军暗中结盟，但依旧不过是以军饷的利益为纽带，并非牢不可破。实际上，以李鸿章的性格，马新贻真要出了事情，第一个跑的准保就是李鸿章自己。换句话说，老谋深算的李鸿章其实也是在利用马新贻来对付湘军，只不过他在暗，马新贻在明而已。
在没有有力同盟者和支援者的情况下，马新贻上任两江总督两年多徒劳无功就很正常了。他诸多对付湘军的手段并无任何成效，唯一的结果就是造成了他本人与湘军——尤其是与湘军的嫡系和精锐长江水师——嫌隙越来越深。天津教案发生后，曾国藩处理教案不力而身败名裂——传说天津教案本身就是朝中有人有意针对曾国藩——湘军为此愤愤不平，开始在两江滋事。而天津教案还引发了外交冲突，外国列强以军舰聚集于天津和烟台，对清廷进行武力恐吓。在战争一触即发的情况下，清廷急令马新贻调长江水师布防。本来就有心惹是生非的长江水师自然不肯听从调遣，多有阳奉阴违的事情发生，矛盾和冲突开始表面化了。
所以，不到一个月后，当刺客一刀刺中马新贻的时候，他感到这是他早已经预料到的结局，才大叫了一声：“扎着了！”
不过，刀扎中的不仅仅是两江总督马新贻，还有慈禧太后的心痛之处，以及清王朝风雨飘摇的时局。马新贻遇刺后，举国侧目，疆臣人人自危，朝野为之震荡。